seq1 = pF1KB3086.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KB3086/gi568815575r_133436127.tfa (gi568815575r:133436127_134085449), 649323 bp

>pF1KB3086 1740
>gi568815575r:133436127_134085449 (ChrX)

(complement)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-337  (132239-132400)   100% ->
338-1032  (331274-331968)   100% ->
1033-1166  (385422-385555)   100% ->
1167-1292  (392956-393081)   100% ->
1293-1413  (423600-423720)   100% ->
1414-1573  (488851-489010)   100% ->
1574-1740  (549157-549323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGACCGTGCGCACCGCGTGCTTGGTGGTGGCGATGCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGGACCGTGCGCACCGCGTGCTTGGTGGTGGCGATGCTGCTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGACTTCCCGGGACAGGCGCAGCCCCCGCCGCCGCCGCCGGACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGACTTCCCGGGACAGGCGCAGCCCCCGCCGCCGCCGCCGGACGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGTCACCAAGTCCGCTCCTTCTTCCAGAGACTGCAGCCCGGACTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGTCACCAAGTCCGCTCCTTCTTCCAGAGACTGCAGCCCGGACTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGGTGCCAGAAACTCCCGTGCCAG         GATCAGATTTGCAAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 TGGGTGCCAGAAACTCCCGTGCCAGGTG...CAGGATCAGATTTGCAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGTCTCCCTAAGGGCCCAACATGCTGCTCAAGAAAGATGGAAGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132255 ATGTCTCCCTAAGGGCCCAACATGCTGCTCAAGAAAGATGGAAGAAAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCAACTAACAGCACGATTGAACATGGAACAGCTGCTTCAGTCTGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132305 ACCAACTAACAGCACGATTGAACATGGAACAGCTGCTTCAGTCTGCAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGAGCTCAAGTTCTTAATTATTCAGAATGCTGCGGTTTTCCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 132355 ATGGAGCTCAAGTTCTTAATTATTCAGAATGCTGCGGTTTTCCAAGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      AGGCCTTTGAAATTGTTGTTCGCCATGCCAAGAACTACACCAATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132405 ..CAGAGGCCTTTGAAATTGTTGTTCGCCATGCCAAGAACTACACCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATGTTCAAGAACAACTACCCAAGCCTGACTCCACAAGCTTTTGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331319 CCATGTTCAAGAACAACTACCCAAGCCTGACTCCACAAGCTTTTGAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGGGTGAATTTTTCACAGATGTGTCTCTCTACATCTTGGGTTCTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331369 GTGGGTGAATTTTTCACAGATGTGTCTCTCTACATCTTGGGTTCTGACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAATGTAGATGACATGGTCAATGAATTGTTTGACAGCCTGTTTCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331419 CAATGTAGATGACATGGTCAATGAATTGTTTGACAGCCTGTTTCCAGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTATACCCAGCTAATGAACCCAGGCCTGCCTGATTCAGCCTTGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331469 TCTATACCCAGCTAATGAACCCAGGCCTGCCTGATTCAGCCTTGGACATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATGAGTGCCTCCGAGGAGCAAGACGTGACCTGAAAGTATTTGGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331519 AATGAGTGCCTCCGAGGAGCAAGACGTGACCTGAAAGTATTTGGGAATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCCAAGCTTATTATGACCCAGGTTTCCAAGTCACTGCAAGTCACTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331569 CCCCAAGCTTATTATGACCCAGGTTTCCAAGTCACTGCAAGTCACTAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCTTCCTTCAGGCTCTGAATCTTGGAATTGAAGTGATCAACACAACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331619 TCTTCCTTCAGGCTCTGAATCTTGGAATTGAAGTGATCAACACAACTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CACCTGAAGTTCAGTAAGGACTGTGGCCGAATGCTCACCAGAATGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331669 CACCTGAAGTTCAGTAAGGACTGTGGCCGAATGCTCACCAGAATGTGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTGCTCTTACTGCCAGGGACTGATGATGGTTAAACCCTGTGGCGGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331719 CTGCTCTTACTGCCAGGGACTGATGATGGTTAAACCCTGTGGCGGTTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCAATGTGGTCATGCAAGGCTGTATGGCAGGTGTGGTGGAGATTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331769 GCAATGTGGTCATGCAAGGCTGTATGGCAGGTGTGGTGGAGATTGACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TACTGGAGAGAATACATTCTGTCCCTTGAAGAACTTGTGAATGGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331819 TACTGGAGAGAATACATTCTGTCCCTTGAAGAACTTGTGAATGGCATGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CAGAATCTATGACATGGAGAACGTACTGCTTGGTCTCTTTTCAACAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331869 CAGAATCTATGACATGGAGAACGTACTGCTTGGTCTCTTTTCAACAATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATGATTCTATCCAGTATGTCCAGAAGAATGCAGGAAAGCTGACCACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331919 ATGATTCTATCCAGTATGTCCAGAAGAATGCAGGAAAGCTGACCACCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033          ATTGGCAAGTTATGTGCCCATTCTCAACAACGCCAATATAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331969 GTG...CAGATTGGCAAGTTATGTGCCCATTCTCAACAACGCCAATATAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ATCTGCTTATTATCCTGAAGATCTCTTTATTGACAAGAAAGTATTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385463 ATCTGCTTATTATCCTGAAGATCTCTTTATTGACAAGAAAGTATTAAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TTGCTCATGTAGAACATGAAGAAACCTTATCCAGCCGAAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 385513 TTGCTCATGTAGAACATGAAGAAACCTTATCCAGCCGAAGAAGGTG...T

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1167   GGAACTAATTCAGAAGTTGAAGTCTTTCATCAGCTTCTATAGTGCTTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 392954 AGGGAACTAATTCAGAAGTTGAAGTCTTTCATCAGCTTCTATAGTGCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GCCTGGCTACATCTGCAGCCATAGCCCTGTGGCGGAAAACGACACCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 393004 GCCTGGCTACATCTGCAGCCATAGCCCTGTGGCGGAAAACGACACCCTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCTGGAATGGACAAGAACTCGTGGAGAG         ATACAGCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 393054 GCTGGAATGGACAAGAACTCGTGGAGAGGTG...CAGATACAGCCAAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GCAGCAAGGAATGGAATGAAAAACCAGTTCAATCTCCATGAGCTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423613 GCAGCAAGGAATGGAATGAAAAACCAGTTCAATCTCCATGAGCTGAAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GAAGGGCCCTGAGCCAGTGGTCAGTCAAATTATTGACAAACTGAAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423663 GAAGGGCCCTGAGCCAGTGGTCAGTCAAATTATTGACAAACTGAAGCACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TTAACCAG         CTCCTGAGAACCATGTCTATGCCCAAAGGTAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 423713 TTAACCAGGTA...CAGCTCCTGAGAACCATGTCTATGCCCAAAGGTAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GTTCTGGATAAAAACCTGGATGAGGAAGGGTTTGAAAGTGGAGACTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488884 GTTCTGGATAAAAACCTGGATGAGGAAGGGTTTGAAAGTGGAGACTGCGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TGATGATGAAGATGAGTGCATTGGAGGCTCTGGTGATGGAATGATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488934 TGATGATGAAGATGAGTGCATTGGAGGCTCTGGTGATGGAATGATAAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TGAAGAATCAGCTCCGCTTCCTTGCAG         AACTGGCCTATGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 488984 TGAAGAATCAGCTCCGCTTCCTTGCAGGTA...CAGAACTGGCCTATGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CTGGATGTGGATGATGCGCCTGGAAACAGTCAGCAGGCAACTCCGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 549171 CTGGATGTGGATGATGCGCCTGGAAACAGTCAGCAGGCAACTCCGAAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CAACGAGATAAGCACCTTTCACAACCTCGGGAACGTTCATTCCCCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 549221 CAACGAGATAAGCACCTTTCACAACCTCGGGAACGTTCATTCCCCGCTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 AGCTTCTCACCAGCATGGCCATCTCGGTGGTGTGCTTCTTCTTCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 549271 AGCTTCTCACCAGCATGGCCATCTCGGTGGTGTGCTTCTTCTTCCTGGTG

   1800 
   1738 CAC
        |||
 549321 CAC