seq1 = pF1KB3126.tfa, 2904 bp
seq2 = pF1KB3126/gi568815594f_102425519.tfa (gi568815594f:102425519_102716591), 291073 bp

>pF1KB3126 2904
>gi568815594f:102425519_102716591 (Chr4)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-118  (104318-104396)   100% ->
119-156  (108330-108367)   100% ->
157-255  (112340-112438)   100% ->
256-404  (141469-141617)   100% ->
405-568  (151358-151521)   100% ->
569-727  (153363-153521)   100% ->
728-832  (155017-155121)   100% ->
833-924  (157348-157439)   100% ->
925-1063  (159164-159302)   100% ->
1064-1207  (167907-168050)   99% ->
1208-1297  (169374-169463)   100% ->
1298-1492  (170620-170814)   100% ->
1493-1634  (172002-172143)   100% ->
1635-1749  (175377-175491)   100% ->
1750-1951  (180978-181179)   100% ->
1952-2121  (181632-181801)   100% ->
2122-2224  (182131-182233)   100% ->
2225-2349  (185057-185181)   100% ->
2350-2416  (186526-186592)   100% ->
2417-2589  (186916-187088)   99% ->
2590-2746  (187907-188063)   100% ->
2747-2904  (190916-191073)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAGATGATCCATATTTGGGAAGGCCTGAACAA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGCAGAAGATGATCCATATTTGGGAAGGCCTGAACAAGTA...CAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTTTCATTTGGATCCTTCTTTGACTCATACAATATTTAATCCAGAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104320 GTTTCATTTGGATCCTTCTTTGACTCATACAATATTTAATCCAGAAGTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAACCACAGATGGCACTGCCAACAG         ATGGCCCATACCTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104370 TTCAACCACAGATGGCACTGCCAACAGGTA...CAGATGGCCCATACCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAAATATTAGAGCAACCTAAACAG         AGAGGATTTCGTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108344 CAAATATTAGAGCAACCTAAACAGGTA...CAGAGAGGATTTCGTTTCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TTATGTATGTGAAGGCCCATCCCATGGTGGACTACCTGGTGCCTCTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112357 TTATGTATGTGAAGGCCCATCCCATGGTGGACTACCTGGTGCCTCTAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAAAGAACAAGAAGTCTTACCCTCAGGTCAAA         ATCTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112407 AAAAGAACAAGAAGTCTTACCCTCAGGTCAAAGTA...TAGATCTGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TATGTGGGACCAGCAAAGGTTATTGTTCAGTTGGTCACAAATGGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141478 TATGTGGGACCAGCAAAGGTTATTGTTCAGTTGGTCACAAATGGAAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TATCCACCTGCATGCCCACAGCCTGGTGGGAAAACACTGTGAGGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141528 TATCCACCTGCATGCCCACAGCCTGGTGGGAAAACACTGTGAGGATGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCTGCACTGTAACTGCTGGACCCAAGGACATGGTGGTCGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 141578 TCTGCACTGTAACTGCTGGACCCAAGGACATGGTGGTCGGGTA...CAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTCGCAAACCTGGGTATACTTCATGTGACAAAGAAAAAAGTATTTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151359 TTCGCAAACCTGGGTATACTTCATGTGACAAAGAAAAAAGTATTTGAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACTGGAAGCACGAATGACAGAGGCGTGTATAAGGGGCTATAATCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151409 ACTGGAAGCACGAATGACAGAGGCGTGTATAAGGGGCTATAATCCTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCTTGGTGCACCCTGACCTTGCCTATTTGCAAGCAGAAGGTGGAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151459 TCTTGGTGCACCCTGACCTTGCCTATTTGCAAGCAGAAGGTGGAGGGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGGCAGCTGGGAG         ATCGGGAAAAAGAGCTAATCCGCCAAGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 151509 CGGCAGCTGGGAGGTA...TAGATCGGGAAAAAGAGCTAATCCGCCAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGCTCTGCAGCAGACCAAGGAGATGGACCTCAGCGTGGTGCGGCTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153391 AGCTCTGCAGCAGACCAAGGAGATGGACCTCAGCGTGGTGCGGCTCATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTACAGCTTTTCTTCCGGATAGCACTGGCAGCTTCACAAGGCGCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153441 TTACAGCTTTTCTTCCGGATAGCACTGGCAGCTTCACAAGGCGCCTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCGTGGTATCAGACGCCATCTATGACAGTA         AAGCCCCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 153491 CCCGTGGTATCAGACGCCATCTATGACAGTAGTG...CAGAAGCCCCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCATCCAACTTGAAAATTGTAAGAATGGACAGGACAGCTGGATGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155027 TGCATCCAACTTGAAAATTGTAAGAATGGACAGGACAGCTGGATGTGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGGAGGGGAGGAAATTTATCTTCTTTGTGACAAAGTTCAGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 155077 CTGGAGGGGAGGAAATTTATCTTCTTTGTGACAAAGTTCAGAAAGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833     ATGACATCCAGATTCGATTTTATGAAGAGGAAGAAAATGGTGGAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155127 .CAGATGACATCCAGATTCGATTTTATGAAGAGGAAGAAAATGGTGGAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTGGGAAGGATTTGGAGATTTTTCCCCCACAGATGTTCATAGACAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 157394 CTGGGAAGGATTTGGAGATTTTTCCCCCACAGATGTTCATAGACAAGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925      TTTGCCATTGTCTTCAAAACTCCAAAGTATAAAGATATTAATATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157444 ..CAGTTTGCCATTGTCTTCAAAACTCCAAAGTATAAAGATATTAATATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACAAAACCAGCCTCTGTGTTTGTCCAGCTTCGGAGGAAATCTGACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159209 ACAAAACCAGCCTCTGTGTTTGTCCAGCTTCGGAGGAAATCTGACTTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AACTAGTGAACCAAAACCTTTCCTCTACTATCCTGAAATCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 159259 AACTAGTGAACCAAAACCTTTCCTCTACTATCCTGAAATCAAAGGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1064    ATAAAGAAGAAGTGCAGAGGAAACGTCAGAAGCTCATGCCCAATTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167904 CAGATAAAGAAGAAGTGCAGAGGAAACGTCAGAAGCTCATGCCCAATTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TCGGATAGTTTCGGCGGTGGTAGTGGTGCCGGAGCTGGAGGCGGAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 167954 TCGGATAGTTTCGGCGGTGGTAGTGGTGCTGGAGCTGGAGGCGGAGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTTTGGTAGTGGCGGTGGAGGAGGGGGCACTGGAAGTACAGGTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 168004 GTTTGGTAGTGGCGGTGGAGGAGGGGGCACTGGAAGTACAGGTCCAGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1208       GGTATAGCTTCCCACACTATGGATTTCCTACTTATGGTGGGATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168054 ...CAGGGTATAGCTTCCCACACTATGGATTTCCTACTTATGGTGGGATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ACTTTCCATCCTGGAACTACTAAATCTAATGCTGGGATGAAGCATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 169418 ACTTTCCATCCTGGAACTACTAAATCTAATGCTGGGATGAAGCATGGTA.

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1298      GAACCATGGACACTGAATCTAAAAAGGACCCTGAAGGTTGTGACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169468 ..TAGGAACCATGGACACTGAATCTAAAAAGGACCCTGAAGGTTGTGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AAAGTGATGACAAAAACACTGTAAACCTCTTTGGGAAAGTTATTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170665 AAAGTGATGACAAAAACACTGTAAACCTCTTTGGGAAAGTTATTGAAACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ACAGAGCAAGATCAGGAGCCCAGCGAGGCCACCGTTGGGAATGGTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170715 ACAGAGCAAGATCAGGAGCCCAGCGAGGCCACCGTTGGGAATGGTGAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CACTCTAACGTATGCAACAGGAACAAAAGAAGAGAGTGCTGGAGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170765 CACTCTAACGTATGCAACAGGAACAAAAGAAGAGAGTGCTGGAGTTCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493          ATAACCTCTTTCTAGAGAAGGCTATGCAGCTTGCAAAGAGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170815 GTA...CAGATAACCTCTTTCTAGAGAAGGCTATGCAGCTTGCAAAGAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CATGCCAATGCCCTTTTCGACTACGCGGTGACAGGAGACGTGAAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172043 CATGCCAATGCCCTTTTCGACTACGCGGTGACAGGAGACGTGAAGATGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GCTGGCCGTCCAGCGCCATCTCACTGCTGTGCAGGATGAGAATGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172093 GCTGGCCGTCCAGCGCCATCTCACTGCTGTGCAGGATGAGAATGGGGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 G         TGTCTTACACTTAGCAATCATCCACCTTCATTCTCAACTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172143 GGTA...CAGTGTCTTACACTTAGCAATCATCCACCTTCATTCTCAACTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GTGAGGGATCTACTAGAAGTCACATCTGGTTTGATTTCTGATGACATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175417 GTGAGGGATCTACTAGAAGTCACATCTGGTTTGATTTCTGATGACATTAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CAACATGAGAAATGATCTGTACCAG         ACGCCCTTGCACTTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 175467 CAACATGAGAAATGATCTGTACCAGGTA...CAGACGCCCTTGCACTTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CAGTGATCACTAAGCAGGAAGATGTGGTGGAGGATTTGCTGAGGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180994 CAGTGATCACTAAGCAGGAAGATGTGGTGGAGGATTTGCTGAGGGCTGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GCCGACCTGAGCCTTCTGGACCGCTTGGGTAACTCTGTTTTGCACCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181044 GCCGACCTGAGCCTTCTGGACCGCTTGGGTAACTCTGTTTTGCACCTAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TGCCAAAGAAGGACATGATAAAGTTCTCAGTATCTTACTCAAGCACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181094 TGCCAAAGAAGGACATGATAAAGTTCTCAGTATCTTACTCAAGCACAAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGGCAGCACTACTTCTTGACCACCCCAACGGGGACG         GTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 181144 AGGCAGCACTACTTCTTGACCACCCCAACGGGGACGGTA...TAGGTCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AATGCCATTCATCTAGCCATGATGAGCAATAGCCTGCCATGTTTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181637 AATGCCATTCATCTAGCCATGATGAGCAATAGCCTGCCATGTTTGCTGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GCTGGTGGCCGCTGGGGCTGACGTCAATGCTCAGGAGCAGAAGTCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181687 GCTGGTGGCCGCTGGGGCTGACGTCAATGCTCAGGAGCAGAAGTCCGGGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCACAGCACTGCACCTGGCTGTGGAGCACGACAACATCTCATTGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181737 GCACAGCACTGCACCTGGCTGTGGAGCACGACAACATCTCATTGGCAGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TGCCTGCTCCTGGAG         GGTGATGCCCATGTGGACAGTACTAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 181787 TGCCTGCTCCTGGAGGTG...TAGGGTGATGCCCATGTGGACAGTACTAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CTACGATGGAACCACACCCCTGCATATAGCAGCTGGGAGAGGGTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182157 CTACGATGGAACCACACCCCTGCATATAGCAGCTGGGAGAGGGTCCACCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 GGCTGGCAGCTCTTCTCAAAGCAGCAG         GAGCAGATCCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 182207 GGCTGGCAGCTCTTCTCAAAGCAGCAGGTA...CAGGAGCAGATCCCCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GTGGAGAACTTTGAGCCTCTCTATGACCTGGATGACTCTTGGGAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185071 GTGGAGAACTTTGAGCCTCTCTATGACCTGGATGACTCTTGGGAAAATGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 AGGAGAGGATGAAGGAGTTGTGCCTGGAACCACGCCTCTAGATATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185121 AGGAGAGGATGAAGGAGTTGTGCCTGGAACCACGCCTCTAGATATGGCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CCAGCTGGCAG         GTATTTGACATATTAAATGGGAAACCATAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 185171 CCAGCTGGCAGGTG...CAGGTATTTGACATATTAAATGGGAAACCATAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GAGCCAGAGTTTACATCTGATGATTTACTAGCACAAG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 186556 GAGCCAGAGTTTACATCTGATGATTTACTAGCACAAGGTG...CAGGAGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 CATGAAACAGCTGGCTGAAGATGTGAAGCTGCAGCTGTATAAGTTACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186920 CATGAAACAGCTGGCTGAAGATGTGAAGCTGCAGCTGTATAAGTTACTAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 AAATTCCTGATCCAGACAAAAACTGGGCTACTCTGGCGCAGAAATTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186970 AAATTCCTGATCCAGACAAAAACTGGGCTACTCTGGCGCAGAAATTAGGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 CTGGGGATACTTAATAATGCCTTCCGTCTGAGTCCTGCTCCTTCCAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 187020 CTGGGGATACTTAATAATGCCTTCCGGCTGAGTCCTGCTCCTTCCAAAAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 ACTTATGGACAACTATGAG         GTCTCTGGGGGTACAGTCAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 187070 ACTTATGGACAACTATGAGGTA...CAGGTCTCTGGGGGTACAGTCAGAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 AGCTGGTGGAGGCCCTGAGACAAATGGGCTACACCGAAGCAATTGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187929 AGCTGGTGGAGGCCCTGAGACAAATGGGCTACACCGAAGCAATTGAAGTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 ATCCAGGCAGCCTCCAGCCCAGTGAAGACCACCTCTCAGGCCCACTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187979 ATCCAGGCAGCCTCCAGCCCAGTGAAGACCACCTCTCAGGCCCACTCGCT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 GCCTCTCTCGCCTGCCTCCACAAGGCAGCAAATAG         ACGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 188029 GCCTCTCTCGCCTGCCTCCACAAGGCAGCAAATAGGTA...CAGACGAGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 TCCGAGACAGTGACAGTGTCTGCGACAGCGGCGTGGAGACATCCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190922 TCCGAGACAGTGACAGTGTCTGCGACAGCGGCGTGGAGACATCCTTCCGC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 AAACTCAGCTTTACCGAGTCTCTGACCAGTGGTGCCTCACTGCTAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190972 AAACTCAGCTTTACCGAGTCTCTGACCAGTGGTGCCTCACTGCTAACTCT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 CAACAAAATGCCCCATGATTATGGGCAGGAAGGACCTCTAGAAGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191022 CAACAAAATGCCCCATGATTATGGGCAGGAAGGACCTCTAGAAGGCAAAA

   3100 
   2903 TT
        ||
 191072 TT