seq1 = pF1KB3104.tfa, 2409 bp
seq2 = pF1KB3104/gi568815591f_154205495.tfa (gi568815591f:154205495_154992477), 786983 bp

>pF1KB3104 2409
>gi568815591f:154205495_154992477 (Chr7)

56-172  (240718-240834)   100% ->
173-271  (269445-269543)   100% ==
567-697  (522264-522393)   96% ->
698-852  (563923-564077)   100% ->
853-950  (567351-567448)   100% ->
951-1074  (588585-588708)   100% ->
1075-1113  (590351-590389)   100% ->
1114-1221  (595861-595968)   100% ->
1222-1313  (598370-598461)   100% ->
1314-1361  (599423-599470)   100% ->
1362-1480  (601500-601618)   100% ->
1481-1528  (648286-648333)   100% ->
1529-1627  (662501-662599)   100% ->
1628-1697  (667130-667199)   100% ->
1698-1892  (670412-670606)   98% ->
1893-1947  (675394-675448)   100% ->
1948-2059  (680139-680250)   100% ->
2060-2118  (682182-682240)   100% ->
2119-2191  (683778-683850)   98% ->
2192-2265  (683963-684036)   98% ->
2266-2409  (686840-686983)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 AGGAGCTGGTGGGGAGTAACCCTCCGCAGAGGAATTGGAAAGGAATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240718 AGGAGCTGGTGGGGAGTAACCCTCCGCAGAGGAATTGGAAAGGAATAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    106 ATTGCACTGCTTGTCATTCTGGTCATCTGCTCCTTGATCGTCACCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240768 ATTGCACTGCTTGTCATTCTGGTCATCTGCTCCTTGATCGTCACCTCGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    156 CATACTTCTGACACCAG         CGGAAGATAATAGTCTGTCTCAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 240818 CATACTTCTGACACCAGGTA...TAGCGGAAGATAATAGTCTGTCTCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197 AGAAGAAGGTCACTGTAGAAGATCTCTTCAGTGAAGACTTCAAAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269469 AGAAGAAGGTCACTGTAGAAGATCTCTTCAGTGAAGACTTCAAAATTCAT

    200     .    :    .    :    .
    247 GACCCCGAGGCTAAGTGGATAAGTG
        |||||||||||||||||||||||||
 269519 GACCCCGAGGCTAAGTGGATAAGTG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    567 CCAACAGCTGATATTTATTTTTGAAAACAATATCTACTACTGTGCACATG
        ||||-|   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522264 CCAA ATTAGATATTTATTTTTGAAAACAATATCTACTACTGTGCACATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617 TCGGGAAACAGGCCATCCGTGTGGTCTCCACTGGCAAGGAAGGTGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522313 TCGGGAAACAGGCCATCCGTGTGGTCTCCACTGGCAAGGAAGGTGTGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    667 TACAATGGCCTCAGTGACTGGCTGTATGAAG         AGGAGATTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 522363 TACAATGGCCTCAGTGACTGGCTGTATGAAGGTA...TAGAGGAGATTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708 GAAGACACACATCGCACACTGGTGGTCTCCGGATGGCACGAGACTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 563933 GAAGACACACATCGCACACTGGTGGTCTCCGGATGGCACGAGACTCGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758 ACGCCGCCATCAATGATTCCCGTGTCCCCATCATGGAGCTCCCAACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 563983 ACGCCGCCATCAATGATTCCCGTGTCCCCATCATGGAGCTCCCAACTTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    808 ACCGGCTCCATCTACCCCACCGTGAAGCCCTACCACTATCCCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 564033 ACCGGCTCCATCTACCCCACCGTGAAGCCCTACCACTATCCCAAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853     GCTGGAAGTGAGAACCCCAGCATTTCCCTACACGTTATTGGCTTAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 564083 .CAGGCTGGAAGTGAGAACCCCAGCATTTCCCTACACGTTATTGGCTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    899 ATGGACCCACCCATGATCTGGAGATGATGCCGCCTGATGATCCACGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 567397 ATGGACCCACCCATGATCTGGAGATGATGCCGCCTGATGATCCACGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    949 AG         GGAGTACTACATCACCATGGTGAAGTGGGCCACCAGCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 567447 AGGTT...CAGGGAGTACTACATCACCATGGTGAAGTGGGCCACCAGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 CAAGGTCGCCGTGACCTGGCTGAACCGGGCGCAGAACGTGTCCATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 588624 CAAGGTCGCCGTGACCTGGCTGAACCGGGCGCAGAACGTGTCCATCCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040 CCCTCTGCGACGCCACCACGGGGGTCTGCACGAAG         AAACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 588674 CCCTCTGCGACGCCACCACGGGGGTCTGCACGAAGGTA...CAGAAACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081 GAGGATGAAAGTGAGGCCTGGCTCCACAGACAG         AATGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 590357 GAGGATGAAAGTGAGGCCTGGCTCCACAGACAGGTA...CAGAATGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1122 ACCTGTGTTCTCCAAGGATGGCCGAAAGTTTTTCTTCATCAGAGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 595869 ACCTGTGTTCTCCAAGGATGGCCGAAAGTTTTTCTTCATCAGAGCCATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1172 CCCAGGGAGGACGAGGGAAATTCTATCACATCACGGTGTCCTCGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 595919 CCCAGGGAGGACGAGGGAAATTCTATCACATCACGGTGTCCTCGTCCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1222          CCCAACAGCAGCAACGACAACATCCAGTCCATCACCTCCGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 595969 GTA...CAGCCCAACAGCAGCAACGACAACATCCAGTCCATCACCTCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1263 GGACTGGGACGTGACCAAGATCCTAGCCTACGATGAGAAGGGGAATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 598411 GGACTGGGACGTGACCAAGATCCTAGCCTACGATGAGAAGGGGAATAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313 T         CTACTTCCTGAGCACGGAGGACCTGCCTCGGAGACGACAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 598461 TGTG...CAGCTACTTCCTGAGCACGGAGGACCTGCCTCGGAGACGACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1354 CTCTACAG         TGCCAACACGGTGGGCAACTTCAACAGGCAGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 599463 CTCTACAGGTA...CAGTGCCAACACGGTGGGCAACTTCAACAGGCAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1395 CCTCTCCTGTGACCTGGTTGAGAACTGCACCTACTTCAGCGCTTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 601533 CCTCTCCTGTGACCTGGTTGAGAACTGCACCTACTTCAGCGCTTCCTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1445 GCCATAGCATGGACTTCTTCCTGCTCAAGTGCGAAG         GTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 601583 GCCATAGCATGGACTTCTTCCTGCTCAAGTGCGAAGGTC...CAGGTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1486 GGTGTTCCTATGGTGACGGTGCACAACACAACAGATAAGAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 648291 GGTGTTCCTATGGTGACGGTGCACAACACAACAGATAAGAAAAGTA...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529   AAATGTTTGACCTAGAAACAAATGAACATGTCAAGAAGGCCATAAATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 662499 AGAAATGTTTGACCTAGAAACAAATGAACATGTCAAGAAGGCCATAAATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1577 ACCGACAGATGCCTAAAGTGGAATACAGGGACATTGAGATTGATGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 662549 ACCGACAGATGCCTAAAGTGGAATACAGGGACATTGAGATTGATGATTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1627 A         ACCTGCCCATGCAGATACTGAAGCCAGCAACCTTCACCGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 662599 AGTA...CAGACCTGCCCATGCAGATACTGAAGCCAGCAACCTTCACCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1668 CACCACCCACTACCCTCTGCTCCTGGTGGT         GGATGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 667170 CACCACCCACTACCCTCTGCTCCTGGTGGTGTA...CAGGGATGGCACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1709 CGGGCAGCCAGAGTGTAGCTGAGAAGTTCGAGGTGAGCTGGGAGACGGTG
        | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 670423 CAGGCAGCCAGAGTGTGGCTGAGAAGTTCGAGGTGAGCTGGGAGACGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1759 ATGGTGAGCAGCCACGGCGCGGTGGTGGTAAAGTGTGACGGCCGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 670473 ATGGTGAGCAGCCACGGCGCGGTGGTGGTAAAGTGTGACGGCCGTGGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1809 CGGCTTCCAAGGGACCAAGCTCCTGCACGAAGTGAGGCGGCGGCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 670523 CGGCTTCCAAGGGACCAAGCTCCTGCACGAAGTGAGGCGGCGGCTGGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1859 TGCTGGAGGAGAAGGACCAGATGGAGGCCGTGCG         GACGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 670573 TGCTGGAGGAGAAGGACCAGATGGAGGCCGTGCGGTG...CAGGACGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1900 CTGAAGGAGCAGTACATTGACAGGACGCGCGTGGCCGTGTTTGGGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 675401 CTGAAGGAGCAGTACATTGACAGGACGCGCGTGGCCGTGTTTGGGAAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948        GATTACGGTGGCTACCTGAGCACCTACATCCTCCCAGCAAAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 675451 G...CAGGATTACGGTGGCTACCTGAGCACCTACATCCTCCCAGCAAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1991 GAGAAAATCAAGGCCAGACATTCACCTGCGGCTCTGCTCTCTCTCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 680182 GAGAAAATCAAGGCCAGACATTCACCTGCGGCTCTGCTCTCTCTCCAATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2041 ACAGACTTCAAACTCTATG         CCTCTGCGTTTTCCGAGAGGTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 680232 ACAGACTTCAAACTCTATGGTA...CAGCCTCTGCGTTTTCCGAGAGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2082 CTTGGGCCTCCATGGACTTGACAACAGAGCATACGAG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 682204 CTTGGGCCTCCATGGACTTGACAACAGAGCATACGAGGTG...CAGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2123 CCAAGGTAGCCCATCGAGTCTCCGCGCTGGAAGAACAGCAGTTCCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 683782 CCAAGGTAGCCCATCGAGTCTCCGCGCTGGAAGAACAGCAGTTCCTGATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2173 ATTCATCCCACTGCTGATG         AAAAAATTCATTTCCAGCACAC
        |||||||||||||| ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 683832 ATTCATCCCACTGCCGATGGTA...CAGAAAAAATTCATTTCCAGCACAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2214 AGCAGAACTCATTACACAACTAATTAGAGGAAAGGCTAATTACAGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 683985 AGCAGAACTCATTACACAACTAATTAGGGGAAAGGCTAATTACAGCTTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2264 AG         ATTTACCCGGACGAAAGCCATTACTTTACCAGCTCCAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 684035 AGGTA...CAGATTTACCCGGACGAAAGCCATTACTTTACCAGCTCCAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2305 CTCAAACAGCATCTGTACCGGTCCATCATCAACTTCTTCGTGGAATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 686879 CTCAAACAGCATCTGTACCGGTCCATCATCAACTTCTTCGTGGAATGCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2355 CAGGATCCAGGACAAACTGCCGACAGTCACAGCGAAAGAGGACGAGGAGG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 686929 CAGGATCCAGGACAAACTGCTGACAGTCACAGCGAAAGAGGACGAGGAGG

   2000     .
   2405 AGGAC
        |||||
 686979 AGGAC