seq1 = pF1KB3044.tfa, 1872 bp
seq2 = pF1KB3044/gi568815593r_75279349.tfa (gi568815593r:75279349_75611207), 331859 bp

>pF1KB3044 1872
>gi568815593r:75279349_75611207 (Chr5)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-231  (105092-105226)   100% ->
232-348  (152027-152143)   100% ->
349-456  (184730-184837)   100% ->
457-595  (185709-185847)   100% ->
596-679  (191784-191867)   100% ->
680-837  (194175-194332)   100% ->
838-930  (200105-200197)   100% ->
931-1017  (208150-208236)   100% ->
1018-1110  (210911-211003)   100% ->
1111-1188  (211821-211898)   100% ->
1189-1284  (221521-221616)   100% ->
1285-1417  (225174-225306)   99% ->
1418-1488  (226496-226566)   100% ->
1489-1617  (229131-229259)   100% ->
1618-1747  (230007-230136)   100% ->
1748-1872  (231735-231859)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGATAATCAGAGCTGGAACTCGTCGGGCTCGGAGGAGGATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGATAATCAGAGCTGGAACTCGTCGGGCTCGGAGGAGGATCCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACGGAGTCTGGGCCGCCTGTGGAGCGCTGCGGGGTCCTCAGTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GACGGAGTCTGGGCCGCCTGTGGAGCGCTGCGGGGTCCTCAGTAAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      TGGACAAACTACATTCATGGGTGGCAGGATCGTTGGGTAGTTTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGTGGACAAACTACATTCATGGGTGGCAGGATCGTTGGGTAGTTTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAAATAATGCTCTGAGTTACTACAAATCTGAAGATGAAACAGAGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105137 AAAAATAATGCTCTGAGTTACTACAAATCTGAAGATGAAACAGAGTATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCAGAGGATCCATCTGTCTTAGCAAGGCTGTCATCACA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105187 CTGCAGAGGATCCATCTGTCTTAGCAAGGCTGTCATCACAGTA...CAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCACGATTTTGATGAATGTCGATTTGATATTAGTGTAAATGATAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152028 CTCACGATTTTGATGAATGTCGATTTGATATTAGTGTAAATGATAGTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGTATCTTCGTGCTCAGGATCCAGATCATAGACAGCAATGGATAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152078 TGGTATCTTCGTGCTCAGGATCCAGATCATAGACAGCAATGGATAGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTGAACAGCACAAG         ACTGAATCTGGATATGGATCTGAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 152128 CATTGAACAGCACAAGGTA...TAGACTGAATCTGGATATGGATCTGAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAGCTTGCGTCGACATGGCTCAATGGTGTCCCTGGTGTCTGGAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184755 CCAGCTTGCGTCGACATGGCTCAATGGTGTCCCTGGTGTCTGGAGCAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCTACTCTGCAACATCCACCTCTTCATTCAAG         AAAGGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 184805 GGCTACTCTGCAACATCCACCTCTTCATTCAAGGTG...CAGAAAGGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGTTTACGTGAGAAGTTGGCTGAAATGGAAACATTTAGAGACATCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185717 CAGTTTACGTGAGAAGTTGGCTGAAATGGAAACATTTAGAGACATCTTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTAGACAAGTTGACACGCTACAGAAGTACTTTGATGCCTGTGCTGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185767 GTAGACAAGTTGACACGCTACAGAAGTACTTTGATGCCTGTGCTGATGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCTCTAAGGATGAACTTCAAAGGGATAAAG         TGGTAGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 185817 GTCTCTAAGGATGAACTTCAAAGGGATAAAGGTT...TAGTGGTAGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATGAAGATGACTTTCCTACAACGCGTTCTGATGGTGACTTCTTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191794 TGATGAAGATGACTTTCCTACAACGCGTTCTGATGGTGACTTCTTGCATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTACCAACGGCAATAAAGAAAAGT         TATTTCCACATGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 191844 GTACCAACGGCAATAAAGAAAAGTGTA...CAGTATTTCCACATGTGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAAAAGGAATTAATGGTATAGACTTTAAAGGGGAAGCGATAACTTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194192 CCAAAAGGAATTAATGGTATAGACTTTAAAGGGGAAGCGATAACTTTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCAACTACTGCTGGAATCCTTGCAACACTTTCTCATTGTATTGAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194242 AGCAACTACTGCTGGAATCCTTGCAACACTTTCTCATTGTATTGAACTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTTAAACGTGAGGACAGCTGGCAGAAGAGACTGGATAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 194292 TGGTTAAACGTGAGGACAGCTGGCAGAAGAGACTGGATAAGGTA...TAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAACTGAGAAGAAAAGAAGAACAGAGGAAGCATATAAAAATGCAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200105 GAAACTGAGAAGAAAAGAAGAACAGAGGAAGCATATAAAAATGCAATGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAACTTAAGAAAAAATCCCACTTTGGAGGACCAGATTATGAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 200155 AGAACTTAAGAAAAAATCCCACTTTGGAGGACCAGATTATGAAGTA...T

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    931   GAAGGCCCTAACAGTCTGATTAATGAAGAAGAGTTCTTTGATGCTGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208148 AGGAAGGCCCTAACAGTCTGATTAATGAAGAAGAGTTCTTTGATGCTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAAGCTGCTCTTGACAGACAAGATAAAATAGAAGAACAG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 208198 GAAGCTGCTCTTGACAGACAAGATAAAATAGAAGAACAGGTA...TAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACAGAGTGAAAAGGTGAGATTACATTGGCCTACATCCTTGCCCTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210913 ACAGAGTGAAAAGGTGAGATTACATTGGCCTACATCCTTGCCCTCTGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGCCTTTTCTTCTGTGGGGACACATAGATTTGTCCAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 210963 ATGCCTTTTCTTCTGTGGGGACACATAGATTTGTCCAAAAGGTA...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCCTATAGTCGCTCTTCCTCCATGTCTTCCATTGATCTAGTCAGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211821 CCCTATAGTCGCTCTTCCTCCATGTCTTCCATTGATCTAGTCAGTGCCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGATGATGTTCACAGATTCAGCTCCCAG         GTTGAAGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 211871 TGATGATGTTCACAGATTCAGCTCCCAGGTA...AAGGTTGAAGAGATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGCAGAACCACATGACTTACTCATTACAGGATGTAGGCGGAGATGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221534 TGCAGAACCACATGACTTACTCATTACAGGATGTAGGCGGAGATGCCAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGGCAGTTGGTTGTAGAAGAAGGAGAAATGAAG         GTATACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 221584 TGGCAGTTGGTTGTAGAAGAAGGAGAAATGAAGGTA...TAGGTATACAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AAGAGAAGTAGAAGAAAATGGGATTGTTCTGGATCCTTTAAAAGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225182 AAGAGAAGTAGAAGAAAATGGGATTGTTCTGGATCCTTTAAAAGCTACCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATGCAGTTAAAGGCGTCACAGGACATGAGGTCTGCAATTATTTCTGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 225232 ATGCAGTTAAAGGCGTCACAGGACATGAAGTCTGCAATTATTTCTGGAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GTTGACGTTCGCAATGACTGGGAAA         CAACTATAGAAAACTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 225282 GTTGACGTTCGCAATGACTGGGAAAGTA...CAGCAACTATAGAAAACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCATGTGGTGGAAACATTAGCTGATAATGCAATCATCATTTATCAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226512 TCATGTGGTGGAAACATTAGCTGATAATGCAATCATCATTTATCAAACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ACAAG         AGGGTGTGGCCTGCTTCTCAGCGAGACGTATTATAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226562 ACAAGGTA...CAGAGGGTGTGGCCTGCTTCTCAGCGAGACGTATTATAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CTTTCTGTCATTCGAAAGATACCAGCCTTGACTGAAAATGACCCTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229167 CTTTCTGTCATTCGAAAGATACCAGCCTTGACTGAAAATGACCCTGAAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TTGGATAGTTTGTAATTTTTCTGTGGATCATGACAGTGCTCCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 229217 TTGGATAGTTTGTAATTTTTCTGTGGATCATGACAGTGCTCCTGTA...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1618   CTAAACAACCGATGTGTCCGTGCCAAAATAAATGTTGCTATGATTTGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230005 AGCTAAACAACCGATGTGTCCGTGCCAAAATAAATGTTGCTATGATTTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CAAACCTTGGTAAGCCCACCAGAGGGAAACCAGGAAATTAGCAGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230055 CAAACCTTGGTAAGCCCACCAGAGGGAAACCAGGAAATTAGCAGGGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CATTCTATGCAAGATTACATATGTAGCTAATG         TGAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 230105 CATTCTATGCAAGATTACATATGTAGCTAATGGTA...CAGTGAACCCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 GAGGATGGGCACCAGCCTCAGTGTTAAGGGCAGTGGCAAAGCGAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231744 GAGGATGGGCACCAGCCTCAGTGTTAAGGGCAGTGGCAAAGCGAGAGTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CCTAAATTTCTAAAACGTTTTACTTCTTACGTCCAAGAAAAAACTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231794 CCTAAATTTCTAAAACGTTTTACTTCTTACGTCCAAGAAAAAACTGCAGG

   2000     .    :    .
   1857 AAAGCCTATTTTGTTC
        ||||||||||||||||
 231844 AAAGCCTATTTTGTTC