seq1 = pF1KB3113.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KB3113/gi568815592f_136722666.tfa (gi568815592f:136722666_137013523), 290858 bp

>pF1KB3113 969
>gi568815592f:136722666_137013523 (Chr6)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-188  (102549-102606)   100% ->
189-339  (103654-103804)   100% ->
340-417  (122950-123027)   100% ->
418-526  (123408-123516)   100% ->
527-633  (143962-144068)   100% ->
634-747  (147225-147338)   100% ->
748-803  (149533-149588)   100% ->
804-903  (175477-175576)   100% ->
904-969  (190793-190858)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGCGGTGTGCGGTGGAGCGGCGCGGATGCTGCGGACGCCGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGCGGTGTGCGGTGGAGCGGCGCGGATGCTGCGGACGCCGGGACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACGGCTACGCCGCCGAGTTCTCCCCGTACCTGCCGGGCCGCCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACGGCTACGCCGCCGAGTTCTCCCCGTACCTGCCGGGCCGCCTGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCCACCGCGCAGCACTACGGCATCGCGG         GCTGTGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 GCGCCACCGCGCAGCACTACGGCATCGCGGGTG...TAGGCTGTGGAACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTACTAATATTGGATCCAGATGAAGCTGGGCTAAGGCTTTTTAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102560 CTACTAATATTGGATCCAGATGAAGCTGGGCTAAGGCTTTTTAGAAGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189       CTTTGACTGGAATGATGGTTTGTTTGATGTGACTTGGAGTGAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102610 ...TAGCTTTGACTGGAATGATGGTTTGTTTGATGTGACTTGGAGTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAACGAACATGTCCTCATCACCTGTAGTGGCGATGGCTCGCTGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103698 ACAACGAACATGTCCTCATCACCTGTAGTGGCGATGGCTCGCTGCAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGGACACTGCCAAAGCTGCAGGGCCACTGCAAGTCTATAAAGAACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103748 TGGGACACTGCCAAAGCTGCAGGGCCACTGCAAGTCTATAAAGAACACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGGAG         GTGTATAGTGTTGATTGGAGCCAAACCAGAGGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103798 TCAGGAGGTA...TAGGTGTATAGTGTTGATTGGAGCCAAACCAGAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACAGCTTGTGGTGTCTGGCTCATGGGATCAAACTGTCAAATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122984 AACAGCTTGTGGTGTCTGGCTCATGGGATCAAACTGTCAAATTGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418    TGGGATCCAACTGTTGGAAAGTCTCTGTGCACCTTTAGAGGCCATGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123405 TAGTGGGATCCAACTGTTGGAAAGTCTCTGTGCACCTTTAGAGGCCATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGTATTATTTATAGCACAATCTGGTCTCCCCACATCCCTGGTTGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123455 AAGTATTATTTATAGCACAATCTGGTCTCCCCACATCCCTGGTTGTTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTCAGCCTCAG         GTGATCAGACTCTGAGAATATGGGATGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 123505 CTTCAGCCTCAGGTA...TAGGTGATCAGACTCTGAGAATATGGGATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGGCAGCAGGAGTAAGAATCGTGATTCCTGCACATCAGGCAGAAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143991 AAGGCAGCAGGAGTAAGAATCGTGATTCCTGCACATCAGGCAGAAATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAGTTGTGACTGGTGTAAATACAATGAG         AATTTGCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 144041 GAGTTGTGACTGGTGTAAATACAATGAGGTA...TAGAATTTGCTGGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCGGGGCGGTTGACTGTAGTTTGAGAGGCTGGGACTTAAGGAATGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147238 CCGGGGCGGTTGACTGTAGTTTGAGAGGCTGGGACTTAAGGAATGTACGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAACCAGTGTTTGAACTTCTTGGTCATACCTATGCTATTAGGAGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147288 CAACCAGTGTTTGAACTTCTTGGTCATACCTATGCTATTAGGAGGGTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 A         TTTTCACCATTTCATGCTTCTGTGCTGGCCTCTTGCTCGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147338 AGTA...TAGTTTTCACCATTTCATGCTTCTGTGCTGGCCTCTTGCTCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGATTTTACTGTAAG         ATTCTGGAACTTTTCAAAGCCTGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 149573 ATGATTTTACTGTAAGGTA...CAGATTCTGGAACTTTTCAAAGCCTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCTCTTCTTGAAACAGTGGAGCATCATACAGAGTTTACTTGTGGTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175502 TCTCTTCTTGAAACAGTGGAGCATCATACAGAGTTTACTTGTGGTTTAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTTCAGTCTTCAGAGCCCCACTCAG         GTGGCTGACTGTTCTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 175552 CTTCAGTCTTCAGAGCCCCACTCAGGTA...TAGGTGGCTGACTGTTCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGGATGAAACAATAAAGATCTATGACCCTGCTTGTCTTACTATTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190809 GGGATGAAACAATAAAGATCTATGACCCTGCTTGTCTTACTATTCCTGCT