seq1 = pF1KB3015.tfa, 2208 bp
seq2 = pF1KB3015/gi568815577f_29221281.tfa (gi568815577f:29221281_29442830), 221550 bp

>pF1KB3015 2208
>gi568815577f:29221281_29442830 (Chr21)

1-234  (100001-100234)   100% ->
235-1569  (104779-106113)   100% ->
1570-1776  (108207-108413)   100% ->
1777-2208  (121119-121550)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCTGAGTGAGAACTCGGTTTTTGCCTATGAATCTTCTGTGCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCTGAGTGAGAACTCGGTTTTTGCCTATGAATCTTCTGTGCATAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCAATGTTTTACTCAGCCTTAATGACCAGCGGAAGAAAGATGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCAATGTTTTACTCAGCCTTAATGACCAGCGGAAGAAAGATGTGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGATGTCACCATCTTTGTGGAGGGACAGCGGTTCCGCGCTCACCGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGATGTCACCATCTTTGTGGAGGGACAGCGGTTCCGCGCTCACCGGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCTGGCGGCATGCAGCAGTTACTTCCACTCAAGAATCGTAGGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCTGGCGGCATGCAGCAGTTACTTCCACTCAAGAATCGTAGGCCAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGATGGAGAGCTGAACATTACTCTTCCAGAAGAG         GTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100201 TGATGGAGAGCTGAACATTACTCTTCCAGAAGAGGTG...CAGGTGACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAAAGGATTTGAACCTTTAATTCAGTTTGCCTACACTGCTAAACTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104786 TTAAAGGATTTGAACCTTTAATTCAGTTTGCCTACACTGCTAAACTGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTAAGTAAAGAGAATGTGGATGAAGTGTGCAAATGTGTGGAGTTTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104836 TTAAGTAAAGAGAATGTGGATGAAGTGTGCAAATGTGTGGAGTTTTTAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTACATAATATTGAGGAATCCTGCTTTCAGTTTCTGAAATTTAAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104886 TGTACATAATATTGAGGAATCCTGCTTTCAGTTTCTGAAATTTAAGTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGACTCCACTGCAGACCAGCAAGAATGCCCAAGAAAAAAATGCTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104936 TGGACTCCACTGCAGACCAGCAAGAATGCCCAAGAAAAAAATGCTTTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCACACTGTCAGAAAACAGACCTTAAACTTTCACTTTTGGACCAGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104986 TCACACTGTCAGAAAACAGACCTTAAACTTTCACTTTTGGACCAGAGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCTAGAAACTGATGAAGTGGAGGAATTTCTGGAAAATAAAAATGTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105036 TCTAGAAACTGATGAAGTGGAGGAATTTCTGGAAAATAAAAATGTTCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTCCTCAGTGTAAACTCCGCAGGTATCAAGGAAATGCAAAAGCCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105086 CTCCTCAGTGTAAACTCCGCAGGTATCAAGGAAATGCAAAAGCCTCACCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCTCTACAAGACAGTGCCAGTCAGACATATGAGTCCATGTGCTTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105136 CCTCTACAAGACAGTGCCAGTCAGACATATGAGTCCATGTGCTTAGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGATGCTGCTCTGGCCTTGCCTTCTTTATGCCCCAAATACAGAAAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105186 GGATGCTGCTCTGGCCTTGCCTTCTTTATGCCCCAAATACAGAAAATTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAAAAGCATTTGGAACTGACAGAGTCCGTACTGGGGAATCTAGTGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105236 AAAAAGCATTTGGAACTGACAGAGTCCGTACTGGGGAATCTAGTGTCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACATTCATGCTTCTGTTCAGCCAAATGAAAGGTCTGAAAATGAATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105286 GACATTCATGCTTCTGTTCAGCCAAATGAAAGGTCTGAAAATGAATGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGGAGGAGTCCCGGAGTGTAGAGATTTGCAGGTGATGTTAAAATGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105336 GGGAGGAGTCCCGGAGTGTAGAGATTTGCAGGTGATGTTAAAATGTGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAAGTAAATTAGCAATGGAACCTGAAGAAACGAAGAAAGATCCTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105386 AAAGTAAATTAGCAATGGAACCTGAAGAAACGAAGAAAGATCCTGCTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGTGCCCAACTGAAAAATCAGAAGTGACTCCTTTCCCCCACAATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105436 CAGTGCCCAACTGAAAAATCAGAAGTGACTCCTTTCCCCCACAATTCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CATAGACCCTCATGGACTTTATTCTTTGTCTCTTTTACACACATATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105486 CATAGACCCTCATGGACTTTATTCTTTGTCTCTTTTACACACATATGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AATATGGTGACTTGAATTTTGCTGGTATGCAAAACACAACAGTGTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105536 AATATGGTGACTTGAATTTTGCTGGTATGCAAAACACAACAGTGTTAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAAAAGCCTTTGTCAGGTACAGACGTCCAAGAAAAAACATTTGGTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105586 GAAAAGCCTTTGTCAGGTACAGACGTCCAAGAAAAAACATTTGGTGAAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TCAGGATTTACCTTTGAAATCCGACTTGGGCACCAGGGAAGATAGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105636 TCAGGATTTACCTTTGAAATCCGACTTGGGCACCAGGGAAGATAGTAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TTGCATCTAGTGATAGGAGTAGTGTGGAGCGAGAAGTGGCAGAACACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105686 TTGCATCTAGTGATAGGAGTAGTGTGGAGCGAGAAGTGGCAGAACACCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCAAAAGGCTTCTGGAGTGACATTTGCAGCACGGACACTCCTTGCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105736 GCAAAAGGCTTCTGGAGTGACATTTGCAGCACGGACACTCCTTGCCAAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCAGTTATCACCTGCTGTGGCCAAAGATGGCTCAGAACAGATCTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105786 GCAGTTATCACCTGCTGTGGCCAAAGATGGCTCAGAACAGATCTCACAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AACGGTCTGAGTGTCCGTGGTTAGGTATCAGGATTAGTGAGAGCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105836 AACGGTCTGAGTGTCCGTGGTTAGGTATCAGGATTAGTGAGAGCCCAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCAGGTCAAAGGACTTTCACAACATTAAGTTCTGTCAACTGCCCTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105886 CCAGGTCAAAGGACTTTCACAACATTAAGTTCTGTCAACTGCCCTTTTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 AAGTACTCTGAGTACTGAAGGCTGTTCAAGCAATTTGGAAATTGGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105936 AAGTACTCTGAGTACTGAAGGCTGTTCAAGCAATTTGGAAATTGGAAACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ATGATTATGTTTCAGAACCCCAGCAAGAACCTTGCCCATATGCTTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105986 ATGATTATGTTTCAGAACCCCAGCAAGAACCTTGCCCATATGCTTGTGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 ATTAGCTTGGGAGACGACTCTGAGACGGACACCGAAGGAGACAGTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106036 ATTAGCTTGGGAGACGACTCTGAGACGGACACCGAAGGAGACAGTGAATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CTGTTCAGCCAGAGAACAAGAATGTGAG         GTAAAACTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106086 CTGTTCAGCCAGAGAACAAGAATGTGAGGTG...TAGGTAAAACTGCCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TCAATGCACAACGGATAATTTCACTGTCTCGAAATGATTTTCAGTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108220 TCAATGCACAACGGATAATTTCACTGTCTCGAAATGATTTTCAGTCCTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TTGAAAATGCACAAGCTTACTCCAGAACAGCTGGATTGTATCCATGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108270 TTGAAAATGCACAAGCTTACTCCAGAACAGCTGGATTGTATCCATGATAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TCGAAGAAGAAGTAAAAACAGAATTGCTGCACAGCGCTGTCGCAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108320 TCGAAGAAGAAGTAAAAACAGAATTGCTGCACAGCGCTGTCGCAAGAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 AACTTGACTGTATACAGAATCTTGAATCAGAAATTGAGAAGCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108370 AACTTGACTGTATACAGAATCTTGAATCAGAAATTGAGAAGCTGGTA...

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1777    CAAAGTGAAAAGGAGAGCTTGTTGAAGGAAAGAGATCACATTTTGTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121116 CAGCAAAGTGAAAAGGAGAGCTTGTTGAAGGAAAGAGATCACATTTTGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 AACTCTGGGCGAGACAAAGCAGAACCTAACTGGACTTTGCCAGAAAGTTT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121166 AACTCTGGGTGAGACAAAGCAGAACCTAACTGGACTTTGCCAGAAAGTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 GTAAAGAAGCAGCTCTGAGTCAAGAACAAATACAGATACTCGCCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121216 GTAAAGAAGCAGCTCTGAGTCAAGAACAAATACAGATACTCGCCAAGTAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 TCAGCTGCAGATTGCCCACTTTCATTTTTAATTTCTGAAAAAGATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121266 TCAGCTGCAGATTGCCCACTTTCATTTTTAATTTCTGAAAAAGATAAAAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 TACTCCTGATGGTGAACTGGCGTTACCATCAATTTTCAGTTTATCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121316 TACTCCTGATGGTGAACTGGCGTTACCATCAATTTTCAGTTTATCTGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 GGCCTCCAGCAGTGCTGCCTCCCTGTGCCAGAGGAAACAGTGAGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121366 GGCCTCCAGCAGTGCTGCCTCCCTGTGCCAGAGGAAACAGTGAGCCTGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 TACGCGCGAGGGCAGGAGTCCCAGCAGATGTCCACAGCCACCTCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121416 TACGCGCGAGGGCAGGAGTCCCAGCAGATGTCCACAGCCACCTCTGAGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 AGCTGGGCCTGCGGAACAGTGTCGTCAGAGTGGTGGGATCTCAGATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121466 AGCTGGGCCTGCGGAACAGTGTCGTCAGAGTGGTGGGATCTCAGATTTCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2174 GTCAGCAGATGACTGATAAATGTACTACTGATGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121516 GTCAGCAGATGACTGATAAATGTACTACTGATGAG