seq1 = pF1KB3277.tfa, 1815 bp
seq2 = pF1KB3277/gi568815588f_18161270.tfa (gi568815588f:18161270_18639721), 478452 bp

>pF1KB3277 1815
>gi568815588f:18161270_18639721 (Chr10)

43-168  (240650-240774)   98% ->
169-291  (337086-337208)   100% ->
292-428  (339543-339679)   100% ->
429-505  (345202-345278)   100% ->
506-639  (352967-353100)   100% ->
640-720  (357067-357147)   100% ->
721-779  (357641-357699)   100% ->
780-889  (366319-366428)   100% ->
890-1041  (372807-372958)   100% ->
1042-1137  (374832-374927)   100% ->
1138-1323  (376911-377096)   100% ->
1324-1815  (377961-378452)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43 TCCTATGGTTCGGCAGACTCCTACACTAGCCGTCCATCCGATTCCGATGT
        |||-| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240650 TCC AGGGTTCGGCAGACTCCTACACTAGCCGTCCATCCGATTCCGATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93 ATCTCTGGAGGAGGACCGGGAGGCAGTGCGCAGAGAAGCGGAGCGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240699 ATCTCTGGAGGAGGACCGGGAGGCAGTGCGCAGAGAAGCGGAGCGGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143 CCCAGGCACAGTTGGAAAAAGCAAAG         ACAAAGCCCGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 240749 CCCAGGCACAGTTGGAAAAAGCAAAGGTA...TAGACAAAGCCCGTTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184 TTTGCGGTTCGGACAAATGTCAGCTACAGTGCGGCCCATGAAGATGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337101 TTTGCGGTTCGGACAAATGTCAGCTACAGTGCGGCCCATGAAGATGATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234 TCCAGTGCCTGGCATGGCCATCTCATTCGAAGCAAAAGATTTTCTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337151 TCCAGTGCCTGGCATGGCCATCTCATTCGAAGCAAAAGATTTTCTGCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284 TTAAGGAA         AAATTTAACAATGACTGGTGGATAGGGCGATTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 337201 TTAAGGAAGTA...TAGAAATTTAACAATGACTGGTGGATAGGGCGATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325 GTAAAAGAAGGCTGTGAAATCGGATTCATTCCAAGCCCAGTCAAACTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339576 GTAAAAGAAGGCTGTGAAATCGGATTCATTCCAAGCCCAGTCAAACTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375 AAACATGAGGCTGCAGCATGAACAGAGAGCCAAGCAAGGGAAATTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339626 AAACATGAGGCTGCAGCATGAACAGAGAGCCAAGCAAGGGAAATTCTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425 CCAG         TAAATCAGGAGGAAATTCATCATCCAGTTTGGGTGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339676 CCAGGTA...CAGTAAATCAGGAGGAAATTCATCATCCAGTTTGGGTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466 ATAGTACCTAGTTCCAGAAAATCAACACCTCCATCATCTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 345239 ATAGTACCTAGTTCCAGAAAATCAACACCTCCATCATCTGGTA...TAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    507 TATAGACATAGATGCTACTGGCTTAGATGCAGAAGAAAATGATATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352968 TATAGACATAGATGCTACTGGCTTAGATGCAGAAGAAAATGATATTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557 CAAACCACCGCTCCCCTAAACCCAGTGCAAACAGTGTAACGTCACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353018 CAAACCACCGCTCCCCTAAACCCAGTGCAAACAGTGTAACGTCACCCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607 TCCAAAGAGAAAAGAATGCCCTTCTTTAAGAAG         ACAGAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 353068 TCCAAAGAGAAAAGAATGCCCTTCTTTAAGAAGGTA...CAGACAGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    648 CACTCCTCCGTATGATGTGGTACCTTCCATGCGACCAGTGGTCCTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357075 CACTCCTCCGTATGATGTGGTACCTTCCATGCGACCAGTGGTCCTAGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    698 GCCCTTCTCTGAAGGGCTACGAG         GTCACAGATATGATGCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 357125 GCCCTTCTCTGAAGGGCTACGAGGTG...CAGGTCACAGATATGATGCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739 AAAGCGCTGTTTGATTTTTTAAAACACAGATTTGAAGGGCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 357659 AAAGCGCTGTTTGATTTTTTAAAACACAGATTTGAAGGGCGGTG...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 GATATCCATCACAAGGGTCACCGCTGACATCTCGCTTGCCAAACGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 366319 GATATCCATCACAAGGGTCACCGCTGACATCTCGCTTGCCAAACGCTCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 TATTAAACAATCCCAGTAAGCACGCAATAATAGAAAGATCCAACACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 366369 TATTAAACAATCCCAGTAAGCACGCAATAATAGAAAGATCCAACACAAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 TCAAGCTTAG         CGGAAGTTCAGAGTGAAATCGAAAGGATTTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 366419 TCAAGCTTAGGTA...CAGCGGAAGTTCAGAGTGAAATCGAAAGGATTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    921 TGAACTTGCAAGAACATTGCAGTTGGTGGTCCTTGACGCGGATACAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 372838 TGAACTTGCAAGAACATTGCAGTTGGTGGTCCTTGACGCGGATACAATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971 ATCATCCAGCTCAACTCAGTAAAACCTCCTTGGCCCCTATTATAGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 372888 ATCATCCAGCTCAACTCAGTAAAACCTCCTTGGCCCCTATTATAGTATAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021 GTAAAGATTTCTTCTCCTAAG         GTTTTACAAAGGTTAATAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 372938 GTAAAGATTTCTTCTCCTAAGGTA...CAGGTTTTACAAAGGTTAATAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1062 ATCTCGAGGGAAATCTCAAGCTAAACACCTCAACGTCCAGATGGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374852 ATCTCGAGGGAAATCTCAAGCTAAACACCTCAACGTCCAGATGGTAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112 CTGATAAACTGGCTCAGTGTCCTCCA         GAGCTGTTCGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 374902 CTGATAAACTGGCTCAGTGTCCTCCAGTA...CAGGAGCTGTTCGATGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153 ATCTTGGATGAGAACCAGCTTGAGGATGCCTGTGAGCACCTTGCCGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 376926 ATCTTGGATGAGAACCAGCTTGAGGATGCCTGTGAGCACCTTGCCGACTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1203 TCTGGAGGCCTACTGGAAGGCCACCCATCCTCCCAGCAGTAGCCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 376976 TCTGGAGGCCTACTGGAAGGCCACCCATCCTCCCAGCAGTAGCCTCCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1253 ACCCTCTCCTTAGCCGTACATTAGCCACTTCAAGTCTGCCTCTTAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 377026 ACCCTCTCCTTAGCCGTACATTAGCCACTTCAAGTCTGCCTCTTAGCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1303 ACCCTAGCCTCTAATTCACAG         GGTTCTCAAGGTGATCAGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 377076 ACCCTAGCCTCTAATTCACAGGTA...CAGGGTTCTCAAGGTGATCAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1344 GACTGATCGCTCCGCTCCTATCCGTTCTGCTTCCCAAGCTGAAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 377981 GACTGATCGCTCCGCTCCTATCCGTTCTGCTTCCCAAGCTGAAGAAGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1394 CTAGTGTGGAACCAGTCAAGAAATCCCAGCACCGCTCTTCCTCCTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378031 CTAGTGTGGAACCAGTCAAGAAATCCCAGCACCGCTCTTCCTCCTCAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1444 CCACACCACAACCATCGCAGTGGGACAAGTCGCGGCCTCTCCAGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378081 CCACACCACAACCATCGCAGTGGGACAAGTCGCGGCCTCTCCAGGCAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1494 GACATTTGACTCGGAAACCCAGGAGAGTCGAGACTCTGCCTACGTAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378131 GACATTTGACTCGGAAACCCAGGAGAGTCGAGACTCTGCCTACGTAGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1544 CAAAGGAAGATTATTCCCATGACCACGTGGACCACTATGCCTCACACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378181 CAAAGGAAGATTATTCCCATGACCACGTGGACCACTATGCCTCACACCGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1594 GACCACAACCACAGAGACGAGACCCACGGGAGCAGTGACCACAGACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378231 GACCACAACCACAGAGACGAGACCCACGGGAGCAGTGACCACAGACACAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1644 GGAGTCCCGGCACCGTTCCCGGGACGTGGATCGAGAGCAGGACCACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378281 GGAGTCCCGGCACCGTTCCCGGGACGTGGATCGAGAGCAGGACCACAACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1694 AGTGCAACAAGCAGCGCAGCCGTCATAAATCCAAGGATCGCTACTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378331 AGTGCAACAAGCAGCGCAGCCGTCATAAATCCAAGGATCGCTACTGTGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1744 AAGGATGGAGAAGTGATATCAAAAAAACGGAATGAGGCTGGGGAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378381 AAGGATGGAGAAGTGATATCAAAAAAACGGAATGAGGCTGGGGAGTGGAA

   1850     .    :    .    :
   1794 CAGGGATGTTTACATCCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||
 378431 CAGGGATGTTTACATCCGCCAA