seq1 = pF1KB3164.tfa, 2763 bp
seq2 = pF1KB3164/gi568815575r_41420423.tfa (gi568815575r:41420423_42022988), 602566 bp

>pF1KB3164 2763
>gi568815575r:41420423_42022988 (ChrX)

(complement)

60-172  (169762-169874)   100% ->
173-278  (235706-235811)   100% ->
279-356  (277388-277465)   100% ->
357-429  (283533-283605)   100% ->
430-532  (351459-351561)   100% ->
533-708  (357537-357712)   100% ->
709-831  (362428-362550)   100% ->
832-915  (386328-386411)   100% ->
916-1015  (396286-396385)   100% ->
1016-1033  (400355-400372)   100% ->
1034-1155  (412964-413085)   100% ->
1156-1233  (433397-433474)   100% ->
1234-1314  (436002-436082)   100% ->
1315-1503  (444461-444649)   100% ->
1504-1582  (453243-453321)   100% ->
1583-1668  (461345-461430)   100% ->
1669-1737  (463142-463210)   100% ->
1738-1806  (465889-465957)   100% ->
1807-1842  (467354-467389)   100% ->
1843-2039  (469074-469270)   100% ->
2040-2155  (480183-480298)   100% ->
2156-2221  (488031-488096)   100% ->
2222-2302  (488203-488283)   100% ->
2303-2505  (491780-491982)   100% ->
2506-2589  (498955-499038)   100% ->
2590-2763  (502393-502566)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 GGGTCCCTTCAGTGTTGTACGACGATGTATCAACAGAGAAACTGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169762 GGGTCCCTTCAGTGTTGTACGACGATGTATCAACAGAGAAACTGGGCAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    110 AATTTGCTGTAAAAATTGTTGATGTAGCCAAGTTCACATCAAGTCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169812 AATTTGCTGTAAAAATTGTTGATGTAGCCAAGTTCACATCAAGTCCAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    160 TTAAGTACAGAAG         ATCTAAAGCGGGAAGCCAGTATCTGTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 169862 TTAAGTACAGAAGGTA...CAGATCTAAAGCGGGAAGCCAGTATCTGTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATGCTGAAACATCCACACATTGTAGAGTTATTGGAGACATATAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235734 TATGCTGAAACATCCACACATTGTAGAGTTATTGGAGACATATAGCTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGGAATGCTTTACATGGTTTTCGAATT         TATGGATGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 235784 ATGGAATGCTTTACATGGTTTTCGAATTGTG...CAGTATGGATGGAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATCTGTGTTTTGAAATCGTAAAGCGAGCTGACGCTGGTTTTGTGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277401 GATCTGTGTTTTGAAATCGTAAAGCGAGCTGACGCTGGTTTTGTGTACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAAGCTGTAGCCAG         CCATTATATGAGACAGATACTGGAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 277451 TGAAGCTGTAGCCAGGTA...CAGCCATTATATGAGACAGATACTGGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCTACGCTACTGCCATGATAATAACATAATTCACAGGGATGTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 283559 CTCTACGCTACTGCCATGATAATAACATAATTCACAGGGATGTGAAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       CCCCACTGTGTTCTCCTTGCCTCAAAAGAAAACTCGGCACCTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283609 ...CAGCCCCACTGTGTTCTCCTTGCCTCAAAAGAAAACTCGGCACCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAACTTGGAGGCTTTGGGGTAGCTATTCAATTAGGGGAGTCTGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351503 TAAACTTGGAGGCTTTGGGGTAGCTATTCAATTAGGGGAGTCTGGACTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGCTGGAG         GACGTGTTGGAACACCTCATTTTATGGCACCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 351553 TAGCTGGAGGTA...TAGGACGTGTTGGAACACCTCATTTTATGGCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGTGGTCAAAAGAGAGCCTTACGGAAAGCCTGTAGACGTCTGGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357569 GAAGTGGTCAAAAGAGAGCCTTACGGAAAGCCTGTAGACGTCTGGGGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGGTGTGATCCTTTTTATCCTGCTCAGTGGTTGTTTGCCTTTTTACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357619 CGGTGTGATCCTTTTTATCCTGCTCAGTGGTTGTTTGCCTTTTTACGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAAGGAAAGATTGTTTGAAGGCATTATTAAAGGAAAATATAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 357669 CCAAGGAAAGATTGTTTGAAGGCATTATTAAAGGAAAATATAAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709    ATGAATCCAAGGCAGTGGAGCCATATCTCTGAAAGTGCCAAAGACCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362425 CAGATGAATCCAAGGCAGTGGAGCCATATCTCTGAAAGTGCCAAAGACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGTACGTCGCATGCTGATGCTGGATCCAGCTGAAAGGATCACTGTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362475 AGTACGTCGCATGCTGATGCTGGATCCAGCTGAAAGGATCACTGTTTATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGCACTGAATCACCCATGGCTTAAG         GAGCGGGATCGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 362525 AAGCACTGAATCACCCATGGCTTAAGGTA...TAGGAGCGGGATCGTTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCTACAAGATTCATCTTCCAGAAACAGTAGAGCAGCTGAGGAAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386343 GCCTACAAGATTCATCTTCCAGAAACAGTAGAGCAGCTGAGGAAATTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCAAGGAGGAAACTAAAG         GGTGCAGTACTAGCCGCTGTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 386393 TGCAAGGAGGAAACTAAAGGTA...TAGGGTGCAGTACTAGCCGCTGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAAGTCACAAATTCAACTCATTCTATGGGGATCCCCCTGAAGAGTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 396308 CAAGTCACAAATTCAACTCATTCTATGGGGATCCCCCTGAAGAGTTACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GATTTCTCCGAAGACCCTACCTCCTCAG         GACTTCTAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 396358 GATTTCTCCGAAGACCCTACCTCCTCAGGTA...TAGGACTTCTAGCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGAAA         GAGCAGTCTCACAGGTGCTGGACAGCCTGGAAGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 400368 AGAAAGTA...TAGGAGCAGTCTCACAGGTGCTGGACAGCCTGGAAGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTCATGCGCTTACAGACTGCAGTGAAAAGGACCTAGATTTTCTACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 413000 TTCATGCGCTTACAGACTGCAGTGAAAAGGACCTAGATTTTCTACACAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTTTTCCAGGATCAGCATCTTCACACACTACTAGAT         CTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 413050 GTTTTCCAGGATCAGCATCTTCACACACTACTAGATGTA...TAGCTGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGACAAAATTAACACAAAGTCTTCACCACAAATCAGGAATCCTCCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433402 TGACAAAATTAACACAAAGTCTTCACCACAAATCAGGAATCCTCCAAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGCAGTACAGAGAGCCAAAGAG         GTATTGGAAGAAATTTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 433452 ATGCAGTACAGAGAGCCAAAGAGGTA...TAGGTATTGGAAGAAATTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGTTACCCTGAGAATAACGACGCAAAGGAACTAAAGCGTATTTTAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436020 TGTTACCCTGAGAATAACGACGCAAAGGAACTAAAGCGTATTTTAACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ACCTCATTTCATG         GCCTTACTTCAGACTCACGACGTAGTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 436070 ACCTCATTTCATGGTA...TAGGCCTTACTTCAGACTCACGACGTAGTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CACATGAAGTTTACAGTGATGAAGCATTGAGGGTCACACCTCCTCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 444489 CACATGAAGTTTACAGTGATGAAGCATTGAGGGTCACACCTCCTCCCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TCTCCCTATTTAAACGGCGATTCTCCAGAAAGTGCTAACGGAGACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 444539 TCTCCCTATTTAAACGGCGATTCTCCAGAAAGTGCTAACGGAGACATGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TATGGAGAATGTGACCAGAGTTCGGCTGGTACAGTTTCAAAAGAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 444589 TATGGAGAATGTGACCAGAGTTCGGCTGGTACAGTTTCAAAAGAACACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATGAACCAATG         GGAATCACTTTAAAAATGAATGAACTAAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 444639 ATGAACCAATGGTA...CAGGGAATCACTTTAAAAATGAATGAACTAAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CATTGTATTGTTGCAAGAATTATGCATGGGGGCATGATTCACAGGCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 453273 CATTGTATTGTTGCAAGAATTATGCATGGGGGCATGATTCACAGGCAAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583         GTACACTTCATGTTGGTGATGAAATTCGAGAAATCAATGGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 453323 TA...TAGGTACACTTCATGTTGGTGATGAAATTCGAGAAATCAATGGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCAGTGTGGCTAACCAAACAGTGGAACAACTGCAAAAAATGCTT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 461387 TCAGTGTGGCTAACCAAACAGTGGAACAACTGCAAAAAATGCTTGTA...

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669    AGGGAAATGCGGGGGAGTATTACCTTCAAGATTGTGCCAAGTTACCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463139 CAGAGGGAAATGCGGGGGAGTATTACCTTCAAGATTGTGCCAAGTTACCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CACTCAGTCTTCGTCCTGTGAG         AGAGATTCCCCTTCCACTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 463189 CACTCAGTCTTCGTCCTGTGAGGTA...CAGAGAGATTCCCCTTCCACTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CCAGACAGTCCCCAGCTAATGGTCATAGCAGCACTAACAATTCTGTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 465908 CCAGACAGTCCCCAGCTAATGGTCATAGCAGCACTAACAATTCTGTTTCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807          GACTTGCCATCAACTACCCAACCAAAAGGACGACAG     
        >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 465958 GTA...CAGGACTTGCCATCAACTACCCAACCAAAAGGACGACAGGTG..

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843     ATCTATGTAAGAGCACAATTTGAATATGATCCAGCCAAGGATGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 467395 .TAGATCTATGTAAGAGCACAATTTGAATATGATCCAGCCAAGGATGACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TCATCCCCTGTAAAGAAGCTGGCATTCGATTCAGAGTTGGTGACATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 469120 TCATCCCCTGTAAAGAAGCTGGCATTCGATTCAGAGTTGGTGACATCATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 CAGATTATTAGTAAGGATGATCATAATTGGTGGCAGGGTAAACTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 469170 CAGATTATTAGTAAGGATGATCATAATTGGTGGCAGGGTAAACTGGAAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CTCCAAAAATGGAACTGCAGGTCTCATTCCTTCTCCTGAACTTCAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 469220 CTCCAAAAATGGAACTGCAGGTCTCATTCCTTCTCCTGAACTTCAGGAAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 G         GCGAGTAGCTTGCATTGCCATGGAGAAGACCAAACAGGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 469270 GGTA...TAGGCGAGTAGCTTGCATTGCCATGGAGAAGACCAAACAGGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 CAGCAGGCCAGCTGTACTTGGTTTGGCAAGAAAAAGAAGCAGTACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 480223 CAGCAGGCCAGCTGTACTTGGTTTGGCAAGAAAAAGAAGCAGTACAAAGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 TAAATATTTGGCAAAGCACAATGCAG         ATCTTGTCACATATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 480273 TAAATATTTGGCAAAGCACAATGCAGGTA...TAGATCTTGTCACATATG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 AAGAAGTAGTAAAACTGCCAGCATTCAAGAGGAAAACACTAGTCTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488046 AAGAAGTAGTAAAACTGCCAGCATTCAAGAGGAAAACACTAGTCTTATTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 G         GCGCACATGGTGTTGGGAGAAGACACATAAAAAACACTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488096 GGTA...TAGGCGCACATGGTGTTGGGAGAAGACACATAAAAAACACTCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 CATCACAAAGCACCCAGACCGGTTTGCGTACCCTATTCCAC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 488243 CATCACAAAGCACCCAGACCGGTTTGCGTACCCTATTCCACGTA...CAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2303 ATACAACCAGACCTCCAAAGAAAGACGAAGAAAATGGAAAGAATTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 491780 ATACAACCAGACCTCCAAAGAAAGACGAAGAAAATGGAAAGAATTATTAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 TTTGTATCTCATGACCAAATGATGCAAGACATCTCTAATAACGAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 491830 TTTGTATCTCATGACCAAATGATGCAAGACATCTCTAATAACGAGTACTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 GGAGTACGGCAGCCACGAGGATGCGATGTATGGGACAAAACTGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 491880 GGAGTACGGCAGCCACGAGGATGCGATGTATGGGACAAAACTGGAGACCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 TCCGGAAGATCCACGAGCAGGGGCTGATTGCAATACTGGACGTGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 491930 TCCGGAAGATCCACGAGCAGGGGCTGATTGCAATACTGGACGTGGAGCCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 CAG         GCACTGAAGGTCCTGAGAACTGCAGAGTTTGCTCCTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 491980 CAGGTA...CAGGCACTGAAGGTCCTGAGAACTGCAGAGTTTGCTCCTTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2544 TGTTGTTTTCATTGCTGCACCAACTATTACTCCAGGTTTAAATGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 498993 TGTTGTTTTCATTGCTGCACCAACTATTACTCCAGGTTTAAATGAGGTA.

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2590      GATGAATCTCTTCAGCGTCTGCAGAAGGAGTCTGACATCTTACAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 499043 ..TAGGATGAATCTCTTCAGCGTCTGCAGAAGGAGTCTGACATCTTACAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2635 AGAACATATGCACACTACTTCGATCTCACAATTATCAACAATGAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 502438 AGAACATATGCACACTACTTCGATCTCACAATTATCAACAATGAAATTGA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2685 TGAGACAATCAGACATCTGGAGGAAGCTGTTGAGCTCGTGTGCACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 502488 TGAGACAATCAGACATCTGGAGGAAGCTGTTGAGCTCGTGTGCACAGCCC

   2900     .    :    .    :    .
   2735 CACAGTGGGTCCCTGTCTCCTGGGTCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 502538 CACAGTGGGTCCCTGTCTCCTGGGTCTAT