seq1 = pF1KB3243.tfa, 2805 bp
seq2 = pF1KB3243/gi568815584f_64288428.tfa (gi568815584f:64288428_64558300), 269873 bp

>pF1KB3243 2805
>gi568815584f:64288428_64558300 (Chr14)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-126  (112366-112450)   100% ->
127-186  (122663-122722)   100% ->
187-240  (124045-124098)   100% ->
241-377  (126931-127067)   100% ->
378-478  (127212-127312)   99% ->
479-615  (129461-129597)   100% ->
616-727  (131387-131498)   100% ->
728-855  (136377-136504)   100% ->
856-953  (137303-137400)   100% ->
954-1127  (137592-137765)   100% ->
1128-1264  (138910-139046)   100% ->
1265-1311  (141757-141803)   100% ->
1312-1419  (143105-143212)   100% ->
1420-1494  (143360-143434)   100% ->
1495-1597  (147142-147244)   100% ->
1598-1674  (150669-150745)   100% ->
1675-1815  (151699-151839)   100% ->
1816-1884  (152958-153026)   100% ->
1885-1996  (153627-153738)   99% ->
1997-2136  (153836-153975)   100% ->
2137-2178  (156266-156307)   100% ->
2179-2279  (159790-159890)   100% ->
2280-2457  (161018-161195)   100% ->
2458-2565  (165327-165434)   100% ->
2566-2718  (166296-166448)   100% ->
2719-2805  (169787-169873)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCAGCAGAAATCCTGAACGGGAAGGAGATCTCCGC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGCGCCAGCAGAAATCCTGAACGGGAAGGAGATCTCCGCGTA...TAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAAATAAGGGCGAGACTGAAAAATCAAGTCACTCAGTTGAAGGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112366 GCAAATAAGGGCGAGACTGAAAAATCAAGTCACTCAGTTGAAGGAGCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TACCTGGTTTCACACCACGCCTGGCAATATTACAG         GTTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112416 TACCTGGTTTCACACCACGCCTGGCAATATTACAGGTA...TAGGTTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACAGAGATGATTCCAATCTTTATATAAATGTGAAGCTGAAGGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122669 AACAGAGATGATTCCAATCTTTATATAAATGTGAAGCTGAAGGCTGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAG         ATTGGGATCAAAGCCACTCACATTAAGTTACCAAGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122719 AGAGGTA...CAGATTGGGATCAAAGCCACTCACATTAAGTTACCAAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAACCACAGAATCTGAG         GTGATGAAGTACATTACATCTTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 124082 CAACCACAGAATCTGAGGTG...TAGGTGATGAAGTACATTACATCTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AATGAAGACTCTACTGTACATGGGTTCTTAGTGCAGCTACCTTTAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126955 AATGAAGACTCTACTGTACATGGGTTCTTAGTGCAGCTACCTTTAGATTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAGAATTCCATTAACACTGAAGAAGTGATCAATGCTATTGCACCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127005 AGAGAATTCCATTAACACTGAAGAAGTGATCAATGCTATTGCACCCGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGATGTGGATGG         ATTGACTAGCATCAATGCTGGGAGACTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| ||||
 127055 AGGATGTGGATGGGTA...AAGATTGACTAGCATCAATGCTGGGAAACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCTAGAGGTGACCTCAATGACTGTTTCATTCCTTGTACGCCTAAGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127240 GCTAGAGGTGACCTCAATGACTGTTTCATTCCTTGTACGCCTAAGGGATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTGGAACTCATCAAAGAGACAG         GGGTGCCGATTGCCGGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 127290 CTTGGAACTCATCAAAGAGACAGGTA...CAGGGGTGCCGATTGCCGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GGCATGCTGTGGTGGTTGGGCGCAGTAAAATAGTTGGGGCCCCGATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129479 GGCATGCTGTGGTGGTTGGGCGCAGTAAAATAGTTGGGGCCCCGATGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACTTGCTTCTGTGGAACAATGCCACAGTGACCACCTGCCACTCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129529 GACTTGCTTCTGTGGAACAATGCCACAGTGACCACCTGCCACTCCAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCCCATCTGGATGAGGAG         GTAAATAAAGGTGACATCCTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 129579 TGCCCATCTGGATGAGGAGGTA...TAGGTAAATAAAGGTGACATCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGTTGCAACTGGTCAGCCTGAAATGGTTAAAGGGGAGTGGATCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131409 TGGTTGCAACTGGTCAGCCTGAAATGGTTAAAGGGGAGTGGATCAAACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGGGCAATAGTCATCGACTGTGGAATCAATTATGTCCCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 131459 GGGGCAATAGTCATCGACTGTGGAATCAATTATGTCCCAGGTG...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGATAAAAAACCAAATGGGAGAAAAGTTGTGGGTGATGTGGCATACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136378 TGATAAAAAACCAAATGGGAGAAAAGTTGTGGGTGATGTGGCATACGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGGCCAAAGAGAGGGCGAGCTTCATCACTCCTGTTCCTGGCGGCGTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136428 AGGCCAAAGAGAGGGCGAGCTTCATCACTCCTGTTCCTGGCGGCGTAGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCCATGACAGTTGCAATGCTCATGCAG         AGCACAGTAGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 136478 CCCATGACAGTTGCAATGCTCATGCAGGTA...TAGAGCACAGTAGAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGCCAAGCGTTTCCTGGAGAAATTTAAGCCAGGAAAGTGGATGATTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137317 TGCCAAGCGTTTCCTGGAGAAATTTAAGCCAGGAAAGTGGATGATTCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATAACAACCTTAACCTCAAGACACCTGTTCCAAG         TGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 137367 ATAACAACCTTAACCTCAAGACACCTGTTCCAAGGTA...AAGTGACATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GATATATCACGATCTTGTAAACCGAAGCCCATTGGTAAGCTGGCTCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137599 GATATATCACGATCTTGTAAACCGAAGCCCATTGGTAAGCTGGCTCGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AATTGGTCTGCTGTCTGAAGAGGTAGAATTATATGGTGAAACAAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137649 AATTGGTCTGCTGTCTGAAGAGGTAGAATTATATGGTGAAACAAAGGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAGTTCTGCTGTCAGCACTAGAACGCCTGAAGCACCGGCCTGATGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137699 AAGTTCTGCTGTCAGCACTAGAACGCCTGAAGCACCGGCCTGATGGGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TACGTGGTGGTGACTGG         AATAACTCCAACACCCCTGGGAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 137749 TACGTGGTGGTGACTGGGTA...AAGAATAACTCCAACACCCCTGGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGGGAAAAGCACAACTACAATCGGGCTAGTGCAAGCCCTTGGTGCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138934 AGGGAAAAGCACAACTACAATCGGGCTAGTGCAAGCCCTTGGTGCCCATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCTACCAGAATGTCTTTGCGTGTGTGCGACAGCCTTCTCAGGGCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138984 TCTACCAGAATGTCTTTGCGTGTGTGCGACAGCCTTCTCAGGGCCCCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTTGGAATAAAAG         GTGGCGCTGCAGGAGGCGGCTACTCCCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 139034 TTTGGAATAAAAGGTA...TAGGTGGCGCTGCAGGAGGCGGCTACTCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGTCATTCCTATGGAAGAG         TTTAATCTCCACCTCACAGGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 141785 GGTCATTCCTATGGAAGAGGTA...TAGTTTAATCTCCACCTCACAGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ACATCCATGCCATCACTGCAGCTAATAACCTCGTTGCTGCGGCCATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143127 ACATCCATGCCATCACTGCAGCTAATAACCTCGTTGCTGCGGCCATTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GCTCGGATATTTCATGAACTGACCCAGACAGACAAG         GCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 143177 GCTCGGATATTTCATGAACTGACCCAGACAGACAAGGTA...AAGGCTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CTTTAATCGTTTGGTGCCATCAGTAAATGGAGTGAGAAGGTTCTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143365 CTTTAATCGTTTGGTGCCATCAGTAAATGGAGTGAGAAGGTTCTCTGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TCCAAATCCGAAGGTTAAAG         AGACTAGGCATTGAAAAGACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 143415 TCCAAATCCGAAGGTTAAAGGTA...CAGAGACTAGGCATTGAAAAGACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GACCCTACCACACTGACAGATGAAGAGATAAACAGATTTGCAAGATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147163 GACCCTACCACACTGACAGATGAAGAGATAAACAGATTTGCAAGATTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CATTGATCCAGAAACCATAACTTGGCAAAGAG         TGTTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 147213 CATTGATCCAGAAACCATAACTTGGCAAAGAGGTA...TAGTGTTGGATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CCAATGATAGATTCCTGAGGAAGATCACGATTGGACAGGCTCCAACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150678 CCAATGATAGATTCCTGAGGAAGATCACGATTGGACAGGCTCCAACGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 AAGGGTCACACACGGACG         GCCCAGTTTGATATCTCTGTGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 150728 AAGGGTCACACACGGACGGTA...CAGGCCCAGTTTGATATCTCTGTGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CAGTGAAATTATGGCTGTCCTGGCTCTCACCACTTCTCTAGAAGACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151722 CAGTGAAATTATGGCTGTCCTGGCTCTCACCACTTCTCTAGAAGACATGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 GAGAGAGACTGGGCAAAATGGTGGTGGCATCCAGTAAGAAAGGAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151772 GAGAGAGACTGGGCAAAATGGTGGTGGCATCCAGTAAGAAAGGAGAGCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GTCAGTGCCGAAGATCTG         GGGGTGAGTGGTGCACTGACAGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 151822 GTCAGTGCCGAAGATCTGGTG...TAGGGGGTGAGTGGTGCACTGACAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 GCTTATGAAGGACGCAATCAAGCCCAATCTCATGCAGACACTGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 152981 GCTTATGAAGGACGCAATCAAGCCCAATCTCATGCAGACACTGGAGGTG.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1885      GGCACTCCAGTGTTTGTCCATGCTGGCCCGTTTGCCAACATCGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153031 ..CAGGGCACTCCAGTGTTTGTCCATGCTGGCCCGTTTGCCAACATCGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 CATGGCAATTCCTCCATCATTGCAGACCAGATCGCACTCAAGCTTGTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 153672 CATGGCAATTCCTCCATCATTGCAGACCGGATCGCACTCAAGCTTGTTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 CCCAGAAGGGTTTGTAG         TGACGGAAGCAGGATTTGGAGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 153722 CCCAGAAGGGTTTGTAGGTT...CAGTGACGGAAGCAGGATTTGGAGCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 ACATTGGAATGGAAAAGTTTTTTAACATCAAATGCCGGTATTCCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153860 ACATTGGAATGGAAAAGTTTTTTAACATCAAATGCCGGTATTCCGGCCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 TGCCCCCACGTGGTGGTGCTTGTTGCCACTGTCAGGGCTCTCAAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153910 TGCCCCCACGTGGTGGTGCTTGTTGCCACTGTCAGGGCTCTCAAGATGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 CGGGGGCGGCCCCACG         GTCACTGCTGGACTGCCTCTTCCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 153960 CGGGGGCGGCCCCACGGTG...CAGGTCACTGCTGGACTGCCTCTTCCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 AGGCTTACATACAGGAG         AACCTGGAGCTGGTTGAAAAAGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 156291 AGGCTTACATACAGGAGGTA...CAGAACCTGGAGCTGGTTGAAAAAGGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2203 TTCAGTAACTTGAAGAAACAAATTGAAAATGCCAGAATGTTTGGAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159814 TTCAGTAACTTGAAGAAACAAATTGAAAATGCCAGAATGTTTGGAATTCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 AGTAGTAGTGGCCGTGAATGCATTCAA         GACGGATACAGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 159864 AGTAGTAGTGGCCGTGAATGCATTCAAGTA...TAGGACGGATACAGAGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2294 CTGAGCTGGACCTCATCAGCCGCCTTTCCAGAGAACATGGGGCTTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161032 CTGAGCTGGACCTCATCAGCCGCCTTTCCAGAGAACATGGGGCTTTTGAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2344 GCCGTGAAGTGCACTCACTGGGCAGAAGGGGGCAAGGGTGCCTTAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161082 GCCGTGAAGTGCACTCACTGGGCAGAAGGGGGCAAGGGTGCCTTAGCCCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2394 GGCTCAGGCCGTCCAGAGAGCAGCACAAGCACCCAGCAGCTTCCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161132 GGCTCAGGCCGTCCAGAGAGCAGCACAAGCACCCAGCAGCTTCCAGCTCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2444 TTTATGACCTCAAG         CTCCCAGTTGAGGATAAAATCAGGATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 161182 TTTATGACCTCAAGGTG...TAGCTCCCAGTTGAGGATAAAATCAGGATC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2485 ATTGCACAGAAGATCTATGGAGCAGATGACATTGAATTACTTCCCGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165354 ATTGCACAGAAGATCTATGGAGCAGATGACATTGAATTACTTCCCGAAGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2535 TCAACACAAAGCTGAAGTCTACACGAAGCAG         GGCTTTGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 165404 TCAACACAAAGCTGAAGTCTACACGAAGCAGGTA...CAGGGCTTTGGGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2576 ATCTCCCCATCTGCATGGCTAAAACACACTTGTCTTTGTCTCACAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166306 ATCTCCCCATCTGCATGGCTAAAACACACTTGTCTTTGTCTCACAACCCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2626 GAGCAAAAAGGTGTCCCTACAGGCTTCATTCTGCCCATTCGCGACATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166356 GAGCAAAAAGGTGTCCCTACAGGCTTCATTCTGCCCATTCGCGACATCCG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2676 CGCCAGCGTTGGGGCTGGTTTTCTGTACCCCTTAGTAGGAACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 166406 CGCCAGCGTTGGGGCTGGTTTTCTGTACCCCTTAGTAGGAACGGTA...T

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2719   ATGAGCACAATGCCTGGACTCCCCACCCGGCCCTGTTTTTATGATATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169785 AGATGAGCACAATGCCTGGACTCCCCACCCGGCCCTGTTTTTATGATATT

   3000     .    :    .    :    .    :    .
   2767 GATTTGGACCCTGAAACAGAACAGGTGAATGGATTATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169835 GATTTGGACCCTGAAACAGAACAGGTGAATGGATTATTC