seq1 = pF1KB3072.tfa, 1866 bp
seq2 = pF1KB3072/gi568815597f_204012916.tfa (gi568815597f:204012916_204226131), 213216 bp

>pF1KB3072 1866
>gi568815597f:204012916_204226131 (Chr1)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-331  (101406-101517)   100% ->
332-418  (101604-101690)   100% ->
419-591  (103592-103764)   100% ->
592-660  (104207-104275)   100% ->
661-775  (104678-104792)   100% ->
776-861  (108985-109070)   100% ->
862-1024  (109322-109484)   100% ->
1025-1134  (109939-110048)   100% ->
1135-1231  (110197-110293)   100% ->
1232-1375  (110746-110889)   100% ->
1376-1592  (111726-111942)   100% ->
1593-1866  (112943-113216)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATGAGGAGCCCCATCTCTGCCCAGCTGGCCCTGGATGGCGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCATGAGGAGCCCCATCTCTGCCCAGCTGGCCCTGGATGGCGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCATGGTGAACTGCACCATCAAGTCAGAGGAGAAGAAAGAGCCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCATGGTGAACTGCACCATCAAGTCAGAGGAGAAGAAAGAGCCTTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGGCCCCCCAGGGCTCAGCCACTGCCGCTGAACCTCAGCCTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGAGGCCCCCCAGGGCTCAGCCACTGCCGCTGAACCTCAGCCTGGAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGCCCGGGCCTCCCAGGATAGTGCTGACCCCCAAGCTCCAGCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGCCCGGGCCTCCCAGGATAGTGCTGACCCCCAAGCTCCAGCCCAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAATTTCAGGGGCTCCTGG         GACTGTAGCTCTCCAGAGGGTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 GAATTTCAGGGGCTCCTGGGTC...CAGGACTGTAGCTCTCCAGAGGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGGGTCCCCAGAACCCAAGAGACCAGGAGTGTCGGAGGCTGCCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101428 ATGGGTCCCCAGAACCCAAGAGACCAGGAGTGTCGGAGGCTGCCTCTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCCAGGAGAAGCTGGACTTCAACCGAAATTTGAAAGAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101478 AGCCAGGAGAAGCTGGACTTCAACCGAAATTTGAAAGAAGGTA...CAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGCCAGCCATAGAGAAGCTGTTGTCCAGTGACTGGAAGGAGAGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101605 GGTGCCAGCCATAGAGAAGCTGTTGTCCAGTGACTGGAAGGAGAGGTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGGAAGGAACTCTATGGAAGCCAAAGATGTCAAAG         GGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101655 TAGGAAGGAACTCTATGGAAGCCAAAGATGTCAAAGGTG...CAGGGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAGAGAGCCTAGCAGAGAAGGAGCTCCAGCTTCTGGTCATGATTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103597 CAAGAGAGCCTAGCAGAGAAGGAGCTCCAGCTTCTGGTCATGATTCACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGTCCACCCTGCGGGACCAGCTCCTGACAGCCCACTCGGAGCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103647 GCTGTCCACCCTGCGGGACCAGCTCCTGACAGCCCACTCGGAGCAGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACATGGCTGCCATGCTGTTTGAGAAGCAGCAGCAGCAGATGGAGCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103697 ACATGGCTGCCATGCTGTTTGAGAAGCAGCAGCAGCAGATGGAGCTTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGGCAGCAGCAGGAGCAG         ATTGCAAAGCAGCAGCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103747 CGGCAGCAGCAGGAGCAGGTA...CAGATTGCAAAGCAGCAGCAGCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATTCAGCAGCAGCATAAGATCAACCTCCTTCAGCAGCAGATCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104230 GATTCAGCAGCAGCATAAGATCAACCTCCTTCAGCAGCAGATCCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      CAGGTTAACATGCCTTATGTCATGATCCCAGCCTTCCCCCCAAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104280 ..CAGCAGGTTAACATGCCTTATGTCATGATCCCAGCCTTCCCCCCAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CACCAACCTCTGCCTGTCACCCCTGACTCCCAGCTGGCCTTACCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104723 CACCAACCTCTGCCTGTCACCCCTGACTCCCAGCTGGCCTTACCCATTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCCATTCCCTGCAAACCAG         TGGAGTATCCGCTGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104773 GCCCATTCCCTGCAAACCAGGTG...TAGTGGAGTATCCGCTGCAGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCACAGCCCCCCTGCCCCAGTGGTGAAGAGGCCTGGGGCCATGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109006 TGCACAGCCCCCCTGCCCCAGTGGTGAAGAGGCCTGGGGCCATGGCCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACCACCCCCTGCAG         GAGCCCTCCCAGCCCCTGAACCTCAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109056 CACCACCCCCTGCAGGTA...CAGGAGCCCTCCCAGCCCCTGAACCTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCCAAGCCCAAGGCCCCCGAGCTGCCCAACACCTCCAGCTCCCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109348 AGCCAAGCCCAAGGCCCCCGAGCTGCCCAACACCTCCAGCTCCCCAAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAAGATGAGCAGCTGTGTGCCCCGCCCCCCCAGCCATGGAGGCCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109398 TGAAGATGAGCAGCTGTGTGCCCCGCCCCCCCAGCCATGGAGGCCCCACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGGGACCTGCAGTCCAGCCCCCCGAGCCTGCCTCTGG         GCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109448 CGGGACCTGCAGTCCAGCCCCCCGAGCCTGCCTCTGGGTA...CAGGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTTGGTGAAGGGGACGCTGTCACCAAAGCCATCCAGGATGCTCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109943 CCTTGGTGAAGGGGACGCTGTCACCAAAGCCATCCAGGATGCTCGGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGCTGCACAGCCACAGTGGGGCCTTGGATGGCTCCCCCAACACCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109993 TGCTGCACAGCCACAGTGGGGCCTTGGATGGCTCCCCCAACACCCCCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGTAAG         GACCTCATCAGCCTGGACTCATCCCCAGCCAAGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110043 CGTAAGGTA...TAGGACCTCATCAGCCTGGACTCATCCCCAGCCAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCGGCTGGAGGACGGCTGTGTGCACCCACTGGAGGAAGCCATGCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110232 GCGGCTGGAGGACGGCTGTGTGCACCCACTGGAGGAAGCCATGCTGAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCGACATGGATG         GCTCCCGCCACTTCCCCGAGTCCCGAAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110282 GCGACATGGATGGTG...CAGGCTCCCGCCACTTCCCCGAGTCCCGAAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGCAGCCACATCAAGAGGCCCATGAACGCCTTCATGGTGTGGGCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110775 AGCAGCCACATCAAGAGGCCCATGAACGCCTTCATGGTGTGGGCCAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGAGCGGAGGAAGATCCTGCAAGCCTTCCCAGACATGCACAACTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110825 TGAGCGGAGGAAGATCCTGCAAGCCTTCCCAGACATGCACAACTCCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCAGCAAGATCCTTG         GATCTCGCTGGAAGTCCATGACCAAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110875 TCAGCAAGATCCTTGGTA...CAGGATCTCGCTGGAAGTCCATGACCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAGGAGAAGCAGCCCTACTATGAGGAACAGGCGCGGCTGAGCCGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111752 CAGGAGAAGCAGCCCTACTATGAGGAACAGGCGCGGCTGAGCCGGCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCTGGAGAAGTATCCTGACTACAAGTACAAGCCGCGGCCCAAGCGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111802 CCTGGAGAAGTATCCTGACTACAAGTACAAGCCGCGGCCCAAGCGCACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCATCGTGGAGGGCAAGCGGCTGCGCGTGGGAGAGTACAAGGCCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111852 GCATCGTGGAGGGCAAGCGGCTGCGCGTGGGAGAGTACAAGGCCCTGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGGACCCGGCGTCAGGATGCCCGCCAGAGCTACGTGATCCC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111902 AGGACCCGGCGTCAGGATGCCCGCCAGAGCTACGTGATCCCGTG...CAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCCGCAGGCTGGCCAGGTGCAGATGAGCTCCTCAGATGTCCTGTACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112943 CCCGCAGGCTGGCCAGGTGCAGATGAGCTCCTCAGATGTCCTGTACCCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GGGCAGCAGGCATGCCGCTGGCACAGCCACTGGTGGAGCACTATGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112993 GGGCAGCAGGCATGCCGCTGGCACAGCCACTGGTGGAGCACTATGTCCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CGTAGCCTGGACCCCAACATGCCTGTGATCGTCAACACCTGCAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113043 CGTAGCCTGGACCCCAACATGCCTGTGATCGTCAACACCTGCAGCCTCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGAGGAGGGTGAGGGCACAGATGACAGGCACTCGGTGGCTGATGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113093 AGAGGAGGGTGAGGGCACAGATGACAGGCACTCGGTGGCTGATGGCGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGTACCGGTACAGCGAGGACGAGGACTCGGAGGGCGAAGAGAAGAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113143 TGTACCGGTACAGCGAGGACGAGGACTCGGAGGGCGAAGAGAAGAGCGAT

   1950     .    :    .    :
   1843 GGGGAGTTGGTGGTGCTCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||
 113193 GGGGAGTTGGTGGTGCTCACAGAC