seq1 = pF1KB3223.tfa, 2118 bp
seq2 = pF1KB3223/gi568815583f_56819914.tfa (gi568815583f:56819914_57382584), 562671 bp

>pF1KB3223 2118
>gi568815583f:56819914_57382584 (Chr15)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-151  (101113-101188)   100% ==
325-390  (346488-346553)   100% ->
391-526  (372245-372380)   100% ->
527-579  (377860-377912)   100% ->
580-685  (411239-411344)   100% ->
686-825  (412378-412517)   100% ->
826-970  (412799-412943)   100% ->
971-1035  (414130-414194)   100% ->
1036-1114  (423559-423637)   100% ->
1115-1188  (431437-431510)   100% ->
1189-1260  (432508-432579)   100% ->
1261-1467  (433349-433555)   100% ->
1468-1582  (442181-442295)   100% ->
1583-1745  (443199-443361)   100% ->
1746-1978  (453117-453349)   100% ->
1979-2118  (462532-462671)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCCCAGCAACAACGCATGGCCGCTATAGGGACCGACAAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCCCAGCAACAACGCATGGCCGCTATAGGGACCGACAAGGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGACCTACTGGACTTCAGTGCG         ATGTTTTCCCCACCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 GAGCGACCTACTGGACTTCAGTGCGGTA...CAGATGTTTTCCCCACCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTAATAGTGGGAAAACTAGACCAACTACACTGGGAAGCAGTCAATTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101129 TTAATAGTGGGAAAACTAGACCAACTACACTGGGAAGCAGTCAATTCAGT

    150     .    :
    142 GGATCAGGTA
        ||||||||||
 101179 GGATCAGGTA

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325 GGAAAAACATCAGAGAGAGGCTCATTTTCCCTGTACAGCAGAGATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346488 GGAAAAACATCAGAGAGAGGCTCATTTTCCCTGTACAGCAGAGATACTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375 ATTACCAGGCTGTCAA         TCTAGTCTCCTGAGACAAGATCTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 346538 ATTACCAGGCTGTCAAGTA...TAGTCTAGTCTCCTGAGACAAGATCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    416 GGCTTGGGAGCCCAGCACAGCTATCTTCTTCAGGAAAACCTGGGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 372270 GGCTTGGGAGCCCAGCACAGCTATCTTCTTCAGGAAAACCTGGGACAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466 TACTATTCATTCTCTGCTACAAGTTCCAGGAGGAGACCACTCCATGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 372320 TACTATTCATTCTCTGCTACAAGTTCCAGGAGGAGACCACTCCATGACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    516 TGCAGCGCTTG         ATCCCTTGCAAGCAAAAAAAGTCAGAAAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 372370 TGCAGCGCTTGGTG...CAGATCCCTTGCAAGCAAAAAAAGTCAGAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557 TGCCTCCTGGTTTGCCTTCTTCT         GTATATGCACCATCCCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 377890 TGCCTCCTGGTTTGCCTTCTTCTGTA...AAGGTATATGCACCATCCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598 AATTCAGATGATTTCAACCGTGAATCTCCTAGTTATCCATCTCCTAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 411257 AATTCAGATGATTTCAACCGTGAATCTCCTAGTTATCCATCTCCTAAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    648 ACCAACCAGTATGTTCGCTAGCACTTTCTTTATGCAAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 411307 ACCAACCAGTATGTTCGCTAGCACTTTCTTTATGCAAGGTA...TAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689 GGACCCACAATTCTTCTGACCTTTGGAGTTCATCAAATGGGATGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 412381 GGACCCACAATTCTTCTGACCTTTGGAGTTCATCAAATGGGATGAGCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739 CCTGGTTTTGGTGGAATTCTGGGGACCTCCACTTCCCACATGTCTCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 412431 CCTGGTTTTGGTGGAATTCTGGGGACCTCCACTTCCCACATGTCTCAATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    789 CAGTAGTTATGGCAACCTTCATTCACATGACCGCTTG         AGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 412481 CAGTAGTTATGGCAACCTTCATTCACATGACCGCTTGGTA...TAGAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 ATCCTCCACACTCAGTTTCACCAACAGACATAAACACGAGTCTTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 412803 ATCCTCCACACTCAGTTTCACCAACAGACATAAACACGAGTCTTCCACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 ATGTCCAGCTTTCATCGCGGCAGTACCAGCAGTTCACCTTACGTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 412853 ATGTCCAGCTTTCATCGCGGCAGTACCAGCAGTTCACCTTACGTTGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930 CTCACACACTCCTCCCATCAATGGATCAGACAGCATTCTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 412903 CTCACACACTCCTCCCATCAATGGATCAGACAGCATTCTAGGTG...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971 GAACCAGAGGGAATGCTGCTGGAAGCTCACAGACAGGTGATGCACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414130 GAACCAGAGGGAATGCTGCTGGAAGCTCACAGACAGGTGATGCACTTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021 AAGGCTTTGGCATCT         ATTTATTCTCCTGACCATACCAGCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 414180 AAGGCTTTGGCATCTGTG...TAGATTTATTCTCCTGACCATACCAGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1062 TAGTTTTCCGTCAAATCCATCAACACCAGTTGGATCACCTTCACCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423585 TAGTTTTCCGTCAAATCCATCAACACCAGTTGGATCACCTTCACCTCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112 CAG         GTACCAGTCAGTGGCCAAGACCTGGAGGGCAAGCACCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423635 CAGGTA...CAGGTACCAGTCAGTGGCCAAGACCTGGAGGGCAAGCACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153 TCATCCCCAAGCTATGAAAACTCACTCCACTCCCTG         AAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 431475 TCATCCCCAAGCTATGAAAACTCACTCCACTCCCTGGTA...CAGAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1194 TCGAGTTGAGCAGCAACTTCACGAGCATTTGCAAGATGCAATGTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432513 TCGAGTTGAGCAGCAACTTCACGAGCATTTGCAAGATGCAATGTCCTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1244 TAAAGGATGTCTGTGAG         CAGTCTCGAATGGAGGATCGTTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 432563 TAAAGGATGTCTGTGAGGTA...CAGCAGTCTCGAATGGAGGATCGTTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285 GACAGACTGGATGATGCAATCCATGTGCTGCGGAACCATGCTGTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433373 GACAGACTGGATGATGCAATCCATGTGCTGCGGAACCATGCTGTGGGACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1335 TTCCACCAGTTTGCCTGCTGGTCACAGTGATATACATAGTTTATTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433423 TTCCACCAGTTTGCCTGCTGGTCACAGTGATATACATAGTTTATTGGGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1385 CATCCCATAATGCACCAATTGGAAGCCTCAATTCAAACTATGGAGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433473 CATCCCATAATGCACCAATTGGAAGCCTCAATTCAAACTATGGAGGATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1435 AGCCTTGTTGCAAGCAGTCGATCAGCTTCAATG         GTTGGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 433523 AGCCTTGTTGCAAGCAGTCGATCAGCTTCAATGGTA...TAGGTTGGAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1476 TCATCGGGAAGACTCTGTCAGTCTCAATGGCAATCATTCAGTCCTGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442189 TCATCGGGAAGACTCTGTCAGTCTCAATGGCAATCATTCAGTCCTGTCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1526 GTACAGTCACTACTTCAAGCACAGACCTGAACCATAAAACACAAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442239 GTACAGTCACTACTTCAAGCACAGACCTGAACCATAAAACACAAGAAAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1576 TATAGAG         GTGGCTTGCAAAGTCAGTCTGGAACTGTTGTTAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442289 TATAGAGGTA...TAGGTGGCTTGCAAAGTCAGTCTGGAACTGTTGTTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1617 AACAGAAATCAAGACTGAAAACAAAGAAAAGGATGAAAACCTTCATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 443233 AACAGAAATCAAGACTGAAAACAAAGAAAAGGATGAAAACCTTCATGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1667 CTCCTTCATCAGATGACATGAAGTCAGATGATGAATCCTCCCAAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 443283 CTCCTTCATCAGATGACATGAAGTCAGATGATGAATCCTCCCAAAAAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1717 ATCAAGGTTTCATCTAGAGGCAGAACAAG         CAGTACTAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 443333 ATCAAGGTTTCATCTAGAGGCAGAACAAGGTA...TAGCAGTACTAATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1758 AGATGAGGATTTGAACCCTGAACAGAAGATAGAAAGGGAGAAGGAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 453129 AGATGAGGATTTGAACCCTGAACAGAAGATAGAAAGGGAGAAGGAGAGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1808 GGATGGCTAACAATGCCAGAGAACGCTTACGCGTGCGGGATATTAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 453179 GGATGGCTAACAATGCCAGAGAACGCTTACGCGTGCGGGATATTAATGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1858 GCATTCAAAGAGCTTGGCCGAATGTGTCAGCTTCACTTGAAGAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 453229 GCATTCAAAGAGCTTGGCCGAATGTGTCAGCTTCACTTGAAGAGTGAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1908 ACCCCAAACAAAACTCCTTATTCTTCATCAAGCCGTGGCAGTCATCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 453279 ACCCCAAACAAAACTCCTTATTCTTCATCAAGCCGTGGCAGTCATCCTTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1958 GTCTAGAACAGCAAGTCAGAG         AGAGGAACCTTAACCCCAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 453329 GTCTAGAACAGCAAGTCAGAGGTA...TAGAGAGGAACCTTAACCCCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1999 GCAGCCTGCCTTAAGAGAAGGGAAGAAGAAAAAGTTTCTGCCGTATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462552 GCAGCCTGCCTTAAGAGAAGGGAAGAAGAAAAAGTTTCTGCCGTATCGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2049 AGAGCCGCCAACCACACTGCCAGGAACCCATCCTGGGCTTAGTGAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 462602 AGAGCCGCCAACCACACTGCCAGGAACCCATCCTGGGCTTAGTGAAACTA

   1900     .    :    .    :
   2099 CCAACCCTATGGGTCATATG
        ||||||||||||||||||||
 462652 CCAACCCTATGGGTCATATG