seq1 = pF1KB3205.tfa, 1635 bp
seq2 = pF1KB3205/gi568815597r_156209202.tfa (gi568815597r:156209202_156435888), 226687 bp

>pF1KB3205 1635
>gi568815597r:156209202_156435888 (Chr1)

(complement)

1-31  (97705-97735)   100% ->
32-93  (100001-100062)   100% ->
94-144  (100971-101021)   100% ->
145-207  (101114-101176)   100% ->
208-304  (102246-102342)   100% ->
305-422  (110800-110917)   100% ->
423-609  (114864-115050)   100% ->
610-759  (116872-117021)   100% ->
760-892  (118342-118474)   100% ->
893-974  (118642-118723)   100% ->
975-1155  (123668-123848)   100% ->
1156-1401  (124694-124939)   100% ->
1402-1533  (125200-125331)   100% ->
1534-1635  (126586-126687)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGGCCATCGTCCAGTGCTCGTGCTCA         GCCAGAACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  97705 ATGATGGGCCATCGTCCAGTGCTCGTGCTCAGTG...TAGGCCAGAACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAAGCGTGAATCCGGAAGAAAAGTTCAATCTGGAAACATCAATGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 AAAGCGTGAATCCGGAAGAAAAGTTCAATCTGGAAACATCAATGCTGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AG         ACTATTGCAGATATCATCCGAACATGTTTGGGACCCAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 AGGTC...TAGACTATTGCAGATATCATCCGAACATGTTTGGGACCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCATGATGAAG         ATGCTTTTGGACCCAATGGGAGGCATTGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101010 TCCATGATGAAGGTA...TAGATGCTTTTGGACCCAATGGGAGGCATTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GATGACCAATGATGGCAATGCCATTCTTCGAGAG         ATTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101143 GATGACCAATGATGGCAATGCCATTCTTCGAGAGGTG...TAGATTCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TCCAGCATCCAGCGGCCAAGTCCATGATCGAAATTAGCCGGACCCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102253 TCCAGCATCCAGCGGCCAAGTCCATGATCGAAATTAGCCGGACCCAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAAGAGGTTGGAGATGGGACCACATCAGTAATTATTCTTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102303 GAAGAGGTTGGAGATGGGACCACATCAGTAATTATTCTTGGTA...CAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 AGGGGAAATGCTGTCTGTAGCTGAGCACTTCCTGGAGCAGCAGATGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110801 AGGGGAAATGCTGTCTGTAGCTGAGCACTTCCTGGAGCAGCAGATGCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CAACAGTGGTGATCAGTGCTTACCGCAAGGCATTGGATGATATGATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110851 CAACAGTGGTGATCAGTGCTTACCGCAAGGCATTGGATGATATGATCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ACCCTAAAGAAAATAAG         TATCCCAGTCGACATCAGTGACAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110901 ACCCTAAAGAAAATAAGGTA...TAGTATCCCAGTCGACATCAGTGACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGATATGATGCTGAACATCATCAACAGCTCTATTACTACCAAAGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114888 TGATATGATGCTGAACATCATCAACAGCTCTATTACTACCAAAGCCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GTCGGTGGTCATCTTTGGCTTGCAACATTGCCCTGGATGCTGTCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114938 GTCGGTGGTCATCTTTGGCTTGCAACATTGCCCTGGATGCTGTCAAGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTACAGTTTGAGGAGAATGGTCGGAAAGAGATTGACATAAAAAAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114988 GTACAGTTTGAGGAGAATGGTCGGAAAGAGATTGACATAAAAAAATATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAGAGTGGAAAAG         ATACCTGGAGGCATCATTGAAGACTCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 115038 AAGAGTGGAAAAGGTA...CAGATACCTGGAGGCATCATTGAAGACTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTGTCTTGCGTGGAGTCATGATTAACAAGGATGTGACCCATCCACGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116900 GTGTCTTGCGTGGAGTCATGATTAACAAGGATGTGACCCATCCACGTATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGGCGCTATATCAAGAACCCTCGCATTGTGCTGCTGGATTCTTCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116950 CGGCGCTATATCAAGAACCCTCGCATTGTGCTGCTGGATTCTTCTCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATACAAGAAAGGAGAAAGCCAG         ACTGACATTGAGATTACAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117000 ATACAAGAAAGGAGAAAGCCAGGTA...CAGACTGACATTGAGATTACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GAGAGGAGGACTTCACCCGAATTCTCCAGATGGAGGAAGAGTACATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118361 GAGAGGAGGACTTCACCCGAATTCTCCAGATGGAGGAAGAGTACATCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGCTCTGTGAGGACATTATCCAACTGAAGCCCGATGTGGTCATCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118411 CAGCTCTGTGAGGACATTATCCAACTGAAGCCCGATGTGGTCATCACTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAAGGGCATCTCAG         ATTTAGCTCAGCACTACCTTATGCGGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 118461 AAAGGGCATCTCAGGTG...TAGATTTAGCTCAGCACTACCTTATGCGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCAATATCACAGCCATCCGCAGAGTCCGGAAGACAGACAATAATCGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118669 CCAATATCACAGCCATCCGCAGAGTCCGGAAGACAGACAATAATCGCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCTAG         AGCCTGTGGGGCCCGGATAGTCAGCCGACCAGAGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118719 GCTAGGTG...TAGAGCCTGTGGGGCCCGGATAGTCAGCCGACCAGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ACTGAGAGAAGATGATGTTGGAACAGGAGCAGGCCTGTTGGAAATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123704 ACTGAGAGAAGATGATGTTGGAACAGGAGCAGGCCTGTTGGAAATCAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAATTGGAGATGAATACTTTACTTTCATCACTGACTGCAAAGACCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123754 AAATTGGAGATGAATACTTTACTTTCATCACTGACTGCAAAGACCCCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCTGCACCATTCTCCTCCGGGGGGCTAGCAAAGAGATTCTCTCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123804 GCCTGCACCATTCTCCTCCGGGGGGCTAGCAAAGAGATTCTCTCGGTG..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156     GAAGTAGAACGCAACCTCCAGGATGCCATGCAAGTGTGTCGCAATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123854 .AAGGAAGTAGAACGCAACCTCCAGGATGCCATGCAAGTGTGTCGCAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTCTCCTGGACCCTCAGCTGGTGCCAGGGGGTGGGGCCTCCGAGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124740 TTCTCCTGGACCCTCAGCTGGTGCCAGGGGGTGGGGCCTCCGAGATGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTGGCCCATGCCTTGACAGAAAAATCCAAGGCCATGACTGGTGTGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124790 GTGGCCCATGCCTTGACAGAAAAATCCAAGGCCATGACTGGTGTGGAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ATGGCCATACAGGGCTGTTGCCCAGGCCCTAGAGGTCATTCCTCGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124840 ATGGCCATACAGGGCTGTTGCCCAGGCCCTAGAGGTCATTCCTCGTACCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGATCCAGAACTGTGGGGCCAGCACCATCCGTCTACTTACCTCCCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124890 TGATCCAGAACTGTGGGGCCAGCACCATCCGTCTACTTACCTCCCTTCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402          GCCAAGCACACCCAGGAGAACTGTGAGACCTGGGGTGTAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124940 GTG...CAGGCCAAGCACACCCAGGAGAACTGTGAGACCTGGGGTGTAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGGTGAGACGGGTACTTTGGTGGACATGAAGGAACTGGGCATATGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125241 TGGTGAGACGGGTACTTTGGTGGACATGAAGGAACTGGGCATATGGGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CATTGGCTGTGAAGCTGCAGACTTATAAGACAGCAGTGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125291 CATTGGCTGTGAAGCTGCAGACTTATAAGACAGCAGTGGAGGTA...TAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACGGCAGTTCTGCTACTGCGAATTGATGACATCGTTTCAGGCCACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126586 ACGGCAGTTCTGCTACTGCGAATTGATGACATCGTTTCAGGCCACAAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GAAAGGCGATGACCAGAGCCGGCAAGGCGGGGCTCCTGATGCTGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126636 GAAAGGCGATGACCAGAGCCGGCAAGGCGGGGCTCCTGATGCTGGCCAGG

   1750 
   1634 AG
        ||
 126686 AG