seq1 = pF1KB3305.tfa, 1731 bp
seq2 = pF1KB3305/gi568815581f_48897746.tfa (gi568815581f:48897746_49149441), 251696 bp

>pF1KB3305 1731
>gi568815581f:48897746_49149441 (Chr17)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-236  (101364-101424)   100% ->
237-285  (127873-127921)   100% ->
286-337  (128721-128772)   100% ->
338-401  (134165-134228)   100% ->
402-683  (140423-140704)   100% ->
684-818  (142212-142346)   100% ->
819-941  (143633-143755)   100% ->
942-1077  (144497-144632)   99% ->
1078-1200  (145683-145805)   100% ->
1201-1320  (146222-146341)   100% ->
1321-1395  (147246-147320)   100% ->
1396-1527  (148145-148276)   100% ->
1528-1641  (148515-148628)   100% ->
1642-1731  (151607-151696)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAAGCTTTACATCGGCAACCTCAACGAGAGCGTGACCCCCGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACAAGCTTTACATCGGCAACCTCAACGAGAGCGTGACCCCCGCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGAGAAAGTGTTTGCGGAGCACAAGATCTCCTACAGCGGCCAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGAGAAAGTGTTTGCGGAGCACAAGATCTCCTACAGCGGCCAGTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTCAAATCCGGCTACGCCTTCGTGGACTGCCCGGACGAGCACTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTCAAATCCGGCTACGCCTTCGTGGACTGCCCGGACGAGCACTGGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGAAGGCCATCGAAACTTTCTCCG         GGAAAGTAGAATTACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 ATGAAGGCCATCGAAACTTTCTCCGGTA...TAGGGAAAGTAGAATTACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGAAAACGCTTAGAGATTGAACATTCGGTGCCCAAAAAACAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101380 AGGAAAACGCTTAGAGATTGAACATTCGGTGCCCAAAAAACAAAGGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     GAGCCGGAAAATTCAAATCCGAAATATTCCACCCCAGCTCCGATGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101430 .CAGGAGCCGGAAAATTCAAATCCGAAATATTCCACCCCAGCTCCGATGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAA         GTACTGGACAGCCTGCTGGCTCAGTATGGTACAGTAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127919 GAAGTA...TAGGTACTGGACAGCCTGCTGGCTCAGTATGGTACAGTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAACTGTGAGCAAG         TGAACACCGAGAGTGAGACGGCAGTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 128759 GAACTGTGAGCAAGGTA...CAGTGAACACCGAGAGTGAGACGGCAGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGAATGTCACCTATTCCAACCGGGAGCAGACCAGGCA         AGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 134192 TGAATGTCACCTATTCCAACCGGGAGCAGACCAGGCAGTG...CAGAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATCATGAAGCTGAATGGCCACCAGTTGGAGAACCATGCCCTGAAGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140427 ATCATGAAGCTGAATGGCCACCAGTTGGAGAACCATGCCCTGAAGGTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTACATCCCCGATGAGCAGATAGCACAGGGACCTGAGAATGGGCGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140477 CTACATCCCCGATGAGCAGATAGCACAGGGACCTGAGAATGGGCGCCGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGGGCTTTGGCTCTCGGGGTCAGCCCCGCCAGGGCTCACCTGTGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140527 GGGGCTTTGGCTCTCGGGGTCAGCCCCGCCAGGGCTCACCTGTGGCAGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGGCCCCAGCCAAGCAGCAGCAAGTGGACATCCCCCTTCGGCTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140577 GGGGCCCCAGCCAAGCAGCAGCAAGTGGACATCCCCCTTCGGCTCCTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCCACCCAGTATGTGGGTGCCATTATTGGCAAGGAGGGGGCCACCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140627 GCCCACCCAGTATGTGGGTGCCATTATTGGCAAGGAGGGGGCCACCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCAACATCACAAAACAGACCCAGTCCAA         GATAGACGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 140677 GCAACATCACAAAACAGACCCAGTCCAAGTG...CAGGATAGACGTGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGGAAGGAGAACGCAGGTGCAGCTGAAAAAGCCATCAGTGTGCACTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142225 AGGAAGGAGAACGCAGGTGCAGCTGAAAAAGCCATCAGTGTGCACTCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCCTGAGGGCTGCTCCTCCGCTTGTAAGATGATCTTGGAGATTATGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142275 CCCTGAGGGCTGCTCCTCCGCTTGTAAGATGATCTTGGAGATTATGCATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGAGGCTAAGGACACCAAAAC         GGCTGACGAGGTTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 142325 AAGAGGCTAAGGACACCAAAACGTA...AAGGGCTGACGAGGTTCCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGATCCTGGCCCATAATAACTTTGTAGGGCGTCTCATTGGCAAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143652 AAGATCCTGGCCCATAATAACTTTGTAGGGCGTCTCATTGGCAAGGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACGGAACCTGAAGAAGGTAGAGCAAGATACCGAGACAAAAATCACCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143702 ACGGAACCTGAAGAAGGTAGAGCAAGATACCGAGACAAAAATCACCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTC         GTTGCAAGACCTTACCCTTTACAACCCTGAGAGGACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 143752 CCTCGTA...CAGGTTGCAAGACCTTACCCTTTACAACCCTGAGAGGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCACTGTGAAGGGGGCCATCGAGAATTGTTGCAGGGCCGAGCAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144534 ATCACTGTGAAGGGGGCCATCGAGAATTGTTGCAGGGCCGAGCAGGAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AATGAAGAAAGTTCGGGAGGCCTATGAGAATGATGTGGCTGCCATGAGC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 144584 AATGAAGAAAGTTCGGGAGGCCTATGAGAATGATGTGGCTGCCATGAGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078         CTGCAGTCTCACCTGATCCCTGGCCTGAACCTGGCTGCTGTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144634 TG...CAGCTGCAGTCTCACCTGATCCCTGGCCTGAACCTGGCTGCTGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGTCTTTTCCCAGCTTCATCCAGCGCAGTCCCGCCGCCTCCCAGCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145725 GGTCTTTTCCCAGCTTCATCCAGCGCAGTCCCGCCGCCTCCCAGCAGCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TACTGGGGCTGCTCCCTATAGCTCCTTTATG         CAGGCTCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 145775 TACTGGGGCTGCTCCCTATAGCTCCTTTATGGTA...CAGCAGGCTCCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCAGGAGATGGTGCAGGTGTTTATCCCCGCCCAGGCAGTGGGCGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146232 AGCAGGAGATGGTGCAGGTGTTTATCCCCGCCCAGGCAGTGGGCGCCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCGGCAAGAAGGGGCAGCACATCAAACAGCTCTCCCGGTTTGCCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146282 ATCGGCAAGAAGGGGCAGCACATCAAACAGCTCTCCCGGTTTGCCAGCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTCCATCAAG         ATTGCACCACCCGAAACACCTGACTCCAAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 146332 CTCCATCAAGGTG...TAGATTGCACCACCCGAAACACCTGACTCCAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTCGTATGGTTATCATCACTGGACCGCCAGAGGCCCAATTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 147277 TTCGTATGGTTATCATCACTGGACCGCCAGAGGCCCAATTCAAGGTT...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1396    GCTCAGGGAAGAATCTATGGCAAACTCAAGGAGGAGAACTTCTTTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148142 CAGGCTCAGGGAAGAATCTATGGCAAACTCAAGGAGGAGAACTTCTTTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCCCAAGGAGGAAGTGAAGCTGGAGACCCACATACGTGTGCCAGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148192 TCCCAAGGAGGAAGTGAAGCTGGAGACCCACATACGTGTGCCAGCATCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CAGCTGGCCGGGTCATTGGCAAAGGTGGAAAAACG         GTGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 148242 CAGCTGGCCGGGTCATTGGCAAAGGTGGAAAAACGGTG...CAGGTGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GAGTTGCAGAATTTGACGGCAGCTGAGGTGGTAGTACCAAGAGACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148521 GAGTTGCAGAATTTGACGGCAGCTGAGGTGGTAGTACCAAGAGACCAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCCTGATGAGAACGACCAGGTCATCGTGAAAATCATCGGACATTTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148571 CCCTGATGAGAACGACCAGGTCATCGTGAAAATCATCGGACATTTCTATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CCAGTCAG         ATGGCTCAACGGAAGATCCGAGACATCCTGGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 148621 CCAGTCAGGTA...CAGATGGCTCAACGGAAGATCCGAGACATCCTGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CAGGTTAAGCAGCAGCATCAGAAGGGACAGAGTAACCAGGCCCAGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151640 CAGGTTAAGCAGCAGCATCAGAAGGGACAGAGTAACCAGGCCCAGGCACG

   1850     .
   1725 GAGGAAG
        |||||||
 151690 GAGGAAG