seq1 = pF1KB1290.tfa, 2247 bp
seq2 = pF1KB1290/gi568815592r_136245856.tfa (gi568815592r:136245856_136650408), 404553 bp

>pF1KB1290 2247
>gi568815592r:136245856_136650408 (Chr6)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-166  (228610-228708)   100% ->
167-244  (238712-238789)   100% ->
245-408  (260892-261055)   100% ->
409-526  (261899-262016)   100% ->
527-637  (266628-266738)   100% ->
638-751  (272541-272654)   100% ->
752-876  (277784-277908)   100% ->
877-989  (283970-284082)   100% ->
990-1273  (284391-284674)   100% ->
1274-1526  (287707-287959)   100% ->
1527-1701  (289230-289404)   100% ->
1702-1803  (289611-289712)   100% ->
1804-1854  (290378-290428)   100% ->
1855-1912  (290532-290589)   100% ->
1913-2015  (293615-293717)   100% ->
2016-2247  (304330-304557)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCTAGGAGCTGGCGGCGACGGCCACAGGGGCGGCGACGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCTAGGAGCTGGCGGCGACGGCCACAGGGGCGGCGACGGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGCGAAGCGAAACAG         CACCCGACAGCTACAAAGTGCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGCGAAGCGAAACAGGTG...TAGCACCCGACAGCTACAAAGTGCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAAGAAAAATGCCTCCAGCCGCCCTGCCTCTGCAATTTCAGGACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228634 ATAAGAAAAATGCCTCCAGCCGCCCTGCCTCTGCAATTTCAGGACAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACAACCACTCAGGAAATAAACCAG         ACCCTCCGCCTGTGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 228684 AACAACCACTCAGGAAATAAACCAGGTA...CAGACCCTCCGCCTGTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACGTGTTGATGACCGGCAGCGGCTGGCCCGGGAGCGACGTGAGGAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238728 ACGTGTTGATGACCGGCAGCGGCTGGCCCGGGAGCGACGTGAGGAACGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAAACAGCTAG         CTGCAAGAGAAATAGTGTGGTTAGAAAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 238778 AGAAACAGCTAGGTA...AAGCTGCAAGAGAAATAGTGTGGTTAGAAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGAGCGAGCCAGGCAGCACTACGAGAAGCACCTGGAAGAGCGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260921 GAAGAGCGAGCCAGGCAGCACTACGAGAAGCACCTGGAAGAGCGGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAGGTTGGAGGAGCAGAGGCAGAAGGAGGAGCGGAGGAGGGCTGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260971 GAGGTTGGAGGAGCAGAGGCAGAAGGAGGAGCGGAGGAGGGCTGCTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGAGAAGCGGAGGCAGAGACTTGAGGAGGACAAA         GAACGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 261021 AGGAGAAGCGGAGGCAGAGACTTGAGGAGGACAAAGTG...AAGGAACGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACGAAGCTGTTGTACGGCGCACAATGGAAAGGAGCCAGAAGCCAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261905 CACGAAGCTGTTGTACGGCGCACAATGGAAAGGAGCCAGAAGCCAAAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAGCATAACCGTTGGTCGTGGGGAGGCTCTCTCCATGGGAGCCCTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261955 GAAGCATAACCGTTGGTCGTGGGGAGGCTCTCTCCATGGGAGCCCTAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCACAGTGCAG         ATCCAGACAGGCGGTCAGTTTCCACCATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 262005 TCCACAGTGCAGGTA...TAGATCCAGACAGGCGGTCAGTTTCCACCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATCTTTCGAAATATGTTGATCCCGTCATTAGCAAGCGGCTCTCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266657 AATCTTTCGAAATATGTTGATCCCGTCATTAGCAAGCGGCTCTCCTCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATCTGCAACTTTACTAAATTCTCCAGATAGAG         CTCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 266707 ATCTGCAACTTTACTAAATTCTCCAGATAGAGGTA...TAGCTCGCCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCAGCTCAGCCCATGGGAGAGCAGCGTTGTTAACAGACTCCTGACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272550 TGCAGCTCAGCCCATGGGAGAGCAGCGTTGTTAACAGACTCCTGACGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACACATTCGTTCCTGGCCAGAAGTAAAAGCACAGCTGCCTTGTCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272600 ACACATTCGTTCCTGGCCAGAAGTAAAAGCACAGCTGCCTTGTCTGGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCAG         CATCTTGCAGCCCCATCATCATGCCCTACAAAGCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272650 AGCAGGTA...CAGCATCTTGCAGCCCCATCATCATGCCCTACAAAGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CACACTCTAGAAATTCGATGGATCGACCAAAACTCTTTGTAACACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277820 CACACTCTAGAAATTCGATGGATCGACCAAAACTCTTTGTAACACCACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGGGCTCTTCTCGCAGGAGGATCATTCATGGCACAGCG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 277870 GAGGGCTCTTCTCGCAGGAGGATCATTCATGGCACAGCGGTG...TAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTATAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAAAATGTACTCTTCCTCACATCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283972 CTATAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAAAATGTACTCTTCCTCACATCTGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCCGAAGGGCTGTATCTCCATCTAATCCCAAAGCAAGACAACCAGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284022 CCCGAAGGGCTGTATCTCCATCTAATCCCAAAGCAAGACAACCAGCTCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCCCGACTTTG         GCTTCCGTCCAAGTCTCTTCCTCATTTGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 284072 TCCCGACTTTGGTA...CAGGCTTCCGTCCAAGTCTCTTCCTCATTTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGCACACCCAGACCGACATCCTCCTTGCCACCCGGCTCAGTCAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284421 TGGCACACCCAGACCGACATCCTCCTTGCCACCCGGCTCAGTCAAAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTCCTGCTCAGGTCCGGCCCCCATCCCCCGGCAACATCCGCCCTGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284471 CTCCTGCTCAGGTCCGGCCCCCATCCCCCGGCAACATCCGCCCTGTCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGGGAAGTCAAAGTGGAGCCTGAGAAGAAAGATCCTGAGAAGGAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284521 AGGGAAGTCAAAGTGGAGCCTGAGAAGAAAGATCCTGAGAAGGAACCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAAAGTTGCCAATGAGCCCTCACTAAAGGGCAGAGCACCTTTAGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284571 GAAAGTTGCCAATGAGCCCTCACTAAAGGGCAGAGCACCTTTAGTGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TAGAAGAAGCCACAGTTGAAGAGCGGACACCTGCTGAACCAGAAGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284621 TAGAAGAAGCCACAGTTGAAGAGCGGACACCTGCTGAACCAGAAGTTGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCTG         CTGCTCCAGCCATGGCCCCAGCTCCAGCCTCGGCCCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284671 CCTGGTA...CAGCTGCTCCAGCCATGGCCCCAGCTCCAGCCTCGGCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGCTCCAGCCTCGGCCCCAGCTCCAGCCCCGGTCCCCACCCCAGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287744 AGCTCCAGCCTCGGCCCCAGCTCCAGCCCCGGTCCCCACCCCAGCCATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCTCAGCCCCGTCATCCACTGTGAATGCCAGTGCTTCTGTTAAGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287794 TCTCAGCCCCGTCATCCACTGTGAATGCCAGTGCTTCTGTTAAGACTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCAGGCACCACCGACCCAGAGGAGGCCACAAGGCTTCTAGCTGAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287844 GCAGGCACCACCGACCCAGAGGAGGCCACAAGGCTTCTAGCTGAGAAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCGGCTGGCCCGAGAGCAGAGAGAAAAGGAAGAAAGGGAGAGGAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287894 GCGGCTGGCCCGAGAGCAGAGAGAAAAGGAAGAAAGGGAGAGGAGGGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGGAAGAGCTTGAAAG         ACAAAAGAGAGAGGAATTGGCTCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 287944 AGGAAGAGCTTGAAAGGTA...CAGACAAAAGAGAGAGGAATTGGCTCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CGTGTGGCTGAAGAGAGGACGACTCGCCGTGAGGAGGAGTCGCGCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289255 CGTGTGGCTGAAGAGAGGACGACTCGCCGTGAGGAGGAGTCGCGCAGGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGAAGCCGAGCAGGCCCGGGAGAAGGAGGAGCAGCTGCAGCGGCAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289305 GGAAGCCGAGCAGGCCCGGGAGAAGGAGGAGCAGCTGCAGCGGCAGGCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGGAGCGGGCGCTGCGCGAGCGGGAGGAGGCAGAGCGCGCCCAGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289355 AGGAGCGGGCGCTGCGCGAGCGGGAGGAGGCAGAGCGCGCCCAGAGGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702          AAAGAAGAAGAAGCTCGCGTTCGTGAAGAAGCAGAGAGGGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289405 GTG...CAGAAAGAAGAAGAAGCTCGCGTTCGTGAAGAAGCAGAGAGGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CCGGCAGGAACGAGAGAAGCATTTCCAGAGAGAAGAGCAAGAGCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289652 CCGGCAGGAACGAGAGAAGCATTTCCAGAGAGAAGAGCAAGAGCGCCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AGAGAAAGAAG         CGACTTGAGGAGATTATGAAAAGAACCAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 289702 AGAGAAAGAAGGTA...TAGCGACTTGAGGAGATTATGAAAAGAACCAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AGAACAGAAGCTACAGATAAG         AAAACCAGTGATCAGAGAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 290408 AGAACAGAAGCTACAGATAAGGTA...TAGAAAACCAGTGATCAGAGAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CGGTGATATAGCCAAGGGAGCTCTCACTGGAGGAACAG         AGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 290552 CGGTGATATAGCCAAGGGAGCTCTCACTGGAGGAACAGGTA...CAGAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TGTCTGCACTTCCATGTACAACAAACGCTCCGGGAAATGGAAAGCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293618 TGTCTGCACTTCCATGTACAACAAACGCTCCGGGAAATGGAAAGCCAGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GGCAGCCCACATGTGGTTACCTCACACCAGTCAAAAGTGACAGTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293668 GGCAGCCCACATGTGGTTACCTCACACCAGTCAAAAGTGACAGTGGAGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016          CACTCCCGATTTGGAAAAACAACCAAATGAAAATGGTGTAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293718 GTG...TAGCACTCCCGATTTGGAAAAACAACCAAATGAAAATGGTGTAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CTGTTCAGAATGAAAATTTTGAAGAAATTATAAACTTACCCATTGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304371 CTGTTCAGAATGAAAATTTTGAAGAAATTATAAACTTACCCATTGGATCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 AAACCATCCAGATTAGATGTCACCAACAGTGAGAGCCCAGAAATTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304421 AAACCATCCAGATTAGATGTCACCAACAGTGAGAGCCCAGAAATTCCTTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GAATCCAATTTTGGCCTTTGATGATGAAGGGACACTTGGGCCCCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304471 GAATCCAATTTTGGCCTTTGATGATGAAGGGACACTTGGGCCCCTGCCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AGGTAGATGGTGTTCAGACACAGCAGACTGCAGAAGTTATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||--||-|-|
 304521 AGGTAGATGGTGTTCAGACACAGCAGACTGCAG  GT A A