seq1 = pF1KB3236.tfa, 1716 bp
seq2 = pF1KB3236/gi568815592r_83111927.tfa (gi568815592r:83111927_83530954), 419028 bp

>pF1KB3236 1716
>gi568815592r:83111927_83530954 (Chr6)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-212  (123054-123187)   100% ->
213-362  (132439-132588)   100% ->
363-438  (178816-178891)   100% ->
439-600  (184621-184782)   100% ->
601-704  (215542-215645)   100% ->
705-814  (277217-277326)   100% ->
815-912  (291319-291416)   100% ->
913-1026  (293125-293238)   100% ->
1027-1132  (302024-302129)   100% ->
1133-1275  (303478-303620)   100% ->
1276-1449  (307022-307195)   100% ->
1450-1548  (314359-314457)   100% ->
1549-1716  (318861-319028)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCGAAGCCCCCCGTCGCCGCCACACCCATCAGCGCGGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCGAAGCCCCCCGTCGCCGCCACACCCATCAGCGCGGCTACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGACACGGAACCCTCACCTCAACAAG         GACTTGGCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 GCTGACACGGAACCCTCACCTCAACAAGGTA...TAGGACTTGGCCTTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGGAAGAGAGACAGCAATTGAACATTCATGGATTGTTGCCACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123067 CCCTGGAAGAGAGACAGCAATTGAACATTCATGGATTGTTGCCACCTTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAACAGTCAGGAGATCCAGGTTCTTAGAGTAGTAAAAAATTTCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123117 TTCAACAGTCAGGAGATCCAGGTTCTTAGAGTAGTAAAAAATTTCGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGAACTCTGACTTTGACAG         GTATCTTCTCTTAATGGATC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 123167 TCTGAACTCTGACTTTGACAGGTA...CAGGTATCTTCTCTTAATGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAAGATAGAAATGAAAAACTCTTTTATAGAGTGCTGACATCTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132459 TCCAAGATAGAAATGAAAAACTCTTTTATAGAGTGCTGACATCTGACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAAATTCATGCCTATTGTTTATACTCCCACTGTGGGTCTGGCTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132509 GAGAAATTCATGCCTATTGTTTATACTCCCACTGTGGGTCTGGCTTGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAATATAGTTTGGTGTTTCGGAAGCCAAG         AGGTCTCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 132559 ACAATATAGTTTGGTGTTTCGGAAGCCAAGGTA...CAGAGGTCTCTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTACTATCCACGATCGAGGGCATATTGCTTCAGTTCTCAATGCATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178827 TTACTATCCACGATCGAGGGCATATTGCTTCAGTTCTCAATGCATGGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGATGTCATCAAG         GCCATTGTGGTGACTGATGGAGAGCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 178877 GAAGATGTCATCAAGGTA...CAGGCCATTGTGGTGACTGATGGAGAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATTCTTGGCTTGGGAGACCTTGGCTGTAATGGAATGGGCATCCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184647 TATTCTTGGCTTGGGAGACCTTGGCTGTAATGGAATGGGCATCCCTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTAAATTGGCTCTATATACAGCTTGCGGAGGGATGAATCCTCAAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184697 GTAAATTGGCTCTATATACAGCTTGCGGAGGGATGAATCCTCAAGAATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGCCTGTCATTCTGGATGTGGGAACCGAAAATGAG         GAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 184747 CTGCCTGTCATTCTGGATGTGGGAACCGAAAATGAGGTA...TAGGAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTTAAAGATCCACTCTACATTGGACTACGGCAGAGAAGAGTAAGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215547 ACTTAAAGATCCACTCTACATTGGACTACGGCAGAGAAGAGTAAGAGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGAATATGATGATTTTTTGGACGAATTCATGGAGGCAGTTTCTTCCAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 215597 CTGAATATGATGATTTTTTGGACGAATTCATGGAGGCAGTTTCTTCCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         GTATGGCATGAATTGCCTTATTCAGTTTGAAGATTTTGCCAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215647 TA...TAGGTATGGCATGAATTGCCTTATTCAGTTTGAAGATTTTGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTGAATGCATTTCGTCTCCTGAACAAGTATCGAAACCAGTATTGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277259 TGTGAATGCATTTCGTCTCCTGAACAAGTATCGAAACCAGTATTGCACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCAATGATGATATTCAAG         GAACAGCATCTGTTGCAGTTGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 277309 TCAATGATGATATTCAAGGTA...CAGGAACAGCATCTGTTGCAGTTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTCTCCTTGCAGCTCTTCGAATAACCAAGAACAAACTGTCTGATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291342 GGTCTCCTTGCAGCTCTTCGAATAACCAAGAACAAACTGTCTGATCAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AATACTATTCCAAGGAGCTGGAGAG         GCTGCCCTAGGGATTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 291392 AATACTATTCCAAGGAGCTGGAGAGGTA...GAGGCTGCCCTAGGGATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CACACCTGATTGTGATGGCCTTGGAAAAAGAAGGTTTACCAAAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293141 CACACCTGATTGTGATGGCCTTGGAAAAAGAAGGTTTACCAAAAGAGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCCATCAAAAAGATATGGCTGGTTGATTCAAAAGGATTAATAGTTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 293191 GCCATCAAAAAGATATGGCTGGTTGATTCAAAAGGATTAATAGTTAAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1027        GGACGTGCTTCCTTAACACAAGAGAAAGAGAAGTTTGCCCATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293241 A...TAGGGACGTGCTTCCTTAACACAAGAGAAAGAGAAGTTTGCCCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACATGAAGAAATGAAGAACCTAGAAGCCATTGTTCAAGAAATAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302067 AACATGAAGAAATGAAGAACCTAGAAGCCATTGTTCAAGAAATAAAACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACTGCCCTCATAG         GAGTTGCTGCAATTGGTGGTGCATTCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 302117 ACTGCCCTCATAGGTA...TAGGAGTTGCTGCAATTGGTGGTGCATTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGAACAAATTCTCAAAGATATGGCTGCCTTCAATGAACGGCCTATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303506 AGAACAAATTCTCAAAGATATGGCTGCCTTCAATGAACGGCCTATTATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTGCTTTGAGTAATCCAACTAGCAAAGCAGAATGTTCTGCAGAGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303556 TTGCTTTGAGTAATCCAACTAGCAAAGCAGAATGTTCTGCAGAGCAGTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TACAAAATAACCAAG         GGACGTGCAATTTTTGCCAGTGGCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 303606 TACAAAATAACCAAGGTA...TAGGGACGTGCAATTTTTGCCAGTGGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TCCTTTTGATCCAGTCACTCTTCCAAATGGACAGACCCTATATCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307048 TCCTTTTGATCCAGTCACTCTTCCAAATGGACAGACCCTATATCCTGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAGGCAACAATTCCTATGTGTTCCCTGGAGTTGCTCTTGGTGTTGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307098 AAGGCAACAATTCCTATGTGTTCCCTGGAGTTGCTCTTGGTGTTGTGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TGTGGATTGAGGCAGATCACAGATAATATTTTCCTCACTACTGCTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 307148 TGTGGATTGAGGCAGATCACAGATAATATTTTCCTCACTACTGCTGAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450        GTTATAGCTCAGCAAGTGTCAGATAAACACTTGGAAGAGGGTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307198 A...AAGGTTATAGCTCAGCAAGTGTCAGATAAACACTTGGAAGAGGGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GGCTTTATCCTCCTTTGAATACCATTAGAGATGTTTCTCTGAAAATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314402 GGCTTTATCCTCCTTTGAATACCATTAGAGATGTTTCTCTGAAAATTGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAAAAG         ATTGTGAAAGATGCATACCAAGAAAAGACAGCCAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314452 GAAAAGGTA...TAGATTGTGAAAGATGCATACCAAGAAAAGACAGCCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGTTTATCCTGAACCGCAAAACAAAGAAGCATTTGTCCGCTCCCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318896 AGTTTATCCTGAACCGCAAAACAAAGAAGCATTTGTCCGCTCCCAGATGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ATAGTACTGATTATGACCAGATTCTACCTGATTGTTATTCTTGGCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318946 ATAGTACTGATTATGACCAGATTCTACCTGATTGTTATTCTTGGCCTGAA

   1800     .    :    .    :    .    :
   1684 GAGGTGCAGAAAATACAGACCAAAGTTGACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 318996 GAGGTGCAGAAAATACAGACCAAAGTTGACCAG