seq1 = pF1KB3064.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KB3064/gi568815581f_2565372.tfa (gi568815581f:2565372_2781799), 216428 bp

>pF1KB3064 1230
>gi568815581f:2565372_2781799 (Chr17)

1-32  (72918-72949)   100% ->
33-117  (100001-100085)   100% ->
118-192  (100645-100719)   100% ->
193-399  (101621-101827)   100% ->
400-568  (104792-104960)   100% ->
569-671  (107284-107386)   100% ->
672-900  (108689-108917)   100% ->
901-1002  (111134-111235)   100% ->
1003-1159  (114793-114949)   100% ->
1160-1230  (116358-116428)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGTCCCAGAGACAACGAGATGAACT         AAATCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  72918 ATGGTGCTGTCCCAGAGACAACGAGATGAACTGTA...CAGAAATCGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TATAGCAGATTATCTTCGTTCAAATGGCTATGAAGAGGCATATTCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 TATAGCAGATTATCTTCGTTCAAATGGCTATGAAGAGGCATATTCAGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTAAAAAGGAAGCTGAATTAGATGTG         AATGAAGAATTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100060 TTAAAAAGGAAGCTGAATTAGATGTGGTA...TAGAATGAAGAATTAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAAAAGTATGCTGGTCTTTTGGAAAAAAAATGGACATCTGTTATTAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 AAAAAGTATGCTGGTCTTTTGGAAAAAAAATGGACATCTGTTATTAGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACAAAAGAAG         GTTATGGAATTAGAATCAAAGCTAAATGAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100710 ACAAAAGAAGGTA...AAGGTTATGGAATTAGAATCAAAGCTAAATGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAAAAGAAGAATTTACGTCAGGTGGACCTCTTGGTCAGAAACGAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101652 CAAAAGAAGAATTTACGTCAGGTGGACCTCTTGGTCAGAAACGAGACCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAAGAATGGATTCCCCGTCCGCCAGAAAAATATGCATTGAGTGGTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 AAAGAATGGATTCCCCGTCCGCCAGAAAAATATGCATTGAGTGGTCACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAGTCCAGTCACTCGAGTCATTTTCCATCCTGTGTTCAGTGTTATGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101752 GAGTCCAGTCACTCGAGTCATTTTCCATCCTGTGTTCAGTGTTATGGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCTTCAGAGGATGCTACAATTAAG         GTGTGGGATTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101802 CTGCTTCAGAGGATGCTACAATTAAGGTA...CAGGTGTGGGATTATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTGGAGATTTTGAACGAACTCTTAAAGGACATACAGACTCTGTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104807 ACTGGAGATTTTGAACGAACTCTTAAAGGACATACAGACTCTGTACAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATTTCATTCGACCACAGCGGCAAGCTTCTGGCTTCCTGTTCTGCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104857 CATTTCATTCGACCACAGCGGCAAGCTTCTGGCTTCCTGTTCTGCAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGACCATTAAACTATGGGATTTTCAGGGCTTTGAATGCATCAGAACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104907 TGACCATTAAACTATGGGATTTTCAGGGCTTTGAATGCATCAGAACCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACG         GCCATGACCACAATGTTTCTTCAGTAGCCATCATGCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104957 CACGGTA...TAGGCCATGACCACAATGTTTCTTCAGTAGCCATCATGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAATGGAGATCATATAGTGTCTGCCTCAAGGGATAAAACTATAAAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107321 CAATGGAGATCATATAGTGTCTGCCTCAAGGGATAAAACTATAAAAATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGAAGTGCAAACTGG         CTACTGTGTGAAGACATTCACAGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107371 GGGAAGTGCAAACTGGGTA...CAGCTACTGTGTGAAGACATTCACAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CACAGAGAATGGGTACGTATGGTACGGCCAAATCAAGATGGCACTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108714 CACAGAGAATGGGTACGTATGGTACGGCCAAATCAAGATGGCACTCTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCCAGCTGTTCCAATGACCAGACTGTGCGTGTATGGGTCGTAGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108764 AGCCAGCTGTTCCAATGACCAGACTGTGCGTGTATGGGTCGTAGCAACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGAATGCAAGGCTGAGCTCCGAGAGCATGAGCATGTGGTAGAATGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108814 AGGAATGCAAGGCTGAGCTCCGAGAGCATGAGCATGTGGTAGAATGCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCTGGGCTCCAGAAAGCTCATATTCCTCCATCTCTGAAGCAACAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108864 TCCTGGGCTCCAGAAAGCTCATATTCCTCCATCTCTGAAGCAACAGGATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAG         ACTAAAAAAAGTGGTAAACCTGGGCCATTCTTGCTGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108914 TGAGGTA...TAGACTAAAAAAAGTGGTAAACCTGGGCCATTCTTGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGGATCCAGAGACAAGACTATTAAGATGTGGGATGTCAGTACTGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111171 CTGGATCCAGAGACAAGACTATTAAGATGTGGGATGTCAGTACTGGCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TGCCTTATGACCCTC         GTGGGTCATGATAACTGGGTACGTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111221 TGCCTTATGACCCTCGTA...AAGGTGGGTCATGATAACTGGGTACGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGTTCTGTTCCATTCTGGGGGGAAGTTTATTTTGAGTTGTGCTGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114819 AGTTCTGTTCCATTCTGGGGGGAAGTTTATTTTGAGTTGTGCTGATGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGACCCTACGCGTATGGGATTACAAGAACAAGCGATGCATGAAGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114869 AGACCCTACGCGTATGGGATTACAAGAACAAGCGATGCATGAAGACCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AATGCGCATGAACACTTTGTTACCTCCTTGG         ATTTCCACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114919 AATGCGCATGAACACTTTGTTACCTCCTTGGGTA...CAGATTTCCACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GACGGCACCCTATGTCGTCACTGGCAGCGTAGATCAAACAGTAAAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116368 GACGGCACCCTATGTCGTCACTGGCAGCGTAGATCAAACAGTAAAAGTGT

   1300     .    :
   1220 GGGAGTGCCGT
        |||||||||||
 116418 GGGAGTGCCGT