seq1 = pF1KB3124.tfa, 1668 bp
seq2 = pF1KB3124/gi568815575r_133202870.tfa (gi568815575r:133202870_133514965), 312096 bp

>pF1KB3124 1668
>gi568815575r:133202870_133514965 (ChrX)

(complement)

1-160  (100001-100160)   100% ->
161-319  (175625-175783)   100% ->
320-711  (190430-190821)   100% ->
712-877  (203543-203708)   100% ->
878-1008  (208812-208942)   100% ->
1009-1155  (209048-209194)   100% ->
1156-1292  (210105-210241)   100% ->
1293-1468  (211625-211800)   100% ->
1469-1668  (211897-212096)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACGGTTCGGCTTGCCCGCGCTTCTCTGCACCCTGGCAGTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACGGTTCGGCTTGCCCGCGCTTCTCTGCACCCTGGCAGTGCTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGCGCTGCTGGCTGCCGAGCTCAAGTCGAAAAGTTGCTCGGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGCGCTGCTGGCTGCCGAGCTCAAGTCGAAAAGTTGCTCGGAAGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACGTCTTTACGTGTCCAAAGGCTTCAACAAGAACGATGCCCCCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACGTCTTTACGTGTCCAAAGGCTTCAACAAGAACGATGCCCCCCTCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGATCAACG         GTGATCATTTGAAGATCTGTCCCCAGGGTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGATCAACGGTA...CAGGTGATCATTTGAAGATCTGTCCCCAGGGTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACCTGCTGCTCTCAAGAGATGGAGGAGAAGTACAGCCTGCAAAGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175656 TACCTGCTGCTCTCAAGAGATGGAGGAGAAGTACAGCCTGCAAAGTAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGATTTCAAAAGTGTGGTCAGCGAACAGTGCAATCATTTGCAAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175706 ATGATTTCAAAAGTGTGGTCAGCGAACAGTGCAATCATTTGCAAGCTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGCTTCACGTTACAAGAAGTTTGATG         AATTCTTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 175756 TTTGCTTCACGTTACAAGAAGTTTGATGGTA...CAGAATTCTTCAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTACTTGAAAATGCAGAGAAATCCCTGAATGATATGTTTGTGAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190443 ACTACTTGAAAATGCAGAGAAATCCCTGAATGATATGTTTGTGAAGACAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGGCCATTTATACATGCAAAATTCTGAGCTATTTAAAGATCTCTTCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190493 ATGGCCATTTATACATGCAAAATTCTGAGCTATTTAAAGATCTCTTCGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGTTGAAACGTTACTACGTGGTGGGAAATGTGAACCTGGAAGAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190543 GAGTTGAAACGTTACTACGTGGTGGGAAATGTGAACCTGGAAGAAATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAATGACTTCTGGGCTCGCCTCCTGGAGCGGATGTTCCGCCTGGTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190593 AAATGACTTCTGGGCTCGCCTCCTGGAGCGGATGTTCCGCCTGGTGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCAGTACCACTTTACAGATGAGTATCTGGAATGTGTGAGCAAGTATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190643 CCCAGTACCACTTTACAGATGAGTATCTGGAATGTGTGAGCAAGTATACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGCAGCTGAAGCCCTTCGGAGATGTCCCTCGCAAATTGAAGCTCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190693 GAGCAGCTGAAGCCCTTCGGAGATGTCCCTCGCAAATTGAAGCTCCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TACTCGTGCTTTTGTAGCAGCCCGTACTTTCGCTCAAGGCTTAGCGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190743 TACTCGTGCTTTTGTAGCAGCCCGTACTTTCGCTCAAGGCTTAGCGGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CGGGAGATGTCGTGAGCAAGGTCTCCGTG         GTAAACCCCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 190793 CGGGAGATGTCGTGAGCAAGGTCTCCGTGGTA...TAGGTAAACCCCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCCAGTGTACCCATGCCCTGTTGAAGATGATCTACTGCTCCCACTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203555 GCCCAGTGTACCCATGCCCTGTTGAAGATGATCTACTGCTCCCACTGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGGTCTCGTGACTGTGAAGCCATGTTACAACTACTGCTCAAACATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203605 GGGTCTCGTGACTGTGAAGCCATGTTACAACTACTGCTCAAACATCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GAGGCTGTTTGGCCAACCAAGGGGATCTCGATTTTGAATGGAACAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203655 GAGGCTGTTTGGCCAACCAAGGGGATCTCGATTTTGAATGGAACAATTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATAG         ATGCTATGCTGATGGTGGCAGAGAGGCTAGAGGGTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203705 ATAGGTG...TAGATGCTATGCTGATGGTGGCAGAGAGGCTAGAGGGTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTCAACATTGAATCGGTCATGGATCCCATCGATGTGAAGATTTCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208849 TTTCAACATTGAATCGGTCATGGATCCCATCGATGTGAAGATTTCTGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTATTATGAACATGCAGGATAATAGTGTTCAAGTGTCTCAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 208899 CTATTATGAACATGCAGGATAATAGTGTTCAAGTGTCTCAGAAGGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1009    GTTTTCCAGGGATGTGGACCCCCCAAGCCCCTCCCAGCTGGACGAAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209045 CAGGTTTTCCAGGGATGTGGACCCCCCAAGCCCCTCCCAGCTGGACGAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TTCTCGTTCCATCTCTGAAAGTGCCTTCAGTGCTCGCTTCAGACCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209095 TTCTCGTTCCATCTCTGAAAGTGCCTTCAGTGCTCGCTTCAGACCACATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACCCCGAGGAACGCCCAACCACAGCAGCTGGCACTAGTTTGGACCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209145 ACCCCGAGGAACGCCCAACCACAGCAGCTGGCACTAGTTTGGACCGACTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156          GTTACTGATGTCAAGGAGAAACTGAAACAGGCCAAGAAATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209195 GTG...TAGGTTACTGATGTCAAGGAGAAACTGAAACAGGCCAAGAAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTGGTCCTCCCTTCCGAGCAACGTTTGCAACGATGAGAGGATGGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210146 CTGGTCCTCCCTTCCGAGCAACGTTTGCAACGATGAGAGGATGGCTGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GAAACGGCAATGAGGATGACTGTTGGAATGGGAAAGGCAAAAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 210196 GAAACGGCAATGAGGATGACTGTTGGAATGGGAAAGGCAAAAGCAGGTT.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293      GTACCTGTTTGCAGTGACAGGAAATGGATTAGCCAACCAGGGCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210246 ..CAGGTACCTGTTTGCAGTGACAGGAAATGGATTAGCCAACCAGGGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CAACCCAGAGGTCCAGGTTGACACCAGCAAACCAGACATACTGATCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211670 CAACCCAGAGGTCCAGGTTGACACCAGCAAACCAGACATACTGATCCTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GTCAAATCATGGCTCTTCGAGTGATGACCAGCAAGATGAAGAATGCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211720 GTCAAATCATGGCTCTTCGAGTGATGACCAGCAAGATGAAGAATGCATAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AATGGGAACGACGTGGACTTCTTTGATATCA         GTGATGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 211770 AATGGGAACGACGTGGACTTCTTTGATATCAGTA...TAGGTGATGAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TAGTGGAGAAGGAAGTGGAAGTGGCTGTGAGTATCAGCAGTGCCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211907 TAGTGGAGAAGGAAGTGGAAGTGGCTGTGAGTATCAGCAGTGCCCTTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGTTTGACTACAATGCCACTGACCATGCTGGGAAGAGTGCCAATGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211957 AGTTTGACTACAATGCCACTGACCATGCTGGGAAGAGTGCCAATGAGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GCCGACAGTGCTGGTGTCCGTCCTGGGGCACAGGCCTACCTCCTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212007 GCCGACAGTGCTGGTGTCCGTCCTGGGGCACAGGCCTACCTCCTCACTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CTTCTGCATCTTGTTCCTGGTTATGCAGAGAGAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212057 CTTCTGCATCTTGTTCCTGGTTATGCAGAGAGAGTGGAGA