seq1 = pF1KB3061.tfa, 1665 bp
seq2 = pF1KB3061/gi568815590r_144781518.tfa (gi568815590r:144781518_144990349), 208832 bp

>pF1KB3061 1665
>gi568815590r:144781518_144990349 (Chr8)

(complement)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-169  (100291-100417)   99% ->
170-283  (100656-100769)   100% ->
284-346  (103448-103510)   100% ->
347-1665  (107514-108832)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCAGCCAGACTCCTGCCAGTGCCGGCAGGACCCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGCAGCAGCCAGACTCCTGCCAGTGCCGGCAGGACCCCAGGTA...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  GCCAAGCTGACCTTCGAGGATGTGGCTGTGCTCCTCTCCCAGGATGAAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100290 GGCCAAGCTGACCTTCGAGGATGTGGCTGTGCTCCTCTCCCAGGATGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGACCGCCTGTGCCCTGCTCAGAGGGGCCTCTACAGAAATGTGATGATG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100340 GGGACCGCCTGTGCCCTGCTCAGAGGGGTCTCTACAGAAATGTGATGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAACCTATGGGAATGTAGTCTCATTGG         GACTTCCAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100390 GAAACCTATGGGAATGTAGTCTCATTGGGTA...CAGGACTTCCAGGATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGCCTGACATAATCTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAGATCCCTGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100669 CAAGCCTGACATAATCTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAGATCCCTGGGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGACAGGAAGGGGGCTAAGAAGAGCCAGGGCCTGTGGAGTGACTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100719 TGGACAGGAAGGGGGCTAAGAAGAGCCAGGGCCTGTGGAGTGACTACTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 G         ACAACCTCAAATATGACCACACTACAGCCTGTACACAACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100769 GGTG...CAGACAACCTCAAATATGACCACACTACAGCCTGTACACAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGACAGTTTATCTTGTCCATGGG         AATGTGAAACCAAGGGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103488 AGACAGTTTATCTTGTCCATGGGGTA...CAGAATGTGAAACCAAGGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAGTCAAAATACAGACTTGAGTCCGAAGCCATTAATTTCAGAGCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107532 AGAGTCAAAATACAGACTTGAGTCCGAAGCCATTAATTTCAGAGCAAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGATTCTGGGGAAAACACCCTTGGGGAGGATTGATCAAGAAAATAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107582 GTGATTCTGGGGAAAACACCCTTGGGGAGGATTGATCAAGAAAATAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACAAAGCAAAGCTTCTGTCTGAGTCCAAACTCTGTTGACCACCGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107632 AACAAAGCAAAGCTTCTGTCTGAGTCCAAACTCTGTTGACCACCGTGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTCAGGTCTTAAGCCAAAGCATGCCACTCACTCCGCACCAGGCAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107682 TTCAGGTCTTAAGCCAAAGCATGCCACTCACTCCGCACCAGGCAGTGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGTGGAGAGAGGCCCTACATGTGTGTTGAGTGTGGGAAGTGCTTTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107732 AGTGGAGAGAGGCCCTACATGTGTGTTGAGTGTGGGAAGTGCTTTGGCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGTTCCCACCTCCTTCAGCATCAGCGTATCCACACTGGAGAGAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107782 GAGTTCCCACCTCCTTCAGCATCAGCGTATCCACACTGGAGAGAAGCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGTGTGCAGTGTATGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGCTCAGTCCTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107832 ATGTGTGCAGTGTATGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGCTCAGTCCTTAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAACACAGGAGAATTCACACAGGTGAGAAGCCCTATGAGTGTAATGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107882 AAACACAGGAGAATTCACACAGGTGAGAAGCCCTATGAGTGTAATGAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGGAAAAGCCTTTAGAGTGAGCTCAGATCTTGCTCAGCATCACAAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107932 TGGAAAAGCCTTTAGAGTGAGCTCAGATCTTGCTCAGCATCACAAGATAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATACAGGAGAGAAGCCTCACGAATGTCTTGAGTGTCGGAAAGCCTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107982 ATACAGGAGAGAAGCCTCACGAATGTCTTGAGTGTCGGAAAGCCTTCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAACTCTCACATCTCATTCAGCACCAGCGGATCCACACGGGAGAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108032 CAACTCTCACATCTCATTCAGCACCAGCGGATCCACACGGGAGAAAGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATATGTGTGTCCGTTGTGTGGGAAAGCCTTCAACCATAGCACTGTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108082 ATATGTGTGTCCGTTGTGTGGGAAAGCCTTCAACCATAGCACTGTTCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGAGCCACCAGAGGGTACACACTGGGGAGAAGCCTCACAGGTGCAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108132 GGAGCCACCAGAGGGTACACACTGGGGAGAAGCCTCACAGGTGCAATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TGTGGGAAAACCTTCAGTGTGAAGAGGACACTGCTGCAGCACCAGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108182 TGTGGGAAAACCTTCAGTGTGAAGAGGACACTGCTGCAGCACCAGAGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCACACCGGGGAGAAGCCCTACACGTGCAGCGAGTGTGGGAAGGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108232 CCACACCGGGGAGAAGCCCTACACGTGCAGCGAGTGTGGGAAGGCCTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GCGACCGCTCAGTCCTCATTCAGCACCACAACGTGCACACCGGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108282 GCGACCGCTCAGTCCTCATTCAGCACCACAACGTGCACACCGGGGAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCCTATGAGTGCAGTGAGTGTGGGAAGACCTTCAGCCACCGCTCCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108332 CCCTATGAGTGCAGTGAGTGTGGGAAGACCTTCAGCCACCGCTCCACACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GATGAATCACGAGCGGATCCACACCGAGGAAAAGCCCTATGCATGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108382 GATGAATCACGAGCGGATCCACACCGAGGAAAAGCCCTATGCATGCTACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AATGTGGGAAGGCCTTCGTTCAGCACTCACACCTGATCCAGCACCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108432 AATGTGGGAAGGCCTTCGTTCAGCACTCACACCTGATCCAGCACCAGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GTCCACACTGGGGAGAAGCCCTATGTGTGTGGTGAATGTGGGCACGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108482 GTCCACACTGGGGAGAAGCCCTATGTGTGTGGTGAATGTGGGCACGCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CAGTGCACGCCGGTCTCTGATCCAGCATGAGAGAATCCACACAGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108532 CAGTGCACGCCGGTCTCTGATCCAGCATGAGAGAATCCACACAGGTGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 AGCCCTTCCAGTGCACAGAATGTGGCAAAGCCTTCAGCCTGAAAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108582 AGCCCTTCCAGTGCACAGAATGTGGCAAAGCCTTCAGCCTGAAAGCAACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CTGATTGTGCACCTGAGGACCCACACGGGCGAGAAGCCATATGAGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108632 CTGATTGTGCACCTGAGGACCCACACGGGCGAGAAGCCATATGAGTGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TAGCTGCGGGAAGGCCTTCAGCCAGTACTCAGTGCTCATCCAGCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108682 TAGCTGCGGGAAGGCCTTCAGCCAGTACTCAGTGCTCATCCAGCACCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GGATCCACACAGGCGAGAAGCCCTATGAGTGCGGGGAGTGTGGGCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108732 GGATCCACACAGGCGAGAAGCCCTATGAGTGCGGGGAGTGTGGGCGTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 TTCAACCAGCATGGCCACCTAATCCAGCACCAGAAAGTGCACAGAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108782 TTCAACCAGCATGGCCACCTAATCCAGCACCAGAAAGTGCACAGAAAGTT

   1700 
   1665 G
        |
 108832 G