seq1 = pF1KB3233.tfa, 2340 bp
seq2 = pF1KB3233/gi568815586f_48022775.tfa (gi568815586f:48022775_48245705), 222931 bp

>pF1KB3233 2340
>gi568815586f:48022775_48245705 (Chr12)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-159  (107589-107662)   100% ->
160-237  (108542-108619)   100% ->
238-427  (110094-110283)   100% ->
428-593  (110541-110706)   100% ->
594-638  (111458-111502)   100% ->
639-747  (111947-112055)   100% ->
748-843  (112169-112264)   100% ->
844-936  (112517-112609)   100% ->
937-1062  (114947-115072)   100% ->
1063-1127  (116511-116575)   100% ->
1128-1191  (117075-117138)   100% ->
1192-1341  (117948-118097)   100% ->
1342-1412  (118537-118607)   100% ->
1413-1500  (118966-119053)   100% ->
1501-1653  (119140-119292)   100% ->
1654-1818  (120008-120172)   100% ->
1819-1880  (120979-121040)   100% ->
1881-1992  (121272-121383)   100% ->
1993-2092  (122257-122356)   100% ->
2093-2198  (122436-122541)   100% ->
2199-2340  (122790-122931)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCATGAAGAGCACCATGCAGCCAAAACCCTGGGGATTGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCCATGAAGAGCACCATGCAGCCAAAACCCTGGGGATTGGCAAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTGCTGTCTTAACCTCTGGTGGAGATGCCCAAG         GTATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CATTGCTGTCTTAACCTCTGGTGGAGATGCCCAAGGTA...CAGGTATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGCTGCTGTCAGGGCTGTGGTTCGAGTTGGTATCTTCACCGGTGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107595 ATGCTGCTGTCAGGGCTGTGGTTCGAGTTGGTATCTTCACCGGTGCCCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCTTCTTTGTCCATGAG         GGTTATCAAGGCCTGGTGGATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107645 GTCTTCTTTGTCCATGAGGTT...CAGGGTTATCAAGGCCTGGTGGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGAGATCACATCAAGGAAGCCACCTGGGAGAGCGTTTCGATGATGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108565 TGGAGATCACATCAAGGAAGCCACCTGGGAGAGCGTTTCGATGATGCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTG         GGAGGCACGGTGATTGGAAGTGCCCGGTGCAAGGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108615 AGCTGGTA...AAGGGAGGCACGGTGATTGGAAGTGCCCGGTGCAAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTCGGGAACGAGAAGGACGACTCCGAGCTGCCTACAACCTGGTGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110130 TTTCGGGAACGAGAAGGACGACTCCGAGCTGCCTACAACCTGGTGAAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGGATCACCAATCTCTGTGTCATTGGGGGTGATGGCAGCCTCACTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110180 TGGGATCACCAATCTCTGTGTCATTGGGGGTGATGGCAGCCTCACTGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGACACCTTCCGTTCTGAGTGGAGTGACTTGTTGAGTGACCTCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110230 CTGACACCTTCCGTTCTGAGTGGAGTGACTTGTTGAGTGACCTCCAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAG         GTAAGATCACAGATGAGGAGGCTACGAAGTCCAGCTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110280 GCAGGTA...CAGGTAAGATCACAGATGAGGAGGCTACGAAGTCCAGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGAACATTGTGGGCCTGGTTGGGTCAATTGACAATGACTTCTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110578 CCTGAACATTGTGGGCCTGGTTGGGTCAATTGACAATGACTTCTGTGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGATATGACCATTGGCACTGACTCTGCCCTGCATCGGATCATGGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110628 CCGATATGACCATTGGCACTGACTCTGCCCTGCATCGGATCATGGAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTAGATGCCATCACTACCACTGCCCAGAG         CCACCAGAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110678 GTAGATGCCATCACTACCACTGCCCAGAGGTA...CAGCCACCAGAGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATTTGTGTTAGAAGTAATGGGCCGCCACTGTGG         ATACCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111470 ATTTGTGTTAGAAGTAATGGGCCGCCACTGTGGGTA...CAGATACCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCCTTGTCACCTCTCTGTCCTGTGGGGCCGACTGGGTTTTTATTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111955 CCCTTGTCACCTCTCTGTCCTGTGGGGCCGACTGGGTTTTTATTCCTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGTCCACCAGATGACGACTGGGAGGAACACCTTTGTCGCCGACTCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112005 TGTCCACCAGATGACGACTGGGAGGAACACCTTTGTCGCCGACTCAGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         ACAAGGACCCGTGGTTCTCGTCTCAACATCATCATTGTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112055 GGTA...CAGACAAGGACCCGTGGTTCTCGTCTCAACATCATCATTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGAGGGTGCAATTGACAAGAATGGAAAACCAATCACCTCAGAAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112209 CTGAGGGTGCAATTGACAAGAATGGAAAACCAATCACCTCAGAAGACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAAT         CTGGTGGTTAAGCGTCTGGGATATGACACCCGGGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112259 AAGAATGTT...CAGCTGGTGGTTAAGCGTCTGGGATATGACACCCGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TACTGTCTTGGGGCATGTGCAGAGGGGTGGGACGCCATCAGCCTTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112552 TACTGTCTTGGGGCATGTGCAGAGGGGTGGGACGCCATCAGCCTTTGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAATTCTG         GGCAGCAGGATGGGTGTGGAAGCAGTGATGGCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112602 GAATTCTGGTA...CAGGGCAGCAGGATGGGTGTGGAAGCAGTGATGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTTTTGGAGGGGACCCCAGATACCCCAGCCTGTGTAGTGAGCCTCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114980 CTTTTGGAGGGGACCCCAGATACCCCAGCCTGTGTAGTGAGCCTCTCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TAACCAGGCTGTGCGCCTGCCCCTCATGGAATGTGTCCAGGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115030 TAACCAGGCTGTGCGCCTGCCCCTCATGGAATGTGTCCAGGTGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1063   ACCAAAGATGTGACCAAGGCCATGGATGAGAAGAAATTTGACGAAGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116509 AGACCAAAGATGTGACCAAGGCCATGGATGAGAAGAAATTTGACGAAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGAAGCTGAGAGGCCG         GAGCTTCATGAACAACTGGGAGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116559 CTGAAGCTGAGAGGCCGGTG...CAGGAGCTTCATGAACAACTGGGAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GTACAAGCTTCTAGCTCATGTCAGACCCCCGGTATCTAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117099 GTACAAGCTTCTAGCTCATGTCAGACCCCCGGTATCTAAGGTA...TAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GTGGTTCGCACACAGTGGCTGTGATGAACGTGGGGGCTCCGGCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117949 GTGGTTCGCACACAGTGGCTGTGATGAACGTGGGGGCTCCGGCTGCAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ATGAATGCTGCTGTTCGCTCCACTGTGAGGATTGGCCTTATCCAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117999 ATGAATGCTGCTGTTCGCTCCACTGTGAGGATTGGCCTTATCCAGGGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CCGAGTGCTCGTTGTCCATGATGGTTTCGAGGGCCTGGCCAAGGGGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 118049 CCGAGTGCTCGTTGTCCATGATGGTTTCGAGGGCCTGGCCAAGGGGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342         ATAGAGGAAGCTGGCTGGAGCTATGTTGGGGGCTGGACTGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118099 TA...CAGATAGAGGAAGCTGGCTGGAGCTATGTTGGGGGCTGGACTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CAAGGTGGCTCTAAACTTGGGACTAAAAG         GACTCTACCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 118579 CAAGGTGGCTCTAAACTTGGGACTAAAAGGTA...TAGGACTCTACCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GAAGAGCTTTGAACAGATCAGTGCCAATATAACTAAGTTTAACATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118978 GAAGAGCTTTGAACAGATCAGTGCCAATATAACTAAGTTTAACATTCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GCCTTGTCATCATTGGGGGCTTTGAG         GCTTACACAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119028 GCCTTGTCATCATTGGGGGCTTTGAGGTG...TAGGCTTACACAGGGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 CTGGAACTGATGGAGGGCAGGAAGCAGTTTGATGAGCTCTGCATCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119155 CTGGAACTGATGGAGGGCAGGAAGCAGTTTGATGAGCTCTGCATCCCATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 TGTGGTCATTCCTGCTACAGTCTCCAACAATGTCCCTGGCTCAGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119205 TGTGGTCATTCCTGCTACAGTCTCCAACAATGTCCCTGGCTCAGACTTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 GCGTTGGGGCTGACACAGCACTCAATACTATCTGCACA         ACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 119255 GCGTTGGGGCTGACACAGCACTCAATACTATCTGCACAGTG...CAGACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 TGTGACCGCATCAAGCAGTCAGCAGCTGGCACCAAGCGTCGGGTGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120011 TGTGACCGCATCAAGCAGTCAGCAGCTGGCACCAAGCGTCGGGTGTTTAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CATTGAGACTATGGGTGGCTACTGTGGCTACCTGGCTACCATGGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120061 CATTGAGACTATGGGTGGCTACTGTGGCTACCTGGCTACCATGGCTGGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TGGCAGCTGGGGCCGATGCTGCCTACATTTTTGAGGAGCCCTTCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120111 TGGCAGCTGGGGCCGATGCTGCCTACATTTTTGAGGAGCCCTTCACCATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CGAGACCTGCAG         GCAAATGTTGAACATCTGGTGCAAAAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120161 CGAGACCTGCAGGTA...CAGGCAAATGTTGAACATCTGGTGCAAAAGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 GAAAACAACTGTGAAAAGGGGCTTGGTGTTAAG         GAATGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121008 GAAAACAACTGTGAAAAGGGGCTTGGTGTTAAGGTA...CAGGAATGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 AGTGCAATGAGAACTATACCACTGACTTCATTTTCAACCTGTACTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121280 AGTGCAATGAGAACTATACCACTGACTTCATTTTCAACCTGTACTCTGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GAGGGGAAGGGCATCTTCGACAGCAGGAAGAATGTGCTTGGTCACATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121330 GAGGGGAAGGGCATCTTCGACAGCAGGAAGAATGTGCTTGGTCACATGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 GCAG         GGTGGGAGCCCAACCCCATTTGATAGGAATTTTGCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121380 GCAGGTA...CAGGGTGGGAGCCCAACCCCATTTGATAGGAATTTTGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 CTAAGATGGGCGCCAAGGCTATGAACTGGATGTCTGGGAAAATCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122294 CTAAGATGGGCGCCAAGGCTATGAACTGGATGTCTGGGAAAATCAAAGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 AGTTACCGTAATG         GGCGGATCTTTGCCAATACTCCAGATTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 122344 AGTTACCGTAATGGTA...CAGGGCGGATCTTTGCCAATACTCCAGATTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 GGGCTGTGTTCTGGGGATGCGTAAGAGGGCTCTGGTCTTCCAACCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122464 GGGCTGTGTTCTGGGGATGCGTAAGAGGGCTCTGGTCTTCCAACCAGTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 CTGAGCTGAAGGACCAGACAGATTTTGA         GCATCGAATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122514 CTGAGCTGAAGGACCAGACAGATTTTGAGTG...TAGGCATCGAATCCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 AAGGAACAGTGGTGGCTGAAACTGAGGCCCATCCTCAAAATCCTAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122803 AAGGAACAGTGGTGGCTGAAACTGAGGCCCATCCTCAAAATCCTAGCCAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 GTACGAGATTGACTTGGACACTTCAGACCATGCCCACCTGGAGCACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122853 GTACGAGATTGACTTGGACACTTCAGACCATGCCCACCTGGAGCACATCA

   2500     .    :    .    :    .
   2312 CCCGGAAGCGGTCCGGGGAAGCGGCCGTC
        |||||||||||||||||||||| ||||||
 122903 CCCGGAAGCGGTCCGGGGAAGCTGCCGTC