seq1 = pF1KB3247.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KB3247/gi568815587f_35039304.tfa (gi568815587f:35039304_35329330), 290027 bp

>pF1KB3247 1083
>gi568815587f:35039304_35329330 (Chr11)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-233  (137272-137437)   100% ->
234-367  (140971-141104)   100% ->
368-436  (147529-147597)   100% ->
437-667  (150532-150762)   100% ->
668-730  (175549-175611)   100% ->
731-802  (180013-180084)   100% ->
803-881  (182351-182429)   100% ->
882-1083  (189826-190027)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAAGTTTTGGTGGCACGCAGCCTGGGGACTCTGCCTCGTGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAAGTTTTGGTGGCACGCAGCCTGGGGACTCTGCCTCGTGCCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCCTGGCGCAGATCG         ATTTGAATATAACCTGCCGCTTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCCTGGCGCAGATCGGTG...TAGATTTGAATATAACCTGCCGCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGTGTATTCCACGTGGAGAAAAATGGTCGCTACAGCATCTCTCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137296 CAGGTGTATTCCACGTGGAGAAAAATGGTCGCTACAGCATCTCTCGGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGCCGCTGACCTCTGCAAGGCTTTCAATAGCACCTTGCCCACAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137346 GAGGCCGCTGACCTCTGCAAGGCTTTCAATAGCACCTTGCCCACAATGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGATGGAGAAAGCTCTGAGCATCGGATTTGAGACCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 137396 CCAGATGGAGAAAGCTCTGAGCATCGGATTTGAGACCTGCAGGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GTATGGGTTCATAGAAGGGCACGTGGTGATTCCCCGGATCCACCCCAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140970 GGTATGGGTTCATAGAAGGGCACGTGGTGATTCCCCGGATCCACCCCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCATCTGTGCAGCAAACAACACAGGGGTGTACATCCTCACATCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141020 TCCATCTGTGCAGCAAACAACACAGGGGTGTACATCCTCACATCCAACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCCAGTATGACACATATTGCTTCAATGCTTCAG         CTCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 141070 CTCCCAGTATGACACATATTGCTTCAATGCTTCAGGTT...TAGCTCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGAAGAAGATTGTACATCAGTCACAGACCTGCCCAATGCCTTTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147535 CTGAAGAAGATTGTACATCAGTCACAGACCTGCCCAATGCCTTTGATGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAATTACCATAA         CTATTGTTAACCGTGATGGCACCCGCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 147585 CCAATTACCATAAGTA...CAGCTATTGTTAACCGTGATGGCACCCGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTCCAGAAAGGAGAATACAGAACGAATCCTGAAGACATCTACCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150560 TGTCCAGAAAGGAGAATACAGAACGAATCCTGAAGACATCTACCCCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCCTACTGATGATGACGTGAGCAGCGGCTCCTCCAGTGAAAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150610 ACCCTACTGATGATGACGTGAGCAGCGGCTCCTCCAGTGAAAGGAGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTTCAGGAGGTTACATCTTTTACACCTTTTCTACTGTACACCCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150660 ACTTCAGGAGGTTACATCTTTTACACCTTTTCTACTGTACACCCCATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGACGAAGACAGTCCCTGGATCACCGACAGCACAGACAGAATCCCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150710 AGACGAAGACAGTCCCTGGATCACCGACAGCACAGACAGAATCCCTGCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCA         GAGACCAAGACACATTCCACCCCAGTGGGGGGTCCCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150760 CCAGTA...CAGGAGACCAAGACACATTCCACCCCAGTGGGGGGTCCCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCACTCATGGATCTGAATCAGATG         GACACTCACATGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 175587 ACCACTCATGGATCTGAATCAGATGGTG...TAGGACACTCACATGGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCAAGAAGGTGGAGCAAACACAACCTCTGGTCCTATAAGGACACCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180029 TCAAGAAGGTGGAGCAAACACAACCTCTGGTCCTATAAGGACACCCCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCCAG         AATGGCTGATCATCTTGGCATCCCTCTTGGCCTTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180079 TTCCAGGTG...CAGAATGGCTGATCATCTTGGCATCCCTCTTGGCCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTTTGATTCTTGCAGTTTGCATTGCAGTCAACAGTCGAAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 182386 GCTTTGATTCTTGCAGTTTGCATTGCAGTCAACAGTCGAAGAAGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882    GTGTGGGCAGAAGAAAAAGCTAGTGATCAACAGTGGCAATGGAGCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189823 TAGGTGTGGGCAGAAGAAAAAGCTAGTGATCAACAGTGGCAATGGAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGAGGACAGAAAGCCAAGTGGACTCAACGGAGAGGCCAGCAAGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189873 TGGAGGACAGAAAGCCAAGTGGACTCAACGGAGAGGCCAGCAAGTCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAAATGGTGCATTTGGTGAACAAGGAGTCGTCAGAAACTCCAGACCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189923 GAAATGGTGCATTTGGTGAACAAGGAGTCGTCAGAAACTCCAGACCAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TATGACAGCTGATGAGACAAGGAACCTGCAGAATGTGGACATGAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189973 TATGACAGCTGATGAGACAAGGAACCTGCAGAATGTGGACATGAAGATTG

   1150     .
   1079 GGGTG
        |||||
 190023 GGGTG