seq1 = pF1KB3091.tfa, 2802 bp
seq2 = pF1KB3091/gi568815596f_47303192.tfa (gi568815596f:47303192_47582946), 279755 bp

>pF1KB3091 2802
>gi568815596f:47303192_47582946 (Chr2)

1-211  (100001-100211)   100% ->
212-366  (105210-105364)   100% ->
367-645  (106903-107181)   100% ->
646-792  (109223-109369)   100% ->
793-942  (111078-111227)   100% ->
943-1076  (113105-113238)   100% ->
1077-1276  (126551-126750)   100% ->
1277-1386  (142357-142466)   100% ->
1387-1510  (159840-159963)   100% ->
1511-1661  (163467-163617)   100% ->
1662-1759  (167774-167871)   100% ->
1760-2005  (171834-172079)   100% ->
2006-2210  (173176-173380)   100% ->
2211-2458  (175081-175328)   100% ->
2459-2634  (177505-177680)   100% ->
2635-2802  (179588-179755)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTGCAGCCGAAGGAGACGCTGCAGTTGGAGAGCGCGGCCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTGCAGCCGAAGGAGACGCTGCAGTTGGAGAGCGCGGCCGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTTCGTGCGCTTCTTTCAGGGCATGCCGGAGAAGCCGACCACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTTCGTGCGCTTCTTTCAGGGCATGCCGGAGAAGCCGACCACCACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGCCTTTTCGACCGGGGCGACTTCTATACGGCGCACGGCGAGGACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGCCTTTTCGACCGGGGCGACTTCTATACGGCGCACGGCGAGGACGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCTGGCCGCCCGGGAGGTGTTCAAGACCCAGGGGGTGATCAAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCTGGCCGCCCGGGAGGTGTTCAAGACCCAGGGGGTGATCAAGTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGCCGGCAG         GAGCAAAGAATCTGCAGAGTGTTGTGCTTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGGCCGGCAGGTG...AAGGAGCAAAGAATCTGCAGAGTGTTGTGCTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTAAAATGAATTTTGAATCTTTTGTAAAAGATCTTCTTCTGGTTCGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105240 GTAAAATGAATTTTGAATCTTTTGTAAAAGATCTTCTTCTGGTTCGTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATAGAGTTGAAGTTTATAAGAATAGAGCTGGAAATAAGGCATCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105290 TATAGAGTTGAAGTTTATAAGAATAGAGCTGGAAATAAGGCATCCAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAATGATTGGTATTTGGCATATAAG         GCTTCTCCTGGCAATC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105340 GAATGATTGGTATTTGGCATATAAGGTA...TAGGCTTCTCCTGGCAATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTCTCAGTTTGAAGACATTCTCTTTGGTAACAATGATATGTCAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106919 TCTCTCAGTTTGAAGACATTCTCTTTGGTAACAATGATATGTCAGCTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTGGTGTTGTGGGTGTTAAAATGTCCGCAGTTGATGGCCAGAGACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106969 ATTGGTGTTGTGGGTGTTAAAATGTCCGCAGTTGATGGCCAGAGACAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGAGTTGGGTATGTGGATTCCATACAGAGGAAACTAGGACTGTGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107019 TGGAGTTGGGTATGTGGATTCCATACAGAGGAAACTAGGACTGTGTGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCCTGATAATGATCAGTTCTCCAATCTTGAGGCTCTCCTCATCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107069 TCCCTGATAATGATCAGTTCTCCAATCTTGAGGCTCTCCTCATCCAGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGACCAAAGGAATGTGTTTTACCCGGAGGAGAGACTGCTGGAGACATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107119 GGACCAAAGGAATGTGTTTTACCCGGAGGAGAGACTGCTGGAGACATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAAACTGAGACAG         ATAATTCAAAGAGGAGGAATTCTGATCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107169 GAAACTGAGACAGGTA...TAGATAATTCAAAGAGGAGGAATTCTGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGAAAGAAAAAAAGCTGACTTTTCCACAAAAGACATTTATCAGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109251 CAGAAAGAAAAAAAGCTGACTTTTCCACAAAAGACATTTATCAGGACCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACCGGTTGTTGAAAGGCAAAAAGGGAGAGCAGATGAATAGTGCTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109301 AACCGGTTGTTGAAAGGCAAAAAGGGAGAGCAGATGAATAGTGCTGTATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCCAGAAATGGAGAATCAG         GTTGCAGTTTCATCACTGTCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109351 GCCAGAAATGGAGAATCAGGTA...TAGGTTGCAGTTTCATCACTGTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGGTAATCAAGTTTTTAGAACTCTTATCAGATGATTCCAACTTTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111100 CGGTAATCAAGTTTTTAGAACTCTTATCAGATGATTCCAACTTTGGACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTGAACTGACTACTTTTGACTTCAGCCAGTATATGAAATTGGATATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111150 TTTGAACTGACTACTTTTGACTTCAGCCAGTATATGAAATTGGATATTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGCAGTCAGAGCCCTTAACCTTTTTCAG         GGTTCTGTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111200 AGCAGTCAGAGCCCTTAACCTTTTTCAGGTA...TAGGGTTCTGTTGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATACCACTGGCTCTCAGTCTCTGGCTGCCTTGCTGAATAAGTGTAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113118 ATACCACTGGCTCTCAGTCTCTGGCTGCCTTGCTGAATAAGTGTAAAACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCTCAAGGACAAAGACTTGTTAACCAGTGGATTAAGCAGCCTCTCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113168 CCTCAAGGACAAAGACTTGTTAACCAGTGGATTAAGCAGCCTCTCATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TAAGAACAGAATAGAGGAGAG         ATTGAATTTAGTGGAAGCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113218 TAAGAACAGAATAGAGGAGAGGTA...CAGATTGAATTTAGTGGAAGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TTGTAGAAGATGCAGAATTGAGGCAGACTTTACAAGAAGATTTACTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126571 TTGTAGAAGATGCAGAATTGAGGCAGACTTTACAAGAAGATTTACTTCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CGATTCCCAGATCTTAACCGACTTGCCAAGAAGTTTCAAAGACAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126621 CGATTCCCAGATCTTAACCGACTTGCCAAGAAGTTTCAAAGACAAGCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AAACTTACAAGATTGTTACCGACTCTATCAGGGTATAAATCAACTACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126671 AAACTTACAAGATTGTTACCGACTCTATCAGGGTATAAATCAACTACCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATGTTATACAGGCTCTGGAAAAACATGAAG         GAAAACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 126721 ATGTTATACAGGCTCTGGAAAAACATGAAGGTA...TAGGAAAACACCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AAATTATTGTTGGCAGTTTTTGTGACTCCTCTTACTGATCTTCGTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142368 AAATTATTGTTGGCAGTTTTTGTGACTCCTCTTACTGATCTTCGTTCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTTCTCCAAGTTTCAGGAAATGATAGAAACAACTTTAGATATGGATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 142418 CTTCTCCAAGTTTCAGGAAATGATAGAAACAACTTTAGATATGGATCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1387         GTGGAAAACCATGAATTCCTTGTAAAACCTTCATTTGATCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142468 TA...CAGGTGGAAAACCATGAATTCCTTGTAAAACCTTCATTTGATCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AATCTCAGTGAATTAAGAGAAATAATGAATGACTTGGAAAAGAAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159882 AATCTCAGTGAATTAAGAGAAATAATGAATGACTTGGAAAAGAAGATGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GTCAACATTAATAAGTGCAGCCAGAGATCTTG         GCTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 159932 GTCAACATTAATAAGTGCAGCCAGAGATCTTGGTA...AAGGCTTGGACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTGGCAAACAGATTAAACTGGATTCCAGTGCACAGTTTGGATATTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163476 CTGGCAAACAGATTAAACTGGATTCCAGTGCACAGTTTGGATATTACTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CGTGTAACCTGTAAGGAAGAAAAAGTCCTTCGTAACAATAAAAACTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163526 CGTGTAACCTGTAAGGAAGAAAAAGTCCTTCGTAACAATAAAAACTTTAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TACTGTAGATATCCAGAAGAATGGTGTTAAATTTACCAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 163576 TACTGTAGATATCCAGAAGAATGGTGTTAAATTTACCAACAGGTT...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1662  CAAATTGACTTCTTTAAATGAAGAGTATACCAAAAATAAAACAGAATAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167773 GCAAATTGACTTCTTTAAATGAAGAGTATACCAAAAATAAAACAGAATAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GAAGAAGCCCAGGATGCCATTGTTAAAGAAATTGTCAATATTTCTTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 167823 GAAGAAGCCCAGGATGCCATTGTTAAAGAAATTGTCAATATTTCTTCAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1760         GCTATGTAGAACCAATGCAGACACTCAATGATGTGTTAGCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167873 TA...CAGGCTATGTAGAACCAATGCAGACACTCAATGATGTGTTAGCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AGCTAGATGCTGTTGTCAGCTTTGCTCACGTGTCAAATGGAGCACCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171876 AGCTAGATGCTGTTGTCAGCTTTGCTCACGTGTCAAATGGAGCACCTGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CCATATGTACGACCAGCCATTTTGGAGAAAGGACAAGGAAGAATTATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171926 CCATATGTACGACCAGCCATTTTGGAGAAAGGACAAGGAAGAATTATATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 AAAAGCATCCAGGCATGCTTGTGTTGAAGTTCAAGATGAAATTGCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171976 AAAAGCATCCAGGCATGCTTGTGTTGAAGTTCAAGATGAAATTGCATTTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TTCCTAATGACGTATACTTTGAAAAAGATAAACAGATGTTCCACATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172026 TTCCTAATGACGTATACTTTGAAAAAGATAAACAGATGTTCCACATCATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ACTG         GCCCCAATATGGGAGGTAAATCAACATATATTCGACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172076 ACTGGTA...TAGGCCCCAATATGGGAGGTAAATCAACATATATTCGACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 AACTGGGGTGATAGTACTCATGGCCCAAATTGGGTGTTTTGTGCCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173213 AACTGGGGTGATAGTACTCATGGCCCAAATTGGGTGTTTTGTGCCATGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AGTCAGCAGAAGTGTCCATTGTGGACTGCATCTTAGCCCGAGTAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173263 AGTCAGCAGAAGTGTCCATTGTGGACTGCATCTTAGCCCGAGTAGGGGCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GGTGACAGTCAATTGAAAGGAGTCTCCACGTTCATGGCTGAAATGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173313 GGTGACAGTCAATTGAAAGGAGTCTCCACGTTCATGGCTGAAATGTTGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 AACTGCTTCTATCCTCAG         GTCTGCAACCAAAGATTCATTAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 173363 AACTGCTTCTATCCTCAGGTA...CAGGTCTGCAACCAAAGATTCATTAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TAATCATAGATGAATTGGGAAGAGGAACTTCTACCTACGATGGATTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175104 TAATCATAGATGAATTGGGAAGAGGAACTTCTACCTACGATGGATTTGGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 TTAGCATGGGCTATATCAGAATACATTGCAACAAAGATTGGTGCTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175154 TTAGCATGGGCTATATCAGAATACATTGCAACAAAGATTGGTGCTTTTTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 CATGTTTGCAACCCATTTTCATGAACTTACTGCCTTGGCCAATCAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175204 CATGTTTGCAACCCATTTTCATGAACTTACTGCCTTGGCCAATCAGATAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 CAACTGTTAATAATCTACATGTCACAGCACTCACCACTGAAGAGACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175254 CAACTGTTAATAATCTACATGTCACAGCACTCACCACTGAAGAGACCTTA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 ACTATGCTTTATCAGGTGAAGAAAG         GTGTCTGTGATCAAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 175304 ACTATGCTTTATCAGGTGAAGAAAGGTA...TAGGTGTCTGTGATCAAAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 TTTTGGGATTCATGTTGCAGAGCTTGCTAATTTCCCTAAGCATGTAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177521 TTTTGGGATTCATGTTGCAGAGCTTGCTAATTTCCCTAAGCATGTAATAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 AGTGTGCTAAACAGAAAGCCCTGGAACTTGAGGAGTTTCAGTATATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177571 AGTGTGCTAAACAGAAAGCCCTGGAACTTGAGGAGTTTCAGTATATTGGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 GAATCGCAAGGATATGATATCATGGAACCAGCAGCAAAGAAGTGCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177621 GAATCGCAAGGATATGATATCATGGAACCAGCAGCAAAGAAGTGCTATCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 GGAAAGAGAG         CAAGGTGAAAAAATTATTCAGGAGTTCCTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 177671 GGAAAGAGAGGTT...CAGCAAGGTGAAAAAATTATTCAGGAGTTCCTGT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 CCAAGGTGAAACAAATGCCCTTTACTGAAATGTCAGAAGAAAACATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179619 CCAAGGTGAAACAAATGCCCTTTACTGAAATGTCAGAAGAAAACATCACA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 ATAAAGTTAAAACAGCTAAAAGCTGAAGTAATAGCAAAGAATAATAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179669 ATAAAGTTAAAACAGCTAAAAGCTGAAGTAATAGCAAAGAATAATAGCTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .
   2766 TGTAAATGAAATCATTTCACGAATAAAAGTTACTACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179719 TGTAAATGAAATCATTTCACGAATAAAAGTTACTACG