seq1 = pF1KB3017.tfa, 2394 bp
seq2 = pF1KB3017/gi568815586r_53091559.tfa (gi568815586r:53091559_53300443), 208885 bp

>pF1KB3017 2394
>gi568815586r:53091559_53300443 (Chr12)

(complement)

1-201  (100001-100201)   99% ->
202-403  (102493-102694)   100% ->
404-574  (102781-102951)   100% ->
575-816  (103624-103865)   100% ->
817-975  (104245-104403)   100% ->
976-1071  (104723-104818)   100% ->
1072-1161  (104981-105070)   100% ->
1162-1308  (106100-106246)   100% ->
1309-1502  (106543-106736)   100% ->
1503-1726  (107081-107304)   100% ->
1727-1946  (107534-107753)   100% ->
1947-2155  (107906-108114)   100% ->
2156-2316  (108425-108585)   99% ->
2317-2394  (108808-108885)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAGCTTTGCCAATGGTCCTTGTTTTGCTGCTGGTCCTGAGCAGAGG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCTTTGCCAATGGTCCTTGTTTTGCTGCTGGTCCTGAGCAGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGAGTGAATTGGACGCCAAGATCCCATCCACAGGGGATGCCACAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGAGTGAATTGGACGCCAAGATCCCATCCACAGGGGATGCCACAGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGGAATCCTCACCTGTCCATGCTGGGGTCCTGCCAGCCAGCCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCGGAATCCTCACCTGTCCATGCTGGGGTCCTGCCAGCCAGCCCCCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCAGAAGTGCATCCTCTCACACCCCAGCTGTGCATGGTGCAAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCAGAAGTGCATCCTCTCACACCCCAGCTGTGCATGGTGCAAGCAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 G         AACTTCACCGCGTCGGGAGAGGCGGAGGCGCGGCGCTGCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTA...CAGAACTTCACCGCGTCGGGAGAGGCGGAGGCGCGGCGCTGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCGACGAGAGGAGCTGCTGGCTCGAGGCTGCCCGCTGGAGGAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 CCCGACGAGAGGAGCTGCTGGCTCGAGGCTGCCCGCTGGAGGAGCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCCCCGCGGCCAGCAGGAGGTGCTGCAGGACCAGCCGCTCAGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102583 GAGCCCCGCGGCCAGCAGGAGGTGCTGCAGGACCAGCCGCTCAGCCAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGCCCGCGGAGAGGGTGCCACCCAGCTGGCGCCGCAGCGGGTCCGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102633 CGCCCGCGGAGAGGGTGCCACCCAGCTGGCGCCGCAGCGGGTCCGGGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCTGCGGCCTG         GGGAGCCCCAGCAGCTCCAGGTCCGCTTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102683 CGCTGCGGCCTGGTG...TAGGGGAGCCCCAGCAGCTCCAGGTCCGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTCGTGCTGAGGGATACCCGGTGGACCTGTACTACCTTATGGACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102810 CTTCGTGCTGAGGGATACCCGGTGGACCTGTACTACCTTATGGACCTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTACTCCATGAAGGACGACCTGGAACGCGTGCGCCAGCTCGGGCACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102860 CTACTCCATGAAGGACGACCTGGAACGCGTGCGCCAGCTCGGGCACGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCTGGTCCGGCTGCAGGAAGTCACCCATTCTGTGCGCATTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102910 TGCTGGTCCGGCTGCAGGAAGTCACCCATTCTGTGCGCATTGGTG...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575  GTTTTGGTTCCTTTGTGGACAAAACGGTGCTGCCCTTTGTGAGCACAGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103623 GGTTTTGGTTCCTTTGTGGACAAAACGGTGCTGCCCTTTGTGAGCACAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACCCTCCAAACTGCGCCACCCCTGCCCCACCCGGCTGGAGCGCTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103673 ACCCTCCAAACTGCGCCACCCCTGCCCCACCCGGCTGGAGCGCTGCCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CACCATTCAGCTTTCACCATGTGCTGTCCCTGACGGGGGACGCACAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103723 CACCATTCAGCTTTCACCATGTGCTGTCCCTGACGGGGGACGCACAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCGAGCGGGAGGTGGGGCGCCAGAGTGTGTCCGGCAATCTGGACTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103773 TTCGAGCGGGAGGTGGGGCGCCAGAGTGTGTCCGGCAATCTGGACTCGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGAAGGTGGCTTCGATGCCATTCTGCAGGCTGCACTCTGCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103823 TGAAGGTGGCTTCGATGCCATTCTGCAGGCTGCACTCTGCCAGGTG...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    817   GAGCAGATTGGCTGGAGAAATGTGTCCCGGCTGCTGGTGTTCACTTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104243 AGGAGCAGATTGGCTGGAGAAATGTGTCCCGGCTGCTGGTGTTCACTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACGACACATTCCATACAGCTGGGGACGGGAAGTTGGGCGGCATTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104293 GACGACACATTCCATACAGCTGGGGACGGGAAGTTGGGCGGCATTTTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCCCAGTGATGGGCACTGCCACTTGGACAGCAATGGCCTCTACAGTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104343 GCCCAGTGATGGGCACTGCCACTTGGACAGCAATGGCCTCTACAGTCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCACAGAGTTT         GACTACCCTTCTGTGGGTCAGGTAGCCCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104393 GCACAGAGTTTGTG...CAGGACTACCCTTCTGTGGGTCAGGTAGCCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCCCTCTCTGCAGCAAATATCCAGCCCATCTTTGCTGTCACCAGTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104753 GCCCTCTCTGCAGCAAATATCCAGCCCATCTTTGCTGTCACCAGTGCCGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ACTGCCTGTCTACCAG         GAGCTGAGTAAACTGATTCCTAAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104803 ACTGCCTGTCTACCAGGTG...CAGGAGCTGAGTAAACTGATTCCTAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTGCAGTTGGGGAGCTGAGTGAGGACTCCAGCAACGTGGTACAGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105006 CTGCAGTTGGGGAGCTGAGTGAGGACTCCAGCAACGTGGTACAGCTCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATGGATGCTTATAAT         AGCCTGTCTTCCACCGTGACCCTTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105056 ATGGATGCTTATAATGTG...TAGAGCCTGTCTTCCACCGTGACCCTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACACTCTTCACTCCCTCCTGGGGTCCACATTTCTTACGAATCCCAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106126 ACACTCTTCACTCCCTCCTGGGGTCCACATTTCTTACGAATCCCAGTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGGGTCCTGAGAAGAGGGAGGGTAAGGCTGAGGATCGAGGACAGTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106176 AGGGTCCTGAGAAGAGGGAGGGTAAGGCTGAGGATCGAGGACAGTGCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CACGTCCGAATCAACCAGACG         GTGACTTTCTGGGTTTCTCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106226 CACGTCCGAATCAACCAGACGGTG...CAGGTGACTTTCTGGGTTTCTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCAAGCCACCCACTGCCTCCCAGAGCCCCATCTCCTGAGGCTCCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106563 CCAAGCCACCCACTGCCTCCCAGAGCCCCATCTCCTGAGGCTCCGGGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TTGGCTTCTCAGAGGAGCTGATTGTGGAGTTGCACACGCTGTGTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106613 TTGGCTTCTCAGAGGAGCTGATTGTGGAGTTGCACACGCTGTGTGACTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AATTGCAGTGACACCCAGCCCCAGGCTCCCCACTGCAGTGATGGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106663 AATTGCAGTGACACCCAGCCCCAGGCTCCCCACTGCAGTGATGGCCAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ACACCTACAATGTGGTGTATGCAG         CTGTGCCCCTGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106713 ACACCTACAATGTGGTGTATGCAGGTG...CAGCTGTGCCCCTGGCCGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TAGGTCGGCTCTGTGAGTGCTCTGTGGCAGAGCTGTCCTCCCCAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107098 TAGGTCGGCTCTGTGAGTGCTCTGTGGCAGAGCTGTCCTCCCCAGACCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GAATCTGGGTGCCGGGCTCCCAATGGCACAGGGCCCCTGTGCAGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107148 GAATCTGGGTGCCGGGCTCCCAATGGCACAGGGCCCCTGTGCAGTGGAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GGGTCACTGTCAATGTGGACGCTGCAGCTGCAGTGGACAGAGCTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107198 GGGTCACTGTCAATGTGGACGCTGCAGCTGCAGTGGACAGAGCTCTGGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ATCTGTGCGAGTGTGACGATGCCAGCTGTGAGCGACATGAGGGCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107248 ATCTGTGCGAGTGTGACGATGCCAGCTGTGAGCGACATGAGGGCATCCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TGCGGAG         GCTTTGGTCGCTGCCAATGTGGAGTATGTCACTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107298 TGCGGAGGTA...CAGGCTTTGGTCGCTGCCAATGTGGAGTATGTCACTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TCATGCCAACCGCACGGGCAGAGCATGCGAATGCAGTGGGGACATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107568 TCATGCCAACCGCACGGGCAGAGCATGCGAATGCAGTGGGGACATGGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GTTGCATCAGTCCCGAGGGAGGGCTCTGCAGTGGGCATGGACGCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107618 GTTGCATCAGTCCCGAGGGAGGGCTCTGCAGTGGGCATGGACGCTGCAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TGCAACCGCTGCCAGTGCTTGGACGGCTACTATGGTGCTCTATGCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107668 TGCAACCGCTGCCAGTGCTTGGACGGCTACTATGGTGCTCTATGCGACCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 ATGCCCAGGCTGCAAGACACCATGCGAGAGACACCG         GGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107718 ATGCCCAGGCTGCAAGACACCATGCGAGAGACACCGGTG...CAGGGACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GTGCAGAGTGTGGGGCCTTCAGGACTGGCCCACTGGCCACCAACTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107911 GTGCAGAGTGTGGGGCCTTCAGGACTGGCCCACTGGCCACCAACTGCAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ACAGCTTGTGCCCATACCAATGTGACCCTGGCCTTGGCCCCTATCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107961 ACAGCTTGTGCCCATACCAATGTGACCCTGGCCTTGGCCCCTATCTTGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TGATGGCTGGTGCAAAGAGCGGACCCTGGACAACCAGCTGTTCTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108011 TGATGGCTGGTGCAAAGAGCGGACCCTGGACAACCAGCTGTTCTTCTTCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TGGTGGAGGATGACGCCAGAGGCACGGTCGTGCTCAGAGTGAGACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108061 TGGTGGAGGATGACGCCAGAGGCACGGTCGTGCTCAGAGTGAGACCCCAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GAAA         AGGGAGCAGACCACACGCAGGCCATTGTGCTGGGCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108111 GAAAGTA...CAGAGGGAGCAGACCACACGCAGGCCATTGTGCTGGGCTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 CGTAGGGGGCATTGTGGCAGTGGGGCTGGGGCTGGTCCTGGCTTACCGGC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108462 CGTAGGGGGCATCGTGGCAGTGGGGCTGGGGCTGGTCCTGGCTTACCGGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 TCTCGGTGGAAATCTATGACCGCCGGGAATACAGTCGCTTTGAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108512 TCTCGGTGGAAATCTATGACCGCCGGGAATACAGTCGCTTTGAGAAGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CAGCAACAACTCAACTGGAAGCAG         GACAGTAATCCTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108562 CAGCAACAACTCAACTGGAAGCAGGTG...CAGGACAGTAATCCTCTCTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 CAAAAGTGCCATCACGACCACCATCAATCCTCGCTTTCAAGAGGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108825 CAAAAGTGCCATCACGACCACCATCAATCCTCGCTTTCAAGAGGCAGACA

   2500     .    :
   2384 GTCCCACTCTC
        |||||||||||
 108875 GTCCCACTCTC