seq1 = pF1KB3122.tfa, 654 bp
seq2 = pF1KB3122/gi568815575f_37325839.tfa (gi568815575f:37325839_37553618), 227780 bp

>pF1KB3122 654
>gi568815575f:37325839_37553618 (ChrX)

10-171  (100001-100162)   100% ->
172-654  (127298-127780)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 GTTTTCCTCACGGGAGAAAAAGCCAATTCCATATTAAAACGCTACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GTTTTCCTCACGGGAGAAAAAGCCAATTCCATATTAAAACGCTACCCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 AGCTAATGGGTTTTTTGAAGAAATAAGACAGGGCAACATTGAGCGTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTAATGGGTTTTTTGAAGAAATAAGACAGGGCAACATTGAGCGTGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    110 GCAAAGAAGAATTCTGTACATTTGAAGAAGCAAGAGAAGCTTTTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAAGAAGAATTCTGTACATTTGAAGAAGCAAGAGAAGCTTTTGAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    160 AATGAAAAAACT         AAGGAGTTTTGGAGCACCTACACAAAAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGAAAAAACTGTA...CAGAAGGAGTTTTGGAGCACCTACACAAAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAACAAGGGGAGAGTAACCGAGGAAGTGACTGGTTTCAGTTTTACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127327 GCAACAAGGGGAGAGTAACCGAGGAAGTGACTGGTTTCAGTTTTACCTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTTCCGTTAATCTTTGGCCTCTTCATTATCCTCCTTGTCATTTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127377 CCTTTCCGTTAATCTTTGGCCTCTTCATTATCCTCCTTGTCATTTTCCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCTGGAGATGCTTCCTAAGAAACAAAACTCGTAGACAGACAGTGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127427 ATCTGGAGATGCTTCCTAAGAAACAAAACTCGTAGACAGACAGTGACTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGCCACATTCCTTTCCCTCAGCACCTTAATATTATCACCCCACCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127477 AGGCCACATTCCTTTCCCTCAGCACCTTAATATTATCACCCCACCCCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACCAGATGAAGTGTTTGACAGCAGTGGATTGTCTCCAGGCTTTCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127527 CACCAGATGAAGTGTTTGACAGCAGTGGATTGTCTCCAGGCTTTCTGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATGTAGTTGGGCGCTCAGATTCCGTCTCTACTCGCCTGTCCAATTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127577 TATGTAGTTGGGCGCTCAGATTCCGTCTCTACTCGCCTGTCCAATTGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCCCCGCCAACCTATGAGGAAGCCACTGGCCAAGTGAACCTGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127627 TCCCCCGCCAACCTATGAGGAAGCCACTGGCCAAGTGAACCTGCAGAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGAAACAGAACCTCATTTAGACCCACCCCCAGAGTATGAGGACATAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127677 GTGAAACAGAACCTCATTTAGACCCACCCCCAGAGTATGAGGACATAGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACTCCAACTCAGCCAGTGCCATTCCTATGGTGCCTGTGGTCACCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127727 AACTCCAACTCAGCCAGTGCCATTCCTATGGTGCCTGTGGTCACCACCAT

    650 
    651 CAAA
        ||||
 127777 CAAA