seq1 = pF1KB3144.tfa, 1725 bp
seq2 = pF1KB3144/gi568815575r_48930161.tfa (gi568815575r:48930161_49143226), 213066 bp

>pF1KB3144 1725
>gi568815575r:48930161_49143226 (ChrX)

(complement)

1-116  (100001-100116)   100% ->
117-230  (102659-102772)   100% ->
231-534  (103817-104120)   100% ->
535-780  (104785-105030)   100% ->
781-885  (105113-105217)   100% ->
886-1003  (108976-109093)   100% ->
1004-1060  (109445-109501)   100% ->
1061-1136  (109687-109762)   100% ->
1137-1284  (111683-111830)   100% ->
1285-1725  (112626-113066)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCATGCGGCCGAACCAGCTCGGGATGGCGTAGAGGCCAGCGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCATGCGGCCGAACCAGCTCGGGATGGCGTAGAGGCCAGCGCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCCCTCGAGCCGTGTTCGTGCTGTTGGAGGAGCGCAGGCCGGCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCCCTCGAGCCGTGTTCGTGCTGTTGGAGGAGCGCAGGCCGGCCGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCTCAGCTGCTCAG         CCTGAACTCTTTGCTTCCGGAATCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCTCAGCTGCTCAGGTG...CAGCCTGAACTCTTTGCTTCCGGAATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGATTGTTGCTGACATAGAATTAGAAAACGTCCTTGATCCTGACAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102684 GGGATTGTTGCTGACATAGAATTAGAAAACGTCCTTGATCCTGACAGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACGAGCTCAAAAGCCAACCCTTACCCCTTCGCTCAAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102734 CTACGAGCTCAAAAGCCAACCCTTACCCCTTCGCTCAAGGTA...CAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCCAATATCACTGCAGGCCACACCAGCCACCCCAGCTACACTCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103819 TCCCAATATCACTGCAGGCCACACCAGCCACCCCAGCTACACTCTCTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGTCTTCTGCAGGGGGCTCCAGGACCCCTGCCATGTCGTCATCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103869 TCGTCTTCTGCAGGGGGCTCCAGGACCCCTGCCATGTCGTCATCTTCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCGAGGGTCTTGCTGCGGCAGCAGCTAATGCGGGCCCAGGCGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103919 ATCGAGGGTCTTGCTGCGGCAGCAGCTAATGCGGGCCCAGGCGCAGGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGAGAGGCGTGAGCGTCGGGAACAGGCCGCCGCGGCTCCCTTCCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103969 AGGAGAGGCGTGAGCGTCGGGAACAGGCCGCCGCGGCTCCCTTCCCCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTGCACCTGCCTCTCCTGCCATCTCTGTGGTTGGCGTCTCTGCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104019 CCTGCACCTGCCTCTCCTGCCATCTCTGTGGTTGGCGTCTCTGCTGGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCACACATTGAGCCGTCCACCCCCTGCTCAGGTGCCCAGGGAGGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104069 CCACACATTGAGCCGTCCACCCCCTGCTCAGGTGCCCAGGGAGGTGCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AG         GTGCAGACCCATCTGGAGAACCCAACGCGCTACCACCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104119 AGGTA...CAGGTGCAGACCCATCTGGAGAACCCAACGCGCTACCACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGCAGGCGCGCCGGCAGCAGGTGAAACAGTACCTGTCCACCACACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104824 CAGCAGGCGCGCCGGCAGCAGGTGAAACAGTACCTGTCCACCACACTCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCCAAGCTGGCTTCCCAGGCCCTCACCCCACCGCCGGGGCCCGCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104874 GCCCAAGCTGGCTTCCCAGGCCCTCACCCCACCGCCGGGGCCCGCAAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCAGCCACTGCCTGCCCCTGAGGCTGCCCACACTACCGGCCCCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104924 CCCAGCCACTGCCTGCCCCTGAGGCTGCCCACACTACCGGCCCCACAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGTGCGCCCAACAGCCCCATGGCGCTGCTCACCATCGGGTCCAGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104974 AGTGCGCCCAACAGCCCCATGGCGCTGCTCACCATCGGGTCCAGCTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAAGGAG         ATTGATGATGTCATTGATGAGATCATCAGCCTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105024 GAAGGAGGTA...TAGATTGATGATGTCATTGATGAGATCATCAGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTCCAGTTACAATGATGAAATGCTCAGCTATCTGCCCGGAGGCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105147 AGTCCAGTTACAATGATGAAATGCTCAGCTATCTGCCCGGAGGCACCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGACTGCAGCTCCCCAGCACG         CTGCCTGTGTCAGGGAATCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105197 GGACTGCAGCTCCCCAGCACGGTG...CAGCTGCCTGTGTCAGGGAATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCTTGATGTGTACAGTAGTCAAGGCGTGGCCACACCAGCCATCACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108996 GCTTGATGTGTACAGTAGTCAAGGCGTGGCCACACCAGCCATCACTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCAACTCCTGCCCAGCTGAGCTGCCCAACATCAAACGGGAGATCTCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109046 GCAACTCCTGCCCAGCTGAGCTGCCCAACATCAAACGGGAGATCTCTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1004        AGACCGAGGCAAAGGCCCTTTTGAAGGAACGGCAGAAGAAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109096 A...CAGAGACCGAGGCAAAGGCCCTTTTGAAGGAACGGCAGAAGAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAATCACAACCTAA         TTGAGCGTCGCAGGCGATTCAACATTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109488 CAATCACAACCTAAGTA...AAGTTGAGCGTCGCAGGCGATTCAACATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACGACAGGATCAAGGAACTGGGCACTCTCATCCCTAAGTCCAGTGACCC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109714 ACGACAGGATCAAGGAACTGGGCACTCTCATCCCTAAGTCCAGTGACCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137         GGAGATGCGCTGGAACAAGGGCACCATCCTGAAGGCCTCTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109764 TG...CAGGGAGATGCGCTGGAACAAGGGCACCATCCTGAAGGCCTCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGATTATATCCGCAAGCTGCAGAAGGAGCAGCAGCGCTCCAAAGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111725 GGATTATATCCGCAAGCTGCAGAAGGAGCAGCAGCGCTCCAAAGACCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAGCCGGCAGCGATCCCTGGAGCAGGCCAACCGCAGCCTGCAGCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111775 AGAGCCGGCAGCGATCCCTGGAGCAGGCCAACCGCAGCCTGCAGCTCCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATTCAG         GAACTAGAACTGCAGGCCCAGATCCATGGCCTGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111825 ATTCAGGTT...CAGGAACTAGAACTGCAGGCCCAGATCCATGGCCTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGTGCCTCCCACTCCAGGGCTGCTTTCCTTGGCCACGACTTCGGCTTCTG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112661 AGTACCTCCCACTCCAGGGCTGCTTTCCTTGGCCACGACTTCGGCTTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACAGCCTCAAGCCAGAGCAGCTGGACATTGAGGAGGAGGGCAGGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112711 ACAGCCTCAAGCCAGAGCAGCTGGACATTGAGGAGGAGGGCAGGCCAGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCAGCAACGTTCCATGTAGGGGGGGGACCTGCCCAGAATGCTCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112761 GCAGCAACGTTCCATGTAGGGGGGGGACCTGCCCAGAATGCTCCCCATCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCAGCCCCCTGCACCGCCCTCAGATGCCCTTCTGGACCTGCACTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112811 GCAGCCCCCTGCACCGCCCTCAGATGCCCTTCTGGACCTGCACTTTCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCGACCACCTGGGGGACCTGGGAGACCCCTTCCACCTGGGGCTGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112861 GCGACCACCTGGGGGACCTGGGAGACCCCTTCCACCTGGGGCTGGAGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ATTCTGATGGAGGAGGAGGAGGGGGTGGTGGGAGGACTGTCGGGGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112911 ATTCTGATGGAGGAGGAGGAGGGGGTGGTGGGAGGACTGTCGGGGGGTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CCTGTCCCCACTGCGGGCTGCCTCCGATCCCCTGCTCTCTTCAGTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112961 CCTGTCCCCACTGCGGGCTGCCTCCGATCCCCTGCTCTCTTCAGTGTCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CTGCTGTCTCCAAGGCCAGCAGCCGCCGCAGCAGCTTCAGCATGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113011 CTGCTGTCTCCAAGGCCAGCAGCCGCCGCAGCAGCTTCAGCATGGAAGAG

   1800     .
   1720 GAGTCC
        ||||||
 113061 GAGTCC