seq1 = pF1KB3307.tfa, 2154 bp
seq2 = pF1KB3307/gi568815597f_150387451.tfa (gi568815597f:150387451_150607061), 219611 bp

>pF1KB3307 2154
>gi568815597f:150387451_150607061 (Chr1)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-263  (100408-100604)   100% ->
264-387  (101514-101637)   100% ->
388-512  (103151-103275)   100% ->
513-630  (103944-104061)   100% ->
631-695  (104148-104212)   100% ->
696-774  (104961-105039)   100% ->
775-921  (109032-109178)   100% ->
922-1020  (109360-109458)   100% ->
1021-1238  (110080-110297)   100% ->
1239-1401  (111052-111214)   100% ->
1402-1539  (111447-111584)   100% ->
1540-1617  (111766-111843)   100% ->
1618-1718  (116885-116985)   100% ->
1719-1820  (117182-117283)   100% ->
1821-1893  (117456-117528)   100% ->
1894-2008  (118141-118255)   100% ->
2009-2154  (119466-119611)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGTATCAGAGGTGGCGGTGTCTCCGGCTCCAAGGTTTACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTGTATCAGAGGTGGCGGTGTCTCCGGCTCCAAGGTTTACAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGCAGGCTACACACG         GCAGTTGTGTCGACCCCTCCACGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGCAGGCTACACACGGTG...CAGGCAGTTGTGTCGACCCCTCCACGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGTTGGCAGAGCGGCTTGGCCTTTTTGAGGAGCTGTGGGCTGCTCAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100433 GGTTGGCAGAGCGGCTTGGCCTTTTTGAGGAGCTGTGGGCTGCTCAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAGATTAGCAAGCATGGCACAGAAGGAACCCCGGACTATTAAGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100483 AAGAGATTAGCAAGCATGGCACAGAAGGAACCCCGGACTATTAAGATATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTTCCTGGAGGCCAGAAAATTGATGCTGTGGCATGGAACACAACCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100533 ACTTCCTGGAGGCCAGAAAATTGATGCTGTGGCATGGAACACAACCCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCAACTAGCCCGGCAGATCAG         TTCAACACTGGCAGATACT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100583 ACCAACTAGCCCGGCAGATCAGGTA...AAGTTCAACACTGGCAGATACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGTGGCTGCTCAAGTGAATGGAGAACCTTATGATCTGGAGCGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101533 GCAGTGGCTGCTCAAGTGAATGGAGAACCTTATGATCTGGAGCGGCCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGACAGATTCTGACCTCAGATTTCTGACATTCGATTCCCCAGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101583 GGAGACAGATTCTGACCTCAGATTTCTGACATTCGATTCCCCAGAGGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGCA         GTGTTCTGGCACTCCAGCACCCATGTCCTGGGGGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101633 AAGCAGTA...CAGGTGTTCTGGCACTCCAGCACCCATGTCCTGGGGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGCTGAACAATTCCTAGGTGCTGTTCTCTGCAGAGGTCCAAGTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103187 GCAGCTGAACAATTCCTAGGTGCTGTTCTCTGCAGAGGTCCAAGTACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATATGGCTTTTACCATGATTTCTTCCTGGGAAAGGAGAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103237 ATATGGCTTTTACCATGATTTCTTCCTGGGAAAGGAGAGGTG...CAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAATCCGGGGCTCAGAGCTGCCTGTTTTGGAGCGGATTTGCCAGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103946 CAATCCGGGGCTCAGAGCTGCCTGTTTTGGAGCGGATTTGCCAGGAACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGCTGCTGCTCGACCCTTCCGGAGGCTAGAGGCTTCACGGGATCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103996 ACAGCTGCTGCTCGACCCTTCCGGAGGCTAGAGGCTTCACGGGATCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCGCCAGTTGTTCAAG         GATAACCCCTTTAAGCTTCACTTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104046 TCGCCAGTTGTTCAAGGTG...CAGGATAACCCCTTTAAGCTTCACTTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGAGGAGAAAGTGACAGGTCCAACAGCAACAGTATATGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104173 TTGAGGAGAAAGTGACAGGTCCAACAGCAACAGTATATGGGTA...TAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGTGGCACATTGGTTGACCTTTGCCAGGGCCCCCACCTTCGGCATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104962 TGTGGCACATTGGTTGACCTTTGCCAGGGCCCCCACCTTCGGCATACTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACAGATTGGAGGACTGAAGCTGCTATCG         AACTCATCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105012 ACAGATTGGAGGACTGAAGCTGCTATCGGTC...CAGAACTCATCATCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TATGGAGGTCTTCAGGGGCCCCAGAGACACTGCAGAGAGTGTCAGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109045 TATGGAGGTCTTCAGGGGCCCCAGAGACACTGCAGAGAGTGTCAGGGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCCTTCCCCACAACAGAATTGCTGAGGGTCTGGGAAGCATGGAGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109095 TCCTTCCCCACAACAGAATTGCTGAGGGTCTGGGAAGCATGGAGGGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCAGAATTGCGGGACCACCGGCGCATTGGGAAG         GAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109145 AGCAGAATTGCGGGACCACCGGCGCATTGGGAAGGTA...CAGGAACAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCTCTTCTTCTTCCATGAACTGAGCCCTGGGAGCTGCTTCTTCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109367 AGCTCTTCTTCTTCCATGAACTGAGCCCTGGGAGCTGCTTCTTCCTGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGAGGGACAAGGGTGTATAATGCACTAGTGGCGTTTATCAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109417 CGAGGGACAAGGGTGTATAATGCACTAGTGGCGTTTATCAGGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021  GCTGAGTATGCCCATCGTGGTTTCTCCGAGGTGAAAACTCCCACACTGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110079 GGCTGAGTATGCCCATCGTGGTTTCTCCGAGGTGAAAACTCCCACACTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTTCTACGAAGCTCTGGGAACAGTCAGGGCACTGGGAGCATTATCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110129 TTTCTACGAAGCTCTGGGAACAGTCAGGGCACTGGGAGCATTATCAGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACATGTTTGCCGTGCAGCCCCCAGGCTCTGACAGGCCTCCCAGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110179 GACATGTTTGCCGTGCAGCCCCCAGGCTCTGACAGGCCTCCCAGCTCCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAGTGACGATTCTACCAGGCATATCACAGATACACTCGCCCTCAAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110229 GAGTGACGATTCTACCAGGCATATCACAGATACACTCGCCCTCAAGCCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGAACTGCCCTGCACACTG         CCTGATGTTCGCCCACCGGCCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110279 TGAACTGCCCTGCACACTGGTA...CAGCCTGATGTTCGCCCACCGGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGATCCTGGCGGGAACTGCCCCTGCGACTAGCTGACTTTGGGGCTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111074 AGATCCTGGCGGGAACTGCCCCTGCGACTAGCTGACTTTGGGGCTCTACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCGGGCCGAAGCCTCTGGTGGTCTGGGGGGACTGACCCGACTGCGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111124 CCGGGCCGAAGCCTCTGGTGGTCTGGGGGGACTGACCCGACTGCGGTGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCCAGCAGGATGACGCTCACATCTTCTGTACAACAGATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111174 TCCAGCAGGATGACGCTCACATCTTCTGTACAACAGATCAGGTG...TAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTGGAAGCAGAGATCCAAAGCTGTCTTGATTTCCTCCGTTCCGTCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111447 CTGGAAGCAGAGATCCAAAGCTGTCTTGATTTCCTCCGTTCCGTCTATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGTTCTTGGCTTCTCCTTCCGCCTGGCACTGTCCACCCGGCCATCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111497 CGTTCTTGGCTTCTCCTTCCGCCTGGCACTGTCCACCCGGCCATCTGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCCTGGGGGACCCTTGCCTTTGGGACCAGGCCGAACAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111547 TCCTGGGGGACCCTTGCCTTTGGGACCAGGCCGAACAGGTG...AAGGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CTTAAACAGGCCCTGAAGGAATTTGGAGAACCCTGGGACCTCAACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111769 CTTAAACAGGCCCTGAAGGAATTTGGAGAACCCTGGGACCTCAACTCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGATGGTGCCTTCTATGGACCTAAG         ATTGACGTGCACCTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111819 AGATGGTGCCTTCTATGGACCTAAGGTA...TAGATTGACGTGCACCTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACGATGCCCTGGGCCGGCCACATCAGTGTGGGACAATTCAGCTTGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116901 ACGATGCCCTGGGCCGGCCACATCAGTGTGGGACAATTCAGCTTGACTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CAACTGCCCCTGAGATTTGACCTCCAGTATAAGGG         GCAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116951 CAACTGCCCCTGAGATTTGACCTCCAGTATAAGGGGTA...AAGGCAGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGGTGCCCTGGAGCGTCCAGTCCTCATTCACCGAGCAGTGCTCGGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117188 GGGTGCCCTGGAGCGTCCAGTCCTCATTCACCGAGCAGTGCTCGGTTCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TGGAAAGACTGTTGGGAGTGCTGGCAGAAAGCTGCGGGGGGAAATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117238 TGGAAAGACTGTTGGGAGTGCTGGCAGAAAGCTGCGGGGGGAAATGGTG.

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1821      GCCACTGTGGCTGTCCCCGTTCCAGGTGGTGGTCATCCCTGTGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117288 ..CAGGCCACTGTGGCTGTCCCCGTTCCAGGTGGTGGTCATCCCTGTGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GAGTGAGCAAGAGGAATACGCCAAAGAG         GCACAGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117501 GAGTGAGCAAGAGGAATACGCCAAAGAGGTA...CAGGCACAGCAGAGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TGCGGGCTGCAGGACTGGTCAGTGACCTGGATGCAGACTCTGGACTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118154 TGCGGGCTGCAGGACTGGTCAGTGACCTGGATGCAGACTCTGGACTGACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CTCAGCCGGAGAATCCGCCGGGCCCAGCTTGCCCACTACAATTTTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118204 CTCAGCCGGAGAATCCGCCGGGCCCAGCTTGCCCACTACAATTTTCAGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TG         TGGTTGGCCAGAAAGAGCAAAGTAAGAGAACAGTGAACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118254 TGGTA...CAGTGGTTGGCCAGAAAGAGCAAAGTAAGAGAACAGTGAACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TTCGGACTCGAGATAATCGTCGCCTTGGGGAGTGGGACTTGCCTGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119505 TTCGGACTCGAGATAATCGTCGCCTTGGGGAGTGGGACTTGCCTGAGGCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GTGCAGCGACTGGTGGAGCTACAGAACACGAGGGTCCCAAATGCCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119555 GTGCAGCGACTGGTGGAGCTACAGAACACGAGGGTCCCAAATGCCGAAGA

   2300     .
   2148 AATTTTC
        |||||||
 119605 AATTTTC