seq1 = pF1KB3224.tfa, 2241 bp
seq2 = pF1KB3224/gi568815595r_125430518.tfa (gi568815595r:125430518_125694800), 264283 bp

>pF1KB3224 2241
>gi568815595r:125430518_125694800 (Chr3)

(complement)

1-164  (100001-100164)   100% ->
165-233  (111823-111891)   100% ->
234-409  (114761-114936)   100% ->
410-489  (115762-115841)   100% ->
490-666  (118436-118612)   100% ->
667-868  (127206-127407)   100% ->
869-1014  (130958-131103)   100% ->
1015-1155  (134282-134422)   100% ->
1156-1654  (142122-142620)   100% ->
1655-1841  (147209-147395)   99% ->
1842-2024  (156168-156350)   100% ->
2025-2178  (162787-162940)   100% ->
2179-2241  (164221-164283)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGGGGGTGAACCAGTGTCCACAATGAAAGTCTCGGAGAGCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGGGGGTGAACCAGTGTCCACAATGAAAGTCTCGGAGAGCGAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGCTGGAGGGCCAGGCCACAGCGGTGACCCCGAACAAGAACAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAGCTGGAGGGCCAGGCCACAGCGGTGACCCCGAACAAGAACAGCAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGGAGGTGGAATCAGTAGCAGCAGCAGCAGCCGCGGTGGCAGTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGGAGGTGGAATCAGTAGCAGCAGCAGCAGCCGCGGTGGCAGTGCAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTGGCAGTACAG         TGATCACATGGAAAATGTGTATGGCTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTGGCAGTACAGGTA...TAGTGATCACATGGAAAATGTGTATGGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTAATGAAGTATACCAACCTTGTCACTGGGTGGCAGTACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111850 TTTAATGAAGTATACCAACCTTGTCACTGGGTGGCAGTACAGGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GTTTTTTGTTTTAAACAATGAAGCTGGGCTGTTGGAGTACTTTGTGAAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114760 GGTTTTTTGTTTTAAACAATGAAGCTGGGCTGTTGGAGTACTTTGTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACAGTCTAGAAATCAGAAACCTAGAGGAACTTTGCAGCTTGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114810 GAACAGTCTAGAAATCAGAAACCTAGAGGAACTTTGCAGCTTGCAGGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTAATATCACCCAGTGATGAGGATTCTCACACCTTCACTGTAAACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114860 TGTAATATCACCCAGTGATGAGGATTCTCACACCTTCACTGTAAACGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAGTGGGGAACAATATAAACTCAGAG         CTACAGATGCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114910 CCAGTGGGGAACAATATAAACTCAGAGGTA...CAGCTACAGATGCAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCGACAGCACTGGGTTAGCAGACTTCAGATATGTACACAGCATCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115776 GAGCGACAGCACTGGGTTAGCAGACTTCAGATATGTACACAGCATCATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAAGCTATTGGAAAG         AATAATCCTCCTCTGAAGTCACGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115826 TGAAGCTATTGGAAAGGTA...CAGAATAATCCTCCTCTGAAGTCACGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTTCTCACTTGCATCTAGTAGTAATTCTCCTATATCGCAGAGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118461 GCTTCTCACTTGCATCTAGTAGTAATTCTCCTATATCGCAGAGGAGACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGTCAAAATGCCATTTCTTTTTTTAATGTTGGACATTCCAAACTGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118511 AGTCAAAATGCCATTTCTTTTTTTAATGTTGGACATTCCAAACTGCAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACTGAGCAAAAGAACTAATTTACCTCCAGACCATCTTGTGGAAGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118561 ACTGAGCAAAAGAACTAATTTACCTCCAGACCATCTTGTGGAAGTCAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AA         ATGATGTCTCATGCTGAAGGACAACAAAGAGACTTAATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118611 AAGTA...TAGATGATGTCTCATGCTGAAGGACAACAAAGAGACTTAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGACGAATTGAATGCCTTCCTACTTCTGGCCATCTTAGTTCCTTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127245 AGACGAATTGAATGCCTTCCTACTTCTGGCCATCTTAGTTCCTTGGACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGATCTCTTAATGCTCAAAGCTACTTCCATGGCAACTATGAACTGCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127295 GGATCTCTTAATGCTCAAAGCTACTTCCATGGCAACTATGAACTGCTTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGACTGCTTTCATATTCTCCAGTTACAGCATGCATCACATCAGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127345 ATGACTGCTTTCATATTCTCCAGTTACAGCATGCATCACATCAGAAGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCATTGCCTTCAG         GAACGACAATCGAGTGGTTAGAACCAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 127395 TCATTGCCTTCAGGTA...CAGGAACGACAATCGAGTGGTTAGAACCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATATCTTTATCAAACCACTATAAAAATGGAGCTGACCAGCCCTTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130986 GATATCTTTATCAAACCACTATAAAAATGGAGCTGACCAGCCCTTTGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGATCAGAGTAAGCCGGTGGCAGTCCCAGAAGAGCAGCCTGTTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131036 CTGATCAGAGTAAGCCGGTGGCAGTCCCAGAAGAGCAGCCTGTTGCAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCTGGACTATTAGCGAGG         GAGCCTGAAGAAATAAATGCAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 131086 TCTGGACTATTAGCGAGGGTA...AAGGAGCCTGAAGAAATAAATGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGATGAGATAGAGGATACATGTGACCACAAAGAGGATGACCTGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134305 TGATGAGATAGAGGATACATGTGACCACAAAGAGGATGACCTGGGAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TAGAAGAACAACGTAGTGTCATCCTACATCTCTTGTCACAGCTTAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134355 TAGAAGAACAACGTAGTGTCATCCTACATCTCTTGTCACAGCTTAAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCATGGATTTAACAAGA         GTGGTGCTTCCTACATTTATCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 134405 GGCATGGATTTAACAAGAGTA...TAGGTGGTGCTTCCTACATTTATCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAGAAGCGTTCCTTGCTGGAAATGTATGCAGACTTTATGTCTCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142145 AGAGAAGCGTTCCTTGCTGGAAATGTATGCAGACTTTATGTCTCATCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACCTATTTATAGCCATCACTAATGGAGCCACAGCTGAGGACAGAATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142195 ACCTATTTATAGCCATCACTAATGGAGCCACAGCTGAGGACAGAATGATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CGCTTTGTTGAGTACTACCTTACCTCATTTCATGAAGGCCGTAAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142245 CGCTTTGTTGAGTACTACCTTACCTCATTTCATGAAGGCCGTAAGGGAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CATTGCTAAAAAACCATACAATCCTATCATTGGAGAAACATTTCACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142295 CATTGCTAAAAAACCATACAATCCTATCATTGGAGAAACATTTCACTGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCTGGAAGATGCCAAAAAGCGAGGTAGCATCCAGTGTTTTTAGCAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142345 CCTGGAAGATGCCAAAAAGCGAGGTAGCATCCAGTGTTTTTAGCAGTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TCCACCCAGGGAGTCACAAATCATGCTCCTTTATCGGGGGAGTCTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142395 TCCACCCAGGGAGTCACAAATCATGCTCCTTTATCGGGGGAGTCTTTGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCAGGTGGGATCAGACTGTTACACAGTCAGATTTGTTGCTGAGCAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142445 CCAGGTGGGATCAGACTGTTACACAGTCAGATTTGTTGCTGAGCAGGTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CTCATCATCCTCCAGTCTCAGGATTTTATGCAGAATGTACAGAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142495 CTCATCATCCTCCAGTCTCAGGATTTTATGCAGAATGTACAGAGAGGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATGTGTGTAAATGCGCATGTCTGGACTAAGAGCAAGTTCTTAGGCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142545 ATGTGTGTAAATGCGCATGTCTGGACTAAGAGCAAGTTCTTAGGCATGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AATAGGCGTGACAATGGTTGGAGAAG         GTATCCTTAGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 142595 AATAGGCGTGACAATGGTTGGAGAAGGTA...CAGGTATCCTTAGTCTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGGAGCATGGAGAAGAGTACACATTTTCTCTACCTTGTGCATATGCTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 147224 TGGAGCATGGAGAAGAGTACACATTTTCTCTACCCTGTGCATATGCTCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TCAATTTTGACTGTTCCTTGGGTAGAACTGGGTGGCAAAGTCAGTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147274 TCAATTTTGACTGTTCCTTGGGTAGAACTGGGTGGCAAAGTCAGTGTCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CTGTGCAAAAACTGGATATTCAGCCAGCATCACTTTTCATACCAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147324 CTGTGCAAAAACTGGATATTCAGCCAGCATCACTTTTCATACCAAGCCAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TTTATGGTGGCAAACTGCATCG         GGTTACAGCTGAAGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 147374 TTTATGGTGGCAAACTGCATCGGTA...TAGGGTTACAGCTGAAGTAAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CACAACATCACCAACACTGTGGTATGCAGAGTGCAAGGGGAATGGAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156187 CACAACATCACCAACACTGTGGTATGCAGAGTGCAAGGGGAATGGAATAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TGTTCTTGAGTTCACATATAGCAATGGAGAGACAAAGTATGTGGACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156237 TGTTCTTGAGTTCACATATAGCAATGGAGAGACAAAGTATGTGGACTTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CTAAATTGGCAGTGACGAAGAAAAGAGTGAGACCTCTGGAGAAGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156287 CTAAATTGGCAGTGACGAAGAAAAGAGTGAGACCTCTGGAGAAGCAGGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CCATTTGAATCCAG         GCGATTGTGGAAAAATGTGACAGACTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 156337 CCATTTGAATCCAGGTA...CAGGCGATTGTGGAAAAATGTGACAGACTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GCTGAGAGAATCTGAAATTGATAAGGCCACAGAGCATAAGCATACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162814 GCTGAGAGAATCTGAAATTGATAAGGCCACAGAGCATAAGCATACCCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 AAGAACGTCAGAGGACTGAAGAAAGGCATCGTACTGAAACAGGCACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162864 AAGAACGTCAGAGGACTGAAGAAAGGCATCGTACTGAAACAGGCACACCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 TGGAAAACCAAATATTTTATTAAAGAG         GGAGATGGCTGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 162914 TGGAAAACCAAATATTTTATTAAAGAGGTA...CAGGGAGATGGCTGGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2193 TTATCATAAACCACTTTGGAAAATAATTCCAACAACACAACCAGCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164235 TTATCATAAACCACTTTGGAAAATAATTCCAACAACACAACCAGCAGAG