seq1 = pF1KB3089.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KB3089/gi568815590f_19839441.tfa (gi568815590f:19839441_20062217), 222777 bp

>pF1KB3089 1425
>gi568815590f:19839441_20062217 (Chr8)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-249  (108740-108900)   100% ->
250-429  (112329-112508)   100% ->
430-541  (113870-113981)   100% ->
542-775  (114680-114913)   100% ->
776-1018  (116401-116643)   100% ->
1019-1139  (119820-119940)   100% ->
1140-1322  (121461-121643)   99% ->
1323-1425  (122675-122777)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCAAAGCCCTGCTCGTGCTGACTCTGGCCGTGTGGCTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCAAAGCCCTGCTCGTGCTGACTCTGGCCGTGTGGCTCCAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGACCGCCTCCCGCGGAGGGGTGGCCGCCGCCGACC         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 TCTGACCGCCTCCCGCGGAGGGGTGGCCGCCGCCGACCGTA...CAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAGAGATTTTATCGACATCGAAAGTAAATTTGCCCTAAGGACCCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108743 GAAGAGATTTTATCGACATCGAAAGTAAATTTGCCCTAAGGACCCCTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACACAGCTGAGGACACTTGCCACCTCATTCCCGGAGTAGCAGAGTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108793 GACACAGCTGAGGACACTTGCCACCTCATTCCCGGAGTAGCAGAGTCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTACCTGTCATTTCAATCACAGCAGCAAAACCTTCATGGTGATCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108843 GGCTACCTGTCATTTCAATCACAGCAGCAAAACCTTCATGGTGATCCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTGGACG         GTAACAGGAATGTATGAGAGTTGGGTGCCAAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108893 GCTGGACGGTA...CAGGTAACAGGAATGTATGAGAGTTGGGTGCCAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGTGGCCGCCCTGTACAAGAGAGAACCAGACTCCAATGTCATTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112362 CTTGTGGCCGCCCTGTACAAGAGAGAACCAGACTCCAATGTCATTGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGACTGGCTGTCACGGGCTCAGGAGCATTACCCAGTGTCCGCGGGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112412 GGACTGGCTGTCACGGGCTCAGGAGCATTACCCAGTGTCCGCGGGCTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAACTGGTGGGACAGGATGTGGCCCGGTTTATCAACTGGATGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112462 CCAAACTGGTGGGACAGGATGTGGCCCGGTTTATCAACTGGATGGAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       GAGGAGTTTAACTACCCTCTGGACAATGTCCATCTCTTGGGATA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112512 ...AAGGAGGAGTTTAACTACCCTCTGGACAATGTCCATCTCTTGGGATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGCCTTGGAGCCCATGCTGCTGGCATTGCAGGAAGTCTGACCAATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113914 CAGCCTTGGAGCCCATGCTGCTGGCATTGCAGGAAGTCTGACCAATAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGTCAACAGAATTACTG         GCCTCGATCCAGCTGGACCTAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113964 AAGTCAACAGAATTACTGGTA...AAGGCCTCGATCCAGCTGGACCTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGAGTATGCAGAAGCCCCGAGTCGTCTTTCTCCTGATGATGCAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114703 TTTGAGTATGCAGAAGCCCCGAGTCGTCTTTCTCCTGATGATGCAGATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTAGACGTCTTACACACATTCACCAGAGGGTCCCCTGGTCGAAGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114753 TGTAGACGTCTTACACACATTCACCAGAGGGTCCCCTGGTCGAAGCATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAATCCAGAAACCAGTTGGGCATGTTGACATTTACCCGAATGGAGGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114803 GAATCCAGAAACCAGTTGGGCATGTTGACATTTACCCGAATGGAGGTACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTCAGCCAGGATGTAACATTGGAGAAGCTATCCGCGTGATTGCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114853 TTTCAGCCAGGATGTAACATTGGAGAAGCTATCCGCGTGATTGCAGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGGACTTGGAG         ATGTGGACCAGCTAGTGAAGTGCTCCCACG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114903 AGGACTTGGAGGTA...CAGATGTGGACCAGCTAGTGAAGTGCTCCCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCGCTCCATTCATCTCTTCATCGACTCTCTGTTGAATGAAGAAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116431 AGCGCTCCATTCATCTCTTCATCGACTCTCTGTTGAATGAAGAAAATCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGTAAGGCCTACAGGTGCAGTTCCAAGGAAGCCTTTGAGAAAGGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116481 AGTAAGGCCTACAGGTGCAGTTCCAAGGAAGCCTTTGAGAAAGGGCTCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTGAGTTGTAGAAAGAACCGCTGCAACAATCTGGGCTATGAGATCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116531 CTTGAGTTGTAGAAAGAACCGCTGCAACAATCTGGGCTATGAGATCAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAGTCAGAGCCAAAAGAAGCAGCAAAATGTACCTGAAGACTCGTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116581 AAGTCAGAGCCAAAAGAAGCAGCAAAATGTACCTGAAGACTCGTTCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ATGCCCTACAAAG         TCTTCCATTACCAAGTAAAGATTCATTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116631 ATGCCCTACAAAGGTA...CAGTCTTCCATTACCAAGTAAAGATTCATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTCTGGGACTGAGAGTGAAACCCATACCAATCAGGCCTTTGAGATTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119848 TTCTGGGACTGAGAGTGAAACCCATACCAATCAGGCCTTTGAGATTTCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGTATGGCACCGTGGCCGAGAGTGAGAACATCCCATTCACTCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 119898 TGTATGGCACCGTGGCCGAGAGTGAGAACATCCCATTCACTCTGTG...T

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1140   GCCTGAAGTTTCCACAAATAAGACATACTCCTTCCTAATTTACACAGA
        >>|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 121459 AGGCCTGAAGTTTCCACAAATAAGACCTACTCCTTCCTAATTTACACAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGTAGATATTGGAGAACTACTCATGTTGAAGCTCAAATGGAAGAGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121509 GGTAGATATTGGAGAACTACTCATGTTGAAGCTCAAATGGAAGAGTGATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CATACTTTAGCTGGTCAGACTGGTGGAGCAGTCCCGGCTTCGCCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121559 CATACTTTAGCTGGTCAGACTGGTGGAGCAGTCCCGGCTTCGCCATTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AAGATCAGAGTAAAAGCAGGAGAGACTCAGAAAAA         GGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121609 AAGATCAGAGTAAAAGCAGGAGAGACTCAGAAAAAGTA...CAGGGTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTTCTGTTCTAGGGAGAAAGTGTCTCATTTGCAGAAAGGAAAGGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122681 CTTCTGTTCTAGGGAGAAAGTGTCTCATTTGCAGAAAGGAAAGGCACCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1379 CGGTATTTGTGAAATGCCATGACAAGTCTCTGAATAAGAAGTCAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122731 CGGTATTTGTGAAATGCCATGACAAGTCTCTGAATAAGAAGTCAGGC