seq1 = pF1KB3105.tfa, 492 bp
seq2 = pF1KB3105/gi568815592f_36496763.tfa (gi568815592f:36496763_36701794), 205032 bp

>pF1KB3105 492
>gi568815592f:36496763_36701794 (Chr6)

1-206  (100001-100206)   100% ->
207-341  (102087-102221)   100% ->
342-380  (104390-104428)   100% ->
381-467  (104946-105032)   100% ->
468-492  (105200-105224)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCGTGATTCCTGTCCATTGGACTGTAAGGTTTATGTAGGCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCGTGATTCCTGTCCATTGGACTGTAAGGTTTATGTAGGCAATCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAAACAATGGCAACAAGACGGAATTGGAACGGGCTTTTGGCTACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAAACAATGGCAACAAGACGGAATTGGAACGGGCTTTTGGCTACTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACCACTCCGAAGTGTGTGGGTTGCTAGAAACCCACCCGGCTTTGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACCACTCCGAAGTGTGTGGGTTGCTAGAAACCCACCCGGCTTTGCTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTGAATTTGAAGATCCCCGAGATGCAGCTGATGCAGTCCGAGAGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTGAATTTGAAGATCCCCGAGATGCAGCTGATGCAGTCCGAGAGCTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGAAG         AACACTATGTGGCTGCCGTGTAAGAGTGGAACTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGAAGGTG...CAGAACACTATGTGGCTGCCGTGTAAGAGTGGAACTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGAATGGTGAAAAAAGAAGTAGAAATCGTGGCCCACCTCCCTCTTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102122 CGAATGGTGAAAAAAGAAGTAGAAATCGTGGCCCACCTCCCTCTTGGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGTCGCCCTCGAGATGATTATCGTAGGAGGAGTCCTCCACCTCGTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102172 CGTCGCCCTCGAGATGATTATCGTAGGAGGAGTCCTCCACCTCGTCGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342          ATCTCCAAGAAGGAGAAGCTTCTCTCGCAGCCGGAGCAG  
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102222 GTA...TAGATCTCCAAGAAGGAGAAGCTTCTCTCGCAGCCGGAGCAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381        GTCCCTTTCTAGAGATAGGAGAAGAGAGAGATCGCTGTCTCGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104431 A...TAGGTCCCTTTCTAGAGATAGGAGAAGAGAGAGATCGCTGTCTCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGAGAAATCACAAGCCGTCCCGATCCTTCTCTAGGTCTCGTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104989 GAGAGAAATCACAAGCCGTCCCGATCCTTCTCTAGGTCTCGTAGGTA...

    500     .    :    .    :    .
    468    TCGATCTAGGTCAAATGAAAGGAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||
 105197 TAGTCGATCTAGGTCAAATGAAAGGAAA