seq1 = pF1KB3289.tfa, 2409 bp
seq2 = pF1KB3289/gi568815579f_44072086.tfa (gi568815579f:44072086_44277654), 205569 bp

>pF1KB3289 2409
>gi568815579f:44072086_44277654 (Chr19)

8-142  (99995-100129)   97% ->
143-235  (100775-100867)   100% ->
236-2409  (103413-105586)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 TGTTCAAGGAAGCAGTGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGCCTTCACGGAG
        |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 TGTCGTAGGAAGCAGTGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGCCTTCACGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 GAGGAATTGGGGCTGCTGGGCCCTGCCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 GAGGAATTGGGGCTGCTGGGCCCTGCCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 GATGGTGGAGAACTTTAGGAACCTGCTGTCAGTGG         GGCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100095 GATGGTGGAGAACTTTAGGAACCTGCTGTCAGTGGGTG...CAGGGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149 CACCCTTCAAACAAGATGTATCACCTATAGAAAGAAATGAGCAGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100781 CACCCTTCAAACAAGATGTATCACCTATAGAAAGAAATGAGCAGCTTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199 ATAATGACGACAGCAACCCGAAGACAGGGAAATTTAG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100831 ATAATGACGACAGCAACCCGAAGACAGGGAAATTTAGGTA...CAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240 GAAAAATCAAAGTAAGTTAATTACTGTTCAAGACAGAGAATCAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103417 GAAAAATCAAAGTAAGTTAATTACTGTTCAAGACAGAGAATCAGAAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290 AGCTTTCTTGTTGGCAAATCTGGCAACAAATTGCAAATGACTTAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103467 AGCTTTCTTGTTGGCAAATCTGGCAACAAATTGCAAATGACTTAACCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340 TGTCAAGACTCCATGATCAATAATTCTCAGTGTCACAAACAAGGTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103517 TGTCAAGACTCCATGATCAATAATTCTCAGTGTCACAAACAAGGTGATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    390 CCCTTACCAGGTAGGGACAGAACTGTCTATTCAAATTTCTGAAGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103567 CCCTTACCAGGTAGGGACAGAACTGTCTATTCAAATTTCTGAAGATGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440 ACTATATAGTAAATAAAGCAGATGGTCCCAATAATACTGGGAATCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103617 ACTATATAGTAAATAAAGCAGATGGTCCCAATAATACTGGGAATCCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    490 TTTCCTATCTTGAGAACCCAGGATTCTTGGAGGAAAACATTCCTGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103667 TTTCCTATCTTGAGAACCCAGGATTCTTGGAGGAAAACATTCCTGACTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    540 GTCACAGAGATTGAACAGAGATCAGCAAATTTCCATAAAAAATAAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103717 GTCACAGAGATTGAACAGAGATCAGCAAATTTCCATAAAAAATAAATTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590 GTCAATGTAAGAAGGGTGTTGATCCCATCGGTTGGATTTCACATCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103767 GTCAATGTAAGAAGGGTGTTGATCCCATCGGTTGGATTTCACATCATGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 GGTCATAGAGTACACAAAAGTGAAAAATCTTATAGACCCAATGATTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103817 GGTCATAGAGTACACAAAAGTGAAAAATCTTATAGACCCAATGATTATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 AAAAGACAACATGAAGATTTTGACATTTGATCACAATAGCATGATTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103867 AAAAGACAACATGAAGATTTTGACATTTGATCACAATAGCATGATTCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    740 CAGGACAGAAATCGTACCAGTGTAATGAGTGTAAAAAACCCTTCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103917 CAGGACAGAAATCGTACCAGTGTAATGAGTGTAAAAAACCCTTCAGTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790 CTCTCCAGCTTTGATCTTCATCAGCAGTTACAATCAGGAGAGAAGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103967 CTCTCCAGCTTTGATCTTCATCAGCAGTTACAATCAGGAGAGAAGTCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    840 TACATGTGTTGAGCGTGGAAAAGGCTTCTGTTACAGCCCAGTTCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104017 TACATGTGTTGAGCGTGGAAAAGGCTTCTGTTACAGCCCAGTTCTTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890 TTCATCAGAAAGTACATGTGGGAGAAAAACTTAAGTGTGATGAGTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104067 TTCATCAGAAAGTACATGTGGGAGAAAAACTTAAGTGTGATGAGTGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940 AAGGAATTCAGTCAGGGCGCTCATCTACAGACCCATCAGAAAGTCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104117 AAGGAATTCAGTCAGGGCGCTCATCTACAGACCCATCAGAAAGTCCACGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 GATAGAGAAACCATACAAATGTAAGCAATGTGGGAAAGGTTTCAGTCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104167 GATAGAGAAACCATACAAATGTAAGCAATGTGGGAAAGGTTTCAGTCGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040 GATCAGCACTTAATGTTCATTGCAAGGTCCACACGGCAGAGAAACCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104217 GATCAGCACTTAATGTTCATTGCAAGGTCCACACGGCAGAGAAACCTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1090 AATTGTGAGGAGTGTGGGAGGGCCTTCAGTCAGGCCTCTCATCTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104267 AATTGTGAGGAGTGTGGGAGGGCCTTCAGTCAGGCCTCTCATCTTCAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1140 CCATCAGAGACTCCACACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104317 CCATCAGAGACTCCACACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATGCATGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1190 GTAAGAGCTTCAGTCGGAATTCACATCTTCAATCCCATCAAAGAGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104367 GTAAGAGCTTCAGTCGGAATTCACATCTTCAATCCCATCAAAGAGTTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240 ACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGAGGAGTGTGGTAAGGGCTTCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104417 ACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGAGGAGTGTGGTAAGGGCTTCATTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290 TAGCTCAAATCTTTACATTCATCAGAGAGTCCACACAGGAGAAAAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104467 TAGCTCAAATCTTTACATTCATCAGAGAGTCCACACAGGAGAAAAACCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340 ATAAATGTGAGGAATGTGGTAAAGGCTTTAGTCGGCCTTCAAGTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104517 ATAAATGTGAGGAATGTGGTAAAGGCTTTAGTCGGCCTTCAAGTCTTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1390 GCCCATCAGGGAGTTCACACTGGAGAGAAGTCATACATATGTACTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104567 GCCCATCAGGGAGTTCACACTGGAGAGAAGTCATACATATGTACTGTATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1440 TGGGAAAGGCTTTACTCTGAGTTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104617 TGGGAAAGGCTTTACTCTGAGTTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGAGTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1490 ACACTGGAGAGAAGCCATACAAATGCAATGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104667 ACACTGGAGAGAAGCCATACAAATGCAATGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1540 AGGAATTCCCATTATCAAGTTCATCTAGTGGTCCACACAGGAGAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104717 AGGAATTCCCATTATCAAGTTCATCTAGTGGTCCACACAGGAGAGAAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1590 CTATAAATGTGAGATATGTGGGAAGGGCTTCAGTCAAAGTTCGTATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104767 CTATAAATGTGAGATATGTGGGAAGGGCTTCAGTCAAAGTTCGTATCTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1640 AAATCCATCAGAAGGCCCACAGTATAGAGAAACCTTTTAAGTGTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104817 AAATCCATCAGAAGGCCCACAGTATAGAGAAACCTTTTAAGTGTGAGGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1690 TGTGGGCAGGGTTTCAATCAGAGCTCACGACTTCAGATTCACCAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104867 TGTGGGCAGGGTTTCAATCAGAGCTCACGACTTCAGATTCACCAGCTGAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1740 CCATACGGGTGAGAAACCATACAAATGTGAAGAGTGTGGCAAGGGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104917 CCATACGGGTGAGAAACCATACAAATGTGAAGAGTGTGGCAAGGGATTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1790 GTCGTAGAGCAGATCTTAAAATTCACTGTAGGATCCACACAGGAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104967 GTCGTAGAGCAGATCTTAAAATTCACTGTAGGATCCACACAGGAGAGAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1840 CCATATAATTGTGAGGAGTGTGGGAAGGTCTTCAGGCAGGCCTCAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105017 CCATATAATTGTGAGGAGTGTGGGAAGGTCTTCAGGCAGGCCTCAAATCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1890 TTTGGCCCATCAGAGAGTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105067 TTTGGCCCATCAGAGAGTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1940 AATGTGGGAAGAGTTTCGGTCGGAGTGCACATCTTCAAGCCCATCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105117 AATGTGGGAAGAGTTTCGGTCGGAGTGCACATCTTCAAGCCCATCAAAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1990 GTCCACACTGGAGATAAGCCATACAAATGTGATGAGTGTGGGAAGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105167 GTCCACACTGGAGATAAGCCATACAAATGTGATGAGTGTGGGAAGGGCTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2040 CAAGTGGAGCTTGAACCTTGACATGCATCAGAGGGTGCACACAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105217 CAAGTGGAGCTTGAACCTTGACATGCATCAGAGGGTGCACACAGGAGAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2090 AACCATATAAATGTGGGGAGTGTGGTAAGTACTTCAGTCAGGCCTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105267 AACCATATAAATGTGGGGAGTGTGGTAAGTACTTCAGTCAGGCCTCAAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2140 CTTCAACTTCATCAGAGTGTCCACACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105317 CTTCAACTTCATCAGAGTGTCCACACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2190 TGTGTGTGGTAAAGTCTTCAGTCGGTCTTCACAACTACAGTCTCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105367 TGTGTGTGGTAAAGTCTTCAGTCGGTCTTCACAACTACAGTCTCATCAGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2240 GAGTTCACACTGGGGAGAAACCTTATAAATGTGAGATATGTGGTAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105417 GAGTTCACACTGGGGAGAAACCTTATAAATGTGAGATATGTGGTAAGAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2290 TTCAGTTGGCGATCAAATCTTACAGTTCATCACAGAATCCATGTTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105467 TTCAGTTGGCGATCAAATCTTACAGTTCATCACAGAATCCATGTTGGTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2340 TAAATCCTATAAAAGTAATAGGGGTGGTAAGAACATCAGAGAATCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105517 TAAATCCTATAAAAGTAATAGGGGTGGTAAGAACATCAGAGAATCCACAC

   2400     .    :    .    :
   2390 AGGAAAAAAAATCTATAAAA
        ||||||||||||||||||||
 105567 AGGAAAAAAAATCTATAAAA