seq1 = pF1KB3085.tfa, 633 bp
seq2 = pF1KB3085/gi568815595r_190208280.tfa (gi568815595r:190208280_190422206), 213927 bp

>pF1KB3085 633
>gi568815595r:190208280_190422206 (Chr3)

(complement)

1-223  (100001-100223)   100% ->
224-388  (109171-109335)   99% ->
389-473  (111954-112038)   100% ->
474-633  (113768-113927)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAACGCGGGGCTGCAGCTGTTGGGCTTCATTCTCGCCTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAACGCGGGGCTGCAGCTGTTGGGCTTCATTCTCGCCTTCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGGATCGGCGCCATCGTCAGCACTGCCCTGCCCCAGTGGAGGATTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGGATCGGCGCCATCGTCAGCACTGCCCTGCCCCAGTGGAGGATTTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTATGCCGGCGACAACATCGTGACCGCCCAGGCCATGTACGAGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTATGCCGGCGACAACATCGTGACCGCCCAGGCCATGTACGAGGGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGATGTCCTGCGTGTCGCAGAGCACCGGGCAGATCCAGTGCAAAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGATGTCCTGCGTGTCGCAGAGCACCGGGCAGATCCAGTGCAAAGTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACTCCTTGCTGAATCTGAGCA         GCACATTGCAAGCAACCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100201 TGACTCCTTGCTGAATCTGAGCAGTG...CAGGCACATTGCAAGCAACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGCCTTGATGGTGGTTGGCATCCTCCTGGGAGTGATAGCAATCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109189 GTGCCTTGATGGTGGTTGGCATCCTCCTGGGAGTGATAGCAATCTTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCACCGTTGGCATGAAGTGTATGAAGTGCTTGGAAGACGATGAGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109239 GCCACCGTTGGCATGAAGTGTATGAAGTGCTTGGAAGACGATGAGGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAGATGAGGATGGCTGTCATTGGGGGCGCGATATTTCTTCTTGCAG   
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>
 109289 GAAGATGAGGATGGCTGTCATTGGGGGTGCGATATTTCTTCTTGCAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389       GTCTGGCTATTTTAGTTGCCACAGCATGGTATGGCAATAGAATC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109339 ...TAGGTCTGGCTATTTTAGTTGCCACAGCATGGTATGGCAATAGAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTCAAGAATTCTATGACCCTATGACCCCAGTCAATGCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111998 GTTCAAGAATTCTATGACCCTATGACCCCAGTCAATGCCAGGTA...TAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTACGAATTTGGTCAGGCTCTCTTCACTGGCTGGGCTGCTGCTTCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113768 GTACGAATTTGGTCAGGCTCTCTTCACTGGCTGGGCTGCTGCTTCTCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCTTCTGGGAGGTGCCCTACTTTGCTGTTCCTGTCCCCGAAAAACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113818 GCCTTCTGGGAGGTGCCCTACTTTGCTGTTCCTGTCCCCGAAAAACAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTTACCCAACACCAAGGCCCTATCCAAAACCTGCACCTTCCAGCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113868 TCTTACCCAACACCAAGGCCCTATCCAAAACCTGCACCTTCCAGCGGGAA

    650     .    :
    624 AGACTACGTG
        ||||||||||
 113918 AGACTACGTG