seq1 = pF1KB3281.tfa, 2361 bp
seq2 = pF1KB3281/gi568815581r_42101741.tfa (gi568815581r:42101741_42332127), 230387 bp

>pF1KB3281 2361
>gi568815581r:42101741_42332127 (Chr17)

(complement)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-285  (104443-104599)   100% ->
286-375  (107260-107349)   100% ->
376-550  (108572-108746)   100% ->
551-681  (112286-112416)   100% ->
682-833  (112665-112816)   100% ->
834-989  (113250-113405)   100% ->
990-1169  (113798-113977)   100% ->
1170-1257  (114664-114751)   100% ->
1258-1380  (114846-114968)   99% ->
1381-1473  (116022-116114)   100% ->
1474-1680  (119938-120144)   100% ->
1681-1775  (121631-121725)   100% ->
1776-1906  (121827-121957)   100% ->
1907-2077  (124400-124570)   100% ->
2078-2129  (129320-129371)   100% ->
2130-2237  (129681-129788)   100% ->
2238-2361  (130264-130387)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTGTGGATACAAGCTCAGCAGCTCCAAGGAGAAGCCCTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTGTGGATACAAGCTCAGCAGCTCCAAGGAGAAGCCCTTCATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGCAAGCGTTATATGGCCAGCATTTTCCCATTGAGGTGCGGCATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGCAAGCGTTATATGGCCAGCATTTTCCCATTGAGGTGCGGCATTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATCCCAGTGGATTGAAAGCCAAGCATG         GGACTCAGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 TATCCCAGTGGATTGAAAGCCAAGCATGGTA...TAGGGACTCAGTAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGATAATCCACAGGAGAACATTAAGGCCACCCAGCTCCTGGAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104456 CTTGATAATCCACAGGAGAACATTAAGGCCACCCAGCTCCTGGAGGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGCAGGAGCTGCAGAAGAAGGCAGAGCACCAGGTGGGGGAAGATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104506 GGTGCAGGAGCTGCAGAAGAAGGCAGAGCACCAGGTGGGGGAAGATGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTTACTGAAGATCAAGCTGGGGCACTATGCCACACAGCTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104556 TTTTACTGAAGATCAAGCTGGGGCACTATGCCACACAGCTCCAGGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    AACACGTATGACCGCTGCCCCATGGAGCTGGTCCGCTGCATCCGCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107257 CAGAACACGTATGACCGCTGCCCCATGGAGCTGGTCCGCTGCATCCGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATATTGTACAATGAACAGAGGTTGGTCCGAGAAGCCAACAAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107307 TATATTGTACAATGAACAGAGGTTGGTCCGAGAAGCCAACAATGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   GGTAGCTCTCCAGCTGGAAGCCTTGCTGATGCCATGTCCCAGAAACAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108570 AGGGTAGCTCTCCAGCTGGAAGCCTTGCTGATGCCATGTCCCAGAAACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCCAGATCAACCAGACGTTTGAGGAGCTGCGACTGGTCACGCAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108620 CTCCAGATCAACCAGACGTTTGAGGAGCTGCGACTGGTCACGCAGGACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAGAATGAGTTAAAAAAGCTGCAGCAGACTCAGGAGTACTTCATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108670 AGAGAATGAGTTAAAAAAGCTGCAGCAGACTCAGGAGTACTTCATCATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTACCAGGAGAGCCTGAGGATCCAAG         CTCAGTTTGGCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108720 AGTACCAGGAGAGCCTGAGGATCCAAGGTG...TAGCTCAGTTTGGCCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGCCCAGCTGAGCCCCCAGGAGCGTCTGAGCCGGGAGACGGCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112300 CTGGCCCAGCTGAGCCCCCAGGAGCGTCTGAGCCGGGAGACGGCCCTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAGAAGCAGGTGTCTCTGGAGGCCTGGTTGCAGCGTGAGGCACAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112350 GCAGAAGCAGGTGTCTCTGGAGGCCTGGTTGCAGCGTGAGGCACAGACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCAGCAGTACCGCGTG         GAGCTGGCCGAGAAGCACCAGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112400 TGCAGCAGTACCGCGTGGTG...CAGGAGCTGGCCGAGAAGCACCAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCCTGCAGCTGCTGCGGAAGCAGCAGACCATCATCCTGGATGACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112689 ACCCTGCAGCTGCTGCGGAAGCAGCAGACCATCATCCTGGATGACGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATCCAGTGGAAGCGGCGGCAGCAGCTGGCCGGGAACGGCGGGCCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112739 GATCCAGTGGAAGCGGCGGCAGCAGCTGGCCGGGAACGGCGGGCCCCCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGGCAGCCTGGACGTGCTACAGTCCTG         GTGTGAGAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 112789 AGGGCAGCCTGGACGTGCTACAGTCCTGGTA...CAGGTGTGAGAAGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCGAGATCATCTGGCAGAACCGGCAGCAGATCCGCAGGGCTGAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113263 GCCGAGATCATCTGGCAGAACCGGCAGCAGATCCGCAGGGCTGAGCACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGCCAGCAGCTGCCCATCCCCGGCCCAGTGGAGGAGATGCTGGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113313 CTGCCAGCAGCTGCCCATCCCCGGCCCAGTGGAGGAGATGCTGGCCGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCAACGCCACCATCACGGACATTATCTCAGCCCTGGTGACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113363 TCAACGCCACCATCACGGACATTATCTCAGCCCTGGTGACCAGGTG...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990   CACGTTCATCATTGAGAAGCAGCCTCCTCAGGTCCTGAAGACCCAGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113796 AGCACGTTCATCATTGAGAAGCAGCCTCCTCAGGTCCTGAAGACCCAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAGTTTGCAGCCACTGTGCGCCTGCTGGTGGGCGGGAAGCTGAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113846 CAAGTTTGCAGCCACTGTGCGCCTGCTGGTGGGCGGGAAGCTGAACGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACATGAACCCCCCCCAGGTGAAGGCCACCATCATCAGTGAGCAGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113896 ACATGAACCCCCCCCAGGTGAAGGCCACCATCATCAGTGAGCAGCAGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAGTCTCTGCTCAAGAACGAGAACACCCGCAA         TGATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113946 AAGTCTCTGCTCAAGAACGAGAACACCCGCAAGTA...CAGTGATTACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGGCGAGATCTTGAACAACTGCTGCGTCATGGAGTACCACCAAGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114673 TGGCGAGATCTTGAACAACTGCTGCGTCATGGAGTACCACCAAGCCACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCACCCTTAGTGCCCACTTCAGGAATATG         TCCCTGAAACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114723 GCACCCTTAGTGCCCACTTCAGGAATATGGTG...TAGTCCCTGAAACGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATTAAGAGGTCAGACCGTCGTGGGGCAAAGTCGGTGACAGAAGAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 114858 ATTAAGAGGTCAGACCGTCGTGGGGCAGAGTCGGTGACAGAAGAAAAATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TACAATCCTGTTTGAATCCCAGTTCAGTGTTGGTGGAAATGAGCTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114908 TACAATCCTGTTTGAATCCCAGTTCAGTGTTGGTGGAAATGAGCTGGTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTCAAGTCAAG         ACCCTGTCCCTGCCAGTGGTGGTGATCGTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114958 TTCAAGTCAAGGTA...TAGACCCTGTCCCTGCCAGTGGTGGTGATCGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CATGGCAGCCAGGACAACAATGCGACGGCCACTGTTCTCTGGGACAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116052 CATGGCAGCCAGGACAACAATGCGACGGCCACTGTTCTCTGGGACAATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTTTGCAGAGCCT         GGCAGGGTGCCATTTGCCGTGCCTGACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116102 TTTTGCAGAGCCTGTG...CAGGGCAGGGTGCCATTTGCCGTGCCTGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAGTGCTGTGGCCACAGCTGTGTGAGGCGCTCAACATGAAATTCAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119966 AAGTGCTGTGGCCACAGCTGTGTGAGGCGCTCAACATGAAATTCAAGGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GAAGTGCAGAGCAACCGGGGCCTGACCAAGGAGAACCTCGTGTTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120016 GAAGTGCAGAGCAACCGGGGCCTGACCAAGGAGAACCTCGTGTTCCTGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCAGAAACTGTTCAACAACAGCAGCAGCCACCTGGAGGACTACAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120066 GCAGAAACTGTTCAACAACAGCAGCAGCCACCTGGAGGACTACAGTGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGTCTGTGTCCTGGTCCCAGTTCAACAGG         GAGAATTTACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120116 TGTCTGTGTCCTGGTCCCAGTTCAACAGGGTG...CAGGAGAATTTACCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGACGGAATTACACTTTCTGGCAATGGTTTGACGGTGTGATGGAAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121643 GGACGGAATTACACTTTCTGGCAATGGTTTGACGGTGTGATGGAAGTGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AAAAAAACATCTCAAGCCTCATTGGAATGATGG         GGCCATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121693 AAAAAAACATCTCAAGCCTCATTGGAATGATGGGTG...CAGGGCCATTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGGGGTTTGTAAACAAGCAACAGGCCCATGACCTACTCATTAACAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121835 TGGGGTTTGTAAACAAGCAACAGGCCCATGACCTACTCATTAACAAGCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GATGGGACCTTCCTCCTGAGATTCAGTGACTCAGAAATTGGCGGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121885 GATGGGACCTTCCTCCTGAGATTCAGTGACTCAGAAATTGGCGGCATCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CATTGCTTGGAAGTTTGATTCTC         AGGAAAGAATGTTTTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 121935 CATTGCTTGGAAGTTTGATTCTCGTG...TAGAGGAAAGAATGTTTTGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ATCTGATGCCTTTTACCACCAGAGACTTCTCCATTCGGTCCCTAGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124418 ATCTGATGCCTTTTACCACCAGAGACTTCTCCATTCGGTCCCTAGCCGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CGCTTGGGAGACTTGAATTACCTTATCTACGTGTTTCCTGATCGGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124468 CGCTTGGGAGACTTGAATTACCTTATCTACGTGTTTCCTGATCGGCCAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 AGATGAAGTATACTCCAAATACTACACACCAGTTCCCTGCGAGTCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124518 AGATGAAGTATACTCCAAATACTACACACCAGTTCCCTGCGAGTCTGCTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CTG         CTAAAGCTGTTGATGGATACGTGAAGCCACAGATCAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124568 CTGGTA...CAGCTAAAGCTGTTGATGGATACGTGAAGCCACAGATCAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CAAGTGGTCCCTGA         GTTTGTGAACGCATCTGCAGATGCCGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 129358 CAAGTGGTCCCTGAGTA...CAGGTTTGTGAACGCATCTGCAGATGCCGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GGGCGGCAGCGCCACGTACATGGACCAGGCCCCCTCCCCAGCTGTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129708 GGGCGGCAGCGCCACGTACATGGACCAGGCCCCCTCCCCAGCTGTGTGTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CCCAGGCTCACTATAACATGTACCCACAGAA         CCCTGACTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 129758 CCCAGGCTCACTATAACATGTACCCACAGAAGTA...AAGCCCTGACTCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GTCCTTGACACCGATGGGGACTTCGATCTGGAGGACACAATGGACGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130274 GTCCTTGACACCGATGGGGACTTCGATCTGGAGGACACAATGGACGTAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GCGGCGTGTGGAGGAGCTCCTGGGCCGGCCAATGGACAGTCAGTGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130324 GCGGCGTGTGGAGGAGCTCCTGGGCCGGCCAATGGACAGTCAGTGGATCC

   2500     .    :
   2348 CGCACGCACAATCG
        ||||||||||||||
 130374 CGCACGCACAATCG