seq1 = pF1KB3088.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KB3088/gi568815591f_106944908.tfa (gi568815591f:106944908_107259579), 314672 bp

>pF1KB3088 1254
>gi568815591f:106944908_107259579 (Chr7)

1-307  (100001-100307)   100% ->
308-343  (125374-125409)   100% ->
344-396  (177045-177097)   100% ->
397-480  (183305-183388)   100% ->
481-587  (195940-196046)   100% ->
588-741  (201401-201554)   100% ->
742-843  (206015-206116)   100% ->
844-918  (208270-208344)   100% ->
919-984  (212077-212142)   100% ->
985-1123  (212279-212417)   100% ->
1124-1254  (214542-214672)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCATCGAGATCCCGGCGGGACTGACGGAGCTGCTGCAGGGCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCATCGAGATCCCGGCGGGACTGACGGAGCTGCTGCAGGGCTTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGAGGTGCTGAGGCACCAGCCCGCGGACCTGCTGGAGTTCGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGAGGTGCTGAGGCACCAGCCCGCGGACCTGCTGGAGTTCGCGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCACTTCACCCGCCTGCAGCAGGAGAACGAGCGCAAAGGCACCGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCACTTCACCCGCCTGCAGCAGGAGAACGAGCGCAAAGGCACCGCGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGGCCATGAGGGCAGGACCTGGGGGGACCTGGGCGCCGCTGCCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCGGCCATGAGGGCAGGACCTGGGGGGACCTGGGCGCCGCTGCCGGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCACCCCCAGCAAGGGGGTCAACTTCGCCGAGGAGCCCATGCAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCACCCCCAGCAAGGGGGTCAACTTCGCCGAGGAGCCCATGCAGTCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTCCGAGGACGGGGAGGAGGAGGAGGCGGCGCCCGCGGACGCAGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTCCGAGGACGGGGAGGAGGAGGAGGCGGCGCCCGCGGACGCAGGGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCAATG         CTCCAGTAATAAACCGATTCACAAGGCGTGCCTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCAATGGTG...TAGCTCCAGTAATAAACCGATTCACAAGGCGTGCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AG         TATGTGCAGAAGCTTATAATCCTGATGAAGAAGAAGATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125408 AGGTA...TAGTATGTGCAGAAGCTTATAATCCTGATGAAGAAGAAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCAGAGTCCAGG         ATTATACATCCAAAAACTGATGATCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 177084 ATGCAGAGTCCAGGGTA...TAGATTATACATCCAAAAACTGATGATCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAAATAGGTTGCAAGAGGCTTGCAAAGACATCCTGCTGTTTAAGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183332 AGAAATAGGTTGCAAGAGGCTTGCAAAGACATCCTGCTGTTTAAGAATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGATCCG         GAGCAGATGTCTCAAGTATTAGATGCCATGTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183382 GGATCCGGTA...TAGGAGCAGATGTCTCAAGTATTAGATGCCATGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAAATTGGTCAAAGATGGGGAGCATGTAATTGATCAAGGTGACGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195974 AAAAATTGGTCAAAGATGGGGAGCATGTAATTGATCAAGGTGACGATGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACAACTTTTATGTAATTGATAG         AGGCACATTTGATATTTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 196024 GACAACTTTTATGTAATTGATAGGTA...CAGAGGCACATTTGATATTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTGAAATGTGATGGTGTTGGAAGATGTGTTGGTAACTATGATAATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201419 TGTGAAATGTGATGGTGTTGGAAGATGTGTTGGTAACTATGATAATCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAGTTTCGGCGAACTGGCCTTAATGTACAATACACCCAGAGCAGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201469 GGAGTTTCGGCGAACTGGCCTTAATGTACAATACACCCAGAGCAGCTACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCACTGCTACCTCTCCTGGTGCTCTGTGGGGTTTG         GACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 201519 ATCACTGCTACCTCTCCTGGTGCTCTGTGGGGTTTGGTG...TAGGACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGTAACCTTCAGGAGAATAATTGTGAAAAACAATGCCAAAAAGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206020 GGTAACCTTCAGGAGAATAATTGTGAAAAACAATGCCAAAAAGAGAAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGTATGAAAGCTTTATTGAGTCACTGCCATTCCTTAAATCTTTGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 206070 TGTATGAAAGCTTTATTGAGTCACTGCCATTCCTTAAATCTTTGGAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       TTTTCTGAACGCCTGAAAGTAGTAGATGTGATAGGCACCAAAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206120 ...TAGTTTTCTGAACGCCTGAAAGTAGTAGATGTGATAGGCACCAAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATACAACGATGGAGAACAAATCATTGCTCAG         GGAGATTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 208314 ATACAACGATGGAGAACAAATCATTGCTCAGGTA...TAGGGAGATTCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGATTCTTTTTTCATTGTAGAATCTGGAGAAGTGAAAATTACTATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212087 CTGATTCTTTTTTCATTGTAGAATCTGGAGAAGTGAAAATTACTATGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGAAAG         GGTAAATCAGAAGTGGAAGAGAATGGTGCAGTAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212137 AGAAAGGTA...CAGGGTAAATCAGAAGTGGAAGAGAATGGTGCAGTAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AATCGCTCGATGCTCGCGGGGACAGTACTTTGGAGAGCTTGCCCTGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212314 AATCGCTCGATGCTCGCGGGGACAGTACTTTGGAGAGCTTGCCCTGGTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTAACAAACCTCGAGCAGCTTCTGCCCACGCCATTGGGACTGTCAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212364 CTAACAAACCTCGAGCAGCTTCTGCCCACGCCATTGGGACTGTCAAATGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTAG         CAATGGATGTGCAAGCATTTGAAAGGCTTCTGGGACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212414 TTAGGTA...CAGCAATGGATGTGCAAGCATTTGAAAGGCTTCTGGGACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTGCATGGAAATTATGAAAAGGAACATCGCTACCTATGAAGAACAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214579 TTGCATGGAAATTATGAAAAGGAACATCGCTACCTATGAAGAACAGTTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTGCCCTGTTTGGAACGAACATGGATATTGTTGAACCCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214629 TTGCCCTGTTTGGAACGAACATGGATATTGTTGAACCCACTGCA