seq1 = pF1KB3033.tfa, 1689 bp
seq2 = pF1KB3033/gi568815597r_18772848.tfa (gi568815597r:18772848_19002523), 229676 bp

>pF1KB3033 1689
>gi568815597r:18772848_19002523 (Chr1)

(complement)

1-62  (100001-100062)   100% ->
63-156  (112419-112512)   100% ->
157-249  (113070-113162)   100% ->
250-297  (116013-116060)   100% ->
298-453  (116896-117051)   100% ->
454-603  (119096-119245)   100% ->
604-678  (119326-119400)   100% ->
679-866  (120637-120824)   100% ->
867-940  (123151-123224)   100% ->
941-1137  (124912-125108)   100% ->
1138-1185  (125269-125316)   100% ->
1186-1338  (126057-126209)   100% ->
1339-1460  (127021-127142)   100% ->
1461-1579  (127943-128061)   100% ->
1580-1689  (129567-129676)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGCCGGCGCCCGCGCTCCGCCGCGCCCTGCTGTCCCGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTGCCGGCGCCCGCGCTCCGCCGCGCCCTGCTGTCCCGCCCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCGGGGCCGG         CCTGCGGTGGAAGCACACCTCCTCCCTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCGGGGCCGGGTG...CAGCCTGCGGTGGAAGCACACCTCCTCCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTGGCCAACGAGCCCGTCTTAGCCTTCACGCAGGGCAGCCCTGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112448 AGGTGGCCAACGAGCCCGTCTTAGCCTTCACGCAGGGCAGCCCTGAGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGCCCTGCAAAAG         GCCTTGAAGGACCTGAAGGGCCGGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112498 GATGCCCTGCAAAAGGTA...CAGGCCTTGAAGGACCTGAAGGGCCGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGCCATCCCATGCGTGGTGGGGGATGAGGAGGTGTGGACGTCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113096 GGAAGCCATCCCATGCGTGGTGGGGGATGAGGAGGTGTGGACGTCGGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAGTACCAAGTGTCG         CCTTTTAACCATGGACATAAGGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113146 TGCAGTACCAAGTGTCGGTA...CAGCCTTTTAACCATGGACATAAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCAAGTTCTGTTATGCAGACAAG         AGCCTGCTCAACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116037 GCCAAGTTCTGTTATGCAGACAAGGTG...TAGAGCCTGCTCAACAAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATTGAGGCTGCCCTGGCTGCCCGGAAAGAGTGGGACCTGAAGCCTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116913 CATTGAGGCTGCCCTGGCTGCCCGGAAAGAGTGGGACCTGAAGCCTATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGACCGGGCCCAGATCTTCCTGAAGGCGGCAGACATGCTGAGTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116963 CAGACCGGGCCCAGATCTTCCTGAAGGCGGCAGACATGCTGAGTGGGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGCAGGGCTGAGATCCTCGCCAAGACCATGGTGGGACAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 117013 CGCAGGGCTGAGATCCTCGCCAAGACCATGGTGGGACAGGTG...CAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TAAGACCGTGATCCAAGCGGAGATTGACGCTGCAGCGGAACTCATCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119098 TAAGACCGTGATCCAAGCGGAGATTGACGCTGCAGCGGAACTCATCGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCTTCCGGTTCAATGCCAAGTATGCGGTGGAGCTGGAGGGGCAGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119148 TCTTCCGGTTCAATGCCAAGTATGCGGTGGAGCTGGAGGGGCAGCAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATCAGCGTGCCCCCGAGCACCAACAGCACGGTGTACCGGGGTCTGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 119198 ATCAGCGTGCCCCCGAGCACCAACAGCACGGTGTACCGGGGTCTGGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604        GGCTTCGTGGCGGCCATCTCGCCCTTTAACTTCACTGCAATCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119248 A...CAGGGCTTCGTGGCGGCCATCTCGCCCTTTAACTTCACTGCAATCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCGGCAACCTGGCGGGGGCACCGGCCCTGATG         GGCAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 119369 GCGGCAACCTGGCGGGGGCACCGGCCCTGATGGTG...CAGGGCAACGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTCCTATGGAAGCCCAGTGACACTGCCATGCTGGCCAGCTATGCTGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120646 GTCCTATGGAAGCCCAGTGACACTGCCATGCTGGCCAGCTATGCTGTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCGCATCCTTCGGGAGGCTGGCCTGCCCCCCAACATCATCCAGTTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120696 CCGCATCCTTCGGGAGGCTGGCCTGCCCCCCAACATCATCCAGTTTGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGCTGATGGGCCCCTATTTGGGGACACTGTCACCAGCTCAGAGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120746 CAGCTGATGGGCCCCTATTTGGGGACACTGTCACCAGCTCAGAGCACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGTGGCATCAACTTCACAGGCAGTGTGCC         CACCTTCAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120796 TGTGGCATCAACTTCACAGGCAGTGTGCCGTA...CAGCACCTTCAAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGTGGAAGCAGGTGGCCCAGAACCTGGACCGGTTCCACACCTTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123163 CCTGTGGAAGCAGGTGGCCCAGAACCTGGACCGGTTCCACACCTTCCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCTGGCTGGAG         AGTGCGGCGGAAAGAACTTCCACTTCGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 123213 GCCTGGCTGGAGGTA...TAGAGTGCGGCGGAAAGAACTTCCACTTCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CACCGCTCGGCCGACGTGGAGAGCGTGGTGAGCGGGACCCTCCGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124941 CACCGCTCGGCCGACGTGGAGAGCGTGGTGAGCGGGACCCTCCGCTCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTCGAGTACGGTGGCCAGAAGTGTTCCGCGTGCTCGCGTCTCTACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124991 CTTCGAGTACGGTGGCCAGAAGTGTTCCGCGTGCTCGCGTCTCTACGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGCACTCGCTGTGGCCGCAGATCAAAGGGCGGCTGCTGGAGGAGCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125041 CGCACTCGCTGTGGCCGCAGATCAAAGGGCGGCTGCTGGAGGAGCACAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGGATCAAAGTGGGCGAC         CCTGCAGAGGATTTTGGGACCTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 125091 CGGATCAAAGTGGGCGACGTG...CAGCCTGCAGAGGATTTTGGGACCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTTCTCTGCAGTGATTGATGCCAAG         TCCTTTGCCCGTATCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 125292 CTTCTCTGCAGTGATTGATGCCAAGGTA...CAGTCCTTTGCCCGTATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGAAGTGGCTGGAGCACGCACGCTCCTCACCCAGCCTCACCATCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126073 AGAAGTGGCTGGAGCACGCACGCTCCTCACCCAGCCTCACCATCCTGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGGGGCAAGTGTGATGACTCCGTGGGCTACTTTGTGGAGCCCTGCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126123 GGGGGCAAGTGTGATGACTCCGTGGGCTACTTTGTGGAGCCCTGCATCGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGAGAGCAAGGACCCTCAGGAGCCCATCATGAAGGAG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 126173 GGAGAGCAAGGACCCTCAGGAGCCCATCATGAAGGAGGTG...TAGGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCTTCGGGCCTGTACTGTCTGTGTACGTCTACCCGGATGACAAGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127025 TCTTCGGGCCTGTACTGTCTGTGTACGTCTACCCGGATGACAAGTACAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGACGCTGCAGCTGGTTGACAGCACCACCAGCTATGGCCTCACGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127075 GAGACGCTGCAGCTGGTTGACAGCACCACCAGCTATGGCCTCACGGGGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGTGTTCTCCCAGGATAA         GGACGTCGTGCAGGAGGCCACAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 127125 AGTGTTCTCCCAGGATAAGTG...TAGGGACGTCGTGCAGGAGGCCACAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGGTGCTGAGGAATGCTGCCGGCAACTTCTACATCAACGACAAGTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127966 AGGTGCTGAGGAATGCTGCCGGCAACTTCTACATCAACGACAAGTCCACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GGCTCGATAGTGGGCCAGCAGCCCTTTGGGGGGGCCCGAGCCTCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 128016 GGCTCGATAGTGGGCCAGCAGCCCTTTGGGGGGGCCCGAGCCTCTGGTG.

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1580      GAACCAATGACAAGCCAGGGGGCCCACACTACATCCTGCGCTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128066 ..CAGGAACCAATGACAAGCCAGGGGGCCCACACTACATCCTGCGCTGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CGTCGCCGCAGGTCATCAAGGAGACACATAAGCCCCTGGGGGACTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129612 CGTCGCCGCAGGTCATCAAGGAGACACATAAGCCCCTGGGGGACTGGAGC

   1800     .    :    .
   1675 TACGCGTACATGCAG
        |||||||||||||||
 129662 TACGCGTACATGCAG