seq1 = pF1KB3114.tfa, 1635 bp
seq2 = pF1KB3114/gi568815596r_182047082.tfa (gi568815596r:182047082_182622376), 575295 bp

>pF1KB3114 1635
>gi568815596r:182047082_182622376 (Chr2)

(complement)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-215  (357963-358076)   100% ->
216-398  (382085-382267)   100% ->
399-465  (387879-387945)   100% ->
466-582  (391246-391362)   100% ->
583-723  (392231-392371)   100% ->
724-824  (398413-398513)   100% ->
825-950  (416312-416437)   100% ->
951-1052  (420588-420689)   100% ->
1053-1173  (420818-420938)   100% ->
1174-1255  (433317-433398)   100% ->
1256-1376  (435789-435909)   100% ->
1377-1564  (436298-436485)   100% ->
1565-1635  (475225-475295)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTCTAGTGCCACAGAGATTGAAGAATTGGAAAACACCACTTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTCTAGTGCCACAGAGATTGAAGAATTGGAAAACACCACTTTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTATCTTACAGGAGAACAGACTGAAAAAATGTGGCAGCGCCTGAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTATCTTACAGGAGAACAGACTGAAAAAATGTGGCAGCGCCTGAAAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 T         ACTAAGATGCTTGGTGAAGCAGCTGGAAAGAGGTGATGTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTG...TAGACTAAGATGCTTGGTGAAGCAGCTGGAAAGAGGTGATGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGTCGTCGACTTAAAGAAGAATATTGAATATGCGGCATCTGTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358003 AACGTCGTCGACTTAAAGAAGAATATTGAATATGCGGCATCTGTGCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCAGTTTATATCGATGAAACAAG         AAGACTTCTGGATACTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 358053 AGCAGTTTATATCGATGAAACAAGGTA...TAGAAGACTTCTGGATACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGATGAGCTCAGTGACATTCAGACTGACTCAGTCCCATCTGAAGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382102 AAGATGAGCTCAGTGACATTCAGACTGACTCAGTCCCATCTGAAGTCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTGGTTGGCTTCTACCTTTACACGGAAAATGGGGATGACAAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382152 GACTGGTTGGCTTCTACCTTTACACGGAAAATGGGGATGACAAAAAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCTGAGGAAAAACCAAAATTTCGGAGCATTGTGCATGCTGTTCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382202 ACCTGAGGAAAAACCAAAATTTCGGAGCATTGTGCATGCTGTTCAAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAATTTTTGTGGAAAG         AATGTACCGAAAAACATATCATATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 382252 GAATTTTTGTGGAAAGGTA...TAGAATGTACCGAAAAACATATCATATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGGTTTGGCATATCCAGCAGCTGTCATCGTAACATTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 387904 GTTGGTTTGGCATATCCAGCAGCTGTCATCGTAACATTAAAGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  GATGTTGATAAATGGTCTTTCGATGTATTTGCCCTAAATGAAGCAAGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391245 GGATGTTGATAAATGGTCTTTCGATGTATTTGCCCTAAATGAAGCAAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGAGCATAGTCTGAAGTTTATGATTTATGAACTGTTTACCAGATATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391295 GAGAGCATAGTCTGAAGTTTATGATTTATGAACTGTTTACCAGATATGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTATCAACCGTTTCAAG         ATTCCTGTTTCTTGCCTAATCAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 391345 CTTATCAACCGTTTCAAGGTC...CAGATTCCTGTTTCTTGCCTAATCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTTGCAGAAGCTTTAGAAGTTGGTTACAGCAAGTACAAAAATCCATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 392254 CTTTGCAGAAGCTTTAGAAGTTGGTTACAGCAAGTACAAAAATCCATATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAATTTGATTCATGCAGCTGATGTCACTCAAACTGTGCATTACATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 392304 ACAATTTGATTCATGCAGCTGATGTCACTCAAACTGTGCATTACATAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTCATACAGGTATCATG         CACTGGCTCACTGAACTGGAAAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 392354 CTTCATACAGGTATCATGGTA...TAGCACTGGCTCACTGAACTGGAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTAGCAATGGTCTTTGCTGCTGCCATTCATGATTATGAGCATACAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 398436 TTTAGCAATGGTCTTTGCTGCTGCCATTCATGATTATGAGCATACAGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAACAAACAACTTTCACATTCAGACAAG         GTCAGATGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 398486 CAACAAACAACTTTCACATTCAGACAAGGTA...TAGGTCAGATGTTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATTTTGTATAATGATCGCTCTGTCCTTGAGAATCACCACGTGAGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416325 ATTTTGTATAATGATCGCTCTGTCCTTGAGAATCACCACGTGAGTGCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTATCGACTTATGCAAGAAGAAGAAATGAATATCTTGATAAATTTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416375 TTATCGACTTATGCAAGAAGAAGAAATGAATATCTTGATAAATTTATCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGATGACTGGAG         GGATCTTCGGAACCTAGTGATTGAAATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 416425 AAGATGACTGGAGGTG...CAGGGATCTTCGGAACCTAGTGATTGAAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTTTTATCTACAGACATGTCAGGTCACTTCCAGCAAATTAAAAATATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420616 GTTTTATCTACAGACATGTCAGGTCACTTCCAGCAAATTAAAAATATAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAACAGTTTGCAGCAGCCTGAAGG         GATTGACAGAGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 420666 AAACAGTTTGCAGCAGCCTGAAGGGTA...CAGGATTGACAGAGCCAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCATGTCCCTGATTCTCCACGCAGCAGACATCAGCCACCCAGCCAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420835 CCATGTCCCTGATTCTCCACGCAGCAGACATCAGCCACCCAGCCAAATCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TGGAAGCTGCATTATCGGTGGACCATGGCCCTAATGGAGGAGTTTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420885 TGGAAGCTGCATTATCGGTGGACCATGGCCCTAATGGAGGAGTTTTTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCAG         GGAGATAAAGAAGCTGAATTAGGGCTTCCATTTTCCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420935 GCAGGTG...CAGGGAGATAAAGAAGCTGAATTAGGGCTTCCATTTTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACTTTGTGATCGGAAGTCAACCATGGTGGCCCAGTCACAAATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 433354 CACTTTGTGATCGGAAGTCAACCATGGTGGCCCAGTCACAAATAGGTA..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256     GTTTCATCGATTTCATAGTAGAGCCAACATTTTCTCTTCTGACAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433404 .TAGGTTTCATCGATTTCATAGTAGAGCCAACATTTTCTCTTCTGACAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTCAACAGAGAAAATTGTTATTCCTCTTATAGAGGAAGCCTCAAAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 435835 CTCAACAGAGAAAATTGTTATTCCTCTTATAGAGGAAGCCTCAAAAGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAACTTCTTCCTATGTGGCAAGCAG         CTCAACCACCATTGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 435885 AAACTTCTTCCTATGTGGCAAGCAGGTA...TAGCTCAACCACCATTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGGTTACACATTGCTGATGCACTAAGACGATCAAATACAAAAGGCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436314 GGGTTACACATTGCTGATGCACTAAGACGATCAAATACAAAAGGCTCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GAGTGATGGGTCCTATTCCCCAGACTACTCCCTTGCAGCAGTGGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436364 GAGTGATGGGTCCTATTCCCCAGACTACTCCCTTGCAGCAGTGGACCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGAGTTTCAAGAACAACCTGGTGGACATCATTCAGCAGAACAAAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436414 AGAGTTTCAAGAACAACCTGGTGGACATCATTCAGCAGAACAAAGAGAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TGGAAAGAGTTAGCTGCACAAG         GTGAATCTGATCTTCATAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 436464 TGGAAAGAGTTAGCTGCACAAGGTA...TAGGTGAATCTGATCTTCATAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GAACTCAGAAGACTTAGTAAATGCTGAAGAAAAACATGATGAGACACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 475244 GAACTCAGAAGACTTAGTAAATGCTGAAGAAAAACATGATGAGACACATT

   1750 
   1634 CA
        ||
 475294 CA