seq1 = pF1KB3090.tfa, 1854 bp
seq2 = pF1KB3090/gi568815587f_102249855.tfa (gi568815587f:102249855_102478180), 228326 bp

>pF1KB3090 1854
>gi568815587f:102249855_102478180 (Chr11)

1-895  (100001-100895)   100% ->
896-995  (100990-101089)   100% ->
996-1074  (113042-113120)   100% ->
1075-1123  (113814-113862)   100% ->
1124-1366  (118452-118694)   100% ->
1367-1621  (127642-127896)   100% ->
1622-1663  (128003-128044)   100% ->
1664-1854  (128136-128326)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACAAAACTGCCTCCCAAAGACTTTTCCCAGGTCCCTCGTATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACAAAACTGCCTCCCAAAGACTTTTCCCAGGTCCCTCGTATCAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTAAGAGTATAATGGAAGATAGCACGATCTTGTCAGATTGGACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTAAGAGTATAATGGAAGATAGCACGATCTTGTCAGATTGGACAAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAACAAACAAAAAATGAAGTATGACTTTTCCTGTGAACTCTACAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAACAAACAAAAAATGAAGTATGACTTTTCCTGTGAACTCTACAGAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTACATATTCAACTTTCCCCGCCGGGGTGCCTGTCTCAGAAAGGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTACATATTCAACTTTCCCCGCCGGGGTGCCTGTCTCAGAAAGGAGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCTCGTGCTGGTTTTTATTATACTGGTGTGAATGACAAGGTCAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCTCGTGCTGGTTTTTATTATACTGGTGTGAATGACAAGGTCAAATGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTGTTGTGGCCTGATGCTGGATAACTGGAAACTAGGAGACAGTCCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTGTTGTGGCCTGATGCTGGATAACTGGAAACTAGGAGACAGTCCTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAAAAGCATAAACAGCTATATCCTAGCTGTAGCTTTATTCAGAATCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAAAAGCATAAACAGCTATATCCTAGCTGTAGCTTTATTCAGAATCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCAGCTAGTCTGGGATCCACCTCTAAGAATACGTCTCCAATGAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCAGCTAGTCTGGGATCCACCTCTAAGAATACGTCTCCAATGAGAAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTTTTGCACATTCATTATCTCCCACCTTGGAACATAGTAGCTTGTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTTTTGCACATTCATTATCTCCCACCTTGGAACATAGTAGCTTGTTCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTTCTTACTCCAGCCTTTCTCCAAACCCTCTTAATTCTAGAGCAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTTCTTACTCCAGCCTTTCTCCAAACCCTCTTAATTCTAGAGCAGTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGACATCTCTTCATCGAGGACTAACCCCTACAGTTATGCAATGAGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGACATCTCTTCATCGAGGACTAACCCCTACAGTTATGCAATGAGTACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAGAAGCCAGATTTCTTACCTACCATATGTGGCCATTAACTTTTTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAGAAGCCAGATTTCTTACCTACCATATGTGGCCATTAACTTTTTTGTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCATCAGAATTGGCAAGAGCTGGTTTTTATTATATAGGACCTGGAGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCATCAGAATTGGCAAGAGCTGGTTTTTATTATATAGGACCTGGAGATAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGTAGCCTGCTTTGCCTGTGGTGGGAAGCTCAGTAACTGGGAACCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGTAGCCTGCTTTGCCTGTGGTGGGAAGCTCAGTAACTGGGAACCAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGATGCTATGTCAGAACACCGGAGGCATTTTCCCAACTGTCCATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGATGCTATGTCAGAACACCGGAGGCATTTTCCCAACTGTCCATTTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAAAATTCTCTAGAAACTCTGAGGTTTAGCATTTCAAATCTGAGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAAAATTCTCTAGAAACTCTGAGGTTTAGCATTTCAAATCTGAGCATGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GACACATGCAGCTCGAATGAGAACATTTATGTACTGGCCATCTAGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GACACATGCAGCTCGAATGAGAACATTTATGTACTGGCCATCTAGTGTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGTTCAGCCTGAGCAGCTTGCAAGTGCTGGTTTTTATTATGTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100851 CAGTTCAGCCTGAGCAGCTTGCAAGTGCTGGTTTTTATTATGTGGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896     GTCGCAATGATGATGTCAAATGCTTTTGTTGTGATGGTGGCTTGAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 .AAGGTCGCAATGATGATGTCAAATGCTTTTGTTGTGATGGTGGCTTGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTGTTGGGAATCTGGAGATGATCCATGGGTAGAACATGCCAAGTGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101036 GTGTTGGGAATCTGGAGATGATCCATGGGTAGAACATGCCAAGTGGTTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CAAG         GTGTGAGTTCTTGATACGAATGAAAGGCCAAGAGTTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101086 CAAGGTA...TAGGTGTGAGTTCTTGATACGAATGAAAGGCCAAGAGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GTTGATGAGATTCAAGGTAGATATCCTCATCTTCTTGAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113079 GTTGATGAGATTCAAGGTAGATATCCTCATCTTCTTGAACAGGTA...TA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075  CTGTTGTCAACTTCAGATACCACTGGAGAAGAAAATGCTGACCCACCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113813 GCTGTTGTCAACTTCAGATACCACTGGAGAAGAAAATGCTGACCCACCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124          TTATTCATTTTGGACCTGGAGAAAGTTCTTCAGAAGATGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113863 GTA...TAGTTATTCATTTTGGACCTGGAGAAAGTTCTTCAGAAGATGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTCATGATGAATACACCTGTGGTTAAATCTGCCTTGGAAATGGGCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118493 GTCATGATGAATACACCTGTGGTTAAATCTGCCTTGGAAATGGGCTTTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TAGAGACCTGGTGAAACAAACAGTTCAAAGTAAAATCCTGACAACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118543 TAGAGACCTGGTGAAACAAACAGTTCAAAGTAAAATCCTGACAACTGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AGAACTATAAAACAGTTAATGATATTGTGTCAGCACTTCTTAATGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118593 AGAACTATAAAACAGTTAATGATATTGTGTCAGCACTTCTTAATGCTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GATGAAAAAAGAGAAGAGGAGAAGGAAAAACAAGCTGAAGAAATGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118643 GATGAAAAAAGAGAAGAGGAGAAGGAAAAACAAGCTGAAGAAATGGCATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AG         ATGATTTGTCATTAATTCGGAAGAACAGAATGGCTCTCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118693 AGGTA...AAGATGATTTGTCATTAATTCGGAAGAACAGAATGGCTCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TTCAACAATTGACATGTGTGCTTCCTATCCTGGATAATCTTTTAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127681 TTCAACAATTGACATGTGTGCTTCCTATCCTGGATAATCTTTTAAAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AATGTAATTAATAAACAGGAACATGATATTATTAAACAAAAAACACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127731 AATGTAATTAATAAACAGGAACATGATATTATTAAACAAAAAACACAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ACCTTTACAAGCGAGAGAACTGATTGATACCATTTTGGTTAAAGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127781 ACCTTTACAAGCGAGAGAACTGATTGATACCATTTTGGTTAAAGGAAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CTGCGGCCAACATCTTCAAAAACTGTCTAAAAGAAATTGACTCTACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127831 CTGCGGCCAACATCTTCAAAAACTGTCTAAAAGAAATTGACTCTACATTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TATAAGAACTTATTTG         TGGATAAGAATATGAAGTATATTCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127881 TATAAGAACTTATTTGGTG...CAGTGGATAAGAATATGAAGTATATTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 AACAGAAGATGTTTCAG         GTCTGTCACTGGAAGAACAATTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 128028 AACAGAAGATGTTTCAGGTA...TAGGTCTGTCACTGGAAGAACAATTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 GGAGGTTGCAAGAAGAACGAACTTGTAAAGTGTGTATGGACAAAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128160 GGAGGTTGCAAGAAGAACGAACTTGTAAAGTGTGTATGGACAAAGAAGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 TCTGTTGTATTTATTCCTTGTGGTCATCTGGTAGTATGCCAGGAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128210 TCTGTTGTATTTATTCCTTGTGGTCATCTGGTAGTATGCCAGGAATGTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CCCTTCTCTAAGAAAATGCCCTATTTGCAGGGGTATAATCAAGGGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128260 CCCTTCTCTAAGAAAATGCCCTATTTGCAGGGGTATAATCAAGGGTACTG

   1900     .    :    .
   1838 TTCGTACATTTCTCTCT
        |||||||||||||||||
 128310 TTCGTACATTTCTCTCT