seq1 = pF1KB3050.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KB3050/gi568815595f_51843353.tfa (gi568815595f:51843353_52048477), 205125 bp

>pF1KB3050 1620
>gi568815595f:51843353_52048477 (Chr3)

1-19  (99338-99356)   100% ->
20-204  (100002-100186)   100% ->
205-333  (100737-100865)   100% ->
334-522  (101038-101226)   100% ->
523-655  (101426-101558)   100% ->
656-882  (101646-101872)   100% ->
883-1032  (102143-102292)   100% ->
1033-1119  (102501-102587)   100% ->
1120-1297  (102814-102991)   100% ->
1298-1453  (104388-104543)   100% ->
1454-1620  (104959-105125)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTGCTTTTCTTGG         CCATGGCTCCAAAGCCGAAGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  99338 ATGTCCCTGCTTTTCTTGGGTG...CAGCCATGGCTCCAAAGCCGAAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGGGTACAGACTGAGGGCCCTGAGAAGAAGAAGGGCCGGCAGGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 CTGGGTACAGACTGAGGGCCCTGAGAAGAAGAAGGGCCGGCAGGCAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGAGGAGGACCCCTTCCGCTCCACCGCTGAGGCCCTCAAGGCCATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 GGGAGGAGGACCCCTTCCGCTCCACCGCTGAGGCCCTCAAGGCCATACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGAGAAGCGCATAATCCGCGTGGATCCAACATGTCCACTCAGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100124 GCAGAGAAGCGCATAATCCGCGTGGATCCAACATGTCCACTCAGCAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCGGGACCCAG         GTGTATGAGGACTACAACTGCACCCTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100174 CCCCGGGACCCAGGTG...CAGGTGTATGAGGACTACAACTGCACCCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGACCAACATCGAGAACAACAACAACAAGTTCTACATCATCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100765 ACCAGACCAACATCGAGAACAACAACAACAAGTTCTACATCATCCAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCCAAGACAGCAACCGCTTCTTCACCTGCTGGAACCGCTGGGGCCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100815 CTCCAAGACAGCAACCGCTTCTTCACCTGCTGGAACCGCTGGGGCCGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 G         GGAGAGGTCGGCCAGTCAAAGATCAACCACTTCACAAGGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100865 GGTG...CAGGGAGAGGTCGGCCAGTCAAAGATCAACCACTTCACAAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGAAGATGCAAAGAAGGACTTTGAGAAGAAATTTCGGGAAAAGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101078 TAGAAGATGCAAAGAAGGACTTTGAGAAGAAATTTCGGGAAAAGACCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACAACTGGGCAGAGCGGGACCACTTTGTGTCTCACCCGGGCAAGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101128 AACAACTGGGCAGAGCGGGACCACTTTGTGTCTCACCCGGGCAAGTACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTTATCGAAGTACAGGCAGAGGATGAGGCCCAGGAAGCTGTGGTGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101178 ACTTATCGAAGTACAGGCAGAGGATGAGGCCCAGGAAGCTGTGGTGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         GTGGACAGAGGCCCAGTGAGGACTGTGACTAAGCGGGTGCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101228 TG...CAGGTGGACAGAGGCCCAGTGAGGACTGTGACTAAGCGGGTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCTGCTCCCTGGACCCAGCCACGCAGAAGCTCATCACTAACATCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101468 CCCTGCTCCCTGGACCCAGCCACGCAGAAGCTCATCACTAACATCTTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGGAGATGTTCAAGAACACCATGGCCCTCATGGACCTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101518 CAAGGAGATGTTCAAGAACACCATGGCCCTCATGGACCTGGGTG...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGTGAAGAAGATGCCCCTGGGAAAGCTGAGCAAGCAACAGATTGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101646 ATGTGAAGAAGATGCCCCTGGGAAAGCTGAGCAAGCAACAGATTGCACGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTTTCGAGGCCTTGGAGGCGCTGGAGGAGGCCCTGAAAGGCCCCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101696 GGTTTCGAGGCCTTGGAGGCGCTGGAGGAGGCCCTGAAAGGCCCCACGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGTGGCCAAAGCCTGGAGGAGCTGTCCTCACACTTTTACACCGTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101746 TGGTGGCCAAAGCCTGGAGGAGCTGTCCTCACACTTTTACACCGTCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGCACAACTTCGGCCACAGCCAGCCCCCGCCCATCAATTCCCCTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101796 CGCACAACTTCGGCCACAGCCAGCCCCCGCCCATCAATTCCCCTGAGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGCAGGCCAAGAAGGACATGCTGCTG         GTGCTGGCGGACAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101846 CTGCAGGCCAAGAAGGACATGCTGCTGGTG...TAGGTGCTGGCGGACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGAGCTGGCCCAGGCCCTGCAGGCAGTCTCTGAGCAGGAGAAGACGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102157 CGAGCTGGCCCAGGCCCTGCAGGCAGTCTCTGAGCAGGAGAAGACGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGAGGTGCCACACCCCCTGGACCGAGACTACCAGCTTCTCAAGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102207 AGGAGGTGCCACACCCCCTGGACCGAGACTACCAGCTTCTCAAGTGCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGCAGCTGCTAGACTCTGGAGCACCTGAGTACAAG         GTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102257 CTGCAGCTGCTAGACTCTGGAGCACCTGAGTACAAGGTG...CAGGTGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACAGACCTACTTAGAACAGACTGGCAGCAACCACAGGTGCCCTACACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102506 ACAGACCTACTTAGAACAGACTGGCAGCAACCACAGGTGCCCTACACTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AACACATCTGGAAAGTAAACCAAGAAGGGGAG         GAAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102556 AACACATCTGGAAAGTAAACCAAGAAGGGGAGGTG...CAGGAAGACAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTCCAGGCCCACTCCAAACTGGGTAATCGGAAGCTGCTGTGGCATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102823 TTCCAGGCCCACTCCAAACTGGGTAATCGGAAGCTGCTGTGGCATGGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAACATGGCCGTGGTGGCCGCCATCCTCACTAGTGGGCTCCGCATCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102873 CAACATGGCCGTGGTGGCCGCCATCCTCACTAGTGGGCTCCGCATCATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CACATTCTGGTGGGCGTGTTGGCAAGGGCATCTACTTTGCCTCAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102923 CACATTCTGGTGGGCGTGTTGGCAAGGGCATCTACTTTGCCTCAGAGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGCAAGTCAGCTGGATATG         TTATTGGCATGAAGTGTGGGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102973 AGCAAGTCAGCTGGATATGGTG...CAGTTATTGGCATGAAGTGTGGGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCACCATGTCGGCTACATGTTCCTGGGTGAGGTGGCCCTGGGCAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104410 CCACCATGTCGGCTACATGTTCCTGGGTGAGGTGGCCCTGGGCAGAGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCATATCAACACGGACAACCCCAGCTTGAAGAGCCCACCTCCTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104460 ACCATATCAACACGGACAACCCCAGCTTGAAGAGCCCACCTCCTGGCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GACAGTGTCATTGCCCGAGGCCACACCGAGCCTG         ATCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104510 GACAGTGTCATTGCCCGAGGCCACACCGAGCCTGGTG...CAGATCCGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCAGGACACTGAGTTGGAGCTGGATGGCCAGCAAGTGGTGGTGCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104966 CCAGGACACTGAGTTGGAGCTGGATGGCCAGCAAGTGGTGGTGCCCCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCCAGCCTGTGCCCTGCCCAGAGTTCAGCAGCTCCACATTCTCCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105016 GCCAGCCTGTGCCCTGCCCAGAGTTCAGCAGCTCCACATTCTCCCAGAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GAGTACCTCATCTACCAGGAGAGCCAGTGTCGCCTGCGCTACCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105066 GAGTACCTCATCTACCAGGAGAGCCAGTGTCGCCTGCGCTACCTGCTGGA

   1700     .    :
   1611 GGTCCACCTC
        ||||||||||
 105116 GGTCCACCTC