seq1 = pF1KB3008.tfa, 2466 bp
seq2 = pF1KB3008/gi568815586r_15521320.tfa (gi568815586r:15521320_15782951), 261632 bp

>pF1KB3008 2466
>gi568815586r:15521320_15782951 (Chr12)

(complement)

1-59  (100001-100059)   100% ->
60-136  (101650-101726)   100% ->
137-204  (112029-112096)   100% ->
205-366  (113127-113288)   100% ->
367-516  (113416-113565)   100% ->
517-599  (116430-116512)   100% ->
600-736  (117060-117196)   100% ->
737-810  (120853-120926)   100% ->
811-937  (122212-122338)   100% ->
938-1026  (124367-124455)   98% ->
1027-1101  (124799-124873)   100% ->
1102-1250  (128659-128807)   100% ->
1251-1434  (131946-132129)   100% ->
1435-1568  (135692-135825)   100% ->
1569-1677  (141122-141230)   100% ->
1678-1821  (142106-142249)   100% ->
1822-2044  (151288-151510)   100% ->
2045-2225  (158545-158725)   100% ->
2226-2355  (159665-159794)   100% ->
2356-2466  (161522-161632)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGTCATATTTCTAATCATCCCAGTAGTTTTGGAATGTACCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGGTCATATTTCTAATCATCCCAGTAGTTTTGGAATGTACCCATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGATGAA         TGGCTACGGATCATCACCTACCTTTTCCCAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGATGAAGTA...CAGTGGCTACGGATCATCACCTACCTTTTCCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGACAGAGAACATGGTTCAAAAACAAGTGCAAAGGCCCTTTATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101682 CGGACAGAGAACATGGTTCAAAAACAAGTGCAAAGGCCCTTTATGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     AACAAAGGAAGAATTATGCACGGGACAGTGTCAGCAGTGTGTCAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101732 .CAGAACAAAGGAAGAATTATGCACGGGACAGTGTCAGCAGTGTGTCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATATCTCAATACCGTGTTGAA         CACTTGACTACCTTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112075 TATATCTCAATACCGTGTTGAAGTA...AAGCACTTGACTACCTTTGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGGATCGGAAAGATGCTATGATCACTGTTGATGATGGAATAAGGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113146 TGGATCGGAAAGATGCTATGATCACTGTTGATGATGGAATAAGGAAATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAATTGCTTGATGCCAAGGGCAAAGTGTGGACTCAAGATATGATTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113196 AAATTGCTTGATGCCAAGGGCAAAGTGTGGACTCAAGATATGATTCTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGGATGACAGAGCTGTGAGCCTGATTGATTTAGAATCAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113246 AGTGGATGACAGAGCTGTGAGCCTGATTGATTTAGAATCAAAGGCA...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   AATGAACTGGAGAATTTTCCTTTAAACACAATCCAGCACTGCCAAGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113414 AGAATGAACTGGAGAATTTTCCTTTAAACACAATCCAGCACTGCCAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGATGCATTCATGCAGCTATGATTCAGTTCTTGCACTGGTGTGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113464 GTGATGCATTCATGCAGCTATGATTCAGTTCTTGCACTGGTGTGCAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCAACCCAGAACAAGCCAGATCTTCATCTCTTCCAGTGTGATGAGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113514 GCCAACCCAGAACAAGCCAGATCTTCATCTCTTCCAGTGTGATGAGGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AG         GCAAACCTAATTAGTGAAGATATTGAAAGTGCAATCAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113564 AGGTA...CAGGCAAACCTAATTAGTGAAGATATTGAAAGTGCAATCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACAGTAAAGGAGGGAAACAGAAGAGGCGGCCCGACGCCCTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116469 GACAGTAAAGGAGGGAAACAGAAGAGGCGGCCCGACGCCCTGAGGTA...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600    GATGATTTCCAATGCAGACCCTAGTATACCGCCTCCACCCAGAGCTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117057 AAGGATGATTTCCAATGCAGACCCTAGTATACCGCCTCCACCCAGAGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGCCCCTGCGCCCCCTGGGACCGTCACCCAGGTGGATGTTAGAAGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117107 CTGCCCCTGCGCCCCCTGGGACCGTCACCCAGGTGGATGTTAGAAGTCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGCAGCCTGGTCTGCATGGGCAGCCGACCAAGGGGACT         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117157 GTGGCAGCCTGGTCTGCATGGGCAGCCGACCAAGGGGACTGTG...TAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAGAAACCAAGGCAGTATCATGAGCAGGAAGAAACACCTGAGATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120854 TGAGAAACCAAGGCAGTATCATGAGCAGGAAGAAACACCTGAGATGATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGCCCGCATTGACAGAGATGTG         CAAATCTTAAACCACATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120904 CAGCCCGCATTGACAGAGATGTGGTA...CAGCAAATCTTAAACCACATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTGGATGACATTGAATTTTTTATCACAAAACTCCAAAAAGCAGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122230 TTGGATGACATTGAATTTTTTATCACAAAACTCCAAAAAGCAGCAGAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATTTTCTGAGCTTTCTAAAAGGAAGAAAAACAAGAAAGGTAAAAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122280 ATTTTCTGAGCTTTCTAAAAGGAAGAAAAACAAGAAAGGTAAAAGGAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GACCAGGAG         AGGGTGTTTTAACGCTGCGGGCAAAACCTCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 122330 GACCAGGAGGTA...TAGAGGGTGTTTTAACGCTGCGGGCAAAACCTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCTCCTGATGAATTTCTTGACTGTTTCCAAAAGTTCAAACACGGATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 124399 CCTCCTGATGAATTTCTTGACTGTTTCCAAAAGTTTAAACACGGATTTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTTCTG         GCCAAACTGAAGTCTCATATTCAGAATCCTAGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124449 CCTTCTGGTA...CAGGCCAAACTGAAGTCTCATATTCAGAATCCTAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTGCAGATTTGGTTCACTTTTTGTTTACTCCATTAAATATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 124833 CTGCAGATTTGGTTCACTTTTTGTTTACTCCATTAAATATGGTG...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GTGGTGCAGGCAACAGGAGGTCCTGAACTAGCCAGTTCAGTACTTAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128659 GTGGTGCAGGCAACAGGAGGTCCTGAACTAGCCAGTTCAGTACTTAGTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCTATTGAATAAGGACACAATTGATTTCTTAAATTATACTGTCAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128709 CCTATTGAATAAGGACACAATTGATTTCTTAAATTATACTGTCAATGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATGAACGGCAGCTGTGGATGTCATTGGGAGGAACTTGGATGAAAGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128759 ATGAACGGCAGCTGTGGATGTCATTGGGAGGAACTTGGATGAAAGCCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251         AGCAGAGTGGCCAAAAGAACAGTTTATTCCACCATATGTTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128809 TA...CAGAGCAGAGTGGCCAAAAGAACAGTTTATTCCACCATATGTTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 ACGATTCCGCAATGGCTGGGAGCCCCCAATGCTGAACTTTATGGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131988 ACGATTCCGCAATGGCTGGGAGCCCCCAATGCTGAACTTTATGGGAGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CAATGGAACAAGATCTTTATCAACTGGCAGAATCTGTGGCAAATGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132038 CAATGGAACAAGATCTTTATCAACTGGCAGAATCTGTGGCAAATGTAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAACATCAGCGCAAACAGGAAATAAAAAGATTATCCACAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 132088 GAACATCAGCGCAAACAGGAAATAAAAAGATTATCCACAGAGGTA...CA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1435  CATTCCAGTGTATCAGAGTATCATCCAGCCGATGGCTATGCGTTCAGTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135691 GCATTCCAGTGTATCAGAGTATCATCCAGCCGATGGCTATGCGTTCAGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GCAACATTTACACAAGAGGATCCCACCTGGACCAAGGGGAAGCTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135741 GCAACATTTACACAAGAGGATCCCACCTGGACCAAGGGGAAGCTGCTGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GCTTTTAAGCCAACTTCTAATCGCCATATAGATAG         AAATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 135791 GCTTTTAAGCCAACTTCTAATCGCCATATAGATAGGTA...TAGAAATTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TGAACCACTCAAAACACAACCCAAGAAATATGCCAAATCCAAGTATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141128 TGAACCACTCAAAACACAACCCAAGAAATATGCCAAATCCAAGTATGACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TTGTAGCAAGGAACAACAGTGAGCTCTCGGTTCTAAAGGATGATATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141178 TTGTAGCAAGGAACAACAGTGAGCTCTCGGTTCTAAAGGATGATATTTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAG         ATACTTGATGATCGGAAGCAATGGTGGAAAGTTCGAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141228 GAGGTA...CAGATACTTGATGATCGGAAGCAATGGTGGAAAGTTCGAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGCAAGTGGAGACTCTGGATTTGTGCCAAATAACATTTTGGATATTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142144 TGCAAGTGGAGACTCTGGATTTGTGCCAAATAACATTTTGGATATTGTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GACCTCCAGAATCTGGATTGGGGCGTGCTGATCCACCTTATACTCATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142194 GACCTCCAGAATCTGGATTGGGGCGTGCTGATCCACCTTATACTCATACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATACAG         AAACAAAGGATGGAGTATGGCCCAAGACCAGCTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142244 ATACAGGTG...TAGAAACAAAGGATGGAGTATGGCCCAAGACCAGCTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TACTCCCCCTGCTCCATCACCTCCTCCAACACCAGCTCCTGTTCCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151323 TACTCCCCCTGCTCCATCACCTCCTCCAACACCAGCTCCTGTTCCTGTTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CCCTTCCCCCTTCCACTCCAGCACCTGTTCCTGTGTCAAAGGTCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151373 CCCTTCCCCCTTCCACTCCAGCACCTGTTCCTGTGTCAAAGGTCCCAGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AATATAACACGTCAAAACAGCAGCTCCAGTGACAGTGGTGGCAGTATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151423 AATATAACACGTCAAAACAGCAGCTCCAGTGACAGTGGTGGCAGTATCGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GCGAGACAGCCAGAGACACAAACAACTTCCGGTGGACC         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 151473 GCGAGACAGCCAGAGACACAAACAACTTCCGGTGGACCGTA...TAGGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 GGAAATCTCAGATGGAGGAAGTGCAAGATGAACTCATCCACAGACTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158548 GGAAATCTCAGATGGAGGAAGTGCAAGATGAACTCATCCACAGACTGACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 ATTGGTCGGAGTGCCGCTCAGAAGAAATTCCATGTGCCACGGCAGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158598 ATTGGTCGGAGTGCCGCTCAGAAGAAATTCCATGTGCCACGGCAGAACGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GCCAGTTATCAATATCACTTACGACTCCACACCAGAGGATGTGAAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158648 GCCAGTTATCAATATCACTTACGACTCCACACCAGAGGATGTGAAGACGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 GGTTACAGTCAAAGGGATTCAACCCTGT         GACTGTCAATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 158698 GGTTACAGTCAAAGGGATTCAACCCTGTGTG...TAGGACTGTCAATAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 CTTGGAGTATTAAATGGTGCACAACTTTTCTCTCTCAATAAGGATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159678 CTTGGAGTATTAAATGGTGCACAACTTTTCTCTCTCAATAAGGATGAACT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GAGGACAGTCTGCCCTGAAGGGGCGAGAGTCTATAGCCAAATCACTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159728 GAGGACAGTCTGCCCTGAAGGGGCGAGAGTCTATAGCCAAATCACTGTAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 AAAAAGCTGCATTGGAG         GATAGCAGTGGCAGCTCCGAGTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 159778 AAAAAGCTGCATTGGAGGTA...CAGGATAGCAGTGGCAGCTCCGAGTTA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 CAAGAAATTATGAGAAGACGACAGGAAAAAATCAGTGCTGCCGCTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161546 CAAGAAATTATGAGAAGACGACAGGAAAAAATCAGTGCTGCCGCTAGTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .
   2430 TTCAGGAGTGGAATCTTTTGATGAAGGAAGCAGTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161596 TTCAGGAGTGGAATCTTTTGATGAAGGAAGCAGTCAC