seq1 = pF1KB3282.tfa, 2220 bp
seq2 = pF1KB3282/gi568815586r_39453915.tfa (gi568815586r:39453915_39719615), 265701 bp

>pF1KB3282 2220
>gi568815586r:39453915_39719615 (Chr12)

(complement)

1-939  (100001-100939)   100% ->
940-1120  (102448-102628)   100% ->
1121-1236  (111902-112017)   100% ->
1237-1405  (114686-114854)   100% ->
1406-1500  (115610-115704)   100% ->
1501-1646  (118900-119045)   100% ->
1647-1792  (133319-133464)   100% ->
1793-1877  (139997-140081)   100% ->
1878-2003  (145775-145900)   100% ->
2004-2220  (165485-165701)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACACATATGCTAAATGCAGCAGCTGATCGAGTGAAATGGACCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACACATATGCTAAATGCAGCAGCTGATCGAGTGAAATGGACCAGATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGTGCTGCTAAGAGGGCTGCCTGCCTGGTGGCTGCGGCATATGCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGTGCTGCTAAGAGGGCTGCCTGCCTGGTGGCTGCGGCATATGCTCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAACCCTCTATCCCATCATTGGCAAGCGTTTAAAGCAATCTGGCCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAACCCTCTATCCCATCATTGGCAAGCGTTTAAAGCAATCTGGCCACGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAAAAAAGCAGCAGCTTACCCTGCTGCAGAGAACACAGAAATACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAAAAAAGCAGCAGCTTACCCTGCTGCAGAGAACACAGAAATACTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTGCACCGAGACCATTTGTGAAAAACCTTCGCCTGGAGTGAATGCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTGCACCGAGACCATTTGTGAAAAACCTTCGCCTGGAGTGAATGCAGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTCAAACAGCTACTAGAACTTCGGAAAATTTTGTTTCCAAAACTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTCAAACAGCTACTAGAACTTCGGAAAATTTTGTTTCCAAAACTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCACTGAAACAGGGTGGCTCTGCCTGCACTCAGTGGCTCTAATCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCACTGAAACAGGGTGGCTCTGCCTGCACTCAGTGGCTCTAATCTCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AACCTTTCTTTCTATCTATGTGGCTGGTCTGGATGGAAAAATCGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AACCTTTCTTTCTATCTATGTGGCTGGTCTGGATGGAAAAATCGTGAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATTGTGGAAAAGAAGCCTCGGACTTTCATCATCAAATTAATCAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATTGTGGAAAAGAAGCCTCGGACTTTCATCATCAAATTAATCAAGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTATGATTGCCATCCCTGCTACCTTCGTCAACAGTGCAATAAGGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTTATGATTGCCATCCCTGCTACCTTCGTCAACAGTGCAATAAGGTACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAATGCAAATTGGCTTTGGCCTTCAGAACTCGCCTAGTAGACCACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAATGCAAATTGGCTTTGGCCTTCAGAACTCGCCTAGTAGACCACGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGAAACCTATTTTACAAATCAGACTTATTATAAAGTGATCAATATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATGAAACCTATTTTACAAATCAGACTTATTATAAAGTGATCAATATGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGAGGCTGGCAAACCCTGACCAATCTCTTACGGAGGATATTATGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGAGGCTGGCAAACCCTGACCAATCTCTTACGGAGGATATTATGATGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCCCAATCTGTGGCTCACTTGTATTCCAATCTGACCAAACCTATTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCCCAATCTGTGGCTCACTTGTATTCCAATCTGACCAAACCTATTTTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGTAATGCTGACCTCCTATACACTCATTCAAACTGCTACATCCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGTAATGCTGACCTCCTATACACTCATTCAAACTGCTACATCCAGAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCAAGCCCAATTGGGCCCACCCTACTAGCAGGACTTGTGGTGTATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCAAGCCCAATTGGGCCCACCCTACTAGCAGGACTTGTGGTGTATGCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCTAAAGTGTTAAAAGCCTGTTCTCCCAAATTTGGCAAACTGGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCTAAAGTGTTAAAAGCCTGTTCTCCCAAATTTGGCAAACTGGTGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGAAGCACATAGAAAAGGCTATTTGCGGTATGTGCACTCGAGAATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGGAAGCACATAGAAAAGGCTATTTGCGGTATGTGCACTCGAGAATTATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCAATGTAGAAGAAATTGCCTTTTACAGAGGACATAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100901 GCCAATGTAGAAGAAATTGCCTTTTACAGAGGACATAAGGTA...TAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AGAAATGAAACAACTTCAGAAAAGTTACAAAGCTTTAGCAGATCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102450 AGAAATGAAACAACTTCAGAAAAGTTACAAAGCTTTAGCAGATCAGATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACCTCATTTTATCCAAACGTTTGTGGTACATCATGATAGAACAGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102500 ACCTCATTTTATCCAAACGTTTGTGGTACATCATGATAGAACAGTTCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATGAAGTATGTTTGGAGCAGCAGTGGACTAATTATGGTGGCTATACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102550 ATGAAGTATGTTTGGAGCAGCAGTGGACTAATTATGGTGGCTATACCTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TATCACTGCAACTGGCTTTGCAGATGGTG         AGGATGGCCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102600 TATCACTGCAACTGGCTTTGCAGATGGTGGTA...TAGAGGATGGCCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGCAAGTTATGGTTAGTGAACGGACAGAAGCCTTTACCACTGCTCGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111914 AGCAAGTTATGGTTAGTGAACGGACAGAAGCCTTTACCACTGCTCGAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTACTGGCCTCTGGAGCTGATGCTATTGAAAGGATTATGTCTTCATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111964 TTACTGGCCTCTGGAGCTGATGCTATTGAAAGGATTATGTCTTCATACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AGAG         GTCACTGAATTAGCAGGCTACACTGCTCGAGTGTACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112014 AGAGGTA...TAGGTCACTGAATTAGCAGGCTACACTGCTCGAGTGTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ATATGTTTTGGGTCTTTGATGAAGTAAAAAGAGGCATTTATAAGAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114723 ATATGTTTTGGGTCTTTGATGAAGTAAAAAGAGGCATTTATAAGAGAACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GCTGTCATTCAAGAATCTGAAAGCCATAGCAAGAATGGAGCTAAGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114773 GCTGTCATTCAAGAATCTGAAAGCCATAGCAAGAATGGAGCTAAGGTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 ATTACCTCTCAGTGACACATTGGCAATTAAAG         GAAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114823 ATTACCTCTCAGTGACACATTGGCAATTAAAGGTA...CAGGAAAAGTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TTGATGTGGATCACGGAATTATTTGTGAAAATGTTCCCATAATTACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115619 TTGATGTGGATCACGGAATTATTTGTGAAAATGTTCCCATAATTACACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GCAGGAGAAGTGGTGGCTTCCAGGCTAAACTTCAAA         GTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115669 GCAGGAGAAGTGGTGGCTTCCAGGCTAAACTTCAAAGTA...TAGGTAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AGAAGGAATGCATCTTTTGATAACTGGTCCCAATGGTTGTGGGAAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118905 AGAAGGAATGCATCTTTTGATAACTGGTCCCAATGGTTGTGGGAAAAGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CTCTCTTCAGAATTCTAAGTGGGCTCTGGCCTGTGTATGAAGGAGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118955 CTCTCTTCAGAATTCTAAGTGGGCTCTGGCCTGTGTATGAAGGAGTCCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TATAAACCACCTCCTCAACATATGTTTTATATTCCACAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119005 TATAAACCACCTCCTCAACATATGTTTTATATTCCACAAAGGTA...AAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GCCATATATGTCTCTTGGAAGTCTTCGGGATCAAGTCATTTACCCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133319 GCCATATATGTCTCTTGGAAGTCTTCGGGATCAAGTCATTTACCCTGATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 CAGTGGATGATATGCATGATAAAGGTTATACAGACCAAGATCTGGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133369 CAGTGGATGATATGCATGATAAAGGTTATACAGACCAAGATCTGGAACGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 ATCCTACACAATGTCCATCTCTATCACATAGTTCAAAGAGAAGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 133419 ATCCTACACAATGTCCATCTCTATCACATAGTTCAAAGAGAAGGAGGTA.

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793      GATGGGATGCTGTTATGGACTGGAAAGATGTCCTGTCAGGAGGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133469 ..AAGGATGGGATGCTGTTATGGACTGGAAAGATGTCCTGTCAGGAGGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 AAAAGCAAAGAATGGGCATGGCTCGTATGTTTTATCATAA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 140042 AAAAGCAAAGAATGGGCATGGCTCGTATGTTTTATCATAAGTA...AAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CCAAAATATGCCTTGCTGGATGAATGTACCAGTGCTGTCAGCATTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145776 CCAAAATATGCCTTGCTGGATGAATGTACCAGTGCTGTCAGCATTGATGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CGAAGGAAAGATATTTCAGGCTGCAAAAGGGGCTGGAATTTCCTTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145826 CGAAGGAAAGATATTTCAGGCTGCAAAAGGGGCTGGAATTTCCTTACTGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 CTATAACACACAGACCTTCTCTTTG         GAAATACCACACACAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 145876 CTATAACACACAGACCTTCTCTTTGGTA...CAGGAAATACCACACACAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 TTATTACAGTTTGATGGTGAAGGAGGTTGGCGCTTTGAACAATTGGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165501 TTATTACAGTTTGATGGTGAAGGAGGTTGGCGCTTTGAACAATTGGATAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 TGCTATCCGTTTGACATTGAGTGAAGAAAAACAAAAGCTAGAATCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165551 TGCTATCCGTTTGACATTGAGTGAAGAAAAACAAAAGCTAGAATCTCAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 TAGCTGGAATTCCCAAAATGCAGCAGAGACTCAATGAACTATGTAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165601 TAGCTGGAATTCCCAAAATGCAGCAGAGACTCAATGAACTATGTAAAATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 TTGGGAGAAGACTCAGTGCTGAAAACAATTAAAAATGAAGATGAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165651 TTGGGAGAAGACTCAGTGCTGAAAACAATTAAAAATGAAGATGAGACATC

   2300 
   2220 T
        |
 165701 T