seq1 = pF1KB3218.tfa, 2688 bp
seq2 = pF1KB3218/gi568815597r_51256703.tfa (gi568815597r:51256703_51581317), 324615 bp

>pF1KB3218 2688
>gi568815597r:51256703_51581317 (Chr1)

(complement)

31-75  (100001-100045)   100% ->
76-165  (108370-108459)   100% ->
166-213  (109581-109628)   100% ->
214-309  (112750-112845)   100% ->
310-375  (115992-116057)   100% ->
376-501  (117520-117645)   100% ->
502-561  (120168-120227)   100% ->
562-651  (133183-133272)   100% ->
652-797  (134213-134358)   100% ->
798-954  (136273-136429)   100% ->
955-1040  (140886-140971)   100% ->
1041-1113  (159460-159532)   100% ->
1114-1275  (171622-171783)   100% ->
1276-1473  (172986-173183)   99% ->
1474-1677  (175210-175413)   100% ->
1678-1791  (177786-177899)   100% ->
1792-1882  (178793-178883)   100% ->
1883-1918  (180365-180400)   100% ->
1919-2052  (182153-182286)   100% ->
2053-2119  (186871-186937)   100% ->
2120-2196  (215289-215365)   100% ->
2197-2359  (217290-217452)   100% ->
2360-2544  (219963-220147)   100% ->
2545-2688  (224472-224615)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     31 CAGTTATCAAGTGGGAATCCTGTATATGAAAAATACTATAGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 CAGTTATCAAGTGGGAATCCTGTATATGAAAAATACTATAGACAGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     76     GTTGATACAGGCAATACTGGAAGGGTGTTGGCTTCTGATGCTGCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGTTGATACAGGCAATACTGGAAGGGTGTTGGCTTCTGATGCTGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    122 CTTTCCTGAAAAAATCAGGGCTTCCAGACTTGATACTTGGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108416 CTTTCCTGAAAAAATCAGGGCTTCCAGACTTGATACTTGGAAAGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    166    ATTTGGGATTTAGCCGACACAGATGGCAAAGGTATCCTGAACAAACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109578 CAGATTTGGGATTTAGCCGACACAGATGGCAAAGGTATCCTGAACAAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    213 A         GAATTCTTTGTTGCTTTGCGTCTTGTGGCATGTGCCCAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109628 AGTA...TAGGAATTCTTTGTTGCTTTGCGTCTTGTGGCATGTGCCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    254 ATGGATTGGAAGTTTCACTAAGTAGTTTGAACCTGGCTGTTCCTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112790 ATGGATTGGAAGTTTCACTAAGTAGTTTGAACCTGGCTGTTCCTCCACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    304 AGATTT         CATGATACCAGTAGTCCTTTGCTAATCAGTGGAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112840 AGATTTGTA...TAGCATGATACCAGTAGTCCTTTGCTAATCAGTGGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 CTCTGCAGCTGAGCTCCCATGGGCTGTAAAA         CCTGAAGATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116027 CTCTGCAGCTGAGCTCCCATGGGCTGTAAAAGTA...TAGCCTGAAGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386 AGGCCAAATATGATGCAATATTTGATAGTTTAAGCCCAGTGAATGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117530 AGGCCAAATATGATGCAATATTTGATAGTTTAAGCCCAGTGAATGGATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 CTGTCTGGTGATAAAGTGAAACCAGTGTTGCTCAACTCTAAGTTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117580 CTGTCTGGTGATAAAGTGAAACCAGTGTTGCTCAACTCTAAGTTACCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 GGATATCCTTGGAAGA         GTTTGGGAGTTGAGTGATATTGACC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117630 GGATATCCTTGGAAGAGTA...AAGGTTTGGGAGTTGAGTGATATTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527 ATGATGGAATGCTTGACAGAGATGAGTTTGCAGTT         GCCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120193 ATGATGGAATGCTTGACAGAGATGAGTTTGCAGTTGTA...AAGGCCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568 TTTTTGGTATACTGTGCACTGGAGAAAGAACCTGTGCCAATGTCCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133189 TTTTTGGTATACTGTGCACTGGAGAAAGAACCTGTGCCAATGTCCTTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    618 TCCAGCCTTGGTGCCACCATCTAAGAGAAAAACG         TGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 133239 TCCAGCCTTGGTGCCACCATCTAAGAGAAAAACGGTC...TAGTGGGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659 TATCCCCTGCAGAAAAAGCTAAATATGATGAAATCTTCCTGAAAACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134220 TATCCCCTGCAGAAAAAGCTAAATATGATGAAATCTTCCTGAAAACTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709 AAAGATATGGACGGATTTGTGTCTGGATTGGAGGTCCGTGAAATATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134270 AAAGATATGGACGGATTTGTGTCTGGATTGGAGGTCCGTGAAATATTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    759 GAAAACAGGTTTACCTTCTACCTTACTAGCCCATATATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 134320 GAAAACAGGTTTACCTTCTACCTTACTAGCCCATATATGGTA...CAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 CATTATGCGACACAAAGGACTGTGGGAAGCTTTCAAAGGATCAGTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136275 CATTATGCGACACAAAGGACTGTGGGAAGCTTTCAAAGGATCAGTTTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 TTGGCTTTTCACTTAATCAGTCAGAAGTTAATCAAGGGCATTGATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136325 TTGGCTTTTCACTTAATCAGTCAGAAGTTAATCAAGGGCATTGATCCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 TCACGTTCTTACTCCTGAAATGATTCCACCATCAGACAGGGCCAGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136375 TCACGTTCTTACTCCTGAAATGATTCCACCATCAGACAGGGCCAGTTTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 AAAAG         AACATCATAGGATCAAGTCCTGTTGCAGATTTCTCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136425 AAAAGGTA...TAGAACATCATAGGATCAAGTCCTGTTGCAGATTTCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991 GCTATTAAGGAACTAGATACTCTTAACAATGAAATAGTTGACCTACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140922 GCTATTAAGGAACTAGATACTCTTAACAATGAAATAGTTGACCTACAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1041          GGAAAAGAATAATGTGGAACAGGACCTTAAGGAGAAGGAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140972 GTA...TAGGGAAAAGAATAATGTGGAACAGGACCTTAAGGAGAAGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082 ATACTATTAAACAGAGGACAAGTGAGGTTCAG         GATCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 159501 ATACTATTAAACAGAGGACAAGTGAGGTTCAGGTA...TAGGATCTTCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1123 GATGAAGTTCAAAGGGAGAATACTAATCTGCAAAAACTACAGGCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171631 GATGAAGTTCAAAGGGAGAATACTAATCTGCAAAAACTACAGGCCCAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1173 ACAGCAGGTACAGGAACTCCTTGATGAACTGGATGAGCAGAAAGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171681 ACAGCAGGTACAGGAACTCCTTGATGAACTGGATGAGCAGAAAGCCCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1223 TGGAGGAGCAACTCAAGGAAGTCAGAAAGAAATGTGCTGAGGAGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171731 TGGAGGAGCAACTCAAGGAAGTCAGAAAGAAATGTGCTGAGGAGGCCCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1273 CTG         ATCTCTTCTCTGAAAGCTGAATTAACTAGTCAGGAATC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171781 CTGGTA...TAGATCTCTTCTCTGAAAGCTGAATTAACTAGTCAGGAATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1314 GCAGATCTCCACTTATGAAGAAGAATTGGCAAAAGCTAGAGAAGAGCTGA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173024 GCAGATCTCCACTTACGAAGAAGAATTGGCAAAAGCTAGAGAAGAGCTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1364 GCCGTCTACAGCAAGAAACAGCAGAATTGGAGGAGAGTGTAGAGTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173074 GCCGTCTACAGCAAGAAACAGCAGAATTGGAGGAGAGTGTAGAGTCAGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1414 AAGGCTCAGTTGGAACCTCTTCAGCAGCACCTACAAGATTCACAACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173124 AAGGCTCAGTTGGAACCTCTTCAGCAGCACCTACAAGATTCACAACAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1464 AATTAGTTCA         ATGCAAATGAAACTGATGGAAATGAAAGATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 173174 AATTAGTTCAGTA...CAGATGCAAATGAAACTGATGGAAATGAAAGATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1505 TGGAAAATCATAATAGTCAGTTAAATTGGTGCAGTAGCCCACACAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175241 TGGAAAATCATAATAGTCAGTTAAATTGGTGCAGTAGCCCACACAGCATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1555 CTTGTAAACGGAGCTACAGATTATTGCAGCCTCAGCACCAGCAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175291 CTTGTAAACGGAGCTACAGATTATTGCAGCCTCAGCACCAGCAGCAGTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1605 AACAGCCAACCTTAATGAACATGTTGAAGGCCAGAGCAACCTAGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175341 AACAGCCAACCTTAATGAACATGTTGAAGGCCAGAGCAACCTAGAGTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1655 AGCCCATACACCAGGAATCTCCA         GCAAGAAGTAGTCCTGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 175391 AGCCCATACACCAGGAATCTCCAGTG...TAGGCAAGAAGTAGTCCTGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1696 CTACTGCCTTCTGGTGTGACTGATGAAAATGAGGTGACTACAGCTGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177804 CTACTGCCTTCTGGTGTGACTGATGAAAATGAGGTGACTACAGCTGTTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1746 TGAAAAAGTTTGTTCTGAACTCGACAATAATAGACATTCAAAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 177854 TGAAAAAGTTTGTTCTGAACTCGACAATAATAGACATTCAAAAGAGGTA.

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792      GAAGATCCATTTAATGTAGACTCAAGTTCGCTGACAGGTCCAGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177904 ..TAGGAAGATCCATTTAATGTAGACTCAAGTTCGCTGACAGGTCCAGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1837 GCAGATACAAACTTGGATTTTTTCCAGTCTGATCCTTTTGTTGGCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 178838 GCAGATACAAACTTGGATTTTTTCCAGTCTGATCCTTTTGTTGGCAGTA.

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883      GTGATCCTTTCAAGGATGATCCTTTTGGAAAAATCG         
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 178888 ..CAGGTGATCCTTTCAAGGATGATCCTTTTGGAAAAATCGGTC...TAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1919 ATCCATTTGGTGGTGATCCTTTCAAAGGTTCAGATCCATTTGCATCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182153 ATCCATTTGGTGGTGATCCTTTCAAAGGTTCAGATCCATTTGCATCAGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1969 TGTTTCTTCAGGCAATCTACTGATCCTTTTGCCACTTCAAGCACTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182203 TGTTTCTTCAGGCAATCTACTGATCCTTTTGCCACTTCAAGCACTGACCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2019 TTTCAGTGCAGCCAACAATAGCAGTATTACATCG         GTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 182253 TTTCAGTGCAGCCAACAATAGCAGTATTACATCGGTA...TAGGTAGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2060 CGTTGAAGCACAATGATCCTTTTGCTCCTGGTGGAACAGTTGTTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186878 CGTTGAAGCACAATGATCCTTTTGCTCCTGGTGGAACAGTTGTTGCAGCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2110 AGCGATTCAG         CCACAGACCCCTTTGCTTCTGTTTTTGGGAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 186928 AGCGATTCAGGTA...TAGCCACAGACCCCTTTGCTTCTGTTTTTGGGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 TGAATCATTTGGAGGTGGATTTGCTGACTTCAGCACATTGTCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 215320 TGAATCATTTGGAGGTGGATTTGCTGACTTCAGCACATTGTCAAAGGTA.

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197      GTCAACAATGAAGATCCTTTTCGTTCAGCCACATCGAGCTCTGTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215370 ..AAGGTCAACAATGAAGATCCTTTTCGTTCAGCCACATCGAGCTCTGTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 AGCAACGTAGTGATTACAAAAAATGTATTTGAGGAAACATCGGTCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217335 AGCAACGTAGTGATTACAAAAAATGTATTTGAGGAAACATCGGTCAAAAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 TGAAGATGAACCCCCAGCACTGCCACCAAAGATCGGAACTCCAACAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217385 TGAAGATGAACCCCCAGCACTGCCACCAAAGATCGGAACTCCAACAAGAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 CCTGCCCTCTACCACCTG         GGAAAAGATCCATCAACAAATTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 217435 CCTGCCCTCTACCACCTGGTA...CAGGGAAAAGATCCATCAACAAATTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 GATTCTCCTGATCCCTTTAAACTGAATGATCCATTTCAGCCTTTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219986 GATTCTCCTGATCCCTTTAAACTGAATGATCCATTTCAGCCTTTCCCAGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 CAACGATAGCCCCAAAGAAAAAGATCCTGAAATATTTTGTGATCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220036 CAACGATAGCCCCAAAGAAAAAGATCCTGAAATATTTTGTGATCCATTCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 CTTCTGCTACTACCACTACCAATAAAGAGGCTGATCCAAGCAATTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220086 CTTCTGCTACTACCACTACCAATAAAGAGGCTGATCCAAGCAATTTTGCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 AACTTCAGTGCT         TATCCCTCTGAAGAAGATATGATCGAATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 220136 AACTTCAGTGCTGTA...CAGTATCCCTCTGAAGAAGATATGATCGAATG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2574 GGCCAAGAGGGAAAGTGAGAGAGAGGAAGAGCAGAGGCTTGCCCGACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224501 GGCCAAGAGGGAAAGTGAGAGAGAGGAAGAGCAGAGGCTTGCCCGACTAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2624 ATCAGCAGGAACAAGAAGACTTAGAACTGGCTATTGCACTCAGCAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224551 ATCAGCAGGAACAAGAAGACTTAGAACTGGCTATTGCACTCAGCAAATCT

   2850     .    :    .
   2674 GAGATATCAGAAGCA
        |||||||||||||||
 224601 GAGATATCAGAAGCA