seq1 = pF1KB3314.tfa, 2127 bp
seq2 = pF1KB3314/gi568815591r_31653387.tfa (gi568815591r:31653387_32170393), 517007 bp

>pF1KB3314 2127
>gi568815591r:31653387_32170393 (Chr7)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ==
127-242  (289532-289647)   100% ->
243-425  (291216-291398)   100% ->
426-492  (292358-292424)   100% ->
493-609  (296986-297102)   100% ->
610-750  (305312-305452)   100% ->
751-851  (319653-319753)   100% ->
852-980  (322298-322426)   100% ->
981-1082  (332423-332524)   100% ->
1083-1203  (333094-333214)   100% ->
1204-1285  (342021-342102)   100% ->
1286-1406  (345407-345527)   100% ->
1407-1582  (347146-347321)   100% ->
1583-1813  (354240-354470)   99% ->
1814-1891  (361286-361363)   98% ->
1892-1960  (394662-394730)   100% ->
1961-2127  (416841-417007)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCGCCAACCAAGGAGATTGAAGAATTTGAGAGCAACTCTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCGCCAACCAAGGAGATTGAAGAATTTGAGAGCAACTCTCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATACCTGCAACCGGAACAGATCGAGAAAATCTGGCTTCGGCTCCGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATACCTGCAACCGGAACAGATCGAGAAAATCTGGCTTCGGCTCCGCGGGC

    100 
    101 TG
        ||
 100101 TG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    127 AGATTACGGTCTTTGGTCAAACAATTAGAGAGAGGGGAAGCTTCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289532 AGATTACGGTCTTTGGTCAAACAATTAGAGAGAGGGGAAGCTTCAGTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    177 AGATCTTAAGAAGAATTTGGAATATGCAGCCACAGTGCTTGAATCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289582 AGATCTTAAGAAGAATTTGGAATATGCAGCCACAGTGCTTGAATCTGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    227 ATATTGATGAAACAAG         GAGACTCCTGGATACAGAGGATGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 289632 ATATTGATGAAACAAGGTA...CAGGAGACTCCTGGATACAGAGGATGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268 CTCAGTGACATTCAGTCAGATGCTGTGCCTTCTGAGGTCCGAGACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291241 CTCAGTGACATTCAGTCAGATGCTGTGCCTTCTGAGGTCCGAGACTGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    318 GGCCTCCACCTTCACGCGGCAGATGGGGATGATGCTCAGGAGGAGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291291 GGCCTCCACCTTCACGCGGCAGATGGGGATGATGCTCAGGAGGAGCGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368 AGAAGCCCCGGTTCAAGAGCATCGTTCACGCAGTGCAGGCTGGGATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291341 AGAAGCCCCGGTTCAAGAGCATCGTTCACGCAGTGCAGGCTGGGATATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418 GTGGAGAG         AATGTATAGACGGACATCAAACATGGTTGGACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 291391 GTGGAGAGGTA...CAGAATGTATAGACGGACATCAAACATGGTTGGACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    459 GAGCTATCCACCAGCTGTTATTGAGGCATTAAAG         GATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 292391 GAGCTATCCACCAGCTGTTATTGAGGCATTAAAGGTA...CAGGATGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 ACAAGTGGTCCTTTGACGTCTTTTCCCTCAATGAGGCCAGTGGGGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296993 ACAAGTGGTCCTTTGACGTCTTTTCCCTCAATGAGGCCAGTGGGGATCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 GCACTGAAATTTATTTTCTATGAACTACTCACACGTTATGATCTGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297043 GCACTGAAATTTATTTTCTATGAACTACTCACACGTTATGATCTGATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 CCGTTTCAAG         ATCCCCATTTCTGCACTTGTCTCATTTGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 297093 CCGTTTCAAGGTC...CAGATCCCCATTTCTGCACTTGTCTCATTTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 AGGCCCTGGAAGTGGGATACAGCAAGCACAAAAATCCTTACCATAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305343 AGGCCCTGGAAGTGGGATACAGCAAGCACAAAAATCCTTACCATAACTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 ATGCACGCTGCCGATGTTACACAGACAGTGCATTACCTCCTCTATAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305393 ATGCACGCTGCCGATGTTACACAGACAGTGCATTACCTCCTCTATAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 AGGAGTGGCG         AACTGGCTGACGGAGCTGGAGATCTTTGCTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 305443 AGGAGTGGCGGTA...CAGAACTGGCTGACGGAGCTGGAGATCTTTGCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    782 TAATCTTCTCAGCTGCCATCCATGACTACGAGCATACCGGAACCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319684 TAATCTTCTCAGCTGCCATCCATGACTACGAGCATACCGGAACCACCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832 AATTTCCACATTCAGACTCG         GTCTGATCCAGCTATTCTGTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 319734 AATTTCCACATTCAGACTCGGTG...CAGGTCTGATCCAGCTATTCTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    873 TAATGACAGATCTGTACTGGAGAATCACCATTTAAGTGCAGCTTATCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322319 TAATGACAGATCTGTACTGGAGAATCACCATTTAAGTGCAGCTTATCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923 TTCTGCAAGATGACGAGGAAATGAATATTTTGATTAACCTCTCAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322369 TTCTGCAAGATGACGAGGAAATGAATATTTTGATTAACCTCTCAAAGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973 GACTGGAG         GGAGTTTCGAACCTTGGTAATTGAAATGGTGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 322419 GACTGGAGGTA...AAGGGAGTTTCGAACCTTGGTAATTGAAATGGTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1014 GGCCACAGATATGTCTTGTCACTTCCAACAAATCAAAGCAATGAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332456 GGCCACAGATATGTCTTGTCACTTCCAACAAATCAAAGCAATGAAGACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1064 CTCTGCAGCAGCCAGAAGC         CATTGAAAAGCCAAAAGCCTTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 332506 CTCTGCAGCAGCCAGAAGCGTA...CAGCATTGAAAAGCCAAAAGCCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105 TCCCTTATGCTGCATACAGCAGATATTAGCCATCCAGCAAAAGCATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333116 TCCCTTATGCTGCATACAGCAGATATTAGCCATCCAGCAAAAGCATGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1155 CCTCCATCATCGCTGGACAATGTCACTCCTGGAGGAGTTCTTCAGACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 333166 CCTCCATCATCGCTGGACAATGTCACTCCTGGAGGAGTTCTTCAGACAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1204         GGTGACAGAGAAGCAGAGCTGGGGCTGCCTTTTTCTCCTCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333216 TA...CAGGGTGACAGAGAAGCAGAGCTGGGGCTGCCTTTTTCTCCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1246 TGTGACCGAAAGTCCACTATGGTTGCTCAGTCACAAGTAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 342063 TGTGACCGAAAGTCCACTATGGTTGCTCAGTCACAAGTAGGTA...CAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1287 TTTCATTGATTTCATCGTGGAACCCACCTTCACTGTGCTTACGGACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345408 TTTCATTGATTTCATCGTGGAACCCACCTTCACTGTGCTTACGGACATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1337 CCGAGAAGATTGTGAGTCCATTAATCGATGAAACCTCTCAAACTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345458 CCGAGAAGATTGTGAGTCCATTAATCGATGAAACCTCTCAAACTGGTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1387 ACAGGACAGAGGCGTTCGAG         TTTGAATAGCATCAGCTCGTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 345508 ACAGGACAGAGGCGTTCGAGGTC...CAGTTTGAATAGCATCAGCTCGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1428 AGATGCCAAGCGATCAGGTGTCAAGACCTCTGGTTCAGAGGGAAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347167 AGATGCCAAGCGATCAGGTGTCAAGACCTCTGGTTCAGAGGGAAGTGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1478 CGATCAACAATTCTGTCATCTCCGTTGACTATAAGAGCTTTAAAGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347217 CGATCAACAATTCTGTCATCTCCGTTGACTATAAGAGCTTTAAAGCTACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1528 TGGACGGAAGTGGTGCACATCAATCGGGAGAGATGGAGGGCCAAGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347267 TGGACGGAAGTGGTGCACATCAATCGGGAGAGATGGAGGGCCAAGGTACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1578 CAAAG         AGGAGAAGGCCAAGAAGGAAGCAGAGGAAAAGGCTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347317 CAAAGGTA...CAGAGGAGAAGGCCAAGAAGGAAGCAGAGGAAAAGGCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1619 GCCTGGCCGCAGAGGAGCAGCAAAAGGAAATGGAAGCCAAAAGCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354276 GCCTGGCCGCAGAGGAGCAGCAAAAGGAAATGGAAGCCAAAAGCCAGGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669 GAAGAAGGCGCATCTGGCAAAGCTGAGAAAAAGACGTCTGGAGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354326 GAAGAAGGCGCATCTGGCAAAGCTGAGAAAAAGACGTCTGGAGAAACTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1719 GAATCAAGTCAATGGAACACGGGCAAACAAAAGTGACAACCCTCGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354376 GAATCAAGTCAATGGAACACGGGCAAACAAAAGTGACAACCCTCGTGGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1769 AAAATTCCAAAGCTGAGAAGTCATCAGGAGAACAGCAACAGAATG     
        |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 354426 AAAACTCCAAAGCCGAGAAGTCATCAGGAGAACAGCAACAGAATGGTG..

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1814     GTGACTTCAAAGATGGCAAAAATAAGACAGACAAGAAGGATCACTC
        .>>>|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 354476 .CAGGTGACTTCAAAGATGGTAAAAATAAGACAGACAAGAAGGATCACTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1860 TAACATCGGAAATGATTCAAAGAAAACAGATG         GCACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 361332 TAACATCGGAAATGATTCAAAGAAAACAGATGGTA...CAGGCACAAAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 AGCGTTCTCACGGCTCACCAGCCCCAAGCACCAGCTCCACGTGTCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394671 AGCGTTCTCACGGCTCACCAGCCCCAAGCACCAGCTCCACGTGTCGCCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 ACGTTGCCAG         TCATCAAGCCTCCTTTGCGTCATTTTAAACG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 394721 ACGTTGCCAGGTG...CAGTCATCAAGCCTCCTTTGCGTCATTTTAAACG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 CCCTGCTTACGCATCTAGCTCCTATGCACCTTCAGTCTCAAAGAAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416872 CCCTGCTTACGCATCTAGCTCCTATGCACCTTCAGTCTCAAAGAAAACTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 ATGAGCATCCTGCAAGGTACAAGATGCTGGATCAGAGGATCAAAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416922 ATGAGCATCCTGCAAGGTACAAGATGCTGGATCAGAGGATCAAAATGAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .
   2092 AAGATTCAGAACATCTCACATAACTGGAACAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416972 AAGATTCAGAACATCTCACATAACTGGAACAGAAAA