seq1 = pF1KB3168.tfa, 2370 bp
seq2 = pF1KB3168/gi568815592f_137771228.tfa (gi568815592f:137771228_137981316), 210089 bp

>pF1KB3168 2370
>gi568815592f:137771228_137981316 (Chr6)

1-295  (100001-100295)   100% ->
296-486  (103618-103808)   100% ->
487-634  (104461-104608)   100% ->
635-805  (104769-104939)   100% ->
806-986  (105849-106029)   100% ->
987-1906  (107205-108124)   100% ->
1907-2088  (108844-109025)   100% ->
2089-2370  (109808-110089)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAACAAGTCCTTCCTCAGGCTTTGTATTTGAGCAATATGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAACAAGTCCTTCCTCAGGCTTTGTATTTGAGCAATATGCGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTGTGAAGATACGGGAGAGAACTCCAGAAGACATTTTTAAACCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTGTGAAGATACGGGAGAGAACTCCAGAAGACATTTTTAAACCTACTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGGATCATTCATCATTTTAAAACCATGCACCGATACACACTGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGGGATCATTCATCATTTTAAAACCATGCACCGATACACACTGGAAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAGAACTTGCCAGTTTTGTCCTCAGTTTCGGGAGATCATCCACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCAGAACTTGCCAGTTTTGTCCTCAGTTTCGGGAGATCATCCACAAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCATCGACAGAAACATCCAGGCCACCCTGGAAAGCCAGAAGAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCATCGACAGAAACATCCAGGCCACCCTGGAAAGCCAGAAGAAACTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTGGTGTCGAGAAGTCCGGAAGCTTGTGGCGCTGAAAACGAACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100251 ACTGGTGTCGAGAAGTCCGGAAGCTTGTGGCGCTGAAAACGAACGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296     GTGACGGCAATTGCCTCATGCATGCCACTTCTCAGTACATGTGGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 .CAGGTGACGGCAATTGCCTCATGCATGCCACTTCTCAGTACATGTGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGTTCAGGACACAGACTTGGTACTGAGGAAGGCGCTGTTCAGCACGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103664 CGTTCAGGACACAGACTTGGTACTGAGGAAGGCGCTGTTCAGCACGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGAAACAGACACACGCAACTTTAAATTCCGCTGGCAACTGGAGTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103714 AGGAAACAGACACACGCAACTTTAAATTCCGCTGGCAACTGGAGTCTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAATCTCAGGAATTTGTTGAAACGGGGCTTTGCTATGATACTCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103764 AAATCTCAGGAATTTGTTGAAACGGGGCTTTGCTATGATACTCGGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487     AACTGGAATGATGAATGGGACAATCTTATCAAAATGGCTTCCACAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103814 .TAGAACTGGAATGATGAATGGGACAATCTTATCAAAATGGCTTCCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACACACCCATGGCCCGAAGTGGACTTCAGTACAACTCACTGGAAGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104507 ACACACCCATGGCCCGAAGTGGACTTCAGTACAACTCACTGGAAGAAATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CACATATTTGTCCTTTGCAACATCCTCAGAAGGCCAATCATTGTCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104557 CACATATTTGTCCTTTGCAACATCCTCAGAAGGCCAATCATTGTCATTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AG         ACAAAATGCTAAGAAGTTTGGAATCAGGTTCCAATTTCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104607 AGGTG...CAGACAAAATGCTAAGAAGTTTGGAATCAGGTTCCAATTTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCCTTTGAAAGTGGGTGGAATTTACTTGCCTCTCCACTGGCCTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104808 CCCCTTTGAAAGTGGGTGGAATTTACTTGCCTCTCCACTGGCCTGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAATGCTACAGATACCCCATTGTTCTCGGCTATGACAGCCATCATTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104858 GAATGCTACAGATACCCCATTGTTCTCGGCTATGACAGCCATCATTTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACCCTTGGTGACCCTGAAGGACAGTGGGCCTG         AAATCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104908 ACCCTTGGTGACCCTGAAGGACAGTGGGCCTGGTG...TAGAAATCCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGTTCCACTTGTTAACAGAGACCGGGGAAGATTTGAAGACTTAAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105858 CTGTTCCACTTGTTAACAGAGACCGGGGAAGATTTGAAGACTTAAAAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CACTTTTTGACAGATCCTGAAAATGAGATGAAGGAGAAGCTCTTAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105908 CACTTTTTGACAGATCCTGAAAATGAGATGAAGGAGAAGCTCTTAAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GTACTTAATGGTGATAGAAATCCCCGTCCAAGGCTGGGACCATGGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105958 GTACTTAATGGTGATAGAAATCCCCGTCCAAGGCTGGGACCATGGCACAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTCATCTCATCAATGCCGCAAA         GTTGGATGAAGCTAACTTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106008 CTCATCTCATCAATGCCGCAAAGTA...CAGGTTGGATGAAGCTAACTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCAAAAGAAATCAATCTGGTAGATGATTACTTTGAACTTGTTCAGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107224 CCAAAAGAAATCAATCTGGTAGATGATTACTTTGAACTTGTTCAGCATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GTACAAGAAATGGCAGGAAAACAGCGAGCAGGGGAGGAGAGAGGGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107274 GTACAAGAAATGGCAGGAAAACAGCGAGCAGGGGAGGAGAGAGGGGCACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCCAGAATCCCATGGAACCTTCCGTGCCCCAGCTTTCTCTCATGGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107324 CCCAGAATCCCATGGAACCTTCCGTGCCCCAGCTTTCTCTCATGGATGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAATGTGAAACGCCCAACTGCCCCTTCTTCATGTCTGTGAACACCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107374 AAATGTGAAACGCCCAACTGCCCCTTCTTCATGTCTGTGAACACCCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TTTATGCCATGAGTGCTCAGAGAGGCGGCAAAAGAATCAAAACAAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107424 TTTATGCCATGAGTGCTCAGAGAGGCGGCAAAAGAATCAAAACAAACTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAAAGCTGAACTCCAAGCCGGGCCCTGAGGGGCTCCCTGGCATGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107474 CAAAGCTGAACTCCAAGCCGGGCCCTGAGGGGCTCCCTGGCATGGCGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GGGGCCTCTCGGGGAGAAGCCTATGAGCCCTTGGCGTGGAACCCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107524 GGGGCCTCTCGGGGAGAAGCCTATGAGCCCTTGGCGTGGAACCCTGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GTCCACTGGGGGGCCTCATTCGGCCCCACCGACAGCACCCAGCCCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107574 GTCCACTGGGGGGCCTCATTCGGCCCCACCGACAGCACCCAGCCCTTTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TGTTCAGTGAGACCACTGCCATGAAGTGCAGGAGCCCCGGCTGCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107624 TGTTCAGTGAGACCACTGCCATGAAGTGCAGGAGCCCCGGCTGCCCCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 ACACTGAATGTGCAGCACAACGGATTTTGTGAACGTTGCCACAACGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107674 ACACTGAATGTGCAGCACAACGGATTTTGTGAACGTTGCCACAACGCCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GCAACTTCACGCCAGCCACGCCCCAGACCACACAAGGCACTTGGATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107724 GCAACTTCACGCCAGCCACGCCCCAGACCACACAAGGCACTTGGATCCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GGAAGTGCCAAGCCTGCCTCCAGGATGTTACCAGGACATTTAATGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107774 GGAAGTGCCAAGCCTGCCTCCAGGATGTTACCAGGACATTTAATGGGATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TGCAGTACTTGCTTCAAAAGGACTACAGCAGAGGCCTCCTCCAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107824 TGCAGTACTTGCTTCAAAAGGACTACAGCAGAGGCCTCCTCCAGCCTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CACCAGCCTCCCTCCTTCCTGTCACCAGCGTTCCAAGTCAGATCCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107874 CACCAGCCTCCCTCCTTCCTGTCACCAGCGTTCCAAGTCAGATCCCTCGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 GGCTCGTCCGGAGCCCCTCCCCGCATTCTTGCCACAGAGCTGGAAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107924 GGCTCGTCCGGAGCCCCTCCCCGCATTCTTGCCACAGAGCTGGAAACGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GCCCCTGCTGGCTGCCTGTCTCAAGCTGCACGGACTCCTGGGGACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107974 GCCCCTGCTGGCTGCCTGTCTCAAGCTGCACGGACTCCTGGGGACAGGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GGGGACGAGCAAGTGCAGAAAAGCCGGCTGCGTGTATTTTGGGACTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108024 GGGGACGAGCAAGTGCAGAAAAGCCGGCTGCGTGTATTTTGGGACTCCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 AAAACAAGGGCTTTTGCACACTGTGTTTCATCGAGTACAGAGAAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108074 AAAACAAGGGCTTTTGCACACTGTGTTTCATCGAGTACAGAGAAAACAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 C         ATTTTGCTGCTGCCTCAGGGAAAGTCAGTCCCACAGCGTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108124 CGTG...TAGATTTTGCTGCTGCCTCAGGGAAAGTCAGTCCCACAGCGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CAGGTTCCAGAACACCATTCCGTGCCTGGGGAGGGAATGCGGCACCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108884 CAGGTTCCAGAACACCATTCCGTGCCTGGGGAGGGAATGCGGCACCCTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 GAAGCACCATGTTTGAAGGATACTGCCAGAAGTGTTTCATTGAAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108934 GAAGCACCATGTTTGAAGGATACTGCCAGAAGTGTTTCATTGAAGCTCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 AATCAGAGATTTCATGAGGCCAAAAGGACAGAAGAGCAACTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108984 AATCAGAGATTTCATGAGGCCAAAAGGACAGAAGAGCAACTGGTG...CA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089  AGATCGAGCCAGCGCAGAGATGTGCCTCGAACCACACAAAGCACCTCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109807 GAGATCGAGCCAGCGCAGAGATGTGCCTCGAACCACACAAAGCACCTCAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 GGCCCAAGTGCGCCCGGGCCTCCTGCAAGAACATCCTGGCCTGCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109857 GGCCCAAGTGCGCCCGGGCCTCCTGCAAGAACATCCTGGCCTGCCGCAGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 GAGGAGCTCTGCATGGAGTGTCAGCATCCCAACCAGAGGATGGGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109907 GAGGAGCTCTGCATGGAGTGTCAGCATCCCAACCAGAGGATGGGCCCTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 GGCCCACCGGGGTGAGCCTGCCCCCGAAGACCCCCCCAAGCAGCGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109957 GGCCCACCGGGGTGAGCCTGCCCCCGAAGACCCCCCCAAGCAGCGTTGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 GGGCCCCCGCCTGTGATCATTTTGGCAATGCCAAGTGCAACGGCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110007 GGGCCCCCGCCTGTGATCATTTTGGCAATGCCAAGTGCAACGGCTACTGC

   2400     .    :    .    :    .    :
   2338 AACGAATGCTTTCAGTTCAAGCAGATGTATGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 110057 AACGAATGCTTTCAGTTCAAGCAGATGTATGGC