seq1 = pF1KB3316.tfa, 2217 bp
seq2 = pF1KB3316/gi568815575r_20055401.tfa (gi568815575r:20055401_20366632), 311232 bp

>pF1KB3316 2217
>gi568815575r:20055401_20366632 (ChrX)

(complement)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-126  (131819-131875)   100% ->
127-243  (157229-157345)   99% ->
244-325  (162530-162611)   100% ->
326-406  (171488-171568)   100% ->
407-486  (172365-172444)   100% ->
487-593  (173040-173146)   100% ->
594-631  (178099-178136)   100% ->
632-774  (178663-178805)   100% ->
775-845  (180267-180337)   100% ->
846-934  (189549-189637)   100% ->
935-999  (190135-190199)   100% ->
1000-1102  (190281-190383)   100% ->
1103-1227  (191345-191469)   100% ->
1228-1350  (193765-193887)   100% ->
1351-1440  (197142-197231)   100% ->
1441-1599  (198886-199044)   100% ->
1600-1761  (201573-201734)   100% ->
1762-1838  (203593-203669)   100% ->
1839-1956  (204872-204989)   100% ->
1957-2097  (210384-210524)   100% ->
2098-2217  (211113-211232)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCTGGCGCAGCTGGCGGACCCGTGGCAGAAGATGGCTGTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCTGGCGCAGCTGGCGGACCCGTGGCAGAAGATGGCTGTGGAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGTCCGACAGCGCTGAG         AATGGACAGCAAATTATGGATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGTCCGACAGCGCTGAGGTG...CAGAATGGACAGCAAATTATGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACCTATGGGAGAGGAGGAGATTAACCCACAAACT         GAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 131841 AACCTATGGGAGAGGAGGAGATTAACCCACAAACTGTA...CAGGAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTTAGTATCAAAGAAATTGCAATCACACATCATGTAAAGGAAGGACATGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157235 GTCAGTATCAAAGAAATTGCAATCACACATCATGTAAAGGAAGGACATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAGGCAGATCCTTCCCAGTTTGAACTTTTAAAAGTATTAGGGCAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157285 AAAGGCAGATCCTTCCCAGTTTGAACTTTTAAAAGTATTAGGGCAGGGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATTTGGAAAG         GTTTTCTTAGTTAAAAAAATCTCAGGCTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 157335 CATTTGGAAAGGTA...CAGGTTTTCTTAGTTAAAAAAATCTCAGGCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGCTAGGCAGCTTTATGCCATGAAGGTATTGAAGAAGGCCACACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162560 GATGCTAGGCAGCTTTATGCCATGAAGGTATTGAAGAAGGCCACACTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AG         TTCGAGACCGAGTTCGGACAAAAATGGAACGTGATATCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162610 AGGTA...TAGTTCGAGACCGAGTTCGGACAAAAATGGAACGTGATATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGTAGAGGTTAATCATCCTTTTATTGTCAAGTTGCATTATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 171527 TGGTAGAGGTTAATCATCCTTTTATTGTCAAGTTGCATTATGGTA...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    407  CTTTTCAAACTGAAGGGAAGTTGTATCTTATTTTGGATTTTCTCAGGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172364 GCTTTTCAAACTGAAGGGAAGTTGTATCTTATTTTGGATTTTCTCAGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGGAGATTTGTTTACACGCTTATCCAAAGAG         GTGATGTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 172414 AGGAGATTTGTTTACACGCTTATCCAAAGAGGTA...TAGGTGATGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CAGAAGAAGATGTCAAATTCTACTTGGCTGAACTTGCACTTGCTTTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173050 CAGAAGAAGATGTCAAATTCTACTTGGCTGAACTTGCACTTGCTTTAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CATCTACATAGCCTGGGAATAATTTATAGAGACTTAAAACCAGAAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 173100 CATCTACATAGCCTGGGAATAATTTATAGAGACTTAAAACCAGAAAAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    594       TATACTTCTTGATGAAGAAGGTCACATCAAGTTAACAG      
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 173150 ...CAGTATACTTCTTGATGAAGAAGGTCACATCAAGTTAACAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632    ATTTCGGCCTAAGTAAAGAGTCTATTGACCATGAAAAGAAGGCATAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178660 CAGATTTCGGCCTAAGTAAAGAGTCTATTGACCATGAAAAGAAGGCATAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TCTTTTTGTGGAACTGTGGAGTATATGGCTCCAGAAGTAGTTAATCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178710 TCTTTTTGTGGAACTGTGGAGTATATGGCTCCAGAAGTAGTTAATCGTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGGTCATACTCAGAGTGCTGACTGGTGGTCTTTTGGTGTGTTAATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 178760 AGGTCATACTCAGAGTGCTGACTGGTGGTCTTTTGGTGTGTTAATGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    775      TTTGAAATGCTTACTGGTACACTCCCTTTCCAAGGAAAAGATCGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178810 ..TAGTTTGAAATGCTTACTGGTACACTCCCTTTCCAAGGAAAAGATCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAAGAAACAATGACTATGATTCTTAA         AGCCAAACTTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 180312 AAAGAAACAATGACTATGATTCTTAAGTA...TAGAGCCAAACTTGGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GCCACAGTTTTTGAGTCCTGAAGCGCAGAGTCTTTTACGAATGCTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189564 GCCACAGTTTTTGAGTCCTGAAGCGCAGAGTCTTTTACGAATGCTTTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGCGAAATCCTGCAAACAGATTAG         GTGCAGGACCAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 189614 AGCGAAATCCTGCAAACAGATTAGGTA...TAGGTGCAGGACCAGATGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GTTGAAGAAATTAAAAGACATTCATTTTTCTCAACGATAGACTGGAAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 190152 GTTGAAGAAATTAAAAGACATTCATTTTTCTCAACGATAGACTGGAATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000        AAACTGTATAGAAGAGAAATTCATCCGCCATTTAAACCTGCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190202 A...CAGAAACTGTATAGAAGAGAAATTCATCCGCCATTTAAACCTGCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CGGGCAGGCCTGAAGATACATTCTATTTTGATCCTGAGTTTACTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190324 CGGGCAGGCCTGAAGATACATTCTATTTTGATCCTGAGTTTACTGCAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ACTCCCAAAG         ATTCACCTGGCATTCCACCTAGTGCTAATGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 190374 ACTCCCAAAGGTA...CAGATTCACCTGGCATTCCACCTAGTGCTAATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 ACATCAGCTTTTTCGGGGGTTTAGTTTTGTTGCTATTACCTCAGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191376 ACATCAGCTTTTTCGGGGGTTTAGTTTTGTTGCTATTACCTCAGATGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AAAGCCAAGCTATGCAGACAGTTGGTGTACATTCAATTGTTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 191426 AAAGCCAAGCTATGCAGACAGTTGGTGTACATTCAATTGTTCAGGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228    TTACACAGGAACAGTATTCAGTTTACTGATGGATATGAAGTAAAAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193762 CAGTTACACAGGAACAGTATTCAGTTTACTGATGGATATGAAGTAAAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 AGATATTGGAGTTGGCTCCTACTCTGTTTGCAAGAGATGTATACATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193812 AGATATTGGAGTTGGCTCCTACTCTGTTTGCAAGAGATGTATACATAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CTACAAACATGGAGTTTGCAGTGAAG         ATTATTGATAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 193862 CTACAAACATGGAGTTTGCAGTGAAGGTA...TAGATTATTGATAAAAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 AAGAGAGACCCAACAGAAGAAATTGAAATTCTTCTTCGTTATGGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197157 AAGAGAGACCCAACAGAAGAAATTGAAATTCTTCTTCGTTATGGACAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TCCAAACATTATCACTCTAAAGGAT         GTATATGATGATGGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 197207 TCCAAACATTATCACTCTAAAGGATGTA...TAGGTATATGATGATGGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 AGTATGTGTATGTAGTAACAGAACTTATGAAAGGAGGTGAATTGCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198902 AGTATGTGTATGTAGTAACAGAACTTATGAAAGGAGGTGAATTGCTGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 AAAATTCTTAGACAAAAATTTTTCTCTGAACGAGAGGCCAGTGCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198952 AAAATTCTTAGACAAAAATTTTTCTCTGAACGAGAGGCCAGTGCTGTCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 GTTCACTATAACTAAAACCGTTGAATATCTTCACGCACAAGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 199002 GTTCACTATAACTAAAACCGTTGAATATCTTCACGCACAAGGGGTA...T

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600   GTGGTTCATAGAGACTTGAAACCTAGCAACATTCTTTATGTGGATGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201571 AGGTGGTTCATAGAGACTTGAAACCTAGCAACATTCTTTATGTGGATGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 TCTGGTAATCCGGAATCTATTCGAATTTGTGATTTTGGCTTTGCAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201621 TCTGGTAATCCGGAATCTATTCGAATTTGTGATTTTGGCTTTGCAAAACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GCTGAGAGCGGAAAATGGTCTTCTCATGACTCCTTGTTACACTGCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201671 GCTGAGAGCGGAAAATGGTCTTCTCATGACTCCTTGTTACACTGCAAATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 TTGTTGCACCAGAG         GTTTTAAAAAGACAAGGCTATGATGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 201721 TTGTTGCACCAGAGGTA...TAGGTTTTAAAAAGACAAGGCTATGATGCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 GCTTGTGATATATGGAGTCTTGGTGTCCTACTCTATACAATGCTTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203620 GCTTGTGATATATGGAGTCTTGGTGTCCTACTCTATACAATGCTTACCGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839          TTACACTCCATTTGCAAATGGTCCTGATGATACACCAGAGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203670 GTG...TAGTTACACTCCATTTGCAAATGGTCCTGATGATACACCAGAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 AAATATTGGCACGAATAGGTAGCGGAAAATTCTCACTCAGTGGTGGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204913 AAATATTGGCACGAATAGGTAGCGGAAAATTCTCACTCAGTGGTGGTTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 TGGAATTCTGTTTCAGACACAGCAAAG         GACCTGGTGTCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 204963 TGGAATTCTGTTTCAGACACAGCAAAGGTA...CAGGACCTGGTGTCAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 GATGCTTCATGTAGACCCTCATCAGAGACTGACTGCTGCTCTTGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210398 GATGCTTCATGTAGACCCTCATCAGAGACTGACTGCTGCTCTTGTGCTCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 GACATCCTTGGATCGTCCACTGGGACCAACTGCCACAATACCAACTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210448 GACATCCTTGGATCGTCCACTGGGACCAACTGCCACAATACCAACTAAAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 AGACAGGATGCACCACATCTAGTAAAG         GGTGCCATGGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 210498 AGACAGGATGCACCACATCTAGTAAAGGTG...CAGGGTGCCATGGCAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 TACATATTCTGCTTTGAACCGTAATCAGTCACCAGTTTTGGAACCAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211127 TACATATTCTGCTTTGAACCGTAATCAGTCACCAGTTTTGGAACCAGTAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 GCCGCTCTACTCTTGCTCAGCGGAGAGGTATTAAAAAAATCACCTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211177 GCCGCTCTACTCTTGCTCAGCGGAGAGGTATTAAAAAAATCACCTCAACA

   2400     .
   2212 GCCCTG
        ||||||
 211227 GCCCTG