seq1 = pF1KB3009.tfa, 1944 bp
seq2 = pF1KB3009/gi568815587r_123626000.tfa (gi568815587r:123626000_123830888), 204889 bp

>pF1KB3009 1944
>gi568815587r:123626000_123830888 (Chr11)

(complement)

1-402  (100001-100402)   100% ->
403-613  (101064-101274)   99% ->
614-702  (101675-101763)   100% ->
703-832  (102627-102756)   100% ->
833-952  (103294-103413)   100% ->
953-1944  (103898-104889)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACAGCCGTGGAACCAGAGGACCAGGATCTTTGGGAAGAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACAGCCGTGGAACCAGAGGACCAGGATCTTTGGGAAGAAGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATTCTGATGGTGAAACTGGAAGATGATTTCACCTGTCGGCCAGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATTCTGATGGTGAAACTGGAAGATGATTTCACCTGTCGGCCAGAGTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTACAGAGGGATGACCCGGTGCTGGAAACCTCCCACCAGAACTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTACAGAGGGATGACCCGGTGCTGGAAACCTCCCACCAGAACTTCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTTCCGCTACCAGGAGGCAGCAAGCCCTAGAGAAGCTCTCATCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCTTCCGCTACCAGGAGGCAGCAAGCCCTAGAGAAGCTCTCATCAGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGAGAACTTTGTCACCAGTGGCTGAGACCAGAGAGGCGGACAAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGAGAACTTTGTCACCAGTGGCTGAGACCAGAGAGGCGGACAAAGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATCCTAGAGCTGCTTGTGCTGGAACAATTTCTTACCGTCCTACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATCCTAGAGCTGCTTGTGCTGGAACAATTTCTTACCGTCCTACCTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAACTACAGAGCTGGGTGCGGGGCCAACGGCCAGAAAGTGGCGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAACTACAGAGCTGGGTGCGGGGCCAACGGCCAGAAAGTGGCGAGGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTGACGCTGGTGGAGGGTTTGCAGAAACAACCCAGGAGACCAAGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTGACGCTGGTGGAGGGTTTGCAGAAACAACCCAGGAGACCAAGGCGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GG         GTGACTGTCCATGTTCACGGCCAGGAAGTCCTGTCAGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGGTG...CAGGTGACTGTCCATGTTCACGGCCAGGAAGTCCTGTCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGACGGTGCATTTAGGAGCGGAGCCTGAGTCACCTAATGAGCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 101103 GAGACGGTGCATTTAGGAGTGGAGCCTGAGTCACCTAATGAGCTGCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCCTGTGCAAAGCTCGACCCCCGAGCAGTCTCCTGAGGAAACCACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101153 TCCTGTGCAAAGCTCGACCCCCGAGCAGTCTCCTGAGGAAACCACACAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCCAGATCTGGGGGCACCGGCAGAGCAGCGTCCACACCAGGAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101203 GCCCAGATCTGGGGGCACCGGCAGAGCAGCGTCCACACCAGGAAGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTCCAGACCCTGCAGGAGAGCG         AGGTCCCAGTGCCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101253 CTCCAGACCCTGCAGGAGAGCGGTG...TAGAGGTCCCAGTGCCCGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCAGACCTTCCTGCAGAGAGGAGCTCTGGAGACTCAGAGATGGTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101694 CCCAGACCTTCCTGCAGAGAGGAGCTCTGGAGACTCAGAGATGGTTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTCTTACTGCTCTGTCACAG         GGACTGGTAACGTTCAAGGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101744 TTCTTACTGCTCTGTCACAGGTG...CAGGGACTGGTAACGTTCAAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGGCCGTATGCTTTTCCCAGGACCAGTGGAGTGATCTGGACCCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102648 GTGGCCGTATGCTTTTCCCAGGACCAGTGGAGTGATCTGGACCCAACACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAAAGAGTTCTATGGAGAATATGTCTTGGAAGAAGACTGTGGAATTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102698 GAAAGAGTTCTATGGAGAATATGTCTTGGAAGAAGACTGTGGAATTGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCTCTCTGT         CATTTCCAATCCCCAGACCTGATGAGATCTCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102748 TCTCTCTGTGTA...CAGCATTTCCAATCCCCAGACCTGATGAGATCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGGTTAGAGAGGAAGAGCCTTGGGTCCCAGATATCCAAGAGCCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103326 CAGGTTAGAGAGGAAGAGCCTTGGGTCCCAGATATCCAAGAGCCTCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GACTCAAGAGCCAGAAATCCTGAGTTTTACCTACACAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103376 GACTCAAGAGCCAGAAATCCTGAGTTTTACCTACACAGGTG...CAGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATAGGAGTAAAGATGAGGAAGAGTGTCTGGAGCAGGAAGATCTGAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103901 ATAGGAGTAAAGATGAGGAAGAGTGTCTGGAGCAGGAAGATCTGAGTTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGGATATACACAGGCCTGTTTTGGGAGAACCAGAAATTCACCAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103951 GAGGATATACACAGGCCTGTTTTGGGAGAACCAGAAATTCACCAGACTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGATTGGGAAATAGTCTTTGAGGACAATCCAGGTAGACTTAATGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104001 AGATTGGGAAATAGTCTTTGAGGACAATCCAGGTAGACTTAATGAAAGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GATTTGGTACTAATATTTCTCAAGTGAATAGTTTTGTGAACCTTCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104051 GATTTGGTACTAATATTTCTCAAGTGAATAGTTTTGTGAACCTTCGGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACTACACCCGTCCACCCCCTGTTAGGGAGGCATCATGACTGTTCTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104101 ACTACACCCGTCCACCCCCTGTTAGGGAGGCATCATGACTGTTCTGTGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGGAAAGAGCTTCACTTGTAACTCCCACCTTGTTAGACACCTGAGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104151 TGGAAAGAGCTTCACTTGTAACTCCCACCTTGTTAGACACCTGAGGACTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ACACAGGAGAGAAACCCTATAAATGTATGGAATGTGGAAAAAGTTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104201 ACACAGGAGAGAAACCCTATAAATGTATGGAATGTGGAAAAAGTTACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CGAAGCTCACATCTTGCCAGGCACCAAAAGGTTCACAAGATGAACGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104251 CGAAGCTCACATCTTGCCAGGCACCAAAAGGTTCACAAGATGAACGCGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TTACAAATATCCCCTAAACCGGAAGAATTTGGAAGAGACCTCCCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104301 TTACAAATATCCCCTAAACCGGAAGAATTTGGAAGAGACCTCCCCTGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CACAGGCTGAGAGAACTCCATCAGTGGAGAAACCCTATAGATGTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104351 CACAGGCTGAGAGAACTCCATCAGTGGAGAAACCCTATAGATGTGATGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TGCGGAAAGCACTTCCGCTGGACTTCAGACCTTGTCAGACATCAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104401 TGCGGAAAGCACTTCCGCTGGACTTCAGACCTTGTCAGACATCAGAGGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ACATACTGGAGAAAAACCCTTCTTTTGTACTATTTGTGGCAAAAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104451 ACATACTGGAGAAAAACCCTTCTTTTGTACTATTTGTGGCAAAAGCTTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GCCAGAAATCTGTGTTAACAACACACCAAAGAATCCACCTGGGAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104501 GCCAGAAATCTGTGTTAACAACACACCAAAGAATCCACCTGGGAGGCAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 CCCTACTTGTGTGGAGAGTGTGGTGAGGACTTCAGTGAACACAGGCGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104551 CCCTACTTGTGTGGAGAGTGTGGTGAGGACTTCAGTGAACACAGGCGGTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCTGGCGCACCGGAAGACGCACGCTGCTGAGGAACTCTACCTCTGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104601 CCTGGCGCACCGGAAGACGCACGCTGCTGAGGAACTCTACCTCTGCAGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 AGTGCGGGCGCTGCTTCACCCACAGCGCAGCGTTCGCCAAGCACTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104651 AGTGCGGGCGCTGCTTCACCCACAGCGCAGCGTTCGCCAAGCACTTGAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GGACACGCCTCAGTGAGGCCCTGCCGATGCAACGAATGTGGGAAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104701 GGACACGCCTCAGTGAGGCCCTGCCGATGCAACGAATGTGGGAAGAGCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CAGTCGCAGGGACCACCTCGTCAGGCATCAGAGAACACACACTGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104751 CAGTCGCAGGGACCACCTCGTCAGGCATCAGAGAACACACACTGGGGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 AACCATTCACGTGCCCTACCTGTGGAAAAAGCTTCAGCAGAGGATATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104801 AACCATTCACGTGCCCTACCTGTGGAAAAAGCTTCAGCAGAGGATATCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .
   1906 TTAATTAGGCATCAGAGGACCCACTCAGAAAAGACCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104851 TTAATTAGGCATCAGAGGACCCACTCAGAAAAGACCTCC