seq1 = pF1KB3292.tfa, 1677 bp
seq2 = pF1KB3292/gi568815580f_35554663.tfa (gi568815580f:35554663_35809767), 255105 bp

>pF1KB3292 1677
>gi568815580f:35554663_35809767 (Chr18)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-314  (108966-109140)   100% ->
315-481  (122929-123095)   100% ->
482-689  (128729-128936)   100% ->
690-860  (132354-132524)   100% ->
861-978  (134511-134628)   100% ->
979-1159  (136350-136530)   100% ->
1160-1299  (137519-137658)   100% ->
1300-1398  (148235-148333)   100% ->
1399-1533  (148847-148981)   100% ->
1534-1677  (154962-155105)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAAATTTGCATACTGCAAGGTGGTCCTAGCCACCTCCTTGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAAATTTGCATACTGCAAGGTGGTCCTAGCCACCTCCTTGATTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTACTCTTGGATATGTTCCTGCTGCTTTACTTCAGTGAATGCAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTACTCTTGGATATGTTCCTGCTGCTTTACTTCAGTGAATGCAACAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGATGAAAAAAAGGAGAGAGGACTTCCTGCTGGAGATG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 GTGATGAAAAAAAGGAGAGAGGACTTCCTGCTGGAGATGGTG...TAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAGAGCCAGTACAAAAGCCTCATGAAGGTCCTGGAGAAATGGGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108968 CTAGAGCCAGTACAAAAGCCTCATGAAGGTCCTGGAGAAATGGGGAAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTCGTCATTCCTAAAGAGGATCAAGAAAAGATGAAAGAGATGTTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109018 AGTCGTCATTCCTAAAGAGGATCAAGAAAAGATGAAAGAGATGTTTAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAATCAGTTCAATTTAATGGCAAGTGAGATGATTGCACTCAACAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109068 TCAATCAGTTCAATTTAATGGCAAGTGAGATGATTGCACTCAACAGATCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTACCAGATGTTAGGTTAGAAGG         GTGTAAAACAAAGGTGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 109118 TTACCAGATGTTAGGTTAGAAGGGTA...TAGGTGTAAAACAAAGGTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCAGATAATCTTCCTACAACAAGTGTGGTGATTGTTTTCCACAATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122947 TCCAGATAATCTTCCTACAACAAGTGTGGTGATTGTTTTCCACAATGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTGGAGCACACTTCTGCGAACTGTCCATAGTGTCATTAATCGCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122997 CTTGGAGCACACTTCTGCGAACTGTCCATAGTGTCATTAATCGCTCACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGACACATGATAGAAGAAATTGTTCTAGTAGATGATGCCAGTGAAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123047 AGACACATGATAGAAGAAATTGTTCTAGTAGATGATGCCAGTGAAAGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         ACTTTTTGAAAAGGCCTTTAGAGAGTTATGTGAAAAAACTAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123097 TA...CAGACTTTTTGAAAAGGCCTTTAGAGAGTTATGTGAAAAAACTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGTACCAGTTCATGTAATTCGAATGGAACAACGTTCTGGATTGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128771 AAGTACCAGTTCATGTAATTCGAATGGAACAACGTTCTGGATTGATCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTAGATTAAAAGGAGCTGCTGTGTCTAAAGGCCAAGTGATCACCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128821 GCTAGATTAAAAGGAGCTGCTGTGTCTAAAGGCCAAGTGATCACCTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGATGCCCATTGTGAGTGTACAGTGGGATGGCTGGAGCCTCTCTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128871 GGATGCCCATTGTGAGTGTACAGTGGGATGGCTGGAGCCTCTCTTGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGATCAAACATGACAG         GAGAACAGTGGTGTGTCCCATCATC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 128921 GGATCAAACATGACAGGTA...CAGGAGAACAGTGGTGTGTCCCATCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GATGTGATCAGTGATGATACTTTTGAGTACATGGCAGGCTCTGATATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132379 GATGTGATCAGTGATGATACTTTTGAGTACATGGCAGGCTCTGATATGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTATGGTGGGTTCAACTGGAAGCTCAATTTTCGCTGGTATCCTGTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132429 CTATGGTGGGTTCAACTGGAAGCTCAATTTTCGCTGGTATCCTGTTCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAAGAGAAATGGACAGAAGGAAAGGTGATCGGACTCTTCCTGTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 132479 AAAGAGAAATGGACAGAAGGAAAGGTGATCGGACTCTTCCTGTCAGGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861      GACACCTACCATGGCAGGAGGCCTTTTTTCAATAGACAGAGATTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132529 ..CAGGACACCTACCATGGCAGGAGGCCTTTTTTCAATAGACAGAGATTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTTCAGGAAATTGGAACATATGATGCTGGAATGGATATTTGGGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134556 CTTTCAGGAAATTGGAACATATGATGCTGGAATGGATATTTGGGGAGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAAACCTAGAAATTTCCTTTAGG         ATTTGGCAGTGTGGAGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 134606 AAAACCTAGAAATTTCCTTTAGGGTA...CAGATTTGGCAGTGTGGAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACTTTGGAAATTGTTACATGCTCACATGTTGGACATGTGTTTCGGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136368 ACTTTGGAAATTGTTACATGCTCACATGTTGGACATGTGTTTCGGAAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TACACCTTACACGTTTCCAGGAGGCACAGGGCAGATTATCAATAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136418 TACACCTTACACGTTTCCAGGAGGCACAGGGCAGATTATCAATAAAAATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAGACGACTTGCAGAAGTGTGGATGGATGAATTCAAGAATTTCTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136468 ACAGACGACTTGCAGAAGTGTGGATGGATGAATTCAAGAATTTCTTCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATAATTTCTCCAG         GTGTTACAAAGGTAGATTATGGAGATAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 136518 ATAATTTCTCCAGGTT...CAGGTGTTACAAAGGTAGATTATGGAGATAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATCGTCAAGAGTTGGTCTAAGACACAAACTACAATGCAAACCTTTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137547 ATCGTCAAGAGTTGGTCTAAGACACAAACTACAATGCAAACCTTTTTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGTACCTAGAGAATATATATCCTGATTCTCAAATTCCACGTCACTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137597 GGTACCTAGAGAATATATATCCTGATTCTCAAATTCCACGTCACTATTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TCATTGGGAGAG         ATACGAAATGTGGAAACGAATCAGTGTCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 137647 TCATTGGGAGAGGTA...TAGATACGAAATGTGGAAACGAATCAGTGTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGATAACATGGCTAGAAAAGAGAATGAAAAAGTTGGAATTTTTAATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148264 AGATAACATGGCTAGAAAAGAGAATGAAAAAGTTGGAATTTTTAATTGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATGGTATGGGGGGTAATCAG         GTTTTCTCTTATACTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 148314 ATGGTATGGGGGGTAATCAGGTG...CAGGTTTTCTCTTATACTGCCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AAAGAAATTAGAACAGATGACCTTTGCTTGGATGTTTCCAAACTTAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148868 AAAGAAATTAGAACAGATGACCTTTGCTTGGATGTTTCCAAACTTAATGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCCAGTTACAATGCTCAAATGCCACCACCTAAAAGGCAACCAACTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148918 CCCAGTTACAATGCTCAAATGCCACCACCTAAAAGGCAACCAACTCTGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGTATGACCCAGTG         AAATTAACCCTGCAGCATGTGAACAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 148968 AGTATGACCCAGTGGTA...CAGAAATTAACCCTGCAGCATGTGAACAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AATCAGTGCCTGGATAAAGCCACAGAAGAGGATAGCCAGGTGCCCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154989 AATCAGTGCCTGGATAAAGCCACAGAAGAGGATAGCCAGGTGCCCAGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TAGAGACTGCAATGGAAGTCGGTCCCAGCAGTGGCTTCTTCGAAACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155039 TAGAGACTGCAATGGAAGTCGGTCCCAGCAGTGGCTTCTTCGAAACGTCA

   1750     .    :    .
   1661 CCCTGCCAGAAATATTC
        |||||||||||||||||
 155089 CCCTGCCAGAAATATTC