seq1 = pF1KB1630.tfa, 3156 bp
seq2 = pF1KB1630/gi568815594f_143413925.tfa (gi568815594f:143413925_143653181), 239257 bp

>pF1KB1630 3156
>gi568815594f:143413925_143653181 (Chr4)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-252  (103431-103505)   100% ->
253-419  (107505-107671)   100% ->
420-520  (110443-110543)   100% ->
521-621  (111527-111627)   100% ->
622-801  (112357-112536)   100% ->
802-957  (113944-114099)   100% ->
958-1089  (114659-114790)   100% ->
1090-1158  (116534-116602)   100% ->
1159-1268  (120931-121040)   100% ->
1269-1495  (122528-122754)   100% ->
1496-1617  (124666-124787)   100% ->
1618-1770  (124862-125014)   100% ->
1771-1903  (126439-126571)   100% ->
1904-2052  (129585-129733)   100% ->
2053-2172  (129929-130048)   100% ->
2173-2283  (130813-130923)   100% ->
2284-2397  (131546-131659)   100% ->
2398-2520  (132001-132123)   99% ->
2521-2653  (132852-132984)   100% ->
2654-2772  (133461-133579)   100% ->
2773-2985  (134004-134216)   100% ->
2986-3093  (136073-136180)   100% ->
3094-3156  (139195-139257)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCCGCGGCCGAGCCTCCGCCACCCCCGCCTCCCGAGAGCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTCCGCGGCCGAGCCTCCGCCACCCCCGCCTCCCGAGAGCGCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCAAGCCCGCAGCCTCGATCGCCAGCGGCGGGAGCAACAGCAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCAAGCCCGCAGCCTCGATCGCCAGCGGCGGGAGCAACAGCAGCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCGGCCCCGAAGGCGTCGCGGCGCAGGCGGTTGCGTCTGCGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGCGGCCCCGAAGGCGTCGCGGCGCAGGCGGTTGCGTCTGCGGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGGTCCCGCAGACGCCGAGATGGAG         GAAATATTTGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 GCTGGTCCCGCAGACGCCGAGATGGAGGTG...CAGGAAATATTTGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCGTCACCTGGAAAGCAAAAGGAAATCCAAGAACCAGATCCTACCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103445 TGCGTCACCTGGAAAGCAAAAGGAAATCCAAGAACCAGATCCTACCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGAAAAAATG         CAAACTGACCGGGCAAATAGATTCGAGTAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103495 AAGAAAAAATGGTA...CAGCAAACTGACCGGGCAAATAGATTCGAGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTATTAAAGCAGACAGAACTTTTTGCACATTTCATTCAACCTGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107535 TTATTAAAGCAGACAGAACTTTTTGCACATTTCATTCAACCTGCTGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGACTCCAACTTCACCTTTGAAGATGAAACCAGGGCGCCCACGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107585 GAAGACTCCAACTTCACCTTTGAAGATGAAACCAGGGCGCCCACGAATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAAAGATGAGAAGCAGAACTTACTATCCGTTGGCGA         TTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107635 AAAAAGATGAGAAGCAGAACTTACTATCCGTTGGCGAGTG...CAGTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGACACCGTAGAACAGAGCAAGAGGAGGATGAAGAGCTATTAACAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110447 CGACACCGTAGAACAGAGCAAGAGGAGGATGAAGAGCTATTAACAGAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCCAAAGCAACCAATGTTTGCACTCGATTTGAAGACTCTCCATCGT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110497 CTCCAAAGCAACCAATGTTTGCACTCGATTTGAAGACTCTCCATCGTGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521       ATGTAAAATGGGGTAAACTGAGAGATTATCAGGTCCGAGGATTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110547 ...TAGATGTAAAATGGGGTAAACTGAGAGATTATCAGGTCCGAGGATTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACTGGCTCATTTCTTTGTATGAGAATGGCATCAATGGTATCCTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111571 AACTGGCTCATTTCTTTGTATGAGAATGGCATCAATGGTATCCTTGCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAAATG         GGCCTAGGAAAGACTCTTCAAACAATTTCTCTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111621 TGAAATGGTA...CAGGGCCTAGGAAAGACTCTTCAAACAATTTCTCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGGGTACATGAAACATTATAGAAACATTCCTGGGCCTCATATGGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112391 TTGGGTACATGAAACATTATAGAAACATTCCTGGGCCTCATATGGTTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTCCTAAGTCTACATTACACAACTGGATGAGTGAATTCAAGAGATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112441 GTTCCTAAGTCTACATTACACAACTGGATGAGTGAATTCAAGAGATGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACCAACACTTAGATCTGTTTGTTTGATAGGAGATAAAGAACAAAGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112491 ACCAACACTTAGATCTGTTTGTTTGATAGGAGATAAAGAACAAAGAGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      GCTGCTTTTGTCAGAGACGTTTTATTACCGGGAGAATGGGATGTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112541 ..CAGGCTGCTTTTGTCAGAGACGTTTTATTACCGGGAGAATGGGATGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGTGTAACATCTTATGAAATGCTTATTAAAGAGAAGTCTGTGTTCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113989 TGTGTAACATCTTATGAAATGCTTATTAAAGAGAAGTCTGTGTTCAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATTTAATTGGAGATACTTAGTAATAGATGAAGCTCACAGGATCAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114039 ATTTAATTGGAGATACTTAGTAATAGATGAAGCTCACAGGATCAAAAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAAAATCTAAG         TTGTCAGAAATAGTGAGGGAATTCAAGACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114089 AAAAATCTAAGGTA...CAGTTGTCAGAAATAGTGAGGGAATTCAAGACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACAAATAGACTATTATTAACTGGAACACCTCTTCAGAACAACTTGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114689 ACAAATAGACTATTATTAACTGGAACACCTCTTCAGAACAACTTGCATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTGTGGTCACTTCTTAACTTTCTGTTGCCAGATGTGTTTAATTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114739 GCTGTGGTCACTTCTTAACTTTCTGTTGCCAGATGTGTTTAATTCAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AT         GACTTTGATTCCTGGTTTGATACAAACAACTGCCTTGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114789 ATGTA...TAGGACTTTGATTCCTGGTTTGATACAAACAACTGCCTTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATCAAAAACTAGTTGAGAGGCTTCATATG         GTTTTGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116573 GATCAAAAACTAGTTGAGAGGCTTCATATGGTA...AAGGTTTTGCGTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ATTCCTCCTTCGTCGAATTAAGGCTGATGTTGAAAAGAGTTTGCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120942 ATTCCTCCTTCGTCGAATTAAGGCTGATGTTGAAAAGAGTTTGCCTCCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGAAGGAAGTAAAAATCTATGTGGGCCTCAGCAAAATGCAAAGGGAATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120992 AGAAGGAAGTAAAAATCTATGTGGGCCTCAGCAAAATGCAAAGGGAATGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1269         GTATACTCGGATATTAATGAAGGATATAGATATACTCAACTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121042 TA...TAGGTATACTCGGATATTAATGAAGGATATAGATATACTCAACTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGCAGGCAAGATGGACAAAATGAGGTTATTGAACATCCTAATGCAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122570 AGCAGGCAAGATGGACAAAATGAGGTTATTGAACATCCTAATGCAGTTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GAAAATGTTGTAATCATCCATATCTCTTTGATGGAGCAGAACCTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122620 GAAAATGTTGTAATCATCCATATCTCTTTGATGGAGCAGAACCTGGTCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCTTATACAACAGATATGCATCTAGTAACCAACAGTGGCAAAATGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122670 CCTTATACAACAGATATGCATCTAGTAACCAACAGTGGCAAAATGGTGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTTAGACAAGCTGCTCCCTAAGTTAAAAGAACAAG         GTTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 122720 TTTAGACAAGCTGCTCCCTAAGTTAAAAGAACAAGGTA...CAGGTTCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GAGTACTAATCTTCAGTCAAATGACAAGGGTATTGGACATTTTGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124672 GAGTACTAATCTTCAGTCAAATGACAAGGGTATTGGACATTTTGGAAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TATTGCATGTGGAGAAATTATGAGTACTGCAGGTTGGATGGTCAGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124722 TATTGCATGTGGAGAAATTATGAGTACTGCAGGTTGGATGGTCAGACACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCATGATGAGAGACAA         GACTCCATCAATGCATACAATGAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 124772 CCATGATGAGAGACAAGTG...TAGGACTCCATCAATGCATACAATGAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CAAACAGCACAAAGTTTGTTTTCATGTTAAGCACGCGTGCTGGTGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124887 CAAACAGCACAAAGTTTGTTTTCATGTTAAGCACGCGTGCTGGTGGTCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGCATCAATCTTGCGACTGCTGATGTAGTAATTTTGTATGATTCTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124937 GGCATCAATCTTGCGACTGCTGATGTAGTAATTTTGTATGATTCTGATTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GAATCCCCAAGTAGATCTTCAGGCTATG         GACCGAGCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 124987 GAATCCCCAAGTAGATCTTCAGGCTATGGTA...TAGGACCGAGCACATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GAATTGGGCAGACTAAGACAGTCAGAGTGTTCCGCTTTATAACTGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126452 GAATTGGGCAGACTAAGACAGTCAGAGTGTTCCGCTTTATAACTGATAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ACTGTAGAAGAAAGAATAGTAGAACGTGCTGAGATGAAACTCAGACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126502 ACTGTAGAAGAAAGAATAGTAGAACGTGCTGAGATGAAACTCAGACTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TTCAATAGTCATTCAACAAG         GGAGGCTTGTGGATCAGAATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 126552 TTCAATAGTCATTCAACAAGGTA...CAGGGAGGCTTGTGGATCAGAATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGAACAAAATTGGGAAAGATGAAATGCTTCAAATGATTAGACATGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129606 TGAACAAAATTGGGAAAGATGAAATGCTTCAAATGATTAGACATGGAGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ACACATGTGTTTGCTTCAAAGGAAAGTGAGATCACTGATGAAGATATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129656 ACACATGTGTTTGCTTCAAAGGAAAGTGAGATCACTGATGAAGATATCGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TGGTATTTTGGAAAGAGGTGCAAAGAAG         ACTGCAGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129706 TGGTATTTTGGAAAGAGGTGCAAAGAAGGTG...TAGACTGCAGAGATGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ATGAAAAGCTCTCCAAGATGGGCGAAAGTTCACTTAGAAACTTTACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129942 ATGAAAAGCTCTCCAAGATGGGCGAAAGTTCACTTAGAAACTTTACAATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GATACAGAGTCAAGTGTTTATAACTTCGAAGGAGAAGACTATAGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129992 GATACAGAGTCAAGTGTTTATAACTTCGAAGGAGAAGACTATAGAGAAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 ACAAAAG         ATTGCATTCACAGAGTGGATTGAACCACCTAAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130042 ACAAAAGGTA...TAGATTGCATTCACAGAGTGGATTGAACCACCTAAAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GAGAAAGAAAAGCCAACTATGCCGTTGATGCATATTTCAGGGAAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130847 GAGAAAGAAAAGCCAACTATGCCGTTGATGCATATTTCAGGGAAGCTCTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 CGTGTTAGTGAACCTAAAGCACCCAAG         GCTCCTCGACCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 130897 CGTGTTAGTGAACCTAAAGCACCCAAGGTG...TAGGCTCCTCGACCTCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 AAAACAACCCAATGTTCAGGATTTCCAGTTCTTTCCTCCACGTTTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131560 AAAACAACCCAATGTTCAGGATTTCCAGTTCTTTCCTCCACGTTTATTTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 AATTACTGGAAAAAGAAATTCTGTTTTACAGAAAAACTATTGGGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131610 AATTACTGGAAAAAGAAATTCTGTTTTACAGAAAAACTATTGGGTACAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398          GTACCTCGAAATCCTGAGCTGCCTAACGCAGCACAGGCACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 131660 GTA...TAGGTACCTCGAAATCCTGAGCTGCCTAATGCAGCACAGGCACA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 AAAAGAAGAACAGCTTAAAATTGATGAAGCTGAATCCCTTAATGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132042 AAAAGAAGAACAGCTTAAAATTGATGAAGCTGAATCCCTTAATGATGAAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 AGTTAGAGGAAAAAGAGAAGCTTCTAACACAG         GGATTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 132092 AGTTAGAGGAAAAAGAGAAGCTTCTAACACAGGTA...AAGGGATTTACC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 AATTGGAATAAGAGAGATTTTAACCAGTTTATCAAAGCTAATGAGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132861 AATTGGAATAAGAGAGATTTTAACCAGTTTATCAAAGCTAATGAGAAGTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 GGGTCGTGATGATATTGAAAATATAGCAAGAGAAGTAGAAGGCAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132911 GGGTCGTGATGATATTGAAAATATAGCAAGAGAAGTAGAAGGCAAAACTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 CAGAAGAAGTCATTGAATATTCAG         CTGTGTTTTGGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 132961 CAGAAGAAGTCATTGAATATTCAGGTA...CAGCTGTGTTTTGGGAAAGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 TGCAACGAGCTCCAGGACATAGAGAAGATTATGGCTCAGATTGAAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133478 TGCAACGAGCTCCAGGACATAGAGAAGATTATGGCTCAGATTGAAAGGGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 AGAGGCGAGAATTCAAAGAAGAATAAGCATCAAGAAAGCACTTGACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133528 AGAGGCGAGAATTCAAAGAAGAATAAGCATCAAGAAAGCACTTGACACAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 AG         ATTGGACGGTACAAAGCACCTTTTCATCAGCTGAGAATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133578 AGGTA...TAGATTGGACGGTACAAAGCACCTTTTCATCAGCTGAGAATA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 TCATATGGTACTAACAAAGGAAAAAACTATACTGAAGAAGAAGATCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134043 TCATATGGTACTAACAAAGGAAAAAACTATACTGAAGAAGAAGATCGTTT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 TCTGATTTGTATGCTTCACAAACTTGGATTTGACAAAGAAAATGTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134093 TCTGATTTGTATGCTTCACAAACTTGGATTTGACAAAGAAAATGTTTATG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2912 ATGAATTGCGACAGTGTATTCGCAACTCTCCTCAGTTCAGATTTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134143 ATGAATTGCGACAGTGTATTCGCAACTCTCCTCAGTTCAGATTTGACTGG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2962 TTTCTTAAGTCCAGAACTGCAATG         GAGCTCCAGAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 134193 TTTCTTAAGTCCAGAACTGCAATGGTG...TAGGAGCTCCAGAGGAGATG

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3003 TAATACCTTAATTACTTTGATTGAAAGAGAAAACATGGAACTAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136090 TAATACCTTAATTACTTTGATTGAAAGAGAAAACATGGAACTAGAAGAAA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3053 AGGAGAAGGCAGAGAAAAAGAAACGAGGACCAAAGCCTTCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 136140 AGGAGAAGGCAGAGAAAAAGAAACGAGGACCAAAGCCTTCAGTA...TAG

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3094 ACACAGAAACGTAAAATGGATGGCGCACCTGATGGTCGAGGAAGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139195 ACACAGAAACGTAAAATGGATGGCGCACCTGATGGTCGAGGAAGAAAAAA

   3350     .    :
   3144 GAAGCTGAAACTA
        |||||||||||||
 139245 GAAGCTGAAACTA