seq1 = pF1KB3264.tfa, 2541 bp
seq2 = pF1KB3264/gi568815597r_107473334.tfa (gi568815597r:107473334_108064869), 591536 bp

>pF1KB3264 2541
>gi568815597r:107473334_108064869 (Chr1)

(complement)

1-204  (100001-100204)   100% ->
205-321  (189853-189969)   100% ->
322-380  (285378-285436)   100% ->
381-446  (287574-287639)   100% ->
447-555  (292027-292135)   100% ->
556-648  (294142-294234)   98% ->
649-717  (296361-296429)   100% ->
718-821  (298320-298423)   100% ->
822-921  (299695-299794)   99% ->
922-1017  (303991-304086)   100% ->
1018-1086  (307541-307609)   100% ->
1087-1173  (309357-309443)   100% ->
1174-1259  (313668-313753)   100% ->
1260-1392  (315276-315408)   100% ->
1393-1502  (315793-315902)   100% ->
1503-1604  (359809-359910)   100% ->
1605-1705  (360220-360320)   100% ->
1706-1731  (376464-376489)   100% ->
1732-1777  (381337-381382)   100% ->
1778-1914  (422115-422251)   100% ->
1915-1980  (447238-447303)   100% ->
1981-2015  (454905-454939)   100% ->
2016-2132  (461707-461823)   100% ->
2133-2220  (462386-462473)   100% ->
2221-2350  (468529-468658)   99% ->
2351-2502  (490672-490823)   100% ->
2503-2541  (491498-491536)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGTGGAAGCAGTGCGCGCAGTGGCTCATCCATTGCAAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCGTGGAAGCAGTGCGCGCAGTGGCTCATCCATTGCAAGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCACCAACCACCGGGTGACCTGGGACTCGGCTCAGGTGTTCGACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCACCAACCACCGGGTGACCTGGGACTCGGCTCAGGTGTTCGACCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCAGACCCTCCGCGATGGAGTCCTGCTCTGCCAGCTGCTTAACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCAGACCCTCCGCGATGGAGTCCTGCTCTGCCAGCTGCTTAACAACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGGCGCACTCCATCAACCTGAAGGAGATCAACCTGAGGCCGCAGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGGCGCACTCCATCAACCTGAAGGAGATCAACCTGAGGCCGCAGATGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAG         TTTCTCTGTTTGAAGAACATAAGGACATTTCTCACGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGGTG...CAGTTTCTCTGTTTGAAGAACATAAGGACATTTCTCACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGTTGTGAGACGTTTGGAATGAGGAAAAGTGAACTTTTCGAGGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189890 CCTGTTGTGAGACGTTTGGAATGAGGAAAAGTGAACTTTTCGAGGCATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACTTGTTTGATGTTCGTGACTTTGGAAAG         GTTATAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 189940 GACTTGTTTGATGTTCGTGACTTTGGAAAGGTA...CAGGTTATAGAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTATCACGACTTTCTCGAACACCTATAGCATTGGCCACAGGAATCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 285389 ATTATCACGACTTTCTCGAACACCTATAGCATTGGCCACAGGAATCAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381        GCCCTTCCCAACAGAAGAAAGCATTAATGATGAAGACATCTAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285439 A...TAGGCCCTTCCCAACAGAAGAAAGCATTAATGATGAAGACATCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGGCCTTCCTGATTTAATAGA         TGAAACCCTTGTGGAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 287617 AAAGGCCTTCCTGATTTAATAGAGTA...TAGTGAAACCCTTGTGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAAGAAGATCTCTATGACTGTGTTTATGGGGAAGATGAAGGTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292045 TGAAGAAGATCTCTATGACTGTGTTTATGGGGAAGATGAAGGTGGAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTATGAGGACTTAATGAAGGCAGAGGAAGCACATCAGCCC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 292095 TCTATGAGGACTTAATGAAGGCAGAGGAAGCACATCAGCCCGTA...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAATGTCCAGAAAATGATATACGAAGTTGTTGTCTAGCAGAAATTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294142 AAATGTCCAGAAAATGATATACGAAGTTGTTGTCTAGCAGAAATTAAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GACAGAAGAAAAATATACAGAAACTTTGGAGTCAATAGAAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| >>>...>
 294192 GACAGAAGAAAAATATACAGAAACTTTGGAGTCAATAGAAAAGGTA...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   TATTTCATGGCACCACTAAAAAGATTTCTGACAGCAGCAGAATTTGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296359 AGTATTTCATGGCACCACTAAAAAGATTTCTGACAGCAGCAGAATTTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCAGTATTCATCAACATTCCT         GAACTTGTAAAACTTCATCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 296409 TCAGTATTCATCAACATTCCTGTG...TAGGAACTTGTAAAACTTCATCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAACCTAATGCAAGAGATTCATGATTCCATTGTAAATAAAAATGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298340 GAACCTAATGCAAGAGATTCATGATTCCATTGTAAATAAAAATGACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTTGTACCAAGTTTTTATTAACTACAAGGAAAG         ATTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 298390 ACTTGTACCAAGTTTTTATTAACTACAAGGAAAGGTA...CAGATTGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATTTACGGGCAGTACTGCAGTGGAGTGGAGTCAGCCATCTCTAGTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299702 ATTTACGGGCAGTACTGCAGTGGAGTGGAGTCAGCCATCTCTAGTTTAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTACATTTCTAAGTCAAAAGAAGATGTCAAACTGAAATTAGAG       
        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 299752 CTACATTTCTAAGACAAAAGAAGATGTCAAACTGAAATTAGAGGTG...T

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922   GAATGTTCCAAAAGAGCAAATAATGGGAAATTTACTCTTCGAGACTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303989 AGGAATGTTCCAAAAGAGCAAATAATGGGAAATTTACTCTTCGAGACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTTGTGGTTCCTATGCAACGTGTTTTAAAGTACCACCTTCTCCTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 304039 CTTGTGGTTCCTATGCAACGTGTTTTAAAGTACCACCTTCTCCTCCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018        GAACTGGTCAAACATACCACTGATCCGACTGAGAAGGCAAATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304089 A...TAGGAACTGGTCAAACATACCACTGATCCGACTGAGAAGGCAAATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGAAACTGGCTCTTGATGCCATGAAG         GACTTGGCACAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 307584 TGAAACTGGCTCTTGATGCCATGAAGGTA...TAGGACTTGGCACAATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GTGAATGAAGTGAAAAGAGATAATGAGACCCTTCGTGAAATTAAACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309372 GTGAATGAAGTGAAAAGAGATAATGAGACCCTTCGTGAAATTAAACAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCAGCTATCTATAGAGAATTTG         AACCAACCAGTTTTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 309422 TCAGCTATCTATAGAGAATTTGGTA...TAGAACCAACCAGTTTTGCTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TTGGACGACCTCAGGGAGATGGTGAAATTCGAATAACCACTCTAGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313687 TTGGACGACCTCAGGGAGATGGTGAAATTCGAATAACCACTCTAGACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CATACCAAACAAGAAAG         GCATATCTTCTTATTTGATTTGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 313737 CATACCAAACAAGAAAGGTA...CAGGCATATCTTCTTATTTGATTTGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGTGATCGTATGTAAGAGAAAAGGTGATAACTATGAAATGAAGGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315300 AGTGATCGTATGTAAGAGAAAAGGTGATAACTATGAAATGAAGGAAATAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TAGATCTTCAGCAGTACAAGATAGCCAATAATCCTACAACCGATAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315350 TAGATCTTCAGCAGTACAAGATAGCCAATAATCCTACAACCGATAAAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AACAAAAAG         TGGTCTTATGGCTTCTACCTCATCCATACCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 315400 AACAAAAAGGTG...CAGTGGTCTTATGGCTTCTACCTCATCCATACCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AGGACAAAATGGGTTAGAATTTTATTGCAAAACAAAAGATTTAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315825 AGGACAAAATGGGTTAGAATTTTATTGCAAAACAAAAGATTTAAAGAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AATGGCTAGAACAGTTTGAAATGGCTTT         GTCTAACATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 315875 AATGGCTAGAACAGTTTGAAATGGCTTTGTG...TAGGTCTAACATAAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 CCAGACTATGCAGACTCCAATTTCCACGACTTCAAGATGCATACCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359822 CCAGACTATGCAGACTCCAATTTCCACGACTTCAAGATGCATACCTTCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 TCGAGTCACATCCTGCAAAGTCTGCCAGATGCTCCTGAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 359872 TCGAGTCACATCCTGCAAAGTCTGCCAGATGCTCCTGAGGTA...CAGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 GAACATTTTATCAAGGCTATTTATGTTTTAAGTGTGGAGCGAGAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 360222 GAACATTTTATCAAGGCTATTTATGTTTTAAGTGTGGAGCGAGAGCACAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 AAAGAATGTTTGGGAAGAGTAGACAATTGTGGCAGAGTTAATTCTGGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 360272 AAAGAATGTTTGGGAAGAGTAGACAATTGTGGCAGAGTTAATTCTGGTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706         AACAAGGGACACTCAAACTACCAGAG         AAACGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 360322 TA...CAGAACAAGGGACACTCAAACTACCAGAGGTA...CAGAAACGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 CCAATGGACTGCGAAGAACTCCTAAACAGGTGGATCCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 381344 CCAATGGACTGCGAAGAACTCCTAAACAGGTGGATCCAGGTG...CAGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 TTACCAAAGATGCAGGTCATTAGGAACTATTCTGGAACACCACCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 422117 TTACCAAAGATGCAGGTCATTAGGAACTATTCTGGAACACCACCCCCAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 TCTGCATGAAGGACCCCCTTTACAGCTCCAGGCCGGGGATACCGTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 422167 TCTGCATGAAGGACCCCCTTTACAGCTCCAGGCCGGGGATACCGTTGAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 TTCTGAAAGGAGATGCACACAGTCTGTTTTGGCAG         GGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 422217 TTCTGAAAGGAGATGCACACAGTCTGTTTTGGCAGGTA...TAGGGCAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1921 AATTTAGCATCTGGAGAGGTTGGATTTTTTCCAAGTGATGCAGTCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 447244 AATTTAGCATCTGGAGAGGTTGGATTTTTTCCAAGTGATGCAGTCAAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 TTGCCCATGT         GTGCCCAAACCAGTAGATTATTCTTGCCAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 447294 TTGCCCATGTGTA...TAGGTGCCCAAACCAGTAGATTATTCTTGCCAAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2012 CCTG         GTATGCTGGAGCAATGGAAAGATTGCAAGCAGAGACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454936 CCTGGTA...CAGGTATGCTGGAGCAATGGAAAGATTGCAAGCAGAGACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2053 GAACTTATTAATAGGGTAAATAGTACTTACCTTGTGAGGCACAGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 461744 GAACTTATTAATAGGGTAAATAGTACTTACCTTGTGAGGCACAGGACCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2103 AGAGTCAGGAGAATATGCAATTAGCATTAA         GTACAATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 461794 AGAGTCAGGAGAATATGCAATTAGCATTAAGTA...CAGGTACAATAATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2144 AAGCAAAGCACATCAAGATTTTAACAAGAGATGGCTTTTTTCACATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462397 AAGCAAAGCACATCAAGATTTTAACAAGAGATGGCTTTTTTCACATTGCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2194 GAAAATAGAAAATTTAAAAGTTTAATG         GAGCTTGTGGAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|| |||||||||||
 462447 GAAAATAGAAAATTTAAAAGTTTAATGGTA...AAGGAACTTGTGGAGTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2235 CTACAAGCATCATTCTCTCAAGGAAGGGTTCAGAACCTTAGATACAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468543 CTACAAGCATCATTCTCTCAAGGAAGGGTTCAGAACCTTAGATACAACTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2285 TGCAGTTTCCATACAAGGAGCCAGAACATTCAGCTGGACAGAGGGGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468593 TGCAGTTTCCATACAAGGAGCCAGAACATTCAGCTGGACAGAGGGGTAAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2335 AGAGCAGGCAACAGCT         TGTTAAGTCCAAAAGTGCTGGGCAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 468643 AGAGCAGGCAACAGCTGTA...CAGTGTTAAGTCCAAAAGTGCTGGGCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2376 TGCCATCGCTCGGTATGACTTCTGTGCAAGAGATATGAGAGAGTTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 490697 TGCCATCGCTCGGTATGACTTCTGTGCAAGAGATATGAGAGAGTTGTCCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2426 TGTTGAAAGGAGATGTGGTGAAGATTTACACAAAGATGAGTGCAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 490747 TGTTGAAAGGAGATGTGGTGAAGATTTACACAAAGATGAGTGCAAATGGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2476 TGGTGGAGAGGAGAAGTAAATGGCAGG         GTGGGCTGGTTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 490797 TGGTGGAGAGGAGAAGTAAATGGCAGGGTA...TAGGTGGGCTGGTTTCC

   2750     .    :    .    :    .
   2517 ATCCACATATGTGGAAGAGGATGAA
        |||||||||||||||||||||||||
 491512 ATCCACATATGTGGAAGAGGATGAA