seq1 = pF1KB3103.tfa, 1650 bp
seq2 = pF1KB3103/gi568815587f_70307298.tfa (gi568815587f:70307298_70535159), 227862 bp

>pF1KB3103 1650
>gi568815587f:70307298_70535159 (Chr11)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-161  (100221-100294)   100% ->
162-291  (102534-102663)   100% ->
292-402  (107245-107355)   100% ->
403-457  (108366-108420)   100% ->
458-568  (109716-109826)   100% ->
569-679  (112449-112559)   100% ->
680-790  (113103-113213)   100% ->
791-901  (114173-114283)   100% ->
902-957  (115643-115698)   100% ->
958-1027  (118035-118104)   100% ->
1028-1176  (121754-121902)   100% ->
1177-1266  (123894-123983)   100% ->
1267-1444  (125804-125981)   100% ->
1445-1516  (126350-126421)   100% ->
1517-1650  (127729-127862)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAAAGCTTCAGCAGGCCACGCTGTGTCCATCGCCCAGGATGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGAAAGCTTCAGCAGGCCACGCTGTGTCCATCGCCCAGGATGACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGCCGATGACTGGGAGACCGACCCTGATTTTGTG         AATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GGGGGCCGATGACTGGGAGACCGACCCTGATTTTGTGGTA...CAGAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTGAGTGAGAAGGAGCAAAGATGGGGTGCCAAGACGGTGCAGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100225 ATGTGAGTGAGAAGGAGCAAAGATGGGGTGCCAAGACGGTGCAGGGCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGCACCAGGAGCATATCAA         CATACACAAGCTGAGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100275 GGGCACCAGGAGCATATCAAGTA...AAGCATACACAAGCTGAGGGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTCTTTCAAGAGCATCAGACCCTTAAGGAGAAGGAACTTGAAACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102555 TGTCTTTCAAGAGCATCAGACCCTTAAGGAGAAGGAACTTGAAACAGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAAAAGCTTCCCATGGCTATGGAGGGAAATTTGGTGTGGAACAAGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102605 CAAAAGCTTCCCATGGCTATGGAGGGAAATTTGGTGTGGAACAAGACCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGATAAG         TCAGCTGTCGGCCACGAATATCAGTCGAAACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102655 ATGGATAAGGTA...CAGTCAGCTGTCGGCCACGAATATCAGTCGAAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCCAAGCACTGCTCGCAGGTGGACTCGGTCCGTGGCTTCGGAGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107277 TTCCAAGCACTGCTCGCAGGTGGACTCGGTCCGTGGCTTCGGAGGCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGGTGTCCAGATGGACAGAGTTGATCAG         TCTGCTGTAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107327 TTGGTGTCCAGATGGACAGAGTTGATCAGGTG...CAGTCTGCTGTAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTGAATACCAGGGGAAGACTGAGAAGCATGCCTCCCAGAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108378 TTTGAATACCAGGGGAAGACTGAGAAGCATGCCTCCCAGAAAGGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    458   ACTACTCCAGTGGTTTTGGCGGCAAGTATGGCGTGCAGGCCGACCGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109714 AGACTACTCCAGTGGTTTTGGCGGCAAGTATGGCGTGCAGGCCGACCGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGACAAGAGCGCGGTGGGCTTCGACTACCAGGGCAAGACGGAGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109764 TAGACAAGAGCGCGGTGGGCTTCGACTACCAGGGCAAGACGGAGAAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGTCACAGAGAG         ATTACTCCAAAGGTTTCGGCGGCAAATA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109814 GAGTCACAGAGAGGTG...TAGATTACTCCAAAGGTTTCGGCGGCAAATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CGGTATCGACAAGGACAAAGTGGATAAGAGCGCCGTTGGCTTTGAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112477 CGGTATCGACAAGGACAAAGTGGATAAGAGCGCCGTTGGCTTTGAGTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGGCAAAACGGAGAAGCACGAGTCCCAGAAAG         ACTATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112527 AAGGCAAAACGGAGAAGCACGAGTCCCAGAAAGGTG...TAGACTATGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAAGGGTTTGGAGGAAAATTTGGTGTGCAGACAGACAGACAAGACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113111 AAAGGGTTTGGAGGAAAATTTGGTGTGCAGACAGACAGACAAGACAAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCCCTTGGCTGGGATCACCAGGAGAAATTGCAGCTGCATGAATCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113161 TGCCCTTGGCTGGGATCACCAGGAGAAATTGCAGCTGCATGAATCCCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAG         ATTATAAGACTGGTTTTGGAGGCAAATTCGGTGTTCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113211 AAGGTA...CAGATTATAAGACTGGTTTTGGAGGCAAATTCGGTGTTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCGGAGAGGCAGGACTCCGCTGCTGTGGGGTTTGATTACAAGGAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114211 TCGGAGAGGCAGGACTCCGCTGCTGTGGGGTTTGATTACAAGGAGAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGCCAAGCACGAGTCCCAGCAAG         ACTACTCCAAAGGATTCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114261 GGCCAAGCACGAGTCCCAGCAAGGCA...CAGACTACTCCAAAGGATTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCGGGAAGTATGGGGTGCAGAAGGATCGGATGGATAAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115661 GCGGGAAGTATGGGGTGCAGAAGGATCGGATGGATAAGGTA...CAGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCGTCAACCTTTGAGGATGTCACCCAGGTGTCCTCTGCCTACCAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118038 GCGTCAACCTTTGAGGATGTCACCCAGGTGTCCTCTGCCTACCAGAAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGTACCTGTCGAAGCTG         TGACCAGCAAAACAAGTAACATCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118088 AGTACCTGTCGAAGCTGGTG...TAGTGACCAGCAAAACAAGTAACATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GAGCTAACTTTGAAAACCTCGCTAAGGAGAAAGAGCAGGAGGACAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121778 GAGCTAACTTTGAAAACCTCGCTAAGGAGAAAGAGCAGGAGGACAGGCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AAGGCGGAGGCGGAGAGAGCCCAGCGGATGGCCAAGGAGCGGCAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121828 AAGGCGGAGGCGGAGAGAGCCCAGCGGATGGCCAAGGAGCGGCAGGAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGAAGAGGCCAGGAGGAAGCTGGAG         GAGCAAGCCAGAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 121878 GGAAGAGGCCAGGAGGAAGCTGGAGGTG...CAGGAGCAAGCCAGAGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AAACGCAAACGCCCCCTGTGTCGCCCGCACCTCAGCCAACCGAGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123910 AAACGCAAACGCCCCCTGTGTCGCCCGCACCTCAGCCAACCGAGGAGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTGCCCTCGAGCCCCGTCTATGAG         GATGCGGCTTCCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123960 CTGCCCTCGAGCCCCGTCTATGAGGTT...CAGGATGCGGCTTCCTTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGCAGAGCTGAGCTACAGAGGCCCTGTGAGTGGGACGGAGCCGGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125821 GGCAGAGCTGAGCTACAGAGGCCCTGTGAGTGGGACGGAGCCGGAGCCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TGTACAGCATGGAGGCCGCTGACTACCGAGAGGCCAGCAGCCAGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125871 TGTACAGCATGGAGGCCGCTGACTACCGAGAGGCCAGCAGCCAGCAGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CTGGCCTATGCCACAGAGGCTGTCTATGAAAGCGCAGAGGCCCCGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125921 CTGGCCTATGCCACAGAGGCTGTCTATGAAAGCGCAGAGGCCCCGGGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CTATCCCGCAG         AGGACAGCACCTACGATGAGTACGAGAACG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125971 CTATCCCGCAGGTA...TAGAGGACAGCACCTACGATGAGTACGAGAACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 ATCTGGGGATCACAGCCGTCGCCCTGTACGACTACCAGGCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 126380 ATCTGGGGATCACAGCCGTCGCCCTGTACGACTACCAGGCTGGTG...CA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1517  CGGGCGATGATGAGATCTCATTTGACCCTGATGACATCATCACCAACAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127728 GCGGGCGATGATGAGATCTCATTTGACCCTGATGACATCATCACCAACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CGAGATGATTGACGACGGCTGGTGGCGCGGGGTGTGCAAGGGCCGGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127778 CGAGATGATTGACGACGGCTGGTGGCGCGGGGTGTGCAAGGGCCGGTACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1616 GGCTCTTCCCAGCCAACTATGTGGAGCTGCGGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127828 GGCTCTTCCCAGCCAACTATGTGGAGCTGCGGCAG