seq1 = pF1KB2507.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB2507/gi568815589f_111797216.tfa (gi568815589f:111797216_112032994), 235779 bp

>pF1KB2507 1182
>gi568815589f:111797216_112032994 (Chr9)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-240  (117390-117531)   100% ->
241-343  (125634-125736)   100% ->
344-445  (127562-127663)   100% ->
446-558  (129169-129281)   100% ->
559-737  (132285-132463)   100% ->
738-824  (134056-134142)   100% ->
825-1014  (134955-135144)   99% ->
1015-1182  (135612-135779)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGCTGGACCTGGCCTTGGAGGGAATGGCCGTCTTCGGGTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTGCTGGACCTGGCCTTGGAGGGAATGGCCGTCTTCGGGTTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCTTCTTGGTGCTGTGGCTGATGCATTTCATGGCTATCATCTACAC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 CCTCTTCTTGGTGCTGTGGCTGATGCATTTCATGGCTATCATCTACACGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        CCGATTACACCTCAACAAGAAGGCAACTGACAAACAGCCTTAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 G...TAGCCGATTACACCTCAACAAGAAGGCAACTGACAAACAGCCTTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCAAGCTCCCAGGTGTCTCTCTTCTGAAACCACTGAAAGGGGTAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117433 AGCAAGCTCCCAGGTGTCTCTCTTCTGAAACCACTGAAAGGGGTAGATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAACTTAATCAACAACCTGGAAACATTCTTTGAATTGGATTATCCCAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117483 TAACTTAATCAACAACCTGGAAACATTCTTTGAATTGGATTATCCCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         TATGAAGTGCTCCTTTGTGTACAAGATCATGATGATCCAGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117533 TA...TAGTATGAAGTGCTCCTTTGTGTACAAGATCATGATGATCCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTGATGTATGTAAGAAGCTTCTTGGAAAATATCCAAATGTTGATGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125676 ATTGATGTATGTAAGAAGCTTCTTGGAAAATATCCAAATGTTGATGCTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTGTTTATAG         GTGGCAAAAAAGTTGGCATTAATCCTAAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125726 ATTGTTTATAGGTA...TAGGTGGCAAAAAAGTTGGCATTAATCCTAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTAATAATTTAATGCCAGGATATGAAGTTGCAAAGTATGATCTTATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127592 TTAATAATTTAATGCCAGGATATGAAGTTGCAAAGTATGATCTTATATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTTGTGATAGTGGAATAAGAG         TAATTCCAGATACGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127642 ATTTGTGATAGTGGAATAAGAGGTG...TAGTAATTCCAGATACGCTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGACATGGTGAATCAAATGACAGAAAAAGTAGGCTTGGTTCACGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129188 TGACATGGTGAATCAAATGACAGAAAAAGTAGGCTTGGTTCACGGGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTACGTAGCAGACAGACAGGGCTTTGCTGCCACCTTAGAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 129238 CTTACGTAGCAGACAGACAGGGCTTTGCTGCCACCTTAGAGCAGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559    GTATATTTTGGAACTTCACATCCAAGATACTATATCTCTGCCAATGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132282 CAGGTATATTTTGGAACTTCACATCCAAGATACTATATCTCTGCCAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACTGGTTTCAAATGTGTGACAGGAATGTCTTGTTTAATGAGAAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132332 AACTGGTTTCAAATGTGTGACAGGAATGTCTTGTTTAATGAGAAAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTTGGATCAAGCAGGAGGACTTATAGCTTTTGCTCAGTACATTGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132382 TGTTGGATCAAGCAGGAGGACTTATAGCTTTTGCTCAGTACATTGCCGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATTACTTTATGGCCAAAGCGATAGCTGACCG         AGGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 132432 GATTACTTTATGGCCAAAGCGATAGCTGACCGGTA...CAGAGGTTGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTTGCAATGTCCACTCAAGTTGCAATGCAAAACTCTGGCTCATATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134065 GTTTGCAATGTCCACTCAAGTTGCAATGCAAAACTCTGGCTCATATTCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTCTCAGTTTCAATCCAGAATGATCAG         GTGGACCAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134115 TTTCTCAGTTTCAATCCAGAATGATCAGGTA...CAGGTGGACCAAACTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGAATTAACATGCTTCCTGCTACGATAATTTGTGAGCCAATTTCAGAATG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 134968 CGAATTAACATGCTTCCTGCTACAATAATTTGTGAGCCAATTTCAGAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTTGTTGCCAGTTTAATTATTGGATGGGCAGCCCACCATGTGTTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135018 CTTTGTTGCCAGTTTAATTATTGGATGGGCAGCCCACCATGTGTTCAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGGATATTATGGTATTTTTCATGTGTCATTGCCTGGCATGGTTTATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135068 GGGATATTATGGTATTTTTCATGTGTCATTGCCTGGCATGGTTTATATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACTACATTCAACTCAGGGGTGTCCAG         GGTGGCACACTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 135118 GACTACATTCAACTCAGGGGTGTCCAGGTA...TAGGGTGGCACACTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTTTTCAAAACTTGATTATGCAGTCGCCTGGTTCATCCGCGAATCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135626 TTTTTCAAAACTTGATTATGCAGTCGCCTGGTTCATCCGCGAATCCATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAATATACATTTTTTTGTCTGCATTATGGGACCCAACTATAAGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135676 CAATATACATTTTTTTGTCTGCATTATGGGACCCAACTATAAGCTGGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACTGGTCGCTACAGATTACGCTGTGGGGGTACAGCAGAGGAAATCCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135726 ACTGGTCGCTACAGATTACGCTGTGGGGGTACAGCAGAGGAAATCCTAGA

   1250 
   1179 TGTA
        ||||
 135776 TGTA