seq1 = pF1KB3125.tfa, 1782 bp
seq2 = pF1KB3125/gi568815596f_170718592.tfa (gi568815596f:170718592_170959879), 241288 bp

>pF1KB3125 1782
>gi568815596f:170718592_170959879 (Chr2)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-145  (103496-103558)   98% ->
146-304  (110884-111042)   100% ->
305-547  (112359-112601)   100% ->
548-638  (118202-118292)   100% ->
639-751  (125454-125566)   100% ->
752-867  (126915-127030)   100% ->
868-947  (127115-127194)   100% ->
948-1002  (127418-127472)   100% ->
1003-1119  (129085-129201)   100% ->
1120-1184  (130695-130759)   100% ->
1185-1263  (134123-134201)   100% ->
1264-1413  (135282-135431)   100% ->
1414-1521  (138427-138534)   100% ->
1522-1611  (140213-140302)   100% ->
1612-1782  (141118-141288)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCTTCGACCCCATCTTCGTCCGCAACCTCCTCGAACGCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCTTCGACCCCATCTTCGTCCGCAACCTCCTCGAACGCGGGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCCCAATACCACTAACCTGCGCCCCACAA         CGTACGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GGACCCCAATACCACTAACCTGCGCCCCACAAGTA...TAGCGTACGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGGTGCGGCGTGGCCCACGGATGCACCAGAAAACTGGGGCTCAAGATC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 103505 CCTGGTGCGGCGTGGCCCATGGATGCACCAGAAAACTGGGGCTCAAGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCG         GCTTCTTGCAAAGGACCAACAGCCTGGAAGAGAAGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103555 TGCGGTA...TAGGCTTCTTGCAAAGGACCAACAGCCTGGAAGAGAAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGCCTTGTGAGTGCCTTCAAGGAGAGGCAATCCTCCAAGAACCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110921 TCGCCTTGTGAGTGCCTTCAAGGAGAGGCAATCCTCCAAGAACCTGCTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTGTGAAAACAGCGACCGGGATGCCCGCTTCCGGCGCACAGAGACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110971 CCTGTGAAAACAGCGACCGGGATGCCCGCTTCCGGCGCACAGAGACTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCTCTAATCTGTTTGCTAGAG         ATCTGCTTCCGGCTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111021 TTCTCTAATCTGTTTGCTAGAGGTA...CAGATCTGCTTCCGGCTAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGGTGAGGAGCAAACCGTGCAATTCCTCCTGGAAGTGGTGGACATACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112378 CGGTGAGGAGCAAACCGTGCAATTCCTCCTGGAAGTGGTGGACATACTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAACTATGTCCGCAAGACATTTGATCGCTCCACCAAGGTGCTGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112428 TCAACTATGTCCGCAAGACATTTGATCGCTCCACCAAGGTGCTGGACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATCACCCACACCAGTTGCTGGAAGGCATGGAGGGCTTCAACTTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112478 CATCACCCACACCAGTTGCTGGAAGGCATGGAGGGCTTCAACTTGGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCTGACCACCCCGAGTCCCTGGAGCAGATCCTGGTTGACTGCAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112528 CTCTGACCACCCCGAGTCCCTGGAGCAGATCCTGGTTGACTGCAGAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTTGAAGTATGGGGTTCGCACAG         GTCATCCTCGATTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112578 CCTTGAAGTATGGGGTTCGCACAGGTA...TAGGTCATCCTCGATTTTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCAGCTCTCCACTGGATTGGATATTATTGGCCTAGCTGGAGAATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118219 AACCAGCTCTCCACTGGATTGGATATTATTGGCCTAGCTGGAGAATGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACATCAACGGCCAATACCAACAT         GTTTACATATGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118269 GACATCAACGGCCAATACCAACATGTA...CAGGTTTACATATGAAATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACCAGTGTTTGTCCTCATGGAACAAATAACACTTAAGAAGATGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125471 CACCAGTGTTTGTCCTCATGGAACAAATAACACTTAAGAAGATGAGAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATAGTTGGATGGTCAAGTAAAGATGGTGATGGGATATTTTCTCCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 125521 ATAGTTGGATGGTCAAGTAAAGATGGTGATGGGATATTTTCTCCTGGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752      GGGGCGCCATATCCAACATGTACAGCATCATGGCTGCTCGCTACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125571 ..CAGGGGGCGCCATATCCAACATGTACAGCATCATGGCTGCTCGCTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTACTTCCCGGAAGTTAAGACAAAGGGCATGGCGGCTGTGCCTAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126960 AGTACTTCCCGGAAGTTAAGACAAAGGGCATGGCGGCTGTGCCTAAACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCCTCTTCACCTCAGAACAG         AGTCACTATTCCATAAAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127010 GTCCTCTTCACCTCAGAACAGGTG...CAGAGTCACTATTCCATAAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCTGGGGCTGCACTTGGCTTTGGAACTGACAATGTGATTTTGATAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127135 AGCTGGGGCTGCACTTGGCTTTGGAACTGACAATGTGATTTTGATAAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCAATGAAAG         GGGGAAAATAATTCCAGCTGATTTTGAGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 127185 GCAATGAAAGGTA...TAGGGGGAAAATAATTCCAGCTGATTTTGAGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAATTCTTGAAGCCAAACAGAAG         GGATATGTTCCCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 127449 AAAATTCTTGAAGCCAAACAGAAGGTA...TAGGGATATGTTCCCTTTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGTCAATGCAACTGCTGGCACGACTGTTTATGGAGCTTTTGATCCGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129102 TGTCAATGCAACTGCTGGCACGACTGTTTATGGAGCTTTTGATCCGATAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGAGATTGCAGATATATGTGAGAAATATAACCTTTGGTTGCATGTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129152 AAGAGATTGCAGATATATGTGAGAAATATAACCTTTGGTTGCATGTCGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120          GCTGCCTGGGGAGGTGGGCTGCTCATGTCCAGGAAGCACCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129202 GTA...CAGGCTGCCTGGGGAGGTGGGCTGCTCATGTCCAGGAAGCACCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCATAAACTCAACGGCATAGAAAG         GGCCAACTCAGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 130736 CCATAAACTCAACGGCATAGAAAGGTA...CAGGGCCAACTCAGTCACCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GGAACCCTCACAAGATGATGGGCGTGCTGTTGCAGTGCTCTGCCATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134140 GGAACCCTCACAAGATGATGGGCGTGCTGTTGCAGTGCTCTGCCATTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTCAAGGAAAAG         GGTATACTCCAAGGATGCAACCAGATGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134190 GTCAAGGAAAAGGTC...TAGGGTATACTCCAAGGATGCAACCAGATGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGCAGGATACCTCTTCCAGCCAGACAAGCAGTATGATGTCTCCTACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135311 TGCAGGATACCTCTTCCAGCCAGACAAGCAGTATGATGTCTCCTACGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCGGGGACAAGGCAATTCAGTGTGGCCGCCACGTGGATATCTTCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135361 CCGGGGACAAGGCAATTCAGTGTGGCCGCCACGTGGATATCTTCAAGTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TGGCTGATGTGGAAAGCAAAG         GGCACAGTGGGATTTGAAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 135411 TGGCTGATGTGGAAAGCAAAGGTA...CAGGGCACAGTGGGATTTGAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCAGATCAACAAATGCCTGGAACTGGCTGAATACCTCTATGCCAAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138447 CCAGATCAACAAATGCCTGGAACTGGCTGAATACCTCTATGCCAAGATTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAAACAGAGAAGAATTTGAGATGGTTTTCAATGGCGAG         CCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138497 AAAACAGAGAAGAATTTGAGATGGTTTTCAATGGCGAGGTA...CAGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GAGCACACAAACGTCTGTTTTTGGTATATTCCACAAAGCCTCAGGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140216 GAGCACACAAACGTCTGTTTTTGGTATATTCCACAAAGCCTCAGGGGTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GCCAGACAGCCCTCAACGACGGGAAAAGCTACACAAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 140266 GCCAGACAGCCCTCAACGACGGGAAAAGCTACACAAGGTA...AAGGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CTCCAAAAATCAAAGCCCTGATGATGGAGTCAGGTACGACCATGGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141122 CTCCAAAAATCAAAGCCCTGATGATGGAGTCAGGTACGACCATGGTTGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TACCAGCCCCAAGGGGACAAGGCCAACTTCTTCCGGATGGTCATCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141172 TACCAGCCCCAAGGGGACAAGGCCAACTTCTTCCGGATGGTCATCTCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CCCAGCCGCTACCCAGTCTGACATTGACTTCCTCATTGAGGAGATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141222 CCCAGCCGCTACCCAGTCTGACATTGACTTCCTCATTGAGGAGATAGAAA

   1900     .    :    .
   1766 GACTGGGCCAGGATCTG
        |||||||||||||||||
 141272 GACTGGGCCAGGATCTG