seq1 = pF1KB3030.tfa, 2751 bp
seq2 = pF1KB3030/gi568815596f_74734581.tfa (gi568815596f:74734581_74990938), 256358 bp

>pF1KB3030 2751
>gi568815596f:74734581_74990938 (Chr2)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-226  (119713-119875)   100% ->
227-375  (133056-133204)   100% ->
376-495  (137720-137839)   100% ->
496-591  (138696-138791)   100% ->
592-691  (139264-139363)   100% ->
692-875  (139686-139869)   100% ->
876-1031  (142586-142741)   100% ->
1032-1265  (144108-144341)   100% ->
1266-1570  (145685-145989)   100% ->
1571-1719  (147131-147279)   100% ->
1720-1839  (147540-147659)   100% ->
1840-1935  (150914-151009)   100% ->
1936-2035  (151714-151813)   100% ->
2036-2219  (151910-152093)   98% ->
2220-2375  (153323-153478)   99% ->
2376-2609  (154665-154898)   100% ->
2610-2751  (156217-156358)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTGCCTCGCATCTGCTTGCCTACTTCTTCACGGAGCTCAACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTGCCTCGCATCTGCTTGCCTACTTCTTCACGGAGCTCAACCATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAAGTGCAGAAG         GTTGACCAGTATCTCTACCACATGCGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAAGTGCAGAAGGTA...CAGGTTGACCAGTATCTCTACCACATGCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTCTGATGAGACCCTCTTGGAGATCTCTAAGCGGTTCCGCAAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119741 TCTCTGATGAGACCCTCTTGGAGATCTCTAAGCGGTTCCGCAAGGAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAAAGGGCTTGGAGCCACCACTCACCCTACTGCAGCAGTGAAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119791 GAGAAAGGGCTTGGAGCCACCACTCACCCTACTGCAGCAGTGAAGATGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCCACCTTTGTGAGGTCCACTCCAGATGGGACAG         AACACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119841 GCCCACCTTTGTGAGGTCCACTCCAGATGGGACAGGTA...CAGAACACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGAGTTCCTGGCTCTGGATCTTGGAGGGACCAACTTCCGTGTGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133062 GAGAGTTCCTGGCTCTGGATCTTGGAGGGACCAACTTCCGTGTGCTTTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGAAAGTAACGGACAATGGGCTCCAGAAGGTGGAGATGGAGAATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133112 GTGAAAGTAACGGACAATGGGCTCCAGAAGGTGGAGATGGAGAATCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTATGCCATCCCTGAGGACATCATGCGAGGCAGTGGCACCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 133162 CTATGCCATCCCTGAGGACATCATGCGAGGCAGTGGCACCCAGGTA...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   CTGTTTGACCACATTGCCGAATGCCTGGCTAACTTCATGGATAAGCTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137718 AGCTGTTTGACCACATTGCCGAATGCCTGGCTAACTTCATGGATAAGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAATCAAAGACAAGAAGCTCCCACTGGGTTTTACCTTCTCGTTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137768 CAAATCAAAGACAAGAAGCTCCCACTGGGTTTTACCTTCTCGTTCCCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCACCAGACTAAACTAGACGAG         AGTTTCCTGGTCTCATGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 137818 CCACCAGACTAAACTAGACGAGGTA...CAGAGTTTCCTGGTCTCATGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAAGGGATTCAAGTCCAGTGGAGTGGAAGGCAGAGACGTTGTGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138715 CCAAGGGATTCAAGTCCAGTGGAGTGGAAGGCAGAGACGTTGTGGCTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCCGGAAGGCCATCCAGAGGAGAGGG         GACTTTGATATCGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138765 ATCCGGAAGGCCATCCAGAGGAGAGGGGTG...CAGGACTTTGATATCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATTGTGGCTGTGGTGAATGACACAGTTGGGACCATGATGACCTGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139278 CATTGTGGCTGTGGTGAATGACACAGTTGGGACCATGATGACCTGTGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGATGACCACAACTGTGAGATTGGTCTCATTGTGG         GCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 139328 ATGATGACCACAACTGTGAGATTGGTCTCATTGTGGGTG...CAGGCACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCAGCAACGCCTGCTACATGGAAGAGATGCGCCACATCGACATGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139691 GGCAGCAACGCCTGCTACATGGAAGAGATGCGCCACATCGACATGGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGCGATGAGGGGCGGATGTGTATCAATATGGAGTGGGGGGCCTTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139741 AGGCGATGAGGGGCGGATGTGTATCAATATGGAGTGGGGGGCCTTCGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACGATGGCTCGCTCAACGACATTCGCACTGAGTTTGACCAGGAGATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139791 ACGATGGCTCGCTCAACGACATTCGCACTGAGTTTGACCAGGAGATTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGGGCTCACTGAACCCGGGAAAGCAACT         GTTTGAGAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 139841 ATGGGCTCACTGAACCCGGGAAAGCAACTGTG...CAGGTTTGAGAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATCAGTGGGATGTACATGGGGGAGCTGGTGAGGCTTATCCTGGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142598 GATCAGTGGGATGTACATGGGGGAGCTGGTGAGGCTTATCCTGGTGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGCCAAGGAGGAGCTGCTCTTTGGGGGGAAGCTCAGCCCAGAGCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142648 TGGCCAAGGAGGAGCTGCTCTTTGGGGGGAAGCTCAGCCCAGAGCTTCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AACACCGGTCGCTTTGAGACCAAAGACATCTCAGACATTGAAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 142698 AACACCGGTCGCTTTGAGACCAAAGACATCTCAGACATTGAAGGGTG...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1032    GGAGAAGGATGGCATCCGGAAGGCCCGTGAGGTCCTGATGCGGTTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144105 CAGGGAGAAGGATGGCATCCGGAAGGCCCGTGAGGTCCTGATGCGGTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCCTGGACCCGACTCAGGAGGACTGCGTGGCCACTCACCGGATCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144155 GCCTGGACCCGACTCAGGAGGACTGCGTGGCCACTCACCGGATCTGCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCGTGTCCACACGCTCCGCCAGCCTGTGCGCAGCCACCCTGGCCGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144205 ATCGTGTCCACACGCTCCGCCAGCCTGTGCGCAGCCACCCTGGCCGCCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTGCAGCGCATCAAGGAGAACAAAGGCGAGGAGCGGCTGCGCTCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144255 GCTGCAGCGCATCAAGGAGAACAAAGGCGAGGAGCGGCTGCGCTCTACTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTGGGGTCGACGGTTCCGTCTACAAGAAACACCCCCA         TTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 144305 TTGGGGTCGACGGTTCCGTCTACAAGAAACACCCCCAGTG...CAGTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCCAAGCGTCTACATAAGACCGTGCGGCGGCTGGTGCCCGGCTGCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145689 GCCAAGCGTCTACATAAGACCGTGCGGCGGCTGGTGCCCGGCTGCGATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCGCTTCCTCCGCTCCGAGGATGGCAGTGGCAAAGGTGCAGCCATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145739 CCGCTTCCTCCGCTCCGAGGATGGCAGTGGCAAAGGTGCAGCCATGGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGCAGTGGCTTACCGGCTGGCCGATCAACACCGTGCCCGCCAGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145789 CAGCAGTGGCTTACCGGCTGGCCGATCAACACCGTGCCCGCCAGAAGACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTAGAGCATCTGCAGCTGAGCCATGACCAGCTGCTGGAGGTCAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145839 TTAGAGCATCTGCAGCTGAGCCATGACCAGCTGCTGGAGGTCAAGAGGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GATGAAGGTAGAAATGGAGCGAGGTCTGAGCAAGGAGACTCATGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145889 GATGAAGGTAGAAATGGAGCGAGGTCTGAGCAAGGAGACTCATGCCAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCCCCGTCAAGATGCTGCCCACCTACGTGTGTGCTACCCCGGACGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145939 CCCCCGTCAAGATGCTGCCCACCTACGTGTGTGCTACCCCGGACGGCACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 G         AGAAAGGGGACTTCTTGGCCTTGGACCTTGGAGGAACAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145989 GGTA...CAGAGAAAGGGGACTTCTTGGCCTTGGACCTTGGAGGAACAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TTTCCGGGTCCTGCTGGTCCGTGTTCGGAATGGGAAGTGGGGTGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147171 TTTCCGGGTCCTGCTGGTCCGTGTTCGGAATGGGAAGTGGGGTGGAGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGATGCACAACAAGATCTACGCCATCCCGCAGGAGGTCATGCACGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147221 AGATGCACAACAAGATCTACGCCATCCCGCAGGAGGTCATGCACGGCACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GGGGACGAG         CTCTTTGACCACATTGTCCAGTGCATCGCGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 147271 GGGGACGAGGTG...CAGCTCTTTGACCACATTGTCCAGTGCATCGCGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CTTCCTCGAGTACATGGGCATGAAGGGCGTGTCCCTGCCTCTGGGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147572 CTTCCTCGAGTACATGGGCATGAAGGGCGTGTCCCTGCCTCTGGGTTTTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CCTTCTCCTTCCCCTGCCAGCAGAACAGCCTGGACGAG         AGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 147622 CCTTCTCCTTCCCCTGCCAGCAGAACAGCCTGGACGAGGTA...TAGAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ATCCTCCTCAAGTGGACAAAAGGCTTCAAGGCATCTGGCTGCGAGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150917 ATCCTCCTCAAGTGGACAAAAGGCTTCAAGGCATCTGGCTGCGAGGGCGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGACGTGGTGACCCTGCTGAAGGAAGCGATCCACCGGCGAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 150967 GGACGTGGTGACCCTGCTGAAGGAAGCGATCCACCGGCGAGAGGTA...C

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1936   GAGTTTGACCTGGATGTGGTTGCTGTGGTGAACGACACAGTCGGAACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151712 AGGAGTTTGACCTGGATGTGGTTGCTGTGGTGAACGACACAGTCGGAACT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 ATGATGACCTGTGGCTTTGAAGACCCTCACTGTGAAGTTGGCCTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151762 ATGATGACCTGTGGCTTTGAAGACCCTCACTGTGAAGTTGGCCTCATTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TG         GCACGGGCAGCAATGCCTGCTACATGGAGGAGATGCGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151812 TGGTA...CAGGCACGGGCAGCAATGCCTGCTACATGGAGGAGATGCGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ATGTGGAACTGGTGGAAGGAGAAGAGGGGCGGATGTGTGTGAACATGGAA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151949 ACGTGGAACTGGTGGAAGGAGAAGAGGGGCGGATGTGTGTGAACATGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 TGGGGGGCCTTCGGGGACAATGGATGCCTAGATGACTTCCGCACAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151999 TGGGGGGCCTTCGGGGACAATGGATGCCTAGATGACTTCCGCACAGAATT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TGATGTGGCTGTGGATGAGCTTTCACTCAACCCGGGCAAGCAGAG     
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||>>>..
 152049 TGATGTGGCTGTGGATGAGCTTTCACTCAACCCCGGCAAGCAGAGGTA..

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220     GTTCGAGAAAATGATCAGTGGAATGTACCTGGGTGAGATTGTCCGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152099 .CAGGTTCGAGAAAATGATCAGTGGAATGTACCTGGGTGAGATTGTCCGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 AACATTCTCATCGATTTCACCAAGCGTGGACTGCTCTTCCGAGGCCGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 153369 AACATTCTCATCGATTTCACCAAGCGTGGACTACTCTTCCGAGGCCGCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CTCAGAGCGGCTCAAGACAAGGGGCATCTTTGAAACCAAGTTCTTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153419 CTCAGAGCGGCTCAAGACAAGGGGCATCTTTGAAACCAAGTTCTTGTCTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AGATTGAGAG         TGACTGCCTGGCCCTGCTGCAAGTCCGAGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 153469 AGATTGAGAGGTG...CAGTGACTGCCTGGCCCTGCTGCAAGTCCGAGCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 ATCCTGCAACACTTAGGGCTTGAGAGCACCTGTGACGACAGCATCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154696 ATCCTGCAACACTTAGGGCTTGAGAGCACCTGTGACGACAGCATCATTGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 TAAGGAGGTGTGCACTGTGGTGGCCCGGCGGGCAGCCCAGCTCTGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154746 TAAGGAGGTGTGCACTGTGGTGGCCCGGCGGGCAGCCCAGCTCTGTGGCG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 CAGGCATGGCCGCTGTGGTGGACAGGATACGAGAAAACCGTGGGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154796 CAGGCATGGCCGCTGTGGTGGACAGGATACGAGAAAACCGTGGGCTGGAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 GCTCTCAAAGTGACAGTGGGTGTGGATGGGACCCTCTACAAGCTACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154846 GCTCTCAAAGTGACAGTGGGTGTGGATGGGACCCTCTACAAGCTACATCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 TCA         CTTTGCCAAAGTCATGCATGAGACAGTGAAGGACCTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154896 TCAGTG...CAGCTTTGCCAAAGTCATGCATGAGACAGTGAAGGACCTGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 CTCCGAAATGTGATGTGTCTTTCCTGCAGTCAGAGGATGGCAGCGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156255 CTCCGAAATGTGATGTGTCTTTCCTGCAGTCAGAGGATGGCAGCGGGAAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 GGGGCGGCGCTCATCACTGCTGTGGCCTGCCGCATCCGTGAGGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156305 GGGGCGGCGCTCATCACTGCTGTGGCCTGCCGCATCCGTGAGGCTGGACA

   2900 
   2748 GCGA
        ||||
 156355 GCGA